目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）引起的一种烈性传染病，发病急、传播快且病死率极高。历史上发生过3次鼠疫大流行，导致上亿人口死亡。近20年来全球鼠疫疫情呈上升趋势，2000 - 2018年，世界卫生组织（WHO）共收到来自美洲、非洲和亚洲21个国家报告的2万多起鼠疫病例 [1]。我国动物间鼠疫一直较为活跃，且除个别年份外，几乎每年都有人间鼠疫发生。2019年11月，北京市首先出现2例内蒙古自治区输入性肺鼠疫病例，随后内蒙古自治区又报道2例腺鼠疫病例，提示这一甲类传染病仍对人们的生命安全具有极大的潜在威胁 [2,3,4]。链霉素是WHO鼠疫手册 [5]和我国《鼠疫诊疗方案（试行）》（卫办应急发[2011]第18号） [6]中治疗鼠疫的首选药物。但值得注意的是，2021年Dai等 [7]发现国内1株鼠疫菌因编码核糖体蛋白S12的rpsL基因第128 bp位点的碱基发生了突变，从而产生了对链霉素的高度耐药性。为此，本研究应用基于TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光PCR法（简称MGB荧光探针法），选取鼠疫流行较为严重的玉树藏族自治州（以下简称玉树州）鼠疫自然疫源地内分离的鼠疫菌，检测链霉素耐药位点rpsL基因第128 bp位点碱基的突变情况，判断当地菌株的耐药情况，为鼠疫疫情的防控提供参考。

目的:分析甘肃省肃北、肃南县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地内气象因素对鼠疫流行的影响。方法:收集1973 - 2016年肃北、肃南2个县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫监测资料（来源于甘肃省疾病预防控制中心）和当年及领先1、2、3年（相对于当年作为参照的前1、2、3个年份）的气象因素（年均降雨量、气温、相对湿度）资料（来源于中国气象数据共享服务网）。采用R2.3.2软件，以年鼠疫检菌阳性率为因变量，气象因素为自变量建立时间序列半参数广义相加模型（generalized additive model，GAM），采用非线性效应关系定量研究气象因素对鼠疫的影响。结果:2006 - 2016年与1974 - 1983年相比，年均气温、相对湿度、降雨量的平均值肃北县分别上升了0.99 ℃、3.55%RH、12.16 mm；肃南县分别上升了1.00 ℃、2.01%RH、14.60 mm。1973 - 2016年共发生11起人间鼠疫，发病12例，死亡7例。肃北县鼠疫疫源地内领先3年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加0.40%；领先2年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.66%。肃南县鼠疫疫源地内领先1年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加1.32%；领先3年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.96%。另外，肃北、肃南县领先2年年均气温在一定范围内每升高1.00 ℃，动物鼠疫发生分别增加73.17%、70.18%。结论:甘肃省肃北、肃南县鼠疫的发生流行与气象因素关系密切，一定范围内的年均气温上升对鼠疫的流行不仅有明显的促进作用，而且存在滞后效应。另外，同一疫源地内不同类型气候对动物鼠疫流行的影响存在一定差异。

目的:调查确定云南省玉龙县鼠疫自然疫源地的流行范围，并评估其流行风险，为鼠疫监测及防控工作提供依据。方法:2017年，在玉龙县8个乡镇，每个乡镇根据地理景观、海拔、人口、面积等各选取2 ~ 3个自然村作为调查样点，10 - 11月采用夹（笼）夜法捕获小型兽类宿主动物及其寄生蚤，采集宿主动物脏器等分离鼠疫菌，并用胶体金试纸条检测鼠疫F1抗原和抗体，自毙小型兽类标本同时进行反向间接血凝试验（RIHA）检测鼠疫特异性抗原；采集犬、猫、鼠等指示动物血清使用间接血凝试验（IHA）进行鼠疫F1抗体检测。结果:共获包括自毙小型兽类在内的宿主动物1 019只，隶属4目6科12属22种。其中工具捕获小型兽类1 016只，室外996只，室外捕获率为25.28%（996/3 940），其构成为齐氏姬鼠占30.32%（302/996）、斯氏家鼠占22.09%（220/996）、大绒鼠占17.37%（173/996）、灰麝鼩占12.35%（123/996），均是调查区小型兽类的优势种；社鼠占8.13%（81/996）、大足鼠占4.02%（40/996）、褐家鼠占1.81%（18/996），均为常见种。居民区室内共捕获小型兽类9种20只，捕获率为1.11%（20/1 800）。其中褐家鼠占30.00%（6/20）、大足鼠占25.00%（5/20）、小家鼠占10.00%（2/20），均为居民区优势鼠种。8种18只小型兽类染带寄生蚤67匹，隶属3科5属5种，总染蚤率为1.77%（18/1 019），总蚤指数为0.070。居民区室内获寄生蚤49匹，3种4只小型兽类染带寄生蚤，染蚤率为19.05%（4/21），蚤指数为2.333。其中缓慢细蚤染蚤率最高，为9.52%（2/21），蚤指数为0.571；猫栉首蚤指名亚种蚤指数最高，为1.571，染蚤率为4.76%（1/21），二者为居民区小型兽类体表主要寄生蚤种。室外5种14只小型兽类染带寄生蚤18匹，染蚤率为1.40%（14/998），蚤指数为0.018。其中缓慢细蚤染蚤率最高，为0.50%（5/998），蚤指数为0.005；特新蚤指名亚种染蚤率次之，为0.40%（4/998），蚤指数为0.004；方叶栉眼蚤的蚤指数最高，为0.007，染蚤率排第三，为0.30%（3/998）；棕形额蚤指名亚种的染蚤率和蚤指数均最低，分别为0.20%（2/998）和0.002。方叶栉眼蚤、缓慢细蚤和特新蚤指名亚种为室外小型兽类体表主要寄生蚤种。共采集指示动物血清419份，其中犬血清402份，IHA检测结果阳性1份，阳性率为0.25%（1/402）；猫、鼠血清共17份，IHA检测结果均为阴性。小型兽类脏器分离培养鼠疫菌、胶体金试纸条检测均为阴性；自毙小型兽类RIHA检测阴性。结论:玉龙县鼠疫自然疫源地新增一个鼠疫指示动物阳性点，应加强该区域的鼠疫疫情监测和防控。

目的:探讨青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）的基因型及其地区分布。方法:选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2011年在不同地区宿主、媒介体内分离的1 004株鼠疫菌作为实验对象，采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。分别对3个CRISPR位点（YPa、YPb和YPc）进行PCR扩增、测序，将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPRDictionary数据库进行检索比对，以鉴定间区序列（spacer）；对CRISPR各位点新发现的spacer，在美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库进行Blast序列比对，推测基因序列来源。根据CRISPR spacer阵列的多态性对青藏高原鼠疫菌进行基因分型。结果:1 004株鼠疫菌共发现53种spacer，其中新发现6种，分别为a105、a106、a107、b51、b52、c14；1 004株鼠疫菌被分成44个不同的CRISPR基因型，10大类群，新发现基因型15种，喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型以G26-a1′、G7、G22、G24-a1′、G22-a1′、G9、G26-a1′a60型为主，青海田鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型为G37-a6′型。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型具有高度多样性，且地区分布特征显著。

目的:了解我国是否存在耐药及耐消毒剂鼠疫菌株，为鼠疫临床治疗提供准确信息。方法:收集我国1943 - 2016年分离自10处鼠疫自然疫源地的2 753株鼠疫菌，根据美国国立生物信息中心（NCBI）公布的耐氨基糖苷类链霉素基因strA、strB，耐β-内酰胺类抗菌药物基因TEM、SHV、CTX-M，耐磺胺类药物基因sul1、sul2、sul3，耐消毒剂基因qacE△1-sul1的序列信息，分别针对每个基因设计1对引物。提取2 753株鼠疫菌基因组DNA，采用PCR法对所有DNA样本进行上述9个目的基因扩增。结果:PCR检测阴性对照和阳性对照成立，2 753株鼠疫菌DNA样本均未见耐氨基糖苷类链霉素基因strA、strB，耐β-内酰胺类抗菌药物基因TEM、SHV、CTX-M，耐磺胺类药物基因sul1、sul2、sul3及耐消毒剂基因qacE△1-sul1对应的目的条带。结论:我国鼠疫菌尚未检测到上述耐药及耐消毒剂基因，但鼠疫菌耐药性的监测工作仍需持续开展。

目的:调查云南省3个县（市）人群和犬猫弓形虫血清流行病学现状及其影响因素，评估犬猫将弓形虫传播给人类并致病及流行的风险。方法:选择云南省弥勒市、芒市和梁河县3个家鼠鼠疫疫源地所在县（市）作为调查地区，采集16个自然村的人群及犬猫血样，采用间接酶联免疫吸附试验检测血清弓形虫IgG抗体，并对其影响因素进行logistic回归分析。结果:共检测368份人血清、307份犬血清、12份猫血清，弓形虫IgG抗体阳性率分别为54.62%（201/368）、90.88%（279/307）、91.67%（11/12）。logistic回归分析显示，芒市和梁河县人群弓形虫感染风险（血清IgG抗体阳性）分别是弥勒市的8.20倍（ AOR = 8.20，95% CI：4.38 ~ 15.36）、2.22倍（ AOR = 2.22，95% CI：1.24 ~ 3.97）；30 ～ < 40岁年龄组人群弓形虫感染风险（血清IgG抗体阳性）比< 30岁年龄组减少57%（ AOR = 0.43，95% CI：0.19 ~ 0.98，均 P < 0.10）。梁河县犬弓形虫感染风险（血清IgG抗体阳性）比弥勒市减少89%（ AOR = 0.11，95% CI：0.02 ～ 0.47）；2岁及以上犬弓形虫感染风险（血清IgG抗体阳性）是2岁以下犬的2.05倍（ AOR = 2.05，95% CI：0.91 ～ 4.64，均 P < 0.10）。 结论:云南省3个家鼠鼠疫疫源地所在县（市）人群和犬猫血清弓形虫IgG抗体阳性率均较高，人群和犬弓形虫感染风险（血清IgG抗体阳性）与地区和年龄有关，犬猫将弓形虫传播给人类及其他动物的风险较大，应加强重点区域监测，开展健康教育，并采取相应卫生措施。

目的:测定11种抗菌药物对鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration，MIC），建立鼠疫菌MIC测定方法，掌握常用抗生素对鼠疫菌的抑菌范围，为鼠疫的临床治疗提供基线数据。方法:根据美国临床和实验室标准协会（Clinical Labor Standard Institution，CLSI）药敏试验方法中的琼脂稀释法，分别测定氧氟沙星、环丙沙星、复方新诺明（甲氧苄啶-磺胺甲恶唑）、硫酸卡那霉素、硫酸链霉素、头孢曲松钠、氨苄青霉素钠、氯霉素、盐酸壮观霉素、头孢呋辛钠、盐酸四环素共11种抗菌药物对118株鼠疫菌的MIC，并计算MIC 50、MIC 90（能抑制50%、90%细菌生长的最低药物浓度）。以纸片扩散法的检测结果作为对照观察两者的一致性。118株鼠疫菌分离自青海省鼠疫自然疫源地，由青海省地方病预防控制所保存。 结果:检测的118株鼠疫菌，未发现具有单个或多个抗菌药物抗性的菌株，与纸片扩散法结果一致，并获得11种抗菌药物对118株菌的MIC 50、MIC 90。 结论:成功建立了鼠疫菌MIC测定方法，该方法能高通量测定抗菌药物对鼠疫菌的MIC，评价鼠疫菌对抗生素的敏感性，是一种高效、经济、实用的实验手段。

目的:了解甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地动物鼠疫流行规律，探讨当地鼠疫流行病学特点，为制订鼠疫防控政策提供科学依据。方法:收集2014-2021年甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫监测数据，分析主要宿主密度、染蚤率、蚤指数、小型啮齿类鼠种及细菌学、血清学检测结果，通过Excel 2007软件进行数据结果统计，分析该自然疫源地鼠疫流行情况。结果:2014-2021年，玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地内旱獭平均密度为0.06只/hm 2；小型啮齿类鼠种调查共布鼠夹19 300个，捕获鼠209只，捕获率为1.08%，三趾跳鼠（59.81%，125/209）和五趾跳鼠（31.10%，65/209）为该地区主要小型啮齿类鼠种。共梳检旱獭877只，检出染蚤旱獭184只，总染蚤率为20.98%，总蚤指数为1.00，斧形盖蚤（52.69%，461/875）和谢氏山蚤（47.20%，413/875）为优势蚤种；旱獭洞干染蚤率为7.72%（173/2 241），蚤指数为0.20。疫源地内共分离鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）39株，其中以旱獭分离为主，共35株，媒介分离4株。共检测旱獭及牧羊犬血清913份，检出阳性血清34份，其中，牧羊犬血清阳性率为13.98%（33/236）。 结论:甘肃省玉门市喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫防控形势依然严峻，应继续加强鼠疫监测，全面落实各项综合防控措施，严防动物间鼠疫流行波及人群。

目的:探究西藏自治区鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）规律成簇间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR）基因型及其地区分布特征。方法:选取西藏自治区鼠疫自然疫源地内不同时间、地区、宿主、媒介体内分离的125株代表性鼠疫菌株作为实验菌株，采用苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。应用3对CRISPR引物（针对YPa、YPb、YPc 3个位点）分别对实验菌株DNA进行PCR扩增，经测序确定鼠疫菌CRISPR基因型。结果:125株鼠疫菌均具有YPa、YPb、YPc 3个CRISPR位点，共发现18种间区序列（spacer），其中YPa位点8种、YPb位点6种、YPc位点4种；新发现spacer 2种，分别为b52、c14。经CRISPR基因分型，共有G1、G7、G7-b4′′′、G7-b52、G7-c2 -、G8、G22、G22-a4 -、G22-b4′′′、G22-c14 10种基因型，其中6种为新发现基因型。125株实验菌株中，以G7型为主要基因型，占65.6%（82/ 125），在西藏自治区下辖的6个地级市和1个地区均有分布；其次为G22、G7-c2 -型，分别占14.4%（18/ 125）、11.2%（14/125），其中G22型分布于那曲市、昌都市、拉萨市及阿里地区，G7-c2 -型分布于日喀则市和山南市。 结论:西藏自治区鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR位点遗传多态性较高，不同基因型的鼠疫菌株具有明显的地区分布特征。