目的:筛选大鼠肠道和呼吸道共有差异菌群和差异代谢物，分析大鼠肠道菌群和代谢物的变化在大鼠尘肺病进展中可能的作用。方法:于2020年4月，将18只SD大鼠随机分为3组（对照组、煤矿粉尘组和二氧化硅组，每组各6只）。煤矿粉尘组和二氧化硅组大鼠采用非气管暴露法分别灌注1 ml 50 mg/ml煤矿井下粉尘悬浊液和二氧化硅悬浊液，对照组大鼠灌注同等剂量灭菌生理盐水。染尘24周后采集大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液。采用16SrDNA基因测序技术和UHPLC-QTOF-MS非靶向代谢组学技术检测各组大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液中菌群和代谢物，筛选肠道和呼吸道共有差异菌群和共有差异代谢物。并采用Spearman法对差异菌群和代谢物进行相关性分析。结果:与对照组比较，煤矿粉尘组门水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌群，属水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌属，主要为厚壁菌门、放线菌门、链球菌属、乳杆菌属；与对照组比较，二氧化硅组门水平下共筛选到9种共有差异菌群，属水平下共筛选到5种共有差异菌群，主要为变形菌门、放线菌门、异杆菌属、粘液杆菌属。与对照组比较，煤矿粉尘组共筛出7种共有差异代谢物，标桩菌素、芳樟醇氧化物和异亮氨酸-亮氨酸在肠道和呼吸道中均上调；二氧化硅组与对照组比较，共筛出19种共有差异代谢物，其中二乙醇胺、1-氨基环丙烷羧酸、异亮氨酸-亮氨酸、鞘氨醇、棕榈酸、二氢鞘氨醇、1，2-二油酰基-sn-甘油-3-磷脂酰胆碱、1-硬脂酰-2-油酸甘油酯磷酸化胆碱在肠道和呼吸道中均上调。结论:尘肺病大鼠肠道和呼吸道菌群存在移位现象，大鼠在尘肺病进展过程中存在脂质代谢失衡。

[目的]分析不同中医证型骨质疏松症患者肠道菌群特征及差异,为骨质疏松症诊治寻找新的治疗靶点.[方法]收集2023年2月～2023年11月于广州中医药大学第三附属医院骨质疏松科招募的57例骨质疏松症患者的临床资料及粪便样本,通过中医辨证分型分为脾肾阳虚组22例、肝肾阴虚组18例和肾虚血瘀组17例,采用16SrDNA测序技术分析3种中医证型患者肠道菌群结构和丰度的差异.[结果]Alpha(α)多样性分析结果显示,3组中医证型患者的肠道菌群物种丰富度、均匀度和多样性差异均无统计学意义(P＞0.05);Beta(β)多样性分析结果表明,3组中医证型患者的肠道菌群组间差异有统计学意义(P=0.011).在门水平上,3组中医证型患者占比最高的前3位均依次为拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria).在属水平上,肝肾阴虚组、肾虚血瘀组中拟杆菌属(Bacteroides)、大肠埃氏菌属-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、粪杆菌属(Faecalibacterium)在相对丰度上具有优势,而脾肾阳虚组则是其他菌的占比较大.[结论]不同中医证型患者间的肠道菌群构成存在差异,在门及属水平上均有所不同,提示肠道菌群可能对中医防治骨质疏松起到靶点作用.

为探索地理隔离对鲇楚克拉虫(Zschokkella parasiluri Fujita,1927)株系分化的影响规律,研究对鲇楚克拉虫进行了广泛采样并获得了鲇楚克拉虫重庆沙坪坝株系(S3)、重庆渝北株系(S4)、重庆秀山株系(S5)、贵州铜仁株系(S6)及河南信阳株系(S7)等5个地理株系,其中重庆秀山、贵州铜仁和河南信阳为鲇楚克拉虫的地理新记录.基于形态与18SrDNA分子数据对鲇楚克拉虫不同地理株系进行了比较研究.结果表明,研究获得的鲇楚克拉虫5个地理株系的形态与原始报道及已发表的其他株系一致,主成分及显著性差异分析进一步显示,5地理株系间(S3-S7)形态量度无显著差异.联合已有分子信息的湖北株系(S1)和重庆渝北株系(S2)进行遗传学比较分析,结果显示7株系间(S1-S7)18SrDNA序列相似度为98.7％-100％,遗传距离为0-0.006.这表明,鲇楚克拉虫不同地理株系间已有一定程度的遗传分化.系统发育分析表明,鲇楚克拉虫各株系间并未形成地理种群特有的单系,地理隔离可能并非鲇楚克拉虫株系分化的决定性因素.

目的 了解重型β地中海贫血(β-TM)患儿造血干细胞移植前后不同阶段肠道菌群改变及其影响因素.方法 选择2019年11月至2020年6月在血液肿瘤科行造血干细胞移植的确诊β-TM的患儿作为研究对象.收集移植启动前期(A组)、清洁肠道期(B组)、预处理期(C组)、干细胞输注期(D组)及移植后细胞植入期(E组)的粪便样本.利用16SrDNA基因V4区域的Illumina HiSeq测序系统测序粪便样本.结果 纳入37例β-TM患儿,男27例、女10例,中位年龄7.5(3.0～17.3)岁.最终纳入分析共96份样本,A组28份、B组17份、C组18份、D组21份、E组12份.A组和B组肠道菌群构成占比前两位为厚壁菌门、拟杆菌门,C、D、E组菌群占比前两位为变形菌门及拟杆菌门.5组之间厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、梭菌门、放线菌门、疣状菌门、蓝菌门的丰度差异均有统计学意义(P＜0.05).利用Chao指数比较移植不同时期肠道菌群Alpha丰度.A组Chao指数为225.9(182.0～260.5),B组为234.6(193.0～311.3),C 组为 127.6(81.1～180.0),D 组为 96.8(71.1～139.9),E 组为 122.7(97.5～142.7),5 组之间差异有统计学意义(P＜0.001).利用Shannon指数预测移肠道菌群Alpha多样性.A组Shannon指数为2.9(2.4～3.3),B组为2.2(1.6～2.9)、C组为1.4(1.2～2.0)、D组为2.0(1.4～2.3)、E组为0.9(0.6～2.2),5组之间差异有统计学意义(P＜0.001).万古霉素、亚胺培南-西司他丁以及其他类型广谱抗菌药物三组之间肠道菌群丰度与多样性差异无统计学意义(P＞0.05).结论 造血干细胞移植术对β-TM患儿肠道菌群的组成有较大影响;清洁肠道方案对肠道菌群的丰度影响不大;肠道菌群丰度及多样性在移植后早期不能恢复重建;在造血干细胞移植过程中暂无法依据肠道菌群来优化选择抗生素种类.

蒙镖水蚤属(Mongolodiaptomus)隶属于桡足亚纲(Copepoda)哲水蚤目(Calanoida)镖水蚤科(Diaptomidae),目前国内记录蒙镖水蚤属5种,研究记录了采自海南的蒙镖水蚤属新记录种湄公蒙镖水蚤(Mongolodiaptomus mekongensis Sanoamuang & Watiroyram,2018).借助光学显微镜和扫描电镜等方法对该种进行形态描述,获取该物种的18SrDNA基因序列并探讨了其系统发育地位.该种雌性成体的主要特征:第5胸节右后侧角比左后侧角稍大;生殖节前部的左侧隆起,顶部具一锐刺;右侧具三角形片状突起,长度超过生殖节中部,顶部亦具一刺;第5胸足内肢二节.该种雄性成体主要形态特征:执握肢倒数第3节外末角具一梳状突起;第5右胸足基节内末角有一刺状突起,外肢第2节中部侧刺明显扭曲;右尾叉前端近中部有一个三角状刺状突起,末端有一个半圆状突起.分子系统发育分析显示该种与镖水蚤科真镖水蚤属(Eudiaptomus)、新镖水蚤属(Neo-diaptomus)具有较近的亲缘关系.

为了从分子水平上明确云南丘北仙女虾一物种的具体种类,采用PCR产物直接测序法测定了30个样本的COI基因与18S rDNA基因的部分序列片段(长度分别为658 bp和325 bp).基于NCBI数据库BLAST相似性比对发现COI基因与18S rDNA基因序列同Streptocephalus sirindhornae相似度最高,分别为96%和100%.序列分析发现COI基因序列中共检测到15个简约信息位点,22个变异位点,8个单倍型;18S rDNA基因序列中只检测到1个简约信息位点,1个变异位点,2个单倍型.此外,结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列,进行遗传距离和系统发育关系分析.结果显示:丘北仙女虾与弯头虫科的S. sirindhornae种间遗传距离为4.3%,属于种内水平;与钗额虫科的Thamnocephalus platyurus种间遗传距离为21.1%,属于种间水平.此外,系统发育树显示:丘北仙女虾与S. sirindhornae聚在一起形成一个单系枝,COI树的支持率为100%,18S rDNA树的支持率为72%.上述结果表明云南丘北仙女虾是弯头虫科的Streptocephalus sirindhornae,而不是钗额虫科的物种.同时,还表明COI基因相比18S rDNA基因更适合用于仙女虾物种的分子鉴定.

针对眼斑拟石首鱼Sciaenops ocellatus染色体标记匮乏的问题,利用荧光原位杂交(FISH)定位了眼斑拟石首鱼的18S rDNA、5S rDNA和端粒序列.结果显示,眼斑拟石首鱼的核型公式为2n=48t;仅有1对18SrDNA位点,位于第1对染色体的次缢痕部位;有2对5S rDNA位点,FISH信号强度不等,强信号位于第8对染色体的近着丝粒端,弱信号位于第3对染色体的臂间.端粒FISH信号出现于所有染色体的两端,但表现出染色体两端信号不平衡的特点,着丝粒端FISH信号明显强于远端信号.这一特点为判定染色体的方向提供了便利.结合其他石首鱼的核型数据可以推断,2n=48t的核型及单对近着丝粒分布的18S rDNA位点是石首鱼的共同祖征;在石首鱼进化过程中,曾发生活跃但不影响宏观核型的小规模重排.研究结果丰富了眼斑拟石首鱼染色体的辨识标记,并为研究石首鱼染色体进化提供了基础数据.

为探讨引进种岩扇贝(Crassadoma gigantea)及虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)的遗传变异及其之间的亲缘关系, 研究对4种扇贝的核糖体ITS1序列及5S rDNA序列进行了测定,获得了4种扇贝的ITS1和5S rDNA全序列以及18S rDNA的部分序列,并进行了序列特征、遗传多样性、遗传距离及系统发育等相关分析.结果显示, 基于ITS1序列的单倍型数、核苷酸变异位点、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别在2—6、1—12、0.425—0.800、0.00081—0.00486和0.366—2.442; 基于5S 序列的相应参数分别在2—5、1—14、0.533—0.841、0.00108—0.01058和0.533—5.726.4种扇贝均表现出较低的多样性水平(π<0.01).此外, 4种扇贝基于2种方法计算的种间遗传距离分别在0.040—0.121和0.042—0.413, 均表现为岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近, 而岩扇贝与海湾扇贝遗传距离最远.并且系统进化树分析显示岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支, 说明引进物种岩扇贝与虾夷扇贝的亲缘关系较近.研究结果将为岩扇贝的种质资源保护以及今后的遗传育种研究工作提供参考信息.

目的 了解上海市当前流行的非结核分枝杆菌(NTM)病原谱,研究临床分离NTM的菌种分布特征,提高NTM的诊断水平,为指导和有效防治NTM感染提供参考.方法 收集复旦大学附属华山医院2008年至2013年临床分离分枝杆菌阳性菌株,经热灭活处理抽提基因组DNA并采用16SrDNA、hsp65和rpoB 3个靶基因测序综合比对进行菌种鉴定.结果 2008年1月至2013年12月,分枝杆菌分离培养的阳性率为4.1％(411/10 015),对剔除重复后的253株阳性菌株鉴定发现140株属于结核分枝杆菌复合群,102株NTM,以及11株奴卡菌,分别占55.3％、40.3％和4.4％.其中NTM的阳性率从2008年的25.0％持续增长至2 013年的42.7％,2012年最高(54.9％).进一步分析NTM菌种,菌种分布多达16种,其中数量最多的主要是脓肿分枝杆菌28株、海分枝杆菌18株、鸟-胞内分枝杆菌复合群17株,以及偶发分枝杆菌10株,分别占27.5％、17.6％、16.7％和9.8％.结论 综合性医院临床分离NTM菌株数量及阳性率均呈上升趋势,NTM感染相关病例逐年增多,以脓肿分枝杆菌,以及海分枝杆菌、鸟-胞内分枝杆菌复合群和偶发分枝杆菌等为主.

目的:研究甘草内生真菌GJZ21活性作用及活性代谢物,旨在深入开发应用该菌株.方法:采用滤纸片法及DPPH法研究甘草内生真菌GJZ21的抑菌活性及抗氧化活性;结合其形态特征观察及18SrDNA序列同源性分析,对该菌株进行鉴定;利用柱色谱法对GJZ21发酵液进行分离.结果:内生真菌GJZ21具有较好的抑菌活性及抗氧化活性,该菌株经鉴定为变色曲霉菌(Aspergillus versicolor);并从该菌发酵液中分离得到甘草素.结论:GJZ21为甘草素产生菌,该菌株可为甘草素成分的生产提供新方法.