近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视.传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低.随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程.由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础.

肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

目的:探讨宏基因组高通量测序（mNGS）所揭示的感染谱特征，为异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后感染诊断提供参考。方法:选取2018年1月至11月河北燕达陆道培医院行allo-HSCT后出现全身或局部感染症状的血液病患者64例。用mNGS方法检测血液、脑脊液、肺泡灌洗液等标本中存在的所有病原微生物基因序列，并结合患者的临床表现确定致病或疑似致病的病原体。结果:共对64例allo-HSCT患者进行了97份样本的mNGS检测。革兰阳性菌中最常见为溶血葡萄球菌（19例次）和人葡萄球菌（14例次），革兰阴性菌中最常见为鲍曼不动杆菌（8例次）；病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒和细环病毒（分别为35、22和23例次）；真菌中最常见的为球形马拉色菌（14例次）和近平滑念珠菌（8例次）。3例检测到结核分枝杆菌复合群，均见于急性髓系白血病移植后患者。1例患者痰液中检测到口腔支原体，寄生虫未见。结论:mNGS可全面揭示血液病allo-HSCT后的感染谱，尤其对于少见和难培养病原微生物检测具有显著优势，可有效帮助临床感染病原体的诊断。

目的:探讨采用宏基因组学第二代测序（mNGS）技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者（男10例、女1例，年龄23~85岁），共采集标本23份，其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份，分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度，并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测，在23份标本中，5份标本未检出病原体；其余18份标本共检出35株病原体，属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌，9份标本均各检出2种病原菌，4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测，在23份标本中，1份标本未检出病原体；其余22份标本共检出75株病原体，分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体，5份标本均各检出2种病原体，2份标本均各检出3种病原体，3份标本均各检出4种病原体，2份标本均各检出6种病原体，各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2（1，2）种，明显少于mNGS法的2（1，4）种（ Z=3.359， P<0.01）。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中，mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份，每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中，有7份（30.4%）标本采用2种方法检测的结果完全一致，5份（21.7%）结果完全不一致，11份（47.8%）结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比，mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强，并且可判断混合感染的病原体的相对丰度，作为培养法的补充，可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。

通过高通量药物库筛选挖掘针对金黄色葡萄球菌（ S. aureus，简称：金葡）的新型抗菌药物。本研究的类型为实验性研究。金葡临床菌株均于2017年1月至2019年1月分离自中南大学湘雅三医院呼吸科住院患者的痰液标本；通过摇菌培养浮游菌，检测美国食品药品监督管理局（FDA）认证药物库（包含1573种小分子）对金葡浮游菌增殖抑制作用；通过96孔板结合结晶紫染色，检测FDA认证药物库分子对金葡生物被膜形成的抑制作用；通过微量肉汤稀释实验，检测纳入小分子的最低抑菌浓度（MIC）；最后，通过CCK-8实验检测小分子药物的细胞毒性。结果显示，通过将FDA认证药物库中的小分子浓度设置为100 μmol/L，初步筛选出218种对金葡浮游菌具有生长抑制作用的小分子。这些小分子以抗感染药物为主，占118种。其次为抗肿瘤药物、抗炎/免疫类药物、神经系统药物、心血管系统药物、内分泌系统药物和代谢疾病药物，分别占40、19、12、9、8和3种，未分类药物占9种。排除抗感染药物后，针对具有金葡浮游菌生长抑制作用排名前十的小分子主要为抗肿瘤药物，其次为神经系统药物和未分类药物维生素K3，其抑制率均达99.65%~100%。针对具有金葡生物被膜抑制作用的排名前十小分子也以抗肿瘤药物占比最高，其次为神经系统药物和抗炎/免疫类药物，其抑制率为50.22%~92.95%。通过微量肉汤稀释实验检测了第二轮筛选得到的51个小分子的MIC。其中，主要包括抗肿瘤药物、心血管系统药物、内分泌系统药物、抗炎/免疫药物、代谢疾病药物、神经系统药物和其他未分类药物，分别占22、5、3、9、2、5和5种，其MIC分布分别为1.56~50 μmol/L、6.25~25 μmol/L、6.25~25 μmol/L、0.2~50 μmol/L、25~50 μmol/L、1.56~50 μmol/L和0.1~12.5 μmol/L。综上，通过高通量药物库筛选出的小分子最低抑菌浓度值均为微摩尔级别，成药能力强且可改造性高。其高效的浮游菌和生物被膜抗菌作用有望为针对金葡的新药研发提供新的思路。

目的:分析变应性支气管肺曲霉病(ABPA)的临床特征及影像学特点，提高对该病的诊治水平，旨在做到早期诊断及早期治疗。方法:本研究为横断面研究。采用非随机抽样方法，对西安交通大学第一附属医院及西安交通大学第二附属医院2013年12月至2022年3月确诊的15例ABPA患者的临床资料进行分析，包括临床表现、实验室检查、胸部CT等。结果:15例ABPA患者中，男6例，女9例，平均年龄(52±13)岁。其中1例有支气管哮喘家族史。在确诊前，曾被误诊为肺结核4例，肺炎4例，慢性阻塞性肺疾病2例，支气管扩张2例，嗜酸粒细胞增高性肺炎1例。所有患者血清总IgE均升高，9例(60%)患者外周血嗜酸粒细胞绝对计数增高。4例血清特异性烟曲霉IgG抗体升高，2例支气管肺泡灌洗液培养真菌++，1例支气管肺泡灌洗液行高通量测序提示烟曲霉阳性。胸部影像学主要表现为单侧和(或)双侧多发斑片状影，中心型支气管扩张及黏液栓形成，7例伴有纵隔淋巴结肿大。5例查外周血癌胚抗原不同程度升高，全身检查及后期随访中未发现肿瘤病灶，且经过原发病治疗后外周血癌胚抗原水平下降。结论:ABPA的主要特征为反复发作的喘息及支气管扩张，其临床症状缺乏特异性，加上肿瘤标志物的干扰，使其极易被漏诊及误诊。提高对ABPA的认知，使其得到早期发现及治疗，从而降低漏诊率及误诊率。

呼吸道感染性疾病严重威胁儿童健康，早期明确病原可为疾病的诊断和治疗奠定基础。宏基因组测序是一种不依赖于培养，直接对临床样品进行测序，并给出全部微生物序列信息的技术。宏基因组测序从病原微生物的检测、微生物组学、微生物与宿主基因相互作用等方面为儿童呼吸道感染性疾病病原微生物的研究提供了十分重要的研究方法。现从宏基因组测序流程、在儿童呼吸道感染性疾病中的应用及国内外研究进展等方面进行阐述。

目的:通过对直肠癌患者肿瘤部位和癌旁部位及健康直肠黏膜菌群进行分析，探讨直肠黏膜菌群与直肠癌的关系。方法:选取2018年7月至2019年9月温州医科大学附属第一医院行直肠癌根治手术的94例直肠癌患者肿瘤黏膜(CM组)和癌旁黏膜(AM组)，100例健康者直肠黏膜(NM组)作为研究对象。细菌培养定量检测患者和正常黏膜主要细菌，高通量测序分析3组黏膜菌群，实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法检测双歧杆菌等关键菌丰度差异。正态分布资料采用 t检验，非正态分布资料采用K-W检验。 结果:培养显示双歧杆菌在直肠癌肿瘤黏膜高于健康者(6.60±0.81比5.66±0.68， t＝10.312， P<0.01)、乳酸杆菌在直肠癌肿瘤黏膜高于健康者(6.58±0.59比5.44±0.71， t＝13.527， P<0.01)、肠球菌在直肠癌肿瘤黏膜高于健康者(6.22±0.87比4.64±0.80， t＝12.351， P<0.01)。16SrRNA扩增子焦磷酸测序显示直肠癌患者CM及AM菌群多样性和丰富度均显著高于NM，qPCR结果显示NM中嗜黏液艾肯曼菌、消化球菌、长双歧杆菌、两歧双歧杆菌丰度分别是CM的12.55倍( t＝13.500， P<0.05)、4.89倍( t＝10.960， P<0.05)、2.27倍( t＝8.242， P<0.05)、1.97倍( t＝5.230， P<0.05)。 结论:直肠癌患者直肠黏膜菌群与健康人存在显著差异，直肠癌患者的肿瘤局部黏膜菌群多样性及丰度均发生了明显变化，局部黏膜菌群改变可能在直肠癌发生发展中发挥了一定作用。

目的:通过高通量测序技术比较晚发型败血症(LOS)及肺炎的早产儿肠道菌群的特点及差异，探讨肠道菌群与LOS之间的关系。方法:通过病例对照的方法，选择2018年8月至2019年10月在湖南省儿童医院新生儿科住院诊断为LOS的早产儿作为病例组( n＝8)，同时选取诊断为肺炎的早产儿作为对照组( n＝8)。收集16例早产儿入院第1次的粪便样本并提取DNA，利用PCR技术扩增目标区域DNA，使用NovaSeq 6000平台进行高通量测序，分析两组间肠道菌群的组成和多样性。 结果:(1)Alpha多样性分析显示两组间肠道菌群丰度及多样性差异无统计学意义(均 P>0.05)。(2)LOS组和对照组早产儿肠道菌群在门水平上均以厚壁菌门和变形菌门为主，在属水平上以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属等兼性厌氧菌为优势菌群。进行Metastas统计分析，两组在门水平上菌群组成差异无统计学意义( P>0.05)。(3)在目、科、属、种水平进行Metastas统计分析，LOS组放线菌目、消化链球菌科、梭菌属相对丰度高于肺炎组，差异有统计学意义(均 P<0.05)。(4)LOS组葡萄球菌相对丰度大于对照组，但Metastas统计分析显示两组葡萄球菌相对丰度差异无统计学意义( P>0.05)。(5)8例LOS中有3例早产儿血培养阳性，分别为无乳链球菌、缓症链球菌、粪肠球菌。粪肠球菌属于肠球菌属，而肠球菌属在LOS组属于优势菌属。 结论:不同部位感染对早产儿肠道微生态存在影响。LOS与肺炎早产儿肠道菌群构成有差异。

目的:从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法:将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果:从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论:福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。