目的:探讨酪蛋白水解肽酶B同源物（caseinolytic peptidase B homolog， CLPB）基因变异所致3-甲基戊烯二酸尿症Ⅶ型的遗传学病因。 方法:回顾性分析1例在贵州医科大学附属医院诊断为3-甲基戊烯二酸尿症Ⅶ型患儿的分子生物学特征。提取患儿外周血白细胞DNA，应用高通量测序技术进行基因变异分析，并用Sanger测序进行家系验证。结果:患儿生后出现四肢强直、口周发绀，曾因“新生儿低钙血症、新生儿低血糖、新生儿黄疸（ABO溶血）”住院治疗。1岁1月龄因“发热4 d”后出现不能独坐、竖头不稳、进食呛咳，反复呼吸道感染，肌张力增高，尿代谢筛查示3-甲基戊烯二酸浓度为34.98 mmol/molCr。肌电图提示双侧腓总神经运动传导速度均渐慢，双侧腓浅神经感觉传导速度均轻度渐慢，且波幅均降低。脑电图在24 h内监测到18次癫痫临床发作。头颅MRI见脑发育欠佳，额叶及小脑为著；髓鞘化延迟。基因检测结果显示患儿 CLPB基因存在c.1016T>G（p.L339R）和c.130delG（p.E44Sfs*5）复合杂合变异；患儿母亲携带 CLPB基因c.1016T>G（p.L339R）杂合变异，患儿父亲携带 CLPB基因c.130delG（p.E44Sfs*5）杂合变异。患儿的变异分别来自父亲和母亲，均为未报道过的新变异。c.130delG（p.E44Sfs*5）杂合变异按照美国医学遗传学与基因组学学会指南评价为可能致病性。 结论:分别来自母亲和父亲的 CLPB基因c.1016T>G（p.L339R）和c.130delG（p.E44Sfs*5）复合杂合变异可能为该患儿的致病原因。

目的:对1例临床疑为3-甲基戊烯二酸(3-methylglutaconic acid, 3-MGA)尿症的患儿的 CLPB基因进行变异分析，为临床诊断提供依据。 方法:应用高通量测序进行基因检测，对疑似致病性变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果:基因测序结果显示患儿 CLPB基因存在c.1085G>A(p.Arg362Gln)和c.1700A>C(p.Tyr567Ser)复合杂合变异，患儿母亲携带 CLPB基因c.1700A>C(p.Tyr567Ser)杂合变异，父亲携带 CLPB基因c.1085G>A(p.Arg362Gln)杂合变异，患儿的两个变异位点分别遗传自父亲和母亲。c.1085G>A(p.Arg362Gln)是未报道过的新变异，按照美国医学遗传学会指南评价为可能致病的变异。 结论:CLPB基因c.1085G>A(p.Arg362Gln)和c.1700A>C(p.Tyr567Ser)复合杂合变异可能为患儿的致病原因，基因测序分析可以明确诊断。

目的:探讨1例3-甲基戊烯二酸尿症Ⅶ型患儿的临床特征及基因变异特点。方法:以2019年8月9日就诊于甘肃省妇幼保健院的1例患儿作为研究对象。收集患儿家系的临床资料，包括尿气相色谱质谱检测结果，应用全外显子组测序技术对患儿及其父母进行分析。结果:患儿为女性，主要表现为出生后间断皮肤青紫，惊厥，低镁血症，呼吸暂停，中性粒细胞减少。尿液3-甲基戊烯二酸水平升高至17.53 μmol/L。基因测序结果提示患儿携带 CLPB基因存在c.1016delT(p.L339Rfs*5)和c.1087A>G(p.R363G)复合杂合变异，分别遗传自其母亲和父亲，二者既往均未见报道。根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)相关指南，分别判定为致病变异和疑似致病变异。 结论:患儿被确诊为3-甲基戊烯二酸尿症Ⅶ型。c.1016delT和c.1087A>G变异的发现丰富了 CLPB基因的变异谱。

目的:对一例全面发育落后的婴儿进行临床和遗传学分析，明确其病因。方法:采集患儿及其家系成员的病史，应用实验室检查、遗传代谢病筛查和新一代测序技术对该家系进行临床和遗传学分析。结果:先证者临床表现为对声音反应不灵敏，竖头不稳，不能翻身、逗笑，不认识母亲。实验室检查血乳酸、血糖等正常，尿有机酸中3-甲基戊烯二酸、3-甲基戊二酸水平增高，提示为"3-甲基戊烯二酸尿症可能"。头颅磁共振扫描显示胼胝体压部T1W信号偏低，髓鞘化落后于月龄。高通量测序发现 CLPB基因存在复合杂合变异c.1085G>A和c.1700A>C，分别遗传自父亲和母亲，二者均为新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会标准，两个变异均预测为疑似致病变异。 结论:该患儿可能为 CLPB基因变异引起的3-甲基戊烯二酸尿症Ⅶ型。高通量测序技术为分析该类疾病提供了有力的诊断工具。

[背景]环链棒束孢(Isaria cateinannulata)是一种重要的虫生真菌,许多环境因子的胁迫作用影响了该菌在田间的生防效果.[目的]热休克蛋白酪蛋白溶解蛋白酶(Heat Shock Protein Casein Lytic Proteinase,Hsp100/Clp)是一类 ATP 依赖型 Hsp100家族蛋白,克隆该菌株 Hsp100/ClpB 家族的2个关键基因IcHsp104与IcHsp78,探索该对基因在应对不同温度及盐浓度胁迫下的作用.[方法]通过前期获得的转录组数据库,采用本地BLAST方法对环链棒束孢Hsp100家族基因进行分析筛选.通过RT-PCR技术,对环链棒束孢Hsp100基因的编码区(Open Reading Frame,ORF)进行碱基验证.通过分子生物信息学分析软件,对环链棒束孢Hsp100基因的氨基酸结构、进化树、功能结构域和三级结构进行分析.通过不同温度及盐浓度处理菌株,采用荧光定量PCR(Real-Time Quantitative PCR,RT-qPCR)技术,对获得的基因进行表达检测.[结果]共筛选出2个环链棒束孢Hsp100/ClpB基因Hsp104与Hsp78,将其命名为IcHsp104与IcHsp78,2个基因分别编码923个和805个氨基酸,分子量分别为103.199 kD和88.805 kD;2个基因均与棒束孢属、白僵菌属和虫草属3个物种的亲缘关系最近,但2个基因之间的同源性较低;2个基因编码的蛋白均为经典的AAA+-ATPase家族蛋白,三级结构以α螺旋为主.另外,经高低温处理菌株后,2个基因的表达均会上调,并随处理时间的延长上升越显著,而且高温胁迫组显著强于低温组.经不同浓度氯化钠处理后,低浓度组2个基因的表达量均上调,高浓度组2个基因的表达量均受到抑制.[结论]环链棒束孢IcHsp104与IcHsp78基因在抵抗外界温度及盐胁迫过程中起到重要的作用,为后续环链棒束孢应对环境胁迫的机理研究提供了理论基础.

[背景]副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)作为乳酸菌中重要菌种之一,常被认为是优良益生菌开发的潜在资源.[目的]以L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang为例,分析不同L.paracasei的基因组差异和遗传背景,为菌株的鉴定和开发奠定基础.[方法]采用PacBio SMRT三代测序技术对L.paracasei PC-01进行全基因组测序,结合2株L.paracasei模式菌株和公开的36株全基因组数据,通过比较基因组学方法揭示39株L.paracasei菌株之间的差异.[结果]L.paracasei PC-01基因组不包含质粒,染色体大小为2829251 bp,GC含量为46.64％;L.paracasei Zhang包含一个质粒基因组大小为2898456 bp,GC含量为46.51％;不同L.paracasei菌株基因组大小、质粒数及GC含量均存在一定差异.L.paracasei群体为开放式基因组,基因组具有高度多样性.基于核心基因构建系统发育树对于L.paracasei种内区分效果最好,L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang处于不同的进化分支.约占L.paracasei PC-01基因组长度91％的片段与L.paracasei Zhang基因组匹配率大于90％,L.paracasei PC-01注释到10个与转录调节鼠李糖代谢功能相关的特有基因,如aguA、clpB等;L.paracasei Zhang包含mshA、ltrA等特有基因,与糖基转移等功能相关.[结论]通过比较基因组学揭示L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang的遗传信息,解析了不同L.paracasei菌株之间的差异,为L.paracasei的鉴定和应用奠定了遗传学基础.

目的 了解产新德里金属β-内酰胺酶-1(NDM-1)阴沟肠杆菌(ECL)耐药性与毒力基因分布情况.方法 收集2017年1月—2020年11月昆明医科大学第一附属医院分离的ECL,试验组为29株产NDM-1的耐碳青霉烯类ECL(CRECL),对照组为32株不产NDM-1的CRECL和35株碳青霉烯类敏感ECL(CSECL).采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF MS)、全自动微生物分析系统进行菌株鉴定和药敏试验,PCR方法检测NDM-1耐药基因、24对毒力基因,采用χ2检验比较毒力基因分布差异.结果 该院分离的CRECL菌株NDM-1基因检出率为47.5％,产NDM-1的CRECL对常用抗菌药物表现为多重耐药.96株ECL菌株中,毒力基因acrA、tolC、wcaA、wcaM、wza的检出率较高,分别为80.2％、90.6％、87.5％、75.0％、92.7％,clpB、icmf、VasD/Lip基因的检出率也均在60％以上,未检出escV、nleB、pet、hlyA等毒力基因.产NDM-1的CRECL组clpB、icmf、VasD/Lip、acrA基因检出率高于不产NDM-1的CRECL,CRECL组clpB、icmf、VasD/Lip基因检出率高于CSECL组,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 产NDM-1 CRECL耐药形势严峻而且毒力基因的携带率也增高,临床用药应兼顾细菌的耐药性和毒力基因分布情况.

目的 探究化合物M6所干预的谷氨酸棒状杆菌(Cg)基因表达网络,以期为深入研究M6的抗菌作用机制提供候选基因.方法 利用Chemdraw 18.0软件展示M6的分子结构,二倍稀释法测定M6在多种微生物中的抗菌谱;模式菌选用与MTB细胞壁相似的Cg,刃天青法测定M6的最低抑菌浓度(MIC);用转录组测序分析M6对Cg基因表达的影响,实验组和对照组分别用1/2 MIC浓度的M6和相同浓度的DMSO处理Cg 24 h,每组设3次生物学重复;Trizol法提取总RNA并进行转录组测序;利用Bewtie 2软件分析差异表达基因(DEGs),用GO功能和KEGG通路分析DEGs富集及功能,STRING分析DEGs表达蛋白质之间的互作关系.结果 大部分G-菌和真菌对M6耐受,G+菌对M6较敏感,特别是MTB最敏感(MIC为0.0625μg·mL-1);分子结构显示M6具备有限的分子构象.选用对M6敏感的Cg(MIC为0.5μg·mL-1)为模式菌进行后期的转录组测序,测序结果显示,M6干预使Cg差异表达的mRNA共452个(P≤0.05,|log2FC|≥1.0),其中346个高表达,106个低表达;差异倍数4倍以上的基因有40个,包括高表达的ctpA、ftn、dps、cmr、trxC和clpB等34个基因及6个低表达基因bioB、bioA、gip、hI-0095、DNA81和DNA345.GO功能富集分析显示,DEGs主要富集在核糖体结构组分、rRNA结合和核蛋白复合体等与核糖体相关的功能途径.KEGG通路功能分析显示,核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路中的DEGs富集程度最显著,以rplL、rplJ、rplQ、rpmD、ftn、dps、cmr、trxC、bioA和ugpE等差异性最大.在蛋白互作网络图中,位于中心节点的蛋白质所对应的基因分别为rplQ、rplJ、rspD、rpmD、rpoA、rplE和rplL等.结论 M6具备显著的抗MTB活性.在调控Cg的基因表达方面,主要影响了Cg的核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路相关多个基因的表达.

在哺乳动物精子形成过程中,存在3种重要的细胞类型,即原始生殖细胞(primordial germ cells,PGCs)、粗线期精母细胞(pachytene spermatocytes,PS)和圆形精子细胞(round spermatids,RS).目前,在灵长类动物如猕猴(Macaca mulatta)中,有关上述细胞的研究十分匮乏.为了鉴定比较人(Homo sapiens)、猕猴(Macaca mulatta)、小鼠(Mus musculus)精子发生过程中的特征性基因模块和分子网络,我们从GEO数据库获取了 PGCs、PS和RS的RNA-seq数据,并同时进行了 3个物种的转录组和加权共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA).我们分别获得了人、猕猴、小鼠精子形成过程中的特征性基因模块,发现在猕猴精子发育过程中存在MEblue(相关系数=0.98,P=2×10-5,含211个基因)、MEdarkslate-blue(相关系数=0.94,P=5×10-4,含 242 个基因)、MElightgreen(相关系数=0.97,P=6×10-5,含 202 个基因)3个特征性基因模块,分别与上述3种细胞类型极其显著相关.结果表明,分别存在9个(Ganab,Sfrpl,Angptl4,Hpgd,Arhgapl,Fat,Prdml,Bmp4,Mmp9)和 3 个(Clpb,Sycpl,Sycp2)基因为人、猕猴、小鼠三物种PGCs和RS细胞特征性模块所共有.此外,结合STRING数据库,借助Cytoscape和MCODE等工具,我们构建了不同物种精子形成过程中的蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)分子网络,分别获得了对应于人、猕猴和小鼠的6个核心子网络及其中的关键因子(共计170个),如BMP4、PRDM14、SOX17和SYCP2等.本研究为深入理解从啮齿类动物到灵长类动物生殖系细胞分化和发育中的基因表达调控特征提供了新的研究线索和理论参考.

目的:比较blaNDM-1基因敲除前后阴沟肠杆菌毒力的变化,阐明blaNDM-1基因对其毒力的影响.方法:将携带blaNDM-1基因的阴沟肠杆菌分为携带耐药基因blaNDM-1的阴沟肠杆菌T2(T2组)、阴沟肠杆菌T2 blaNDM-1基因敲除株(ΔT2组)和阴沟肠杆菌ATCC13047(ST组).检测各组质粒稳定性、各组阴沟肠杆菌的菌落运动直径、生物膜吸光度(A)值、黏附细菌量、黏附率及侵袭黏附比.结果:传代200次后,T2组阴沟肠杆菌仍携带blaNDM-1基因,ΔT2和ATCC13047组阴沟肠杆菌不携带blaNDM-1基因;T2组阴沟肠杆菌仅携带碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1,其他碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2、blaIMP-4、blaVIM-1和blaOXA-48均为阴性;ΔT2和ST组所检测的5种碳青霉烯类耐药基因均为阴性,T2与ΔT2组阴沟肠杆菌携带相同的毒力基因clpB、icmf和acrA.T2组菌落运动直径小于ΔT2和ST组(P<0.05).与T2组比较,ΔT2组生物膜A值升高,但差异无统计学意义(P>0.05).与T2组比较,ΔT2组黏附细菌量降低,但差异无统计学意义(P>0.05).共培养24 h后,T2组和 ΔT2组RAW264.7细胞的黏附率和侵袭黏附比低于ST组(P<0.05).结论:blaNDM-1基因未明显增加阴沟肠杆菌的毒力.