目的 通过生物信息学技术,筛选出与肺腺癌(LUAD)复发相关的关键基因和信号通路,为探讨LUAD复发的分子机制提供理论支持.方法 从TCGA和GEO数据库中下载LUAD相关数据集,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法挑选关键基因模块,采用LASSO-Cox回归分析构建预后模型;Limma算法筛选差异表达基因;Estimate和MCP算法评估免疫细胞浸润.结果 共筛选出29个相关基因模块.单因素Cox分析结果显示,仅有4个基因与患者预后显著相关.基于该基因集进行的LASSO-Cox预后模型显示,风险评分高的患者其预后差,提示该模型具有良好的预测能力.该模型筛选出4个关键基因,分别为丝氨酸-苏氨酸激酶受体相关蛋白(STRAP)、G蛋白亚基γ12(GNG12)、线粒体甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAM)、锚蛋白重复和泛素结构域蛋白1(ANKUB1).本研究对STRAP进行了深入分析,结果显示,STRAP在泛癌中呈现广泛高表达,且与多种肿瘤的不良预后及临床病理特征显著相关.STRAP与免疫抑制分子的表达呈显著正相关.高表达STRAP的患者其微环境CD8+T细胞、NK细胞等多种免疫细胞浸润降低,抑癌基因的单核苷酸多态性(SNP)显著升高,呈现"冷肿瘤"表型.此外,免疫组织化学表明,STRAP在肿瘤组织中显著高表达.结论 基因模型能够较好地预测患者复发风险,其中STRAP在LUAD发展中可能发挥重要作用.

目的:分析口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中差异表达的免疫相关核心基因,构建OSCC患者的免疫相关预后风险模型.方法:对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库内的OSCC患者RNA测序数据进行加权基因共表达网络分析,识别免疫相关模块和关键基因.采用单因素Cox回归分析和生存分析,筛选与免疫预后相关的核心基因,构建OSCC的免疫相关预后风险模型;进一步采用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和来自外部GSE41613数据集评估该预后风险模型的预测能力.应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测OSCC患者肿瘤组织样本中8个免疫预后核心基因的表达,计算风险评分,评估该评分与肿瘤浸润深度间的相关性.采用SPSS 21.0软件包对数据进行统计学分析.结果:成功构建基于8个免疫预后核心基因(CSF2RA、CLEC4C、COL5A3、CTSG、EDNRA、GPC4、GUCY1A2和ANGPT2)的口腔鳞癌预后风险模型.Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和外部GSE41613数据集验证显示,该模型具有良好的预后预测效能.基于该模型计算的OSCC患者的风险评分与肿瘤浸润深度呈正相关,表明该模型同时具有预测OSCC潜在风险的能力.结论:基于8个免疫预后核心基因构建的预后风险模型具有预测OSCC患者预后的能力,有望成为口腔鳞癌免疫防治的重要参考.

目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例，WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块；针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路；以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例，行差异表达基因分析；筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验)，筛选预后相关基因，Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R＝0.46， P<0.05)，为共表达基因，包含基因1 216个，富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰，RNA相关酶的活性等过程)；差异表达基因分析显示，MYCN扩增组相较于非扩增组，基因表达上调47个，表达下调123个；WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因，行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个，其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱，或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因，与较差的预后相关，是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。

目的:基于生物信息学技术研究，挖掘前列腺癌（PCa）淋巴结转移相关的分子标志物并进行临床验证。方法:从基因表达综合数据库（GEO）数据筛选出淋巴结转移PCa的差异表达基因，构建基因共表达网络枢纽基因，将枢纽基因纳入支持向量机模型评估PCa淋巴结转移预测效能。在癌症基因组图谱（TCGA）数据集中对枢纽基因进行验证并进行免疫浸润分析。收集2019年1月至2022年12月就诊于河北医科大学第四医院的80例PCa患者的临床资料，采用logistic风险模型评估枢纽基因对PCa淋巴转移预测效能。结果:共鉴别出5个枢纽基因（GSK3B、TP53、PSMC6、SUMO1、PIK3CA），其构建的支持向量机模型有着良好的预测价值（准确率83.87%）。TCGA验证结果显示仅PSMC6在存在淋巴结转移PCa组织中表达差异有统计学意义（ P<0.001）。免疫浸润分析结果显示PSMC6的表达量与9种免疫细胞（B细胞、树突状细胞、成熟树突状细胞等）有关联。临床信息分析示PSMC6的表达量与淋巴结转移、前列腺特异性抗原（PSA）、T分期、Gleason评分有相关性（ P<0.01）。单因素logistic回归分析结果显示T分期（ OR=3.230，95% CI：1.192~8.757， P=0.021）、Gleason评分（ OR=4.627，95% CI：2.212~9.677， P<0.001）、PSMC6（ OR=25.235，95% CI：5.326~119.560，， P<0.001）可作为淋巴结转移的预测因素。多因素logistic回归分析结果显示，PSMC6（ OR=16.537，95% CI：2.928~93.393， P=0.001）可作为预测PCa淋巴结转移的危险因素。 结论:PSMC6可能可以作为判断PCa患者淋巴结转移情况潜在分子标志物。

本研究利用综合生物信息学方法寻找能够预测哮喘严重程度的新生物标志物。于2022年6至12月，在武汉大学中南医院过敏反应科开展并完成该临床医学研究。从高通量基因表达（Gene Expression Omnibus，GEO）数据库中筛选并下载基因芯片数据集GSE43696，使用R语言“affy”包和“rma”算法完成基因芯片数据预处理。利用“edgeR”包和“limma”包筛选出正常对照者、轻中度哮喘患者和重度哮喘患者两两之间的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），然后用“clusterProfiler”包对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，最后用STRING网站构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作（protein-protein interaction，PPI）网络，进一步筛选差异表达基因。使用R语言“WGCNA”包对数据集GSE43696进行加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA），筛选出与哮喘严重程度显著相关的模块，将WGCNA分析结果与PPI筛选的差异表达基因取交集得到关键（hub）基因。利用数据集GSE43696和GSE63142对hub基因表达量进行验证，依据ROC曲线评估诊断价值，并通过基因集富集分析（gene set enrichment analysis，GSEA）进一步明确数据集GSE43696中hub基因的潜在功能。结果显示，共筛选出251个DEGs，其中正常组和轻中度哮喘组39个，正常组和重度哮喘组178个，轻中度哮喘组和重度哮喘组34个，主要参与对有毒物质的反应、对氧化应激的反应、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物过程。筛选出两个与哮喘严重程度显著相关的模块（red模块， P=7e-6， r=0.43；pink模块， P=5e-8， r=-0.51），最终得到6个hub基因，包括 B3GNT6、 CEACAM5、 CCK、 ERBB2、 CSH1和 DPPA5。通过数据集GSE43696和GSE63142的基因表达水平比较和ROC曲线分析进一步验证了这6个hub基因，可能与o-聚糖生物合成、α-亚麻酸代谢、亚油酸代谢和戊糖葡萄糖酸的相互转化等过程相关。综上，通过多种生物信息学分析方法，本研究鉴定出与哮喘严重程度显著相关的6个hub基因，为哮喘的病情预测和靶向治疗提供了可能的新方向。

目的:分析皮肤黑色素瘤(SKCM)免疫微环境相关基因，筛选新的标志物以预测SKCM患者的预后。方法:癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载SKCM患者的公共测序数据，使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞(ESTIMATE)算法分析SKCM的免疫评分和基质评分，加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达分析筛选出与免疫微环境相关的关键基因，单因素和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归模型用来构建SKCM的风险预测模型。最后，单因素和多因素Cox回归分析评估风险预测模型的独立预后价值。结果:本研究通过单因素和LASSO回归分析，从173个免疫微环境相关的基因筛选出的5个(HLA-DRB1、XCL2、CCR1、HLA-DQB2和DERL3)基因，成功的构建了一种新的风险预测模型。基于风险预测模型分组的高危组患者总生存期(OS)显著短于低危组患者( P<0.01)。风险评分模型的独立预后分析证明其是独立预后指标[风险比( HR)＝2.823，95%可信区间( CI)：1.778~4.481， P<0.01]。 结论:HLA-DRB1、XCL2、CCR1、HLA-DQB2和DERL3基因构建的风险模型对SKCM具有较好的预后判断价值。

目的:为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法:从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块，并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果:在加权基因共表达分析中，Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关( r＝0.55， P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3，PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型，计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。 结论:本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3及PLAT)并建立了预后模型，为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。

目的:通过生物信息学分析和实验验证探讨巨噬细胞极化在肺结节病中的作用。方法:本研究为实验研究。从基因表达综合数据库下载肺结节病相关RNA-seq数据集GSE83456、GSE34608、GSE42834、GSE16538、GSE18781、GSE19314、GSE19976和GSE37912。将GSE83456数据集作为训练集，其余数据集作为验证集。采用非随机抽样的方法选取2021年1月至2023年1月于成都医学院第一附属医院住院的15例肺结节病患者(Ⅰ期或Ⅱ期)、15例肺结核患者和15例肺腺癌患者，以及同期接受体检的20名健康受试者为研究对象，收集肺结节病患者和健康受试者的外周血样本，收集肺结节病、肺结核和肺腺癌患者的纵隔淋巴结样本(肺腺癌患者淋巴结转移阴性)。通过"xCell"包分析GSE83456数据集中巨噬细胞、M1巨噬细胞和M2巨噬细胞在肺结节病患者中的丰度变化，并通过流式细胞术检测肺结节病患者和健康受试者外周血M1和M2巨噬细胞比例。通过基因集富集分析探索肺结节病组与对照组、高M1巨噬细胞组与低M1巨噬细胞组、高M2巨噬细胞组与低M2巨噬细胞组之间的潜在生物学差异。加权基因共表达网络分析筛选与巨噬细胞极化高度相关的模块基因，将GSE83456数据集中肺结节病组和对照组的差异基因与相关模块基因取交集，得到巨噬细胞极化相关差异基因，并对其进行基因本体论富集分析。通过Lasso回归和随机森林算法筛选出肺结节病患者巨噬细胞极化关键基因，并在验证集中验证关键基因的表达情况，对GSE83456数据集中关键基因与巨噬细胞丰度的关系进行Pearson相关分析。通过蛋白质印迹法验证关键基因在肺结节病、肺结核和肺腺癌患者纵隔淋巴结中的蛋白表达水平。绘制受试者工作特征曲线分析关键基因表达蛋白鉴别肺结节病和肺结核的价值。结果:在GSE83456数据集中，肺结节病组巨噬细胞、M1巨噬细胞丰度评分均高于对照组[(0.27±0.09)分比(0.12±0.07)分，(0.18±0.07)分比(0.12±0.04)分，均 P<0.001]。肺结节病患者外周血M1巨噬细胞比例和M1/M2巨噬细胞比值均高于健康受试者[(0.60±0.12)比(0.47±0.11)，(1.23±0.07)比(0.84±0.06)，均 P<0.05]。炎症反应和干扰素反应等免疫相关通路富集于肺结节病组和高M1巨噬细胞组。加权基因共表达网络分析与差异基因分析的交集共获得32个巨噬细胞极化相关的差异基因，这些基因主要富集于免疫相关的生物过程和分子功能。Lasso回归和随机森林算法筛选出肺结节病患者巨噬细胞极化关键基因ANKRD22。在7个验证集中，肺结节病组ANKRD22 mRNA表达量均高于对照组，并且在GSE42834数据集中肺结核组ANKRD22 mRNA表达量高于肺结节病组(均 P<0.001)。Pearson相关分析显示，在GSE83456数据集中，ANKRD22 mRNA表达量与巨噬细胞丰度( r＝0.65)、M1巨噬细胞丰度( r＝0.54)和单核细胞丰度( r＝0.45)均呈正相关(均 P<0.001)。蛋白质印迹法显示，肺结核患者和肺结节病患者的ANKRD22蛋白相对表达量均高于肺腺癌患者，且肺结核患者高于肺结节病患者[(0.98±0.02)比(0.38±0.03)，(0.62±0.02)比(0.38±0.03)，(0.98±0.02)比(0.62±0.02)，均 P<0.05]。ANKRD22蛋白鉴别肺结节病和肺结核的曲线下面积为0.802，最佳截断值为0.58，敏感度为73.3%，特异度为80.0%。 结论:M1巨噬细胞介导免疫炎症反应参与肺结节病的发生发展。肺结节病巨噬细胞极化关键基因ANKRD22可以作为肺结节病的潜在生物标志物，并具有鉴别肺结节病和肺结核的潜在价值。

目的:基于生物信息学分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)状态对非小细胞肺癌(NSCLC)的影响，以期揭示COPD状态对非小细胞肺癌的影响。方法:从癌症基因组图谱数据库中下载161例肺癌患者的相关信息并根据病理类型与肺功能结果进行分组。在同一病理下，比较有无COPD的两组的差异。京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)分析用于功能富集分析，进行加权共表达网络分析(WGCNA)并构建蛋白互作网络(PPI)筛选核心枢纽基因。所有计量资料组间比较采用 t检验，计数资料组间比较采用 χ2检验。 结果:本研究纳入了161例肺癌患者的样本数据。有、无COPD在临床特征、体细胞基因突变频率以及免疫细胞浸润上差异无统计学意义( P>0.05)。在鳞癌及腺癌中，COPD组别中大量代谢有关通路上调，而细胞趋化能力的调节等通路下调。后续WGCNA及PPI分析鉴定出钠离子通道α2亚基(SCN2A)、富酪蛋白(STATH)、细胞色素P450家族成员(CYP1A2及CYP1B1)、γ-氨基丁酸A型受体亚基(GABRA1)紧密连接蛋白17 (CLDN17)、调节突触膜胞吐蛋白1 (RIMS1)、维生素D结合蛋白(GC)以及血浆铜蓝蛋白(CP)可能是潜在枢纽基因。只有在腺癌中，COPD组的患者年龄组成比率上[<60岁：80.8%(21/26)；>60岁：19.2%(5/26)]相比无COPD组[<60岁：56.1%(32/57)；>60岁：43.9%(25/57)]，结果差异有统计学意义( χ2＝4.693， P<0.05)。 结论:COPD状态对肺癌的预后，体细胞突变等无贡献，并提出9个潜在的COPD型肺癌关键枢纽基因。

目的:通过加权基因共表达网络分析揭示腹主动脉瘤(AAA)发生的潜在机制。方法:对数据库编号GSE47472和数据库编号GSE57691两个AAA转录组测序数据合并，进行基因差异表达分析得到差异基因，加权基因共表达网络分析(WGCNA)得到中心基因，两者取交集得到差异中心基因，并对其进行功能富集分析。建立小鼠AAA模型进行定量聚合酶链反应(qPCR)验证差异中心基因表达。使用GraphPad Prism 8进行统计分析。Kolmogorov-Smirnov检验数据正态性，采用独立样本 t检验分析基因差异表达。 结果:共筛选出745个差异表达基因，建立16个基因共表达模块，其中中心模块包含119个基因，取交集后共得到60差异中心基因。对差异中心基因进行功能富集分析结果示AAA中平滑肌增殖分化功能和细胞黏附功能相关基因低表达。低表达的细胞黏附相关基因为钙黏着蛋白-2(CDH2)，(钙黏着蛋白-13)CDH13，整合素相互作用蛋白-2(FERMT2)，Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1(ROCK1)，层黏蛋白α5(LAMA5)，进行qPCR验证其表达差异显著性。相对表达倍数分别为FERMT2＝0.31 ( t＝2.454， P<0.05)，ROCK1＝0.22( t＝3.686， P<0.05)，LAMA5＝0.45( t＝3.168， P<0.05)，CDH13＝1.36( t＝0.103， P>0.05)，CDH2＝1.71( t＝0.702， P>0.05)。 结论:FERMT2、ROCK1、LAMA5低表达可能通过介导血管平滑肌细胞与细胞外基质间黏附作用异常参与AAA形成。