目的:通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法:选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者，提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白，通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对 t检验，筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过数据库比对获得11 295条多肽，分别对应于908个蛋白，其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达，110个蛋白表达上调，212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白，下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论:通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义( t＝11.977， P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞，购买自中国科学院上海细胞库)，模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态，建立体外SAH细胞模型，设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组)，提取线粒体蛋白进行质谱分析，Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析，两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析；应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析；STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI)；通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白，上调差异蛋白105个，下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667， P<0.05)。GO富集分析表明，差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中：差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析：以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白：0.345±0.014比0.226±0.045， t＝13.920， P<0.05；mRNA：1.00比0.76±0.04， t＝9.813， P<0.05)；P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白：0.226±0.045比0.282±0.023， t＝-4.768， P<0.05；mRNA：0.76±0.04比0.95±0.02， t＝-6.802， P<0.05)，与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍，而与多种蛋白及信号通路的调控有关。

目的:观察病理性近视（PM）患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法:横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科医院收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中，男性11例，女性21例；年龄58~76岁，平均年龄（68.41±6.09）岁。将合并PM的16例作为PM组，不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析，得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果:两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质，其中101个蛋白存在差异表达，包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示，5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御／免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明，PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论:PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化，这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:分析剥脱综合征(XFS)患者房水蛋白质的表达差异。方法:收集2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟行手术治疗的维吾尔族年龄相关性白内障患者和XFS伴白内障患者各10例，分别作为白内障组和XFS组。术中借助超声乳化手术通道吸取前房中部50～100 μl房水。通过非标记定量蛋白质组学质谱分析技术对房水中提取的蛋白进行分析，以白内障组作为对照组，并根据 P<0.05、差异倍数>1.5的标准筛选得到XFS组的差异表达蛋白。通过基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析来探讨XFS组差异表达蛋白的功能及调控信号通路。 结果:与白内障组相比，XFS组共鉴定出25个差异表达蛋白，这些蛋白主要涉及细胞黏附、受体、水解酶、分子运输等。表达下调的蛋白有14个，包括补体H因子相关蛋白1(CFHR1)、内质网分子伴侣BiP(HSPA5)、双糖链蛋白多糖(BGN)、FRAS1相关的细胞外基质蛋白2(FREM2)、血红蛋白亚基δ(HBD)、血红蛋白亚单位γ1(HBG1)、棕榈酰蛋白水解酶2(PPT2)等。表达上调的蛋白有11个，包括转化生长因子结合蛋白2(LTBP2)、极低密度脂蛋白受体、层粘连蛋白亚基α2(LAMA2)、凝血因子Ⅸ(F9)等。其中，FREM2为XFS组差异表达最显著的蛋白，其在XFS组个体样本中表达水平基本一致。GO分析显示，这些差异蛋白主要定位于胶原蛋白的细胞外基质、结合珠蛋白－血红蛋白复合物、血浆脂蛋白颗粒和溶酶体腔；分子功能和生物学过程显示，HBD和HBG1参与细胞解毒过程，PPT2参与水解酶活性，BGN和LTBP2参与糖胺聚糖结合。KEGG信号通路分析显示，CFHR1和F9参与补体和凝血级联通路；FREM2和LAMA2参与细胞外基质相互作用通路。结论:XFS的进展可能与细胞外基质蛋白的改变、血－房水屏障破坏以及潜在的炎症反应有关。显著下调的FREM2可能作为XFS潜在的生物学标志物。

目的:探讨基于定量蛋白质组学串联质谱标签（TMT）技术筛选糖尿病足皮肤抗菌肽的可行性和价值。方法:收集2017年4月至2018年12月在东南大学附属中大医院行清创手术的糖尿病足患者的下肢溃疡周围皮肤全层和同期行其他手术非糖尿病患者的下肢皮肤全层标本各3例患者标本。利用TMT技术分别对上述标本进行蛋白组学分析，筛选出发生显著变化的差异蛋白。搜索UniProt-GOA数据库对鉴定到的差异蛋白生物学作用阐释。以鉴定到的蛋白为背景，利用Fisher精确检验法评价差异表达蛋白。利用InterPro数据库分析差异表达蛋白功能结构域的富集情况。结果:共发现133个差异蛋白，其中表达上调和下调的蛋白分别为101个和32个。基因本体（GO）富集分析表明，在蛋白生物学过程中最显著富集的过程为对细菌的防御过程，其次为抗菌体液反应过程。共有19个蛋白涉及对细菌的防御反应过程，其中18个蛋白发生了上调，1个蛋白发生了下调。差异蛋白上调倍数达4倍以上的共有8个，分别为蛋白为溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12。共有8个蛋白涉及抗菌体液反应过程，其中7个蛋白与对细菌的防御反应中涉及的蛋白重叠。通过蛋白互作分析显示，差异表达的抗菌反应蛋白形成了一个包含14个节点和34条边的复杂调控网络，平均节点度为4.86，聚类系数为0.652。结论:通过TMT标记蛋白组学技术发现，参与对细菌的防御反应及抗菌体液免疫反应的差异蛋白，如溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12，有望成为治疗糖尿病足感染的新靶点。

免疫调节剂来那度胺是治疗多发性骨髓瘤（MM）的主要药物，并且与其他药物如蛋白酶体抑制剂和皮质类固醇的联合应用可以诱导大多数患者缓解，然而几乎所有患者都会因多发性骨髓瘤细胞获得性耐药而复发。为探究耐药的非遗传机制，该研究纳入了5例具有纵向骨髓样本的患者，4例在来那度胺治疗期间进展，1例在来那度胺治疗后进展，收集5例患者治疗前和复发时的骨髓样本，进行基于串联质谱标记技术（TMT）的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析和RNA测序。通过蛋白质定量组学分析，该研究发现，与治疗前样本相比，复发组中前6位上调的蛋白分别是TRIP13、RRM1、NCAPD2、NCAPH、MORF4L1和CKD6。磷酸化蛋白质组学分析发现134个显著变化磷酸化肽段，仅15个的蛋白表达发生变化，说明大多数磷酸化水平发生变化的位点其蛋白质表达水平并未改变。通过对5对样本进行RNA测序发现，在上调最高的蛋白中，有丝分裂调节蛋白TRIP13和NCAPH的RNA/蛋白表达Pearson相关系数最高为0.84，其次是NCAPD2（0.67）、RRM1（0.6）和CDK6（0.39）。在MM中，蛋白质和RNA的低相关性意味着高程度的转录和翻译后调控。

目的:定量分析SD大鼠非动脉炎性前部缺血性视神经病变(NAION)模型中视神经组织蛋白表达变化，并对差异蛋白进行生物信息学分析。方法:选取10只8周龄体质量200~250 g的SPF级雄性SD大鼠，采用孟加拉玫瑰红联合激光光动力方法建立NAION模型，最终选取4只造模成功的大鼠作为NAION模型组，同时取4只体质量和周龄相匹配的健康、无眼疾SD大鼠作为正常对照组。于造模后7 d，分离各组大鼠球后视神经，采用酶切法进行样本制备，采用同位素标记相对和绝对定量标记结合液相色谱-串联质谱技术对组织蛋白进行质谱鉴定和定量检测，选取组间表达倍数大于1.5倍且差异有统计学意义( P<0.05)的蛋白为差异蛋白，并对差异蛋白进行生物信息学分析。 结果:造模后3 d，NAION模型组大鼠视盘隆起，荧光素眼底血管造影图像显示视盘区有荧光素钠渗漏，模型建立成功。共鉴定出1 291个可定量蛋白，其中差异蛋白80个。与正常对照组比较，NAION模型组中表达上调的蛋白5个，表达下调的蛋白75个。V型胶原α1链(Col5A1)和cAMP依赖性蛋白激酶催化亚基β(Prkacb)、G蛋白相关支架蛋白(Dlg1)等蛋白表达升高；神经微丝蛋白(Nefm)、微管相关蛋白1b(Map1b)、Ras相关蛋白(Rala)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2(Pkn2)、血小板活化因子乙酰水解酶IB亚基(Pafah1b1)等蛋白表达降低。差异蛋白主要参与细胞骨架的调节、细胞对缺氧的反应、轴突生成及延伸、突触调节、神经元凋亡调控、轴浆运输等生物学进程。京都基因与基因组通路富集分析结果显示，差异蛋白主要参与代谢通路、突触囊泡循环、血小板活化等信号通路。结论:神经生长、能量代谢、轴浆运输及凋亡等信号通路相关蛋白的表达共同参与NAION中神经细胞的凋亡。

目的:观察骨膜微环境下，脂肪脱细胞基质(DAM)在体内向成脂或成骨方向分化的情况。方法:2020年6—12月，将人体吸脂术获取的脂肪组织在全军整形外科研究所制备为DAM，选取6只4～6周雄性SD大鼠，按照同等初始体积植入到大鼠顶骨骨膜下。术后84 d取材，通过大体观察、组织学染色、免疫荧光染色观察DAM支架材料成脂和成骨分化情况；非标记定量蛋白质谱检测DAM中成骨相关蛋白。结果:大体观察显示，DAM支架材料周围血管化丰富。HE和Masson染色观察到DAM脂肪再生和血管化现象，同时OCN免疫荧光染色证实，DAM少部分向成骨方向分化。质谱筛选出了成骨分化相关蛋白。结论:骨膜微环境下，DAM主要向脂肪组织方向分化，但少部分具有向成骨方向分化的潜能，可能与DAM中含有部分成骨相关蛋白有关。

目的:分析不同脂肪组织来源干细胞源性外泌体(ADSC-Exos)蛋白质组学差异,为深度创面修复提供理论依据.方法:取烧伤痂组织与正常皮下脂肪组织,分离脂肪干细胞(ADSC),通过光镜观察、Western blot(WB)、成骨分化、成脂分化鉴定ADSC.差速离心方法收集脂肪干细胞外泌体(ADSC-Exos),通过电镜观察、WB法、Nanosight分析仪鉴定ADSC-Exos;通过非标记定量蛋白质谱(LFQ)技术分析两组患者ADSC-Exos蛋白质表达水平差异.结果:成功分离ADSC,光镜下呈纤维状,WB显示细胞稳定表达CD29及CD105,成骨诱导分化细胞内见红色密集钙结节、成脂诱导分化细胞内存在折光性好的透亮脂滴.成功分离ADSC-Exos,电镜下呈双膜性结构,WB显示外泌体可稳定表达表面标志物CD63及CD81,Nanosight显示外泌体均匀对称分布,直径30～150 nm.两组表达水平差异蛋白质184种,差异倍数显著上调前10种蛋白:丝裂原活化蛋白激酶3、丝裂原活化蛋白激酶1、转化生长因子β-1前蛋白、细胞凋亡调节因子BAX、热休克蛋白HSP 90α、微管蛋白α-1B链、腺病毒E1B19kDa相互作用蛋白2、钙调素-3、热休克蛋白HSP 90β、蛋白激酶Cβ型;差异倍数显著下调前10种蛋白:激肽源B1、激肽源1、补体家族(C3、C1q C链、C1q B链、C5、C1q A、C4B、C4A、C9).结论:烧伤痂下组织来源ADSC-Exos蛋白与正常组织的表达存在明显差异,可能与烧伤创面修复、抑制瘢痕过度增生及抗炎与机体免疫等密切相关.