目的:分析2例无明显原因精神运动发育迟缓、面容异常的患儿的基因特征，加强对Coffin-Siris综合征(CSS)的认识与了解。方法:选取2019年7月至2021年1月因"发育迟缓"就诊于中国人民解放军联勤保障部队第九八〇医院新生儿科的2例CSS患儿，其中男性1例，女性1例，及其家系成员2代，共计7人作为研究对象。收集患儿及家庭成员的临床资料和家族史，对患儿进行详细的体格检查，完善实验室及相关辅助检查。对患儿及其父母进行全外显子组测序(WES)和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)，确认变异基因位点及拷贝数变异(CNV)。结果:患儿1为8月龄女性，存在小头畸形、房间隔缺损、第五指/趾侧弯、四肢肌张力低下。患儿2为2岁6个月男性，存在语言迟缓、社交障碍、毛发浓密，第五指无弯曲。基因检测发现患儿1在 ARID1B基因存在第8～21外显子杂合缺失，家系验证显示其父母均为野生型，考虑为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)和美国分子病理学会发布的序列变异解读标准和指南，该变异评级为致病性变异(PVS1＋PS2＋PM2_Supporting)。患儿2的 ARID1B基因存在1个杂合变异c.4263-6(IVS17)T>G，转录组测序结果显示该变异会影响正常剪接，致第17内含子中5 bp序列滞留，家系验证显示其父母均为野生型，考虑为新发变异。根据ACMG变异标准与指南，c.4263-6(IVS17)T>G评级为致病性变异(PS2＋PM2_Supporting＋PP3＋PS3)。 结论:利用WES和CNV-seq技术确诊了2例CSS患儿，发现的变异拓展了CSS新的致病基因变异谱，为家庭遗传咨询提供了可靠的依据。

目的:探讨腺苷酸活化蛋白激酶亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2，Prkaa2）与核糖体蛋白S6激酶A1 （ribosomal protein S6 kinase A1，Rps6ka1）的关系及Prkaa2对转化生长因子β1 （transforming growth factor-β，TGF-β1）诱导的肾小管上皮细胞纤维化的影响。方法:用重组蛋白TGF-β1诱导NRK-52e细胞制备纤维化的细胞模型。采用实时定量聚合酶链反应（real-time quantitative polymerase chain reaction，qRT-PCR）、蛋白质印迹法检测大鼠肾小管上皮细胞系NRK-52e细胞（对照组）和10 ng/ml TGF-β1诱导12、24、36 h的NRK-52e细胞中Prkaa2的表达水平。于NRK-52e贴壁生长达30%时加入Prkaa2低表达慢病毒，转染72 h后收集细胞，并于Prkka2低表达慢病毒组及Prkaa2空病毒组中用qRT-PCR检测Prkaa2敲减效率。设立TGF-β1诱导、Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导和Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导3个实验组，同时以正常未作任何处理的NRK-52e细胞系为对照组。通过蛋白质印迹法检测Prkaa1、Prkaa2、α-平滑肌肌动蛋白（Alpha-smooth muscle actin，α-SMA）、E钙粘蛋白（E-cadherin）、波形蛋白（Vimentin）、Bcl-2相关X蛋白（Bax）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶9 （cysteinyl aspartate specific proteinase9，Caspase9）和p53基因（p53）的表达。从Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组和Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导组中分别选取3个生物学重复样本，通过Affymetrix基因表达谱芯片测序结果筛选差异表达的基因。然后，在Prkaa2RNAi+TGF-β1、Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导2个实验组中验证Prkaa2、Rps6ka1的表达。结果:qRT-PCR及蛋白印迹检测结果显示，TGF-β1诱导12 h时NRK-52e细胞中Prkaa2的mRNA和蛋白的相对表达量分别为1. 368±0. 083和1. 311±0. 007，与对照组1. 000±0. 123和1. 159±0. 009相比，差异有统计学意义（ P<0. 05）。qRT-PCR实验结果显示Prkaa2空病毒组相对表达量为1. 042± 0. 302，较Prkaa2低表达慢病毒组为0. 171±0. 165 ，Prkaa2 mRNA表达下调，差异具有统计学意义（ P= 0. 023）。蛋白质印迹法检测结果显示，TGF-β1诱导组E-cadherin相对表达量为2. 89±0. 04，较对照组3. 82±0. 03下调，差异有统计学意义（ P<0. 05）；TGF-β1诱导组Prkaa1相对表达量为1. 04±0. 04，较对照组1. 06±0. 05未见明显变化，差异无统计学意义（ P>0. 05）；TGF-β1诱导组α-SMA、Vimentin和Bax、Caspase9、p53相对表达量分别为3. 60±0. 03、1. 07±0. 07、1. 81±0. 02、1. 17±0. 04、0. 62± 0. 01，均较对照组2. 95±0. 04、0. 74±0. 03、1. 00±0. 04、0. 77±0. 05、0. 37±0. 01上调，差异均有统计学意义（ P<0. 05）。Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组E-cadherin相对表达量为3. 57±0. 03，较空病毒+ TGF-β1诱导组3. 04±0. 15上调，差异有统计学意义（ P<0. 05）；Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导组Prkaa1相对表达量为1. 03±0. 05，较空病毒+TGF-β1诱导组1. 05±0. 06未见明显变化，差异无统计学意义（ P>0. 05）；Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导组Prkaa2、α-SMA、Vimentin和Bax、Caspase9、p53相对表达量分别为0. 54±0. 02、3. 21±0. 07、0. 44±0. 03、1. 16±0. 08、0. 94±0. 03、0. 44±0. 03，均较空病毒+TGF-β1诱导组0. 89±0. 01、3. 49±0. 06、0. 98±0. 07、1. 87±0. 02、1. 21±0. 04、0. 65± 0. 03下调，差异均有统计学意义（ P<0. 05）。Affymetrix基因表达谱芯片测序结果显示核糖体蛋白S6激酶A1(ribosomal protein S6 kinase A1，Rps6ka1）下调。蛋白质印迹法和qRT-PCR验证结果提示，Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组Rps6ka1表达相对表达量为0. 60±0. 02、0. 590±0. 026，较Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导组1. 15±0. 04、1. 003±0. 080下调，差异有统计学意义（ P<0. 05）。 结论:Prkaa2与Rps6ka1存在正向调控关系，抑制Prkaa2可以改善TGF-β1诱导的肾小管上皮细胞纤维化。

目的:基于基因芯片筛选骨关节炎特征基因谱及信号通路。方法:基于Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的2个人类关节滑膜组织微阵列（GSE82107和GSE55235），包括20个骨关节炎样本和17个健康对照样本，采用GEO2R工具筛选骨关节炎和健康对照之间的差异表达基因(DEGs)。使用注释、可视化和集成发现数据库进行基因本体论功能（GO）和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)的生物通路富集(https://david.ncifcrf.gov/)，以确定DEGs的路径和功能注释。以蛋白-蛋白互作（PPI）基因数据库检索工具为基础，利用Cytoscape软件进行可视化处理（http://www.string-db.org/），分析这些DEGs的PPI，并筛选出关键基因。结果:2个微阵列数据库共筛选出滑膜组织191个上调的DEGs和49个下调的DEGs。DEGs主要被富集到"炎症反应"、"骨细胞分化"、"正向凋亡细胞调控"等生物功能调控上以及HTLV-I感染、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、甲型流感、肿瘤坏死因子信号通路、NF-κB信号通路、PI3激酶/Akt途径、Toll样受体途径、军团杆菌、沙门氏菌等14条信号通路。PPI在MNC和连接度（Degree）两个模式筛选出前10个关键基因，其中白细胞介素-6、JUN、CXCL8、EGR1、CCND1被确定为有价值的骨关节炎生物标记物。结论:通过对骨关节炎的芯片分析筛选出的14条信号通路和10个特征性基因谱，可能为阐明骨关节炎的发病机制提供新的线索。

目的 分析胃癌组织中磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)相关基因的表达及功能,寻找胃癌相关的潜在生物标志物.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胃癌数据,在分子特征数据库(MSigDB)下载PI3K-AKT相关基因集合,使用Wilcoxon检验和倍性变化筛选差异表达基因.通过R包"survival"进行生存分析.使用STRING数据库分析相关蛋白质交互作用(PPI)网络信息.基于Metascape对差异表达基因进行富集分析.应用CIBERSORT算法计算胃癌免疫细胞浸润水平.选取2023年3—5月在河北医科大学第四医院外三科行根治性手术的20例进展期胃癌患者标本,使用Western法检测肿瘤组织和癌旁组织中CXC基序受体4(CXCR4)的表达.结果 基于TCGA数据库,胃癌组织中上调基因10个,分别为溶质载体家族2成员1(SLC2A1)、周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、E2F转录因子1(E2F1)、肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)、tribbles假激酶3(TRIB3)、G蛋白亚基γ转导蛋白1(GNGT1)、成纤维细胞生长因子17(FGF17)、白细胞介素4(IL-4)和CXCR4.下调基因12个,分别为蛋白激酶Cβ型异构体(PRKCB)、双特异性蛋白磷酸酶3(DUSP3)、类钙结合蛋白39(CAB39L)、蛋白激酶AMP激活催化亚基α2(PRKAA2)、腺苷酸环化酶2(ADCY2)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(CDKN1A)、Toll通路中进化保守的信号传导中间体(ECSIT)、肽基脯氨酰顺/反异构酶-NIMA相互作用1(PIN1)、丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)、MAPK相互作用的丝氨酸/苏氨酸激酶2(MKNK2)和T细胞淋巴瘤侵袭转移诱导蛋白1(TIAM1).CXCR4基因的表达与患者的预后相关,103例高表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为33.8％和18.8％,303例低表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为51.3％和42.5％,差异有统计学意义(x2=16.60,P<0.001).对CXCR4进行PPI网络显示,其与其他蛋白具有广泛的相互作用.通路富集分析结果显示,在基因本体论(GO)数据库收录的通路中,CXCR4主要与细胞因子介导的信号通路、调节白细胞胞间黏附、正向调节细胞因子产生、调节肽基酪氨酸磷酸化、调节造血功能和调节防御反应密切相关.在京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库收录的通路中,CXCR4主要与趋化因子信号通路、Th17细胞分化、破骨细胞分化、人巨细胞病毒感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用密切相关.免疫细胞浸润结果显示,胃癌组织中,CXCR4的表达与初始B细胞浸润呈正相关(r=0.24,P<0.001),与CD8+T细胞浸润也呈正相关(r=0.25,P<0.001).Western blot法检测显示,CXCR4蛋白在胃癌组织中的相对表达水平为1.52±0.27,明显高于其在癌旁组织中的相对表达水平(0.42±0.12;t=17.05,P<0.001).结论 PI3K-AKT相关基因CXCR4在胃癌组织中高表达,且与胃癌患者预后、多种信号通路及初始B细胞和CD8+T细胞浸润相关,是胃癌潜在的生物标志物.

目的 了解济宁市城区生活污水中沙门菌分布、血清型、耐药特征,并进行全基因组测序分析,为沙门菌的防控提供科学依据.方法 2023年2-3月,每周采集城区3个污水厂进水口污水各2份,每份500 ml,连续采集7周,合计42份污水样本,对污水样本进行沙门菌的培养、分离、鉴定,分离出的沙门菌进行血清凝集试验和荧光定量PCR血清分型,利用微量肉汤稀释法对41株沙门菌进行9类17种药物的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)检测,进行全基因组测序及系统进化分析.结果 济宁市城区生活污水沙门菌分离率较高,42份样本中阳性样本24份,共分离出41株沙门菌,属9种血清型,以阿贡纳和肯塔基为主,李营和济东污水厂有其独有的血清型.只有1株吉韦沙门菌不耐药,其余40株沙门菌均为多重耐药菌,对复方新诺明、四环素、氨苄西林、链霉素耐药率达90％以上,对氨苄西林/舒巴坦耐药率达80％以上,共19种耐药谱,SXT-TET-STR-AMP-AMS占首位,不同血清型沙门菌的耐药谱不同,肯塔基沙门菌、黄金海岸沙门菌、婴儿沙门菌的多重耐药非常严重,同种血清型在不同污水厂中的耐药谱也不一致,李营污水厂的沙门菌耐药现象最严重.利用CARD数据库进行耐药基因预测,主要预测出8类耐药家族的18个耐药基因,耐药表型与耐药基因几乎全部一致.不同血清型沙门菌的ST分型不同,以ST13的阿贡纳沙门菌为主,进化树分为6个簇,不同污水厂的沙门菌在不同分支,提示基因组有差异,不同源.结论 济宁市城区生活污水中沙门菌血清型多样,提示可能已在人群中存在并传播,耐药严重,携带耐药基因广泛,有些型别菌株持续存在且跨区域分布,有致病风险,需持续监测,并制定对科学的防控措施以控制沙门菌的流行及耐药的加重.

目的 基于鸟苷酸-腺苷酸合成酶-干扰素基因刺激因子(cGAS-STING)通路探讨参白扶正颗粒调节肿瘤免疫应答的作用机制.方法 取KM小鼠60 只,建立人胃癌MGC803 细胞移植瘤模型,将42 只成模小鼠按照随机数字表法分为模型组10 只、参白扶正低剂量组10 只、参白扶正中剂量组11 只、参白扶正高剂量组11 只,分别给予生理盐水和5 mg/g、10 mg/g、20 mg/g参白扶正颗粒溶液灌胃,均2 次/d,连续灌胃15 d.末次灌胃结束后,剥离瘤体组织,称重并计算肿瘤抑制率,采用 HE 染色法观察肿瘤组织病理形态,流式细胞术检测肿瘤组织中免疫活化指标[CD4+、CD8+、γ干扰素(IFN-γ)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、CD45+ CD11c+ MHC-Ⅱ+、CD40+、CD70+、CD4+Foxp3+Treg]水平,酶联免疫吸附法检测肿瘤组织中cGAS-STING通路相关细胞因子[β干扰素(IFN-β)、C-C类趋化因子22(CCL22)、C-C类趋化因子17(CCL17)、白细胞介素-10(IL-10)]水平,Western blot法检测肿瘤组织中cGAS-STING通路相关蛋白[STING、TANK结合激酶1(TBK1)、干扰素调节因子3(IRF3)]表达情况.结果 参白扶正各组瘤重均明显低于模型组(P均＜0.05),且瘤重随参白扶正颗粒剂量增加而降低,肿瘤抑制率随参白扶正颗粒剂量增加而升高,两两比较差异均有统计学意义(P均＜0.05).参白扶正各组小鼠胃黏膜炎症浸润、细胞间质充血水肿较模型组不同程度减轻,异型性不明显.参白扶正各组小鼠肿瘤组织中CD4+、CD8+、IFN-γ、CD45+ CD11c+ MHC-Ⅱ+、CD40+、CD70+水平及cGAS、STING、TBK1、IRF3蛋白相对表达量均明显高于模型组(P均＜0.05),且上述各指标随参白扶正颗粒剂量增加而升高(P均＜0.05);参白扶正各组小鼠肿瘤组织中TNF-α、CD4+Foxp3+Treg、IFN-β、CCL22、CCL17、IL-10 水平均明显低于模型组(P均＜0.05),且上述因子水平随参白扶正颗粒剂量增加而降低(P均＜0.05).结论 参白扶正颗粒可抑制胃癌移植瘤小鼠肿瘤生长,可通过调节肿瘤免疫应答而增强小鼠免疫功能,减轻炎症反应,其机制可能与调控cGAS-STING通路有关.

[目的]为了研究致倦库蚊Culex quinquefasciatus成蚊吸食血餐及感染乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)前后的中肠细菌多样性及差异,更深层次地揭示致倦库蚊与其中肠细菌之间的关系,以及血液消化和病毒感染期间中肠细菌发生变化的原因.[方法]提取吸食糖水(10％蔗糖溶液)、不含JEV血餐和含JEV血餐的致倦库蚊成蚊中肠细菌基因组DNA,PCR扩增中肠细菌的16S rDNA高变区序列,采用Illumina NovaSeq6000测序平台进行测序并进行生物信息学分析;提取吸食不含JEV血餐和含JEV血餐的致倦库蚊成蚊中肠总RNA,使用RT-qPCR检测中肠中抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)基因 CqAttacin,CqCecropin,CqCecropin A,CqDefensin A 和CqDefensin C表达量.[结果]致倦库蚊成蚊吸食血餐前后的中肠细菌共有204个扩增子序列变体(amplicon sequence variants,AS Vs),归属于4门9纲17目27科36属;感染JEV前后的致倦库蚊中肠细菌共有120个ASVs,归属于6门13纲23目38科47属.在属水平上,伊丽莎白金菌属Elizabethkingia作为优势菌属普遍存在于各中肠细菌中;肠杆菌属Enterobacter在吸食血餐后第2天时的致倦库蚊成蚊中肠中丰度最高,摩根氏菌属Morganella、根瘤菌属Rhizobium和鲍特氏菌属Bordetella则主要存在于感染了 JEV的致倦库蚊成蚊中肠内.吸食糖水与吸食血餐后第2天时的致倦库蚊成蚊中肠细菌代谢通路差异最大,主要差异代谢通路是磷酸转移酶系统、铁载体类非核糖体肽的生物合成、N-聚糖生物合成、脂肪酸生物合成以及一些氨基酸的代谢通路.感染与未感染JEV的致倦库蚊成蚊中肠菌群存在差异,且感染JEV后中肠细菌丰富度更高.吸食血餐使致倦库蚊成蚊中肠中抗菌肽基因 CqAttacin,CqCecropin,CqDefensin A,CqDefensin A 和 CqDefensin C 表达量与吸食糖水的对照组的相比上调,而感染JEV使抗菌肽基因CqCecropin A,CqDefensin A和CqDefensin C表达量与吸食不含JEV血餐的相比显著下调.[结论]致倦库蚊成蚊吸食血餐和感染JEV均导致中肠细菌发生变化,前者表明血液消化过程对中肠细菌具有选择性,后者则可能与JEV感染导致的致倦库蚊成蚊中肠抗菌肽基因表达量下调有关.

一、BHD综合征和FLCN基因信号传导Birt-Hogg-Dube'( BHD)综合征是一种罕见的常染色体显性遗传性皮肤病,1975 年和1977 年首次被发现[ 1-2 ]. 1977年,Birt等人研究发现,家族患有遗传性常染色体显性模式中的纤维性滤泡性皮肤肿瘤. 后来被命名为Birt-Hogg-Dubé综合征[1]. Birt-Hogg-Dublos综合征主要特征表现为多发皮肤纤维囊腺瘤,多发性肺囊肿,反复自发性气胸,肾肿瘤等[ 1 ]. 进一步研究发现, BHD综合征由FLCN基因突变引起[3]. Nickerson 等人[3]首次描述了17p11染色体上该基因的易感基因座. 即为FLCN基因.FLCN基因位于染色体17 p11.2 上[ 4 ]. 由14 个外显子组成,编码一种称为卵泡素的64 kDa 蛋白,没有特征功能结构域. 研究发现,FLCN编码两种FL-CN结合蛋白,即为FNIP1 和FNIP2 ,与5α-AMP激活的蛋白激酶( AMPK )相互作用. AMPK是负调节哺乳动物雷帕霉素靶标( mTOR)的细胞中的重要能量传感器,是细胞生长和增殖的调节枢纽[5-7]. 故推测FLCN可能在细胞能量和生长增殖过程中发挥重要作用. 研究表明, BHD综合征的患者中,肺囊肿细胞中强烈表达磷酸化mTOR 和磷酸化S6 ,在FLCN单倍体不足的条件下,肺囊肿细胞中mTOR信号传导加速,下游分子如S6蛋白和VEGF有助于囊肿的发展[ 8 ]. 最近的研究已经阐明了FLCN在转录因子E3 和转化生长因子β的调节中的抑制活性,其广泛参与肿瘤发生和凋亡[9-10].

目的 克隆家蝇AMP17基因并进行、序列分析,对其时空表达模式进行初步探索. 方法 从微生物诱导的家蝇转录组数据库中筛选差异高表达唾液腺蛋白AMP17基因.以该基因的cDNA文库质粒为模板进行PCR扩增,运用生物信息学方法对其编码蛋白进行结构与功能分析.取家蝇不同生活史时期标本(卵,各龄幼虫,蛹,雄雌成虫)及3龄幼虫不同组织部位(体壁、气管、唾液腺、脂肪体、马氏管及中肠)标本,采用实时荧光定量PCR检测AMP17基因表达情况. 结果 PCR扩增得到约495 bp的特异性AMP17基因片段.AMP17基因ORF全长495 bp,编码164个氨基酸,理论分子质量单位17.4×103,等电点为6.09,整个多肽链表现为亲水性.该蛋白属于分泌蛋白,主要分布在细胞外(包括细胞壁).磷酸化位点分析该蛋白,有5个丝氨酸、3个苏氨酸、1个色氨酸可能成为蛋白激酶磷酸化位点.其二级结构中主要以α-螺旋,不规则卷曲和延伸链为蛋白最大量的结构元件.时空表达谱显示,家蝇不同发育时期中,以卵期作为参照,AMP17基因在3龄及雄成虫时期表达量高,表达水平排列顺序为3龄幼虫＞雄成虫＞1龄幼虫＞雌成虫＞蛹期＞2龄幼虫＞卵,3龄幼虫时期表达量比卵期上调了20 320.98倍(P＜0.01);雄成虫上调了10 936.37倍(P＜0.01).以体壁作为参照,AMP17基因在家蝇3龄幼虫不同组织的表达以马氏管表达最高,比体壁上调了2.40倍(P＜0.05);其次为唾液腺,比体壁上调了1.31倍(P＜0.01). 结论 成功克隆了家蝇AMP17基因并初步探索了其时空表达模式,为进一步研究其功能奠定了基础.

目的:探讨家蝇幼虫经白色念珠菌Candida albican胁迫后,AMP17基因时空表达谱的变化.方法:显微注射法将白色念珠菌导入家蝇幼虫体内,饲养3 h、6 h、12 h、24 h、36 h、48 h后,提取各组整虫RNA,采用实时荧光定量PCR分析AMP17的时间表达情况;选取经胁迫后3 h、12 h、48 h的幼虫,解剖获得体壁、脂肪体、马氏管、中肠、唾液腺、气管、血淋巴,同上分析AMP17的空间表达情况.以注射PBS为对照组,家蝇RPS18为内参基因,设3个生物重复.结果:注射白色念珠菌后,实验组幼虫的AMP17基因表达量较对照组明显上调,高表达一直持续到12 h,24 h明显下降,但48 h表达量又突然大幅度升高.不同组织中实验组与对照组比较,3 h时体壁表达量最高,上调6.59倍(P<0.01),其次是气管上调4.74倍;感染12 h后,体壁表达量依然最高,上调了5.54倍(P<0.01),其次为血淋巴,上调了1.87倍(P<0.05);感染48 h后,体壁表达量上调了10.98倍(P<0.05);唾液腺上调了7.28倍(P<0.05).结论:经白色念珠菌胁迫后,AMP17基因的表达量出现了明显的上调,提示该基因参与了家蝇应对真菌侵染的免疫反应.