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线粒体核糖体蛋白五肽重复结构域3在前列腺癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:探讨五肽重复结构域3(PTCD3)在前列腺癌(PCa)中的表达及其临床意义。方法:下载癌症基因组图谱数据库PCa数据集,利用R语言包"ggsignif"、"survival"、"clusterProfiler"和"GSVA"分析PTCD3在PCa组织中的表达量及其与PCa患者临床特征和生存预后以及其发挥作用的相关机制;构建干扰PTCD3表达的PCa细胞株DU145,分别为空白组(DU145 si-NC)和干扰组(DU145 si-PTCD3),利用细胞增殖-毒性检测试剂盒、细胞体外侵袭实验和海马实验检测细胞的增殖、侵袭能力和线粒体功能。组间分析采用独立样本 t检验。 结果:PTCD3在PCa组织表达增多(PCa比良性前列腺为2.546±0.306比2.443±0.236, P<0.01)。PTCD3在PCa组织中的高表达与高Gleason评分(Gleason评分≥8分比Gleason评分<8分为2.631±0.324比2.485±0.277, P<0.01),肿瘤转移(转移比非转移为2.637±0.356比2.526±0.291, P<0.01)和高临床分期(≥T3A比
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编辑人员丨1天前
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pks +肠杆菌科细菌致病性的研究进展
编辑人员丨1天前
pks基因岛是编码非核糖体肽合成酶(NRPS)、聚酮合成酶(PKS)和NRPS/PKS杂合酶的基因组岛。pks基因岛主要存在于肠杆菌科细菌中,最常存在于B2群大肠埃希菌中,并常与其他毒力因子共存。pks +大肠埃希菌能合成基因毒素colibactin,诱导细胞中的DNA双链断裂和染色体不稳定,导致细胞衰老或死亡。因此,pks +大肠埃希菌与结直肠肿瘤、脑膜炎、败血症等疾病的发生密切相关。流行病学研究也证实了pks +大肠埃希菌与多种疾病相关。除了基因毒性外,pks +大肠埃希菌也具有抗炎、镇痛和抗菌等积极作用。因此,pks +大肠埃希菌具有复杂的生物学作用。然而,pks +大肠埃希菌致病机制仍未完全清晰。本文描述了pks基因岛的概况及其在肠杆菌科细菌中的流行情况,并对pks +大肠埃希菌的生物学作用进行了概述,以期为进一步研究提供参考。
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编辑人员丨1天前
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基于数据非依赖采集的蛋白质组学技术研究后纵韧带骨化差异表达蛋白
编辑人员丨1天前
目的:寻找颈椎后纵韧带骨化(OPLL)患者骨化后纵韧带组织与邻近未骨化的后纵韧带组织的差异表达蛋白,探讨OPLL发生的病理生理学机制。方法:选取5例2018年1至3月在北京大学第三医院骨科接受颈椎前路减压手术的颈椎OPLL患者,手术中切除的骨化的后纵韧带组织作为OPLL组,手术中切除的临近未骨化的后纵韧带组织作为对照组,采用基于数据非依赖采集的蛋白质组学技术筛选差异表达的蛋白,通过文献查询明确差异表达蛋白功能,找到在OPLL发生发展中起作用的蛋白质。结果:OPLL组与对照组相比,共有9个蛋白有差异表达(差异倍数≥2和 P<0.05),在骨化后纵韧带组织中的表达均上调,主要与核苷酸转运与代谢、细胞外结构、翻译、核糖体结构与生物发生、一般功能预测、信号转导机制等相关。文献查询后发现其中5个蛋白的功能可能与OPLL的发生发展相关,包括胶原α-1(Ⅱ)链(COL2A1)、基质Gla蛋白(MGP)及信号肽、CUB和EGF-样结构域包含蛋白1(SCUBE1)、骨调节蛋白(OMD)、成纤维细胞生长因子结合蛋白2(FGFBP2)。 结论:本研究筛选到的与OPLL相关的差异表达蛋白,对OPLL病理生理学研究及其生物标志物的发现提供了基础。
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编辑人员丨1天前
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原发性干燥综合征患者肠道菌群特征与外周血淋巴细胞的关系
编辑人员丨1天前
目的:通过检测pSS患者粪便中菌群种类及分布情况,探究肠道菌群变化及其代谢特征与患者淋巴细胞亚群的关系及其在pSS发生、发展中的潜在作用。方法:收集2019年1月至2020年1月在山西医科大学第二医院风湿免疫科住院治疗的101例pSS患者以及以及在山西省人民医院同期健康体检中心体检的101名年龄、性别匹配的健康对照(HC)的粪便样本,进行16s rDNA扩增子分析。采用R软件4.0.3进行统计学分析。Wilcoxon检验及相似性分析(ANOSIM)比较2组间Alpha多样性及Beta多样性。采用 t检验进行差异菌群分析。同时通过流式微球分析技术检测pSS患者外周血淋巴细胞亚群水平,并利用Pearson相关分析淋巴细胞亚群、ESR、CRP、唾液基础流率和刺激后流率等临床指标与特征菌群的关系。 结果:与HC相比,pSS患者的肠道菌群丰富度(Chao1指数、ACE指数)和多样性(Shannon指数、Simpson指数)受损,整体肠道微生物群组成差异有统计学意义(ANOSIM, r=0.09, P=0.001)。在门水平上,pSS患者厚壁菌门水平相对丰度减少,变形菌门的相对丰度增加。在属水平上,pSS中大肠杆菌-志贺菌属( P<0.001)、乳酸杆菌( P<0.001)、双歧杆菌( P<0.001)、罕见小球菌( P<0.001)、另枝菌属( P<0.001)、产粪甾醇真杆菌( P=0.002)比例增高;粪杆菌属( P<0.001)、普氏菌属( P<0.001)、罗氏菌属( P<0.001)、巨单胞菌属( P<0.001)、无杆菌属( P<0.001)、毛螺菌属( P<0.001)、毛螺菌属NK4A136( P=0.006)、挑剔真杆菌( P<0.001)比例明显降低。PICRUST分析显示pSS患者中氨基酸代谢如牛磺酸和亚牛磺酸代谢( P<0.001)、脂肪酸代谢如丙酸代谢( P<0.001)、谷胱甘肽代谢( P=0.002)、硫辛酸代谢( P=0.002)、脂多糖合成( P=0.003)、非核糖体肽合成酶介导的铁载体生物合成( P=0.005)、氨基苯甲酸酯降解( P=0.002)等途径被富集。Pearson相关结果显示,HC和pSS 2组间具有不同丰度的关键菌群,这些关键菌与基础唾液流率、Th17细胞及Treg细胞的绝对数量密切相关。 结论:肠道微生物菌群的失调和代谢的改变会导致宿主免疫细胞的稳态发生变化,这可能与pSS的发生发展密切相关。
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编辑人员丨1天前
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环状RNA编码多肽或蛋白质在人类恶性肿瘤增殖机制中的作用
编辑人员丨1天前
环状RNA由于5'帽状结构的缺失一直被认为是非编码RNA,不具有编码蛋白或多肽的功能。随着高通量转录组测序、核糖体测序等技术的进展,研究发现环状RNA的序列中存在短开放阅读框和内部核糖体进入位点,具有编码多肽或蛋白质的能力,并在胶质瘤、肝细胞癌、胃癌、乳腺癌、结肠癌等恶性肿瘤增殖中发挥重要作用。现通过综述环状RNA编码功能,分析其编码产物-多肽或蛋白质在人类恶性肿瘤增殖机制中的作用。
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编辑人员丨1天前
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环状RNA编码蛋白在疾病发生机制中的作用研究进展
编辑人员丨1天前
随着研究的进展,非编码RNA被发现突破了传统的定义,可通过编码序列元件,与核糖体结合,直接编码功能性蛋白。circRNA编码蛋白的功能在非编码RNA中研究最为广泛。本研究以"circRNA"、"encode"和"translation"作为关键词,对PubMed以及Web of Science数据库进行检索,对文献进行筛选和引用检索,对circRNA的翻译机制、相关研究方法以及与疾病的相关性进行综述。circRNA可通过非帽依赖途径翻译蛋白质。多种分子技术、尤其是蛋白质谱分析对circRNA编码蛋白独特肽段的鉴定,对于证实circRNA编码蛋白的存在具有重要的价值。CircRNA编码蛋白参与消化、神经、泌尿、乳腺等多个系统疾病的调控,具有成为疾病诊断和治疗新靶标的潜力。本文对circRNA翻译领域的理论基础、现有实验方法和疾病相关研究进行了全面的归纳,为后续的诊断和治疗靶标开发提供了线索。
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编辑人员丨1天前
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胃肠神经内分泌肿瘤及其肝转移相关差异表达蛋白的蛋白质组学分析
编辑人员丨1天前
目的:探究胃肠神经内分泌肿瘤(GI-NENs)原发灶与相应瘤旁组织及肝转移灶中的蛋白表达差异。方法:选取2015年7月至2019年4月于中国医学科学院肿瘤医院手术治疗的9例GI-NENs伴肝脏转移患者的原发灶、肝转移灶组织及相应瘤旁组织,采用数据非依赖性采集(DIA)技术检测其蛋白表达,以 P<0.05且|log 2FC|>0.5(FC为差异倍数)作为判定标准,明确原发灶与相应瘤旁组织、原发灶与肝转移灶、不同分化程度原发灶、不同分化程度肝转移灶的差异表达蛋白。对差异表达蛋白进行火山图分析、聚类分析、基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。 结果:相对于瘤旁组织,胃NENs原发灶中有85种蛋白表达下调,42种蛋白表达上调,差异表达蛋白主要富集在三磷酸鸟苷酶活性调控和脱氧核糖核苷单磷酸盐分解代谢相关的生物过程、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素和泛酸盐与CoA生物合成信号通路。肠NENs原发灶中有114种蛋白表达下调,155种蛋白表达上调,差异表达蛋白主要富集在谷胱甘肽代谢和硫化合物代谢相关的生物过程、收集导管酸分泌和牛磺酸、次牛磺酸代谢信号通路。相对于神经内分泌癌(NECs)原发灶,G1~2分化原发灶中有168种蛋白表达下调,278种蛋白上调,差异表达蛋白显著富集在DNA代谢和DNA复制的生物学过程,以及复制和错配修复等通路。相对于NECs转移灶,G1~2分化转移灶中有95种蛋白表达下调,97种蛋白表达上调,差异表达蛋白显著富集到转录共激活子的活性和催化活性功能、碱基切除修复和蛋白外排通路。相对于G1分化的原发灶,G1分化的转移灶中有530种蛋白表达下调,211种蛋白表达上调。相对于G2分化的原发灶,G2分化的转移灶中有53种蛋白表达下调,96种蛋白表达上调。相对于NECs原发灶,NECs转移灶中有109种蛋白表达下调,92种蛋白表达上调。G1和G2分化的GI-NENs原发灶与转移灶差异表达蛋白富集的信号通路中有多条相似,而GI-NECs原发灶与转移灶差异表达蛋白富集的信号通路中只有1条与GI-NENs原发灶与转移灶差异表达蛋白富集的信号通路相同,即药物代谢信号通路。G1分化的原发灶与转移灶差异表达蛋白主要表达于细胞质(20.26%)、线粒体(18.67%)和细胞核(15.48%)。G2分化的原发灶与转移灶差异表达蛋白主要表达于细胞质(20.24%)、细胞核(18.25%)和细胞膜(15.08%)。NECs原发灶与转移灶差异表达蛋白主要表达于细胞核(23.78%)、细胞质(22.7%)和细胞膜(11.35%)。结论:不同部位和分化程度的GI-NENs原发灶、瘤旁组织及转移灶中蛋白表达差异明显。
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编辑人员丨1天前
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circRNA翻译多肽应用及工程化制备的研究进展
编辑人员丨2024/8/10
环状 RNA(circular RNA,circRNA)是一类非编码 RNA,多由外显子环化产生[1],具有丰度高,高度保守的特点.既往研究认为,cricRNA能够竞争性结合miRNA(microRNA)和蛋白,从而抑制其功能[1];circRNA能够调节其宿主基因的转录效率,或者作为假基因形成的来源[2].近期研究发现,circRNA能够与真核细胞的核糖体结合,启动翻译生成多肽,激活参与多种信号通路影响生物学功能.
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编辑人员丨2024/8/10
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贝莱斯芽孢杆菌生防次级代谢产物研究进展
编辑人员丨2024/4/27
贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)是生防芽孢杆菌中的重要代表,作为微生物农药的核心菌种,已被广泛应用于作物病害生物防治.贝莱斯芽孢杆菌具有植物内生性,其生防作用机制主要包括产生次级代谢产物对抗植物病原物;改善宿主植物根际微生物群落,促进宿主营养和生长;激发宿主植物产生防御反应,诱导植物获得系统抗性.其中,产生次级代谢产物是其最重要的生防作用机制.贝莱斯芽孢杆菌含有多个编码生物合成次级代谢产物的基因簇,其中包括编码聚酮化合物合酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇,同时存在核糖体途径合成次级代谢产物基因簇.通过非核糖体途径可产生脂肽类化合物、聚酮类化合物、二肽和铁载体;通过核糖体途径产生小菌素、细菌素、羊毛硫抗生素.这些具有生物活性的次级代谢产物成为了天然新药和候选抗生素的储存库,对于解析生防菌作用机制具有重要意义.本文综述了贝莱斯芽孢杆菌的命名与更迭,产生次级代谢产物的类型、合成与调控基因以及靶标病原菌,以期为生防菌株的改良和生物农药的研发提供参考.
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编辑人员丨2024/4/27
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2型糖尿病心肌病患者血清LncRNA KCNQ1OT1、miR-181a-5p表达及其与左心功能的相关性研究
编辑人员丨2024/4/27
目的:探讨2型糖尿病心肌病(T2DCM)患者血清长链非编码核糖核酸KCNQ1OT1(LncRNAKCNQ1OT1)、微小核糖核酸-181a-5p(miR-181a-5p)表达水平及其与左心功能的相关性.方法:选择2021年6月至2023年6月华中科技大学同济医学院附属同济医院收治的T2DCM患者80例作为T2DCM组,单纯2型糖尿病(T2DM)患者80例作为T2DM组,另选取同期体检健康者80例作为健康对照组.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测并比较三组血清LncRNA KCNQ1OT1、miR-181a-5p表达水平.Pearson相关性分析法分析血清LncRNAKCNQ1OT1、miR-181a-5p表达与左心功能相关指标[二尖瓣早期血流速度峰值/左侧壁二尖瓣环早期峰值速度均值(E/e')、左心室舒张末期内径(LVEDD)、左室射血分数(LVEF)、Tei指数、左心室收缩末期内径(LVESD)、二尖瓣早期血流速度峰值/晚期血流速度峰值(E/A)]的相关性.结果:T2DCM组体质指数(BMI)、空腹血糖(FBG)、空腹胰岛素(FINS)、B型脑肽钠(BNP)、肌酸激酶(CK)、总胆固醇(TC)、糖化血红蛋白(HbAlc)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)高于健康对照组(P<0.05);T2DCM 组 BNP、CK、TC、LDL-C 高于 T2DM 组(P<0.05)o T2DCM组血清miR-181a-5p表达水平低于T2DM组、健康对照组(P<0.05);T2DCM组血清LncRNA KCNQ1OT1表达水平高于T2DM组、健康对照组(P<0.05).T2DCM组LVEDD、LVESD、E/e'、Tei指数高于T2DM组、健康对照组(P<0.05),LVEF、E/A低于T2DM组、健康对照组(P<0.05)o T2DCM患者血清LncRNA KCNQ1OT1与LVEDD、LVESD、E/e'、Tei指数呈正相关(P<0.05),与 E/A、LVEF、miR-181a-5p 呈负相关(P<0.05);血清 miR-181a-5p 与 LVEDD、LVESD、E/e'、Tei 指数呈负相关(P<0.05),与E/A、LVEF呈正相关(P<0.05).结论:T2DCM患者血清LncRNA KCNQ1OT1表达水平升高,miR-181a-5p表达水平降低,可能参与左心功能损伤过程.
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编辑人员丨2024/4/27
