鼠疫是由鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）引起的一种烈性传染病，发病急、传播快且病死率极高。历史上发生过3次鼠疫大流行，导致上亿人口死亡。近20年来全球鼠疫疫情呈上升趋势，2000 - 2018年，世界卫生组织（WHO）共收到来自美洲、非洲和亚洲21个国家报告的2万多起鼠疫病例 [1]。我国动物间鼠疫一直较为活跃，且除个别年份外，几乎每年都有人间鼠疫发生。2019年11月，北京市首先出现2例内蒙古自治区输入性肺鼠疫病例，随后内蒙古自治区又报道2例腺鼠疫病例，提示这一甲类传染病仍对人们的生命安全具有极大的潜在威胁 [2,3,4]。链霉素是WHO鼠疫手册 [5]和我国《鼠疫诊疗方案（试行）》（卫办应急发[2011]第18号） [6]中治疗鼠疫的首选药物。但值得注意的是，2021年Dai等 [7]发现国内1株鼠疫菌因编码核糖体蛋白S12的rpsL基因第128 bp位点的碱基发生了突变，从而产生了对链霉素的高度耐药性。为此，本研究应用基于TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光PCR法（简称MGB荧光探针法），选取鼠疫流行较为严重的玉树藏族自治州（以下简称玉树州）鼠疫自然疫源地内分离的鼠疫菌，检测链霉素耐药位点rpsL基因第128 bp位点碱基的突变情况，判断当地菌株的耐药情况，为鼠疫疫情的防控提供参考。

目的:利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱及主要突变类型与菌株基因型的相关性。方法:查询并下载NCBI数据库中截至2019年8月公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据，利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果，统计不同药物耐药相关基因的突变类型，并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果:根据分子药敏结果从2 019株菌株中鉴定出1 024株耐多药菌株，对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为 katG S315T（73.2%，异烟肼）、 rpoB S450L（63.1%，利福平）、 rpsL K43R（70.0%，链霉素）、 embB M306V（37.4%，乙胺丁醇）、 pncA启动子区T（-11）C（7.9%，吡嗪酰胺）、 gyrA A90V （32.3%，氟喹诺酮类）、 rrs A1401G（67.7%，二线注射类）、 fabG1启动子区C（-15）T（87.0%，乙硫异烟胺）、 folC I43T（30.4%，对氨基水杨酸）。其中， katG S315T、 rpsL K43R、 embB M306V、 gyrA D94G在L2系菌株中的频率显著高于L4系菌株， folC I43T仅在L2系菌株中发现； katG S315T在古典北京型菌株中比例较高，而 rpsL K43R在现代北京基因型菌株中的比例更高，其差异均有统计学意义（均 P<0.05）。 结论:本研究提供了基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型，为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据；同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。

目的:比较二代测序（NGS）检测方法在痰标本和结核分枝杆菌菌株中耐药性的诊断效能，从而探讨NGS方法检测痰标本耐药性的可行性。方法:本研究属于回顾性研究，收集了北京胸科医院2017年1—12月收治50例肺结核患者的痰标本和相应的临床分离菌株。用NGS方法分别检测痰标本和相应的临床分离菌株 katG、 inhA、 rpoB、 embA、 embB、 rpsL、 rrs、 gyrA、 gyrB、 tlyA的基因突变。采用比例法对菌株进行表型药敏试验（drug susceptibility test，DST）。以DST结果为参考，分别计算临床菌株NGS方法、痰标本NGS方法敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值，以及与表型DST的一致性统计量（ Kappa）。对于NGS检测在痰标本和菌株样本中的准确性比较用 χ2检验。 结果:在各种突变基因中， rpoB（63.83%，30/47）与 rrs（57.45%，27/47）最常见，其次是 katG（46.81%，22/47）、 rpsL（29.79%，14/47）、 gyrA（27.66%，13/47）、 embB（21.28%，10/47）、 tlyA（12.77%，6/47）、 gyrB（8.51%，4/47），以及 inhA启动子区（19.15%，9/47）、 embA启动子区（12.77%，6/47）突变。NGS方法与异烟肼、利福平、乙胺丁醇、二线注射类药物（链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）、左氧氟沙星的耐药表型相比，在痰样本中，敏感度分别为85.71%、91.67%、77.78%、81.82%、100.00%、87.50%、100.00%、69.23%，特异度分别为100.00%、94.12%、87.50%、89.47%、97.06%、96.97%、94.29%、89.29%。在菌株样本中，敏感度分别为92.86%、100.00%、81.82%、86.96%、88.89%、80.00%、100.00%、85.71%，特异度分别为100.00%、92.86%、87.10%、94.74%、100.00%、100.00%、97.14%、92.86%。与表型药敏结果相比，在痰标本中，NGS方法对异烟肼、利福平、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星具有较好的检测效能（ Kappa值≥0.75）；在菌株中，NGS方法对异烟肼、利福平、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素，阿米卡星及左氧氟沙星具有较好的检测效能（ Kappa值≥0.75）。以NGS方法检测菌株的准确度为参照，检测的所有药物耐药情况在菌株和痰标本中的准确性差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:本研究表明通过NGS技术检测痰标本及菌株基因型来预测异烟肼、利福平及二线注射类药物（卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）耐药均具有较好的效能，提示NGS方法直接检测痰标本作为早期耐药检测方法的可行性及潜力。

本研究旨在构建基于核酸滚环扩增（RCA）的简便快速、超灵敏的光学生物传感技术，并将其运用于结核杆菌耐药相关基因的多重检测。本研究在2020年2月至2021年5月期间，于陆军军医大学第一附属医院检验科，针对异烟肼、利福平和链霉素耐药的高频基因突变位点katG315（AGC?ACC）、rpoB531（CAC?TAC）和rpsL43（AAG?AGG），分别设计锁式探针（padlock probe，PLP）、引物和捕获探针，构建了基于磁珠的固相RCA恒温扩增反应体系，并进行了实验参数的优化。通过多色荧光探针（Cy3/Cy5/ROX）对RCA产物精准捕获与信号放大，实现了对3种突变基因的单管多重检测。进一步对该方法的灵敏度、特异性与线性范围等分析性能进行验证，结果显示同一反应体系中katG315的响应范围为1.0 pmol/L至0.1 nmol/L，rpoB531和rpsL43的响应范围为1.0 pmol/L至50.0 pmol/L和1.0 pmol/L至20.0 pmol/L，且该方法具有较好的特异度与灵敏度，在混合靶标中可精确识别单碱基突变，最低检出限低至1.0 pmol/L；在模拟血清样本的回收实验中，回收率可达95.0%~105.2%。综上，本研究构建的恒温扩增型多重检测方法可快速实现3种耐药突变位点的单管多重检测，该技术成本低廉、简便快速、不依赖大型设备，为病原体耐药基因检测提供了一种新的分析方法。

目的:利用全基因组测序技术分析上海地区莫西沙星和氧氟沙星同时耐药的结核分枝杆菌( Mycobacterium tuberculosis, Mtb)分子特征，为 Mtb感染患者的临床诊疗提供科学依据。 方法:收集同济大学附属上海市肺科医院保存的142株莫西沙星和氧氟沙星同时耐药的 Mtb临床分离株。使用Sensititre ? MYCOTB plate进行微孔板法药敏试验；Illumina平台对142株 Mtb进行测序；TB-Profiler确定其谱系和耐药相关基因的突变位点；Snippy进行细菌核心基因组系统发育分析。 结果:表型药敏结果显示142株莫西沙星和氧氟沙星耐药的 Mtb分离株对异烟肼和利福平的耐药率分别为33.80%(48/142)和22.54%(32/142)；76.06%(108/142)的分离株检测到14种氟喹诺酮耐药基因相关突变，其中以 gyrA基因Asp94Gly(21.83%，31/142)、Ala90Val(15.49%，22/142)和Asp94Tyr(9.15%，13/142)突变为主。异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、乙硫异烟胺和卡那霉素的常见耐药突变类型分别为 katG Ser513Thr(68.75%，33/48)、 rpoB Ser450Leu(53.13%，17/32)、 embB Met306Val(44.44%，8/18)、 rpsL Lys43Arg(77.50%，31/40)、 rrs 1401A→G(100.00%)、 fabG1 -15C→T(50.00%，4/8)、 rrs 1401A→G(100.00%)。142株 Mtb分为2个谱系，分别为L2谱系(92.25%, 131/142)和L4谱系(7.75%, 11/142)；其中L2谱系以L2.2.1亚型(80.28%，114/142)为主，L4谱系以L4.5亚型(5.63%，8/142)为主。系统发育分析和单核苷酸多态性分析显示多株L2谱系菌株可能存在流行病学联系。 结论:本地区莫西沙星和氧氟沙星耐药的 Mtb主要流行基因型为L2型，应加强耐药结核病的防控工作。

目的 分析江西省利福平耐药和异烟肼耐药结核分枝杆菌对常用抗结核药物的耐药率及分子突变特征,为耐药结核病治疗方案的选择提供参考.方法 对纳入的经比例法药敏试验检测利福平和/或异烟肼耐药的139株结核分枝杆菌菌株进行全基因组测序,分析这些菌株对于标准化治疗方案中各药物的分子特征及耐药情况.结果 131例利福平基因型耐药菌株中,124例(94.66％)同时发生异烟肼耐药相关基因改变.A组药物中70株(53.44％,70/131)氟喹诺酮类药物耐药基因发生改变,1株(0.76％,1/131)利奈唑胺耐药基因突变.B组药物中仅2株(1.53％,2/131)环丝氨酸耐药基因发生突变.C组药物中乙胺丁醇耐药率最高,为59.54％(78/131).利福平、异烟肼、氟喹诺酮类药物、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、乙硫异烟胺耐药基因突变类型主要为rpoB_p.Ser450Leu、katG_p.Ser315Thr、gyrA_p.Ala90Val、embB_p.Met306Val、rpsL_p.Lys43Arg、rrs_r.1401a＞g、fabG1_c.-15C＞T;1 例利奈唑胺耐药突变发生在 rplC_p.Cys154Arg.吡嗪酰胺耐药突变发生比较分散.结论 江西省耐利福平菌株对氟喹诺酮类药物耐药率很高,临床使用该药物前应检测其敏感性,而对于临床无法常规开展药敏试验的药物应开展基于人群的耐药监测.

目的:探讨结核病(TB)/慢性乙型肝炎病毒(HBV)合并感染患者对一线抗结核药物耐药的频率和分子机制.方法:研究对来自TB/HBV共感染患者的 100 株结核分枝杆菌菌株进行了回顾性实验室分析,其中Beijing谱系株最为普遍(49%),其次是EAI谱系株(35%),少数菌株包括Haarlem(2.0%)、LAM(1.0%)、MANU(3.0%)、T(4.0%)和U(6.0%).所有菌株均于 2014 年至 2018 年从患者的痰、胸腔积液标本中分离.对所有菌株进行药敏试验、Spoligotyping分型和24 个位点穿插重复单元(MI-RU-24 分型),并对rpoB、katG、inhA和inhA启动子、rpsL、rrs 和 embB 基因进行测序.结果:总共有 42株(42.0%,42/100)菌株表现出耐药性;9 株(9.0%,9/100)是多重耐药株(MDR).对异烟肼的耐药率为25.0%(25/100),利福平的耐药率为 10.0%(10/100),乙胺丁醇的耐药率为 5.0%(5/100),和链霉素的耐药率为40.0%(40/100).在利福平耐药菌株中,90%(9/10)具有利福平抗性的分离株在 RRDR中具有突变(密码子507-533).在异烟肼耐药菌株中,分别有 100%和 21%的 katG 和 inhA(包括 inhA启动子)发现基因突变;其多药耐药性主要与katG基因中的Ser315Thr突变相关(7/9,77.8%).59.5%存在耐药性的菌株属于北京谱系,66.7%的MDR菌株属于北京谱系.结论:在 TB/HBV 合并感染患者的结核分枝杆菌分离株中接近一半(42%)为耐药株,其中以Beijing谱系为主.

目的 了解江西省耐多药结核分枝杆菌中链霉素耐药的分子特征,探究北京基因型结核与链霉素耐药基因(rpsL、rrs和gidB)突变及链霉素耐药表型之间的关系.方法 收集南昌大学第一附属医院高新医院及江西省胸科医院2021年1-12月分离的非重复耐多药结核菌106例,检测其耐药表型、是否为北京基因型及与链霉素耐药基因rpsL、rrs和gidB突变的关系.χ2检验rpsL、rrs和gidB基因突变与北京基因型及表型关系.结果 106例耐多药结核菌中链霉素耐药76例,其中58例rpsL 43A>G突变,8例88A>G突变,5例 rrs突变,3例gidB突变.任何rpsL、rrs和gidB基因突变与表型耐药的符合率为89.6%,特异度及敏感度分别为86.7%和90.8%.北京型结核菌分离率为88.7%,其耐药基因突变主要集中于rpsL和rrs,非北京型菌耐药突变则主要集中于gidB;北京型菌更容易发生基因突变(P = 0.013),但表型耐药无差异.结论 rpsL、rrs和gidB基因突变与表型耐药符合率较好,可采用分子生物学直接检测耐药基因预判菌株耐药性;结核菌型与链霉素耐药特征具有紧密联系.

目的:评估全基因组测序(WGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值.方法:收集2021年1月至2022年9月温州市中心医院收治的65例结核病患者的菌株,采用MGIT960液体法药敏试验及WGS同时对菌株进行链霉素、利福平、异烟肼、乙胺丁醇4种一线抗结核药物的耐药性检测.以MGIT960试验结果为参考标准评价WGS在耐药结核病中的诊断效能.结果:WGS检测后发现链霉素耐药基因突变类型以rpsL_K43R(62.07％,18/29)、rpsL_K43R+rrs_A1401G(13.79％,4/29)为主;利福平耐药基因突变类型以rpoB_S450L(48.15％,26/54)、rpoB_D435V(9.26％,5/54)为主;异烟肼耐药基因突变类型以 katG_S315T(73.72％,37/47)、fabG1_C-15T(8.51％,4/47)为主;乙胺丁醇耐药基因突变类型以embB_M306V(52.38％,11/21)、embB_M306I(14.29％,3/21)为主.以MGIT960试验结果为参考标准,WGS检测链霉素、利福平、异烟肼、乙胺丁醇耐药的灵敏度分别为93.10％、98.11％、95.92％、81.25％,特异度分别为94.44％、83.33％、100.00％、83.67％,kappa值分别为0.875、0.842、0.920、0.578.WGS诊断耐多药结核病(MDR-TB)的灵敏度为93.10％,特异度为100.00％,kappa值为0.887.结论:WGS诊断链霉素、利福平、异烟肼的耐药性具有较高的灵敏度和特异度,一致性较好,诊断MDR-TB效能较好,可为临床早期诊断耐药结核病提供帮助.

目的 应用TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR技术快速检测青海省海西州鼠疫自然疫源地鼠疫菌耐链霉素基因,为今后该地区突发人间鼠疫的精准临床用药提供理论依据.方法 分离培养海西地区1957-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的代表性鼠疫菌110株,提取其DNA,针对我国链霉素耐药基因rpsl基因设计引物P-F和P-R和TaqMan-MGB探针Probe1[FAM]和Probe2[VIC],利用荧光定量PCR技术,进行耐药rpsl基因筛查.结果 110株被试菌株中FAM检测均为阳性(RFU峰值＞2000);VIC阳性的为0株(RFU峰值＜200).阳性对照和空白对照成立.结论 实时荧光定量PCR结果显示,该地区未检测出耐链霉素菌株.