目的:筛选大鼠肠道和呼吸道共有差异菌群和差异代谢物，分析大鼠肠道菌群和代谢物的变化在大鼠尘肺病进展中可能的作用。方法:于2020年4月，将18只SD大鼠随机分为3组（对照组、煤矿粉尘组和二氧化硅组，每组各6只）。煤矿粉尘组和二氧化硅组大鼠采用非气管暴露法分别灌注1 ml 50 mg/ml煤矿井下粉尘悬浊液和二氧化硅悬浊液，对照组大鼠灌注同等剂量灭菌生理盐水。染尘24周后采集大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液。采用16SrDNA基因测序技术和UHPLC-QTOF-MS非靶向代谢组学技术检测各组大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液中菌群和代谢物，筛选肠道和呼吸道共有差异菌群和共有差异代谢物。并采用Spearman法对差异菌群和代谢物进行相关性分析。结果:与对照组比较，煤矿粉尘组门水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌群，属水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌属，主要为厚壁菌门、放线菌门、链球菌属、乳杆菌属；与对照组比较，二氧化硅组门水平下共筛选到9种共有差异菌群，属水平下共筛选到5种共有差异菌群，主要为变形菌门、放线菌门、异杆菌属、粘液杆菌属。与对照组比较，煤矿粉尘组共筛出7种共有差异代谢物，标桩菌素、芳樟醇氧化物和异亮氨酸-亮氨酸在肠道和呼吸道中均上调；二氧化硅组与对照组比较，共筛出19种共有差异代谢物，其中二乙醇胺、1-氨基环丙烷羧酸、异亮氨酸-亮氨酸、鞘氨醇、棕榈酸、二氢鞘氨醇、1，2-二油酰基-sn-甘油-3-磷脂酰胆碱、1-硬脂酰-2-油酸甘油酯磷酸化胆碱在肠道和呼吸道中均上调。结论:尘肺病大鼠肠道和呼吸道菌群存在移位现象，大鼠在尘肺病进展过程中存在脂质代谢失衡。

目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（ W = 290， P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（ W = 663， P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群： R = 0.0052， P = 0.331；真菌菌群： R = 0.0036， P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均 P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

目的:探讨女性泌尿道宿主、环境、微生物菌群间的关系及宿主反应性变化，证明泌尿道存在特征性菌群；探讨菌群变化与尿路感染的关系，对尿路感染诊疗产生观念性改变。方法:临床资料收集于2018年2月至2018年3月期间，应用16SrRNA基因测序对健康绝经后(A组，5例)、健康育龄期(B组，5例)及尿路感染的绝经后女性(C组，14例)尿液进行菌群测定，分析泌尿道菌群结构和组成的多样性及差异性。结果:女性尿液中包含种类繁多的微生物菌群，构成多样化，个体差异明显，一般以一种或两种菌种占优势，健康育龄期、绝经后女性组优势菌种主要为乳酸杆菌属、加德纳菌属及鞘氨醇单胞菌属，而鞘氨醇单胞菌属在尿路感染绝经后女性组丰度则明显下降；同时，尿路感染组优势菌群主要为肠杆菌科及乳酸杆菌属，且肠杆菌科丰度明显高于另外两组；而乳酸杆菌属丰度水平在健康育龄期组则明显高于绝经后两组。结论:女性泌尿道菌群以乳酸杆菌属为优势菌，绝经后尿路感染女性泌尿道菌群表现为乳酸杆菌属、鞘氨醇单胞菌属显著减少及肠杆菌科丰度增加，提示这可能是引起绝经后妇女尿路感染发病率升高的重要原因，为诊断尿路感染及非抗菌素手段治疗尿路感染提供思路。

以白头叶猴粪便为材料分离到一株不形成芽孢、可产黄色色素的细菌,革兰氏染色为阴性,接触酶阳性,经形态学观察和分子生物学鉴定为Sphingobacterium daejeonense NS6-1.NS6-1 不能水解淀粉,但能降解肝素,肝素酶酶活为46.60 U/mL,当添加100 mmol/L的Ca2+为辅助剂时肝素酶活性可达107.29 U/mL.通过K-B纸片琼脂扩散法检测菌株对几种常规药物的敏感性,发现NS6-1对卡那霉素和庆大霉素耐药,对利福平、四环素、多黏菌素B、氧氟沙星、头孢哌酮和万古霉素敏感.基于Illumina Hiseq 4000 平台对NS6-1 进行全基因组序列测定,结果显示其基因组大小为 4381042 bp,GC含量为 37.21%,预测到的蛋白质编码基因数为 3852 个.功能基因注释结果显示,基因组中含 1 个编码肝素酶Ⅱ/Ⅲ基因,1 个氨基糖苷类抗生素耐药功能基因以及 1 个与芳香烃化合物降解相关的邻苯二酚 1,2-双加氧酶基因.利用antiSMASH预测到 6 个次级代谢产物生物合成基因簇,其中,2 个为类胡萝卜素合成基因簇,1 个为高分子表面活性剂emulsan合成基因簇.综上,NS6-1 具有肝素类物质降解能力以及潜在的石油降解能力和类胡萝卜素合成能力.以上结果为该菌的后续研究及实际应用奠定了理论基础.

[背景]加工番茄为新疆种植红色产业重要的作物之一,加工番茄生产中存在传统配料过度施用的问题,"生物肥"逐渐受到人们关注.[目的]探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,激发根际土壤功能性微生物种群的变化,为未来微生物菌剂的开发利用提供理论和实践基础.[方法]加工番茄根际施加微生物混合菌剂,测定加工番茄生长发育期间的农艺性状,探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,利用 16S rRNA基因扩增子分析技术,探究混合菌剂对根际微生物的群落组成及群落结构的影响.[结果]经过混合菌剂处理后,加工番茄的一些生长状况指标、果实重量、单株结果数及果实含糖量等性状得到改良,影响了果实的品质;施加混合菌剂激发土壤微生物的种群数量、群落组成和群落结构的改变,其中放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度提高,相关性分析表明对加工番茄生长产生了影响.[结论]加工番茄根际施用特基拉芽孢杆菌C-9 与鞘氨醇杆菌A1 制备的水分散混合菌剂,对加工番茄根际功能性微生物群落结构产生影响,一些功能性微生物的相对丰度提高,混合菌剂施加促进了根际微生物与植物的相互作用,使得加工番茄果实品质得到改良.

目的 探讨骨质疏松症患者膳食纤维摄入量对肠道菌群组成和结构变化的影响.方法 选取 2022 年 9 月至12 月于广西医科大学第一附属医院 72 例初诊骨质疏松症的患者.通过半定量食物频率调查问卷和中国营养食物成分表第六版获取膳食纤维摄入量信息.根据膳食纤维中位摄入量分为:高膳食纤维组(≥11.92 g/d,n= 36)及低膳食纤维组(<11.92 g/d,n=36).使用 Illumina MiSeq测序平台进行16S rRNA基因高通量测序,运用R语言和Qiime程序对测序结果进行物种注释和菌群结构差异分析.结果 两组样本Beta多样性差异有统计学意义(P=0.007).LefSe分析结果显示,变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科是低膳食纤维组相对丰度显著增加的菌群,Agathobacter和缠结真杆菌是高膳食纤维组相对丰度显著增加的菌群.广义线性回归模型结果显示,与膳食纤维摄入水平正相关的肠道菌群包括厚壁菌门、疣微菌门、梭杆菌门、疣微菌纲、疣微菌目、梭杆菌目、阿克曼氏菌科、乳酸乳球菌、Agathobacter、阿克曼氏菌属、脆弱类杆菌和梭杆菌属;与膳食纤维摄入水平负相关的属或种水平的肠道菌群包括变形菌门、γ-变形菌纲、乳杆菌目、鞘氨醇杆菌目、气球菌科和大肠埃希氏菌.肠道菌群与血清骨代谢标志物的相关性分析显示β-CTx与疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、阿克曼氏菌科和阿克曼氏菌属呈显著负相关(P<0.05),与大肠杆菌呈显著正相关(P<0.05).PINP与埃氏拟杆菌呈显著正相关(P=0.030).结论 较高的膳食纤维摄入量可能通过改变肠道菌群的结构组成从而对骨质疏松症的疾病进程产生积极影响,适量补充膳食纤维可能是未来营养干预防治骨质疏松的潜在途经之一.

目的 为了探究补土雅解方对抗生素相关性腹泻大鼠的肠道屏障调节作用.方法 60只SD雄性大鼠,随机分为空白组、模型组、阳性药组(1 g·kg-1),补土雅解方高、中、低剂量组(40.5、20.25、10.125 g·kg-1).采用盐酸林可霉素(5 g·kg-1)灌胃法复制模型,连续7天.造模成功后,进行药物干预7天后取材.HE染色观察肠道病理形态;ELISA试剂盒检测DAO、MPO、LPS;取各脏器组织检测细菌移位;收集粪便进行16S rRNA基因高通量测序分析.结果 与正常组相比,模型组大鼠血清中DAO、MPO、LPS含量显著提高(P<0.001、P<0.01),肠道黏膜上sIgA含量明显下降(P<0.001),促进肠道细菌移位(P<0.001、P<0.01).肠道菌群多样性明显降低,肠道微生物门、属水平均发生明显变化.补土雅解方可降低DAO、MPO、LPS含量(P<0.001、P<0.01、P<0.05),显著提高sIgA含量(P<0.01、P<0.05),有效抑制肠道细菌移位(P<0.001、P<0.01、P<0.05).同时其通过升高厚壁菌门,抑制拟杆菌门和变形菌门比例,以及调控乳酸菌属、鞘氨醇单胞菌属、绿脓杆菌属、肠杆菌属来纠正肠道微生态结构.结论 补土雅解方能够降低肠道黏膜通透性、减少肠道菌群移位、保护肠道免疫屏障、调节肠道菌群结构的多样性、改善肠道微生态紊乱,可有效治疗抗生素相关性腹泻.

对同一栽培环境下不同附生基质金钗石斛根际微生物的多样性和差异性进行了研究,以明确基质对其根际微生物的影响.运用高通量测序技术对石质和木质两类5种附生基质的金钗石斛根际微生物进行16S和ITS测序,结合OTU分析、Alpha多样性分析和主成分分析对金钗石斛根际微生物的多样性和差异性进行比较研究.共鉴定了细菌56个门,112个纲,275个目,377个科,621个属;真菌13个门,47个纲,123个目,273个科,503个属.石质基质金钗石斛真菌优势菌属为unidentified_Cantharellales_sp菌属,细菌优势菌属为鞘氨醇单胞菌属、粪杆菌属、unidenti-fied_Chloroplast菌属;木质基质金钗石斛真菌优势菌属为unidentified_Cantharellales_sp菌属、粉褶菌属,细菌优势菌属为粪杆菌属.石质基质较木质基质真菌物种相对丰度差异较大,优势菌属种类不同.功能预测分析表明,附生基质与金钗石斛根际微生物群落功能密切相关.本研究为金钗石斛"基质-根际微生物-菌根真菌"的相关性及其生长发育、次生代谢产物积累规律提供了实验依据,为石斛"生石上者胜"、金钗石斛栽培基质的合理选择提供依据.

为了探明柞蚕(Antheraea pernyi)卵与赤眼蜂(Trichogramma)之间内共生菌的相互联系,通过 16S rRNA高通量测序技术对赤眼蜂和柞蚕卵的内共生菌多样性及相对丰度进行了测定,并通过KEGG和COG分析了内共生菌生物群落代谢途径差异,预测了生物群落蛋白功能.结果表明,柞蚕卵内共生菌物种丰度在各级分类单元上均高于赤眼蜂,二者共有内共生菌为肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌(Pseudomonas)、泛菌属(Pantoea)、埃希氏杆菌-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、芽胞杆菌属(Bacillus)和鞘氨醇单胞菌属(Sphin-gomonas),除芽胞杆菌属隶属于厚壁菌门(Firmicute)外,其他均隶属于变形菌门γ-变形菌纲(γ-proteobacte-ria).就相对丰度而言,赤眼蜂体内葡萄球菌属(Staphylococcus)分布量最高,而柞蚕卵内不动杆菌属(Acineto-bacter)分布量最高.KEGG代谢途径差异分析表明,微生物群落功能主要为氨基酸和碳水化合物代谢,但不同代谢功能的强弱有差异.COG生物群落蛋白功能预测表明,赤眼蜂内共生菌群落蛋白质的氨基酸转运代谢功能显著强于柞蚕卵,但是柞蚕卵内共生菌群落蛋白的脂质转运代谢功能和信号传导功能显著强于赤眼蜂.尽管赤眼蜂和柞蚕卵内共生菌的丰度和多样性有差异,但二者存在多种共有共生菌,这些共有共生菌为次生共生菌,参与了赤眼蜂和柞蚕卵的氨基酸代谢功能、碳水化合物代谢功能以及胞膜转运功能等,因此可能在柞蚕卵和赤眼蜂之间进行平行传递.