目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4，CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析，为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma，RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid，KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer，A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA，通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因，利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011，系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71，EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。

目的:本研究旨在分析2019—2020年期间我国6个省市(北京、河南、吉林、安徽、甘肃和山东)流行的人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的全基因组序列特征，以揭示其基因组的遗传变异特点和分子进化规律。方法:根据基因型别、遗传差异和时空分布等原则，从6个省市筛选出12株HPIV3流行代表株(其中7株为C3a型、2株为C3b型、3株为C3f型)。采用巢式RT-PCR方法进行分段重叠扩增并获取其全基因组序列。随后，构建全球HPIV3代表株的全基因组序列数据库，使用生物信息学软件开展分析。结果:研究发现，这12株HPIV3代表株的全基因组序列长度在15 227 bp~15 370 bp之间，G+C含量为35.1%~35.3%，核苷酸一致性为97.6%~99.6%，与原型株(GenBank登录号：NC_001796.2)的核苷酸一致性为94.2%~94.5%。分析我国和全球可获取的HPIV3全基因组序列显示，基因组变异方式主要为点突变，未发现碱基缺失和基因重组现象。仅在本研究的一株吉林省代表株(CHN/Jilin036/2019/C3b)的F基因3′UTR区域发现ATTAAA碱基插入，其病原学意义有待进一步研究。对基因组编码蛋白的氨基酸比对结果显示，我国和全球广泛流行的C3a分支HPIV3在N蛋白、P蛋白和L蛋白上存在分支特异性变异位点，而我国流行的部分C3a毒株在L蛋白上还存在一个独特的变异位点(N216S)，尚未发现我国C3b和C3f分支毒株存在特异性变异位点。基于全基因组的进化分析显示，全球HPIV3流行株的最近共同祖先株形成时间(the time to the most recent common ancestor，tMRCA)可追溯至1927年(95%HPD：1901—1945)，平均分子进化速率为5.29×10 －4替换/位点/年，而我国HPIV3流行株的平均分子进化速率为5.24×10 －4替换/位点/年。此外，HPIV3编码的各个基因均受到负向选择压力，其中P基因、HN基因和F基因的核苷酸变异最为显著，且其分子进化速率高于其他基因。 结论:本研究期间6个省市流行的HPIV3病毒株全基因组进化相对保守，点突变是驱动HPIV3基因组进化的主要方式。

目的:分析赣州市流行的麻疹病毒的基因特征。方法:采集麻疹疑似病例咽拭子标本，应用荧光RT-PCR方法检测麻疹病毒核酸；用Vero/SLAM细胞对麻疹病毒核酸检测阳性标本进行病毒分离培养，并将麻疹病毒分离株进行核蛋白N基因和血凝素蛋白H基因扩增、测序；运用DNAStar、Bioedit和MEGA 5.0等分子生物学软件对N基因和H基因进行序列特征分析。结果:978份疑似麻疹病例咽拭子标本中，检出47份麻疹病毒核酸阳性，阳性率为4.81%，分离到25株毒株；扩增的13株毒株均为H1基因型的H1a亚型，与H1a基因型代表株（CHN/93/2）N基因核苷酸、氨基酸的同源性分别98.0%~98.5%、97.9%~99.6%，与H基因核苷酸、氨基酸的同源性分别为98.2%~98.9%、97.4%~98.5%。各分离株N基因与中国疫苗株Shanghai-191之间核苷酸、氨基酸的同源性分别为93.7%~95.2%、95.2%~96.8%；H基因与Shanghai-191之间核苷酸、氨基酸的同源性为94.2%~96.5%、94.2%~96.6%。结论:2013—2016年赣州市麻疹病毒流行株为H1a亚型，疫苗株对现流行株有保护性，但仍需持续监测麻疹病毒基因的变异情况。

目的:研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法:采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果:发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论:新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

目的 分析2021年宁夏回族自治区银川市人鼻病毒(HRV)A49全基因组序列的遗传特征及变异.方法 2021年1月1日—2021年12月31日对宁夏回族自治区银川市2家流感监测哨点医院收集的2份HRV核酸检测阳性且符合流感样诊断标准的呼吸道感染性疾病患者鼻咽拭子样本进行全基因组测序.在GenBank数据库下载参考序列,使用Mafft软件进行序列比对、MEGA11软件构建亲缘关系进化树,Beast1.10.4软件构建贝叶斯进化树.使用DNAStar软件分析序列的核苷酸(氨基酸)同源性及变异.结果 获得2株HRV全基因组序列均属于HRV A49型.株间核苷酸(氨基酸)同源性为96.9％(99.5％).719株是HRV单一感染株,感染者为2岁女童,序列全长7 103 bp,CG的含量为38.97％,与源自2021年美国OL961540株亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.1％,氨基酸同源性最高的是OL133734、OK254862、MZ629143,为99.8％.847株是HRV和副流感病毒Ⅲ型合并感染株,感染者为3岁女童,序列全长7 038 bp,CG的含量为39.61％,与源自我国2017年MW587079株亲缘关系最近,核苷酸(氨基酸)同源性为98.2％(99.5％).氨基酸变异分析表明,与标准株相比719株存在69个氨基酸位点突变,847株存在66个氨基酸位点突变.719株与氨基酸同源性最高的参考序列OL133734、OK254862、MZ629143相比共发生5个位点突变,847株与OL133734、OK254862、MZ629143、MW587079相比共发生6个位点突变.结论 本研究2株HRV属于A49血清型,VP1、3C、3D编码蛋白区变异较大.

目的 明确宁夏银川地区奶牛毕氏肠微孢子虫的感染情况及其主要基因型.方法 2021年8月—2022年8月,在银川市及周边县6个规模化奶牛场采集奶牛新鲜粪样(包括腹泻粪样和非腹泻粪样),提取粪样基因组DNA,用毕氏肠微孢子虫内部转录间隔区(ITS)引物进行巢式PCR,回收PCR产物后送测序并进行BLAST比对,鉴定毕氏肠微孢子虫基因型.采用SPSS 25.0软件进行分析,不同月龄奶牛毕氏肠微孢子虫阳性率差异的比较采用x2检验.结果 共采集奶牛粪样772份,巢式PCR扩增结果显示,奶牛毕氏肠微孢子虫阳性率为8.7％(67/772),目的条带大小约为400 bp.不同牧场的奶牛毕氏肠微孢子虫阳性率为4.8％(6/124)～11.5％(18/156),差异有统计学意义(x2=30.828,P＜0.05).5～7月龄犊牛的阳性率最高(15.6％,23/147),12月龄以上育成牛的最低(3.4％,5/149),不同月龄的奶牛阳性率差异有统计学意义(x2=59.529,P＜0.05).腹泻粪样中毕氏肠微孢子虫的阳性率为10.6％(42/398),高于非腹泻粪样(6.7％,25/374)(x2=3.419,P＜0.05).测序共检出66条毕氏肠微孢子虫序列,分为CHN4、BEB4、J、I型等4种基因型,提交GenBank获得的登录号分别为OR352930、OR352929、OR352932 和 OR352931.其中 CHN4 型 3 条(占 4.5％),与 G1 亚群 CHN4 基因型(HM992511)的序列一致性为98.4％;BEB4型18条(占27.3％),与G2亚群BEB4基因型(AY331008)的序列一致性为96.3％;J型22条(占33.3％),与G2亚群J基因型(AF135837)的序列一致性为93.1％;I型23条(占34.9％),与G2亚群I基因型(AF135836)的序列一致性为91.1％.不同月龄奶牛感染的毕氏肠微孢子虫的优势基因型不同,BEB4型、J型和I型毕氏肠微孢子虫在奶牛的各个月龄段均存在,3种基因型的总和分别占阳性腹泻粪样和阳性非腹泻粪样的88.1％(37/42)和60.0％(15/25),二者差异有统计学意义(x2=3.419,P＜0.05).结论 宁夏银川地区奶牛存在毕氏肠微孢子虫感染,主要基因型为BEB4、J和I基因型.

背景:甲基苯丙胺(Methamphetamine,MA)滥用情况在我国十分严峻,已成为我国第一大毒品.甲基苯丙胺依赖的机制尚不完全清楚.CHN2 基因编码嵌合蛋白-2,该蛋白可通过Rac GTP 酶系统调控轴突修剪,在神经系统功能环路的形成中起关键作用.遗传学研究显示该基因的多态性与物质依赖形成相关.目的: 本研究旨在研究CHN2 基因启动子区甲基化改变与甲基苯丙胺依赖的关系,以探索甲基苯丙胺依赖的新机制.方法: 采用美国精神障碍诊断与统计手册第四版(DSM-IV)轴I 障碍定式检查工具中文版对强制戒毒所的甲基苯丙胺依赖者进行调查,筛选出224 名男性依赖者纳入病例组.另外选择年龄匹配的109 名身体健康的男性作为对照组.采取受检者静脉血液,采用Methylight qPCR 技术测定CHN2 基因启动子区甲基化状态,统计分析比较两组的检测结果.结果: 甲基苯丙胺依赖组CHN2 基因启动子区甲基化程度为2795.55(733.19),显著高于正常对照组的1026.73(698.73),(t=21.25, p<0.001).相关分析显示CHN2 基因启动子区甲基化程度与开始使用甲基苯丙胺的年龄、使用甲基苯丙胺的总时间、合并使用其它精神活性物质(K 粉、烟草、和酒精)无明显关联.结论: CHN2 基因启动子区甲基化改变与甲基苯丙胺依赖显著相关.

目的 对渭南市2015-2016年风疹实验室检测结果进行分析,了解渭南市风疹流行特征,为风疹防控提供病原学依据.方法 应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法,对渭南市2015-2016年614份疑似风疹标本进行核酸检测.结果 风疹阳性率为23.94％(147/614),风疹阳性病例男女比为1.58∶1 (97/57),风疹发病有明显的季节性,发病高峰期在1-5月,发病以青少年为主,集中在15～19岁年龄组,出诊3d内采样风疹阳性率为33.77％(129/382).序列比对检索(Blast)分析显示,渭南市风疹病毒与安徽株(RVi/Huainan.Anhui.CHN/41.11)核苷酸序列同源性最高为99％.结论 应在风疹流行期前开展风疹监测,为风疹防控提供预警,应重点加强15～19岁组人群免疫管理,尽早采集出疹3d内样品.渭南市风疹病毒属于2B基因型.