目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞，购买自中国科学院上海细胞库)，模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态，建立体外SAH细胞模型，设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组)，提取线粒体蛋白进行质谱分析，Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析，两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析；应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析；STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI)；通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白，上调差异蛋白105个，下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667， P<0.05)。GO富集分析表明，差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中：差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析：以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白：0.345±0.014比0.226±0.045， t＝13.920， P<0.05；mRNA：1.00比0.76±0.04， t＝9.813， P<0.05)；P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白：0.226±0.045比0.282±0.023， t＝-4.768， P<0.05；mRNA：0.76±0.04比0.95±0.02， t＝-6.802， P<0.05)，与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍，而与多种蛋白及信号通路的调控有关。

目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义( t＝11.977， P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

恶性周围神经鞘瘤是最为常见的神经源性软组织肉瘤，目前治疗方法为广泛扩大切除，辅以放、化疗。MPNST患者预后不佳，整体生存率低，局部复发率、远处转移率高。蛋白质组学技术是现今肿瘤研究中的热点。我们利用非标记定量蛋白质组学及免疫组化方法，筛选并验证了与MPNST预后相关的差异蛋白：Decorin、TIMP-1、MnSOD。我们发现Decorin、TIMP1-1的高表达的MPNST患者预后良好；而MnSOD的高表达的MPNST患者预后不佳。通过后续研究，Decorin、TIMP-1、MnSOD将有望成为判断MPNST患者预后的生物标记物。

目的:通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法:选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者，提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白，通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对 t检验，筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过数据库比对获得11 295条多肽，分别对应于908个蛋白，其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达，110个蛋白表达上调，212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白，下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论:通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

目的:分析剥脱综合征(XFS)患者房水蛋白质的表达差异。方法:收集2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟行手术治疗的维吾尔族年龄相关性白内障患者和XFS伴白内障患者各10例，分别作为白内障组和XFS组。术中借助超声乳化手术通道吸取前房中部50～100 μl房水。通过非标记定量蛋白质组学质谱分析技术对房水中提取的蛋白进行分析，以白内障组作为对照组，并根据 P<0.05、差异倍数>1.5的标准筛选得到XFS组的差异表达蛋白。通过基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析来探讨XFS组差异表达蛋白的功能及调控信号通路。 结果:与白内障组相比，XFS组共鉴定出25个差异表达蛋白，这些蛋白主要涉及细胞黏附、受体、水解酶、分子运输等。表达下调的蛋白有14个，包括补体H因子相关蛋白1(CFHR1)、内质网分子伴侣BiP(HSPA5)、双糖链蛋白多糖(BGN)、FRAS1相关的细胞外基质蛋白2(FREM2)、血红蛋白亚基δ(HBD)、血红蛋白亚单位γ1(HBG1)、棕榈酰蛋白水解酶2(PPT2)等。表达上调的蛋白有11个，包括转化生长因子结合蛋白2(LTBP2)、极低密度脂蛋白受体、层粘连蛋白亚基α2(LAMA2)、凝血因子Ⅸ(F9)等。其中，FREM2为XFS组差异表达最显著的蛋白，其在XFS组个体样本中表达水平基本一致。GO分析显示，这些差异蛋白主要定位于胶原蛋白的细胞外基质、结合珠蛋白－血红蛋白复合物、血浆脂蛋白颗粒和溶酶体腔；分子功能和生物学过程显示，HBD和HBG1参与细胞解毒过程，PPT2参与水解酶活性，BGN和LTBP2参与糖胺聚糖结合。KEGG信号通路分析显示，CFHR1和F9参与补体和凝血级联通路；FREM2和LAMA2参与细胞外基质相互作用通路。结论:XFS的进展可能与细胞外基质蛋白的改变、血－房水屏障破坏以及潜在的炎症反应有关。显著下调的FREM2可能作为XFS潜在的生物学标志物。

目的:探讨多西紫杉醇（Doc）诱导的多倍体非小细胞肺癌细胞模型的增殖及凋亡特性，分析多倍体肿瘤细胞在化疗耐药及肿瘤复发中的潜在作用。方法:使用二甲基亚砜（DMSO）或1 μmol/L Doc处理非小细胞肺癌A549细胞24 h，撤除药物后继续在完全培养液中培养至第3天或第5天，分别记为对照组、Doc 24 h组、Doc 24 h+3 d组、Doc 24 h+5 d组。免疫荧光染色法检测细胞形态，流式细胞术检测细胞倍性和细胞周期，Dil标记法、CFSE标记法检测细胞增殖状况，Annexin-V/PI双标记流式细胞术检测细胞凋亡情况，蛋白质印迹法检测细胞周期蛋白及凋亡蛋白变化。结果:免疫荧光染色结果显示，与对照组相比，Doc 24 h组小部分存活细胞的体积略有增大，细胞呈多核状态；Doc 24 h+3 d组和Doc 24 h+5 d组细胞体积继续增大，细胞核仍呈多核状态。细胞倍性分析结果显示，对照组多倍体细胞亚群比例为（3.40±0.95）%，Doc 24 h组为（20.80±2.87）%，Doc 24 h+3 d组为（55.67±3.85）%，Doc 24 h+5 d组为（76.20±2.51）%，随着撤药时间的延长，多倍体细胞亚群比例增高，差异具有统计学意义（ F=478.054， P<0.05）。Doc 24 h组G 1期、S期细胞亚群比例低于对照组，G 2/M期细胞亚群比例高于对照组，差异均具有统计学意义（均 P<0.05）。对照组、Doc 24 h组、Doc 24 h+3 d组、Doc 24 h+5 d组细胞中cdc2、P-cdc2（Thr14）、P-cdc2（Tyr15）、P-cyclin B1（Ser128）、P-cyclin B1（Ser147）蛋白表达水平依次下调，cyclin B1蛋白表达水平依次上调，cdc25c蛋白在Doc 24 h+3 d组、Doc 24 h+5 d组中表达水平下调。Dil染色结果显示，Doc 24 h组、Doc 24 h+3 d组、Doc 24 h+5 d组细胞标记的Dil荧光均未明显减弱。CFSE染色结果显示，随着撤药时间的延长，多倍体A549细胞标记的CFSE的荧光强度未发生明显改变。Annexin-V/PI双染色流式细胞术检测结果显示，与对照组相比，Doc 24 h组凋亡细胞亚群比例升高（ P<0.05），Doc 24 h+3 d组和Doc 24 h+5 d组凋亡细胞亚群比例较Doc 24 h组降低（均 P<0.05），但与对照组比较差异无统计学意义（ P>0.05）。蛋白质印迹法检测结果显示，对照组、Doc 24 h组、Doc 24 h+3 d组、Doc 24 h+5 d组细胞中抗凋亡蛋白bcl-xl和mcl-1表达依次上调，Doc 24 h组、Doc 24 h+3 d组细胞中促凋亡蛋白bax和bak表达上调，但在Doc 24 h+5 d组细胞中表达下调。 结论:Doc体外能够诱导非小细胞肺癌A549细胞多倍体的形成；可使A549细胞周期阻滞在G 2/M期；Doc作用后，A549细胞增殖能力明显降低，细胞凋亡能力增强，但随着撤药时间延长，凋亡抵抗发生，相应的促凋亡蛋白和抗凋亡蛋白表达水平变化显著。这些特性可能有助于多倍体肿瘤细胞产生化疗干预后的耐药性及肿瘤复发。

目的:探究膝关节骨性关节炎(OA)患者来源病变区域软骨细胞(OA-L-CH)分泌的细胞外囊泡(OA-L-CH-EVs)对非病变区域软骨细胞的OA发展的影响机制。方法:软骨细胞来源于郑州大学第一附属医院10例因OA需行膝关节置换术的患者，提取病变区域(OA-L-CH)和非病变区区域(OA-NL-CH)软骨细胞进行传代培养，运用差速离心法＋超速离心法提取EVs OA-L-CH，用蛋白质印迹法(Western blot)检测p65和p38在OA-NL-CH和OA-L-CH中的表达水平。将OA-NL-CH与EVs OA-L-CH共培养作为实验组，对照组(OA-NL-CH)加入等量的磷酸盐缓冲液(PBS)，分别用细胞计数试剂盒(CCK-8)和半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶法(Caspase)-3/7检测EVs OA-L-CH对正常软骨细胞的增殖、凋亡的影响。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测软骨合成基因和炎性因子基因表达，采用免疫荧光检测(IF)检测实验组的p-p65和p-p38 MAPK磷酸化水平。采用单因素方差分析和 t检验进行统计学分析。 结果:电子显微镜下可观察到提取物为粒径范围在50～200 nm、大小不等的膜性囊泡结构，Western blot结果显示提取物表达CD9、CD63标志蛋白。镜下可见PKH26标记后的EVs被摄取到软骨细胞内。Western blot结果显示，EVs OA-L-CH促进p38MAPK和p65核因子-κB(NF-κB)的磷酸化。CCK-8法检测软骨细胞的实验组(0.58±0.13)增殖活性明显低于对照组(1.0， t＝5.889， P<0.01)。Caspase-3/7检测实验组(1.33±0.19)的细胞凋亡数量高于对照组(1.0， t＝2.931， P<0.05)。RT-PCR检测结果显示实验组[B细胞淋巴瘤/白血病-2(bcl-2](0.65±0.09)、ACAN(0.80±0.12)、Sox9(0.77±0.14)软骨合成基因的表达明显低于对照组(bcl-2，1.0， t＝7.591， P<0.001；ACAN，1.0， t＝3.494， P<0.05；Sox9，1.0， t＝3.081， P<0.05)，实验组(1.19±0.15)炎性因子基因白细胞介素(IL)-1B表达明显高于对照组(1.0， t＝2.477， P<0.05)。免疫荧光检测p38(实验组2.33±0.58，对照组1.0， t＝3.954， P<0.01)、p65(实验组6.85±1.54，对照组1.0， t＝6.564， P<0.001)磷酸化水平比较差异均有统计学意义。 结论:OA患者来源的软骨细胞可以通过上调IL-1R1的表达加快OA发展。

目的:观察病理性近视（PM）患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法:横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科医院收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中，男性11例，女性21例；年龄58~76岁，平均年龄（68.41±6.09）岁。将合并PM的16例作为PM组，不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析，得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果:两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质，其中101个蛋白存在差异表达，包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示，5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御／免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明，PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论:PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化，这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:探讨基于定量蛋白质组学串联质谱标签（TMT）技术筛选糖尿病足皮肤抗菌肽的可行性和价值。方法:收集2017年4月至2018年12月在东南大学附属中大医院行清创手术的糖尿病足患者的下肢溃疡周围皮肤全层和同期行其他手术非糖尿病患者的下肢皮肤全层标本各3例患者标本。利用TMT技术分别对上述标本进行蛋白组学分析，筛选出发生显著变化的差异蛋白。搜索UniProt-GOA数据库对鉴定到的差异蛋白生物学作用阐释。以鉴定到的蛋白为背景，利用Fisher精确检验法评价差异表达蛋白。利用InterPro数据库分析差异表达蛋白功能结构域的富集情况。结果:共发现133个差异蛋白，其中表达上调和下调的蛋白分别为101个和32个。基因本体（GO）富集分析表明，在蛋白生物学过程中最显著富集的过程为对细菌的防御过程，其次为抗菌体液反应过程。共有19个蛋白涉及对细菌的防御反应过程，其中18个蛋白发生了上调，1个蛋白发生了下调。差异蛋白上调倍数达4倍以上的共有8个，分别为蛋白为溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12。共有8个蛋白涉及抗菌体液反应过程，其中7个蛋白与对细菌的防御反应中涉及的蛋白重叠。通过蛋白互作分析显示，差异表达的抗菌反应蛋白形成了一个包含14个节点和34条边的复杂调控网络，平均节点度为4.86，聚类系数为0.652。结论:通过TMT标记蛋白组学技术发现，参与对细菌的防御反应及抗菌体液免疫反应的差异蛋白，如溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12，有望成为治疗糖尿病足感染的新靶点。

环状RNA(circRNA)是一类反向剪切、由下游剪接供体与上游剪接受体相连接，形成一个共价闭合环路结构的非编码RNA。它既没有5′-7甲基鸟嘌呤的帽结构，也没有3′-腺苷酸尾结构，不被核酸外切酶水解，在细胞、组织、唾液及外泌体中稳定存在。circRNA可以通过"海绵"miRNA直接参与基因转录、转录后及剪接过程，可作为模板直接翻译成多肽或蛋白质等发挥作用。近年来的研究发现，circRNA在非小细胞肺癌的发生与发展中发挥重要作用，可能成为非小细胞肺癌诊断、治疗及预测预后的生物标志物。