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致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌表型和基因型特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌(CoECO)的表型和基因型特征,为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后,使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性(SNP)分析,以明确菌株间的同源关系;若分离自两部位的菌株具有较高同源关系,视为同一菌株,则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型(MLST),使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例,其中男45例,女25例,年龄(59.2±16.3)岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析,共计70株,分属于35种ST型,菌株数量较多的ST型包括:ST38( n=6)、ST405( n=6)、ST1193( n=6)、ST131( n=5),其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散,整体呈现散发趋势,仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高(91.4%,64/70),其次为氨苄西林/舒巴坦(74.3%,52/70)、头孢曲松(72.9%,51/70)、环丙沙星(71.4%,50/70)、左氧氟沙星(71.4%,50/70);对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet(A/B)(70.0%,49/70),其次分别为bla TEM(58.6%,41/70)、sul1(55.7%,40/70)、sul2(54.3%,38/70)、bla CTX-M-14(25.7%,18/70)、bla CTX-M-15(17.1%,13/70)、bla CTX-M-55(15.7%,11/70)、bla CTX-M-64/65(5.7%,4/70)、bla CTX-M-27(4.3%,3/70)、mcr-1(4.3%,3/70)、bla NDM-5(2.9%,2/70)。 结论:CoECO整体呈散发分布,无明显优势克隆,未发现具有明显优势的基因型;菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高,但携带耐药基因比例较低,对部分一线抗菌药物有较高敏感性。
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编辑人员丨5天前
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2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊致泻性大肠埃希菌的耐药情况及分子分型
编辑人员丨5天前
目的:分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌(DEC)分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法:于2015年1月至2019年12月,采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本,将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果,选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药,或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型,通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树,分析当地优势菌群。结果:从4 494份肛拭样本中共分离出513株DEC,检出率为11.42%;完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验,分别为330株产毒性大肠埃希菌(ETEC)、72株黏附性大肠埃希菌(EAEC)、95株致病性大肠埃希菌(EPEC)、1株出血性大肠埃希菌(EHEC)和2株侵袭性大肠埃希菌(EIEC)。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义( P<0.05);各毒力分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义( P<0.05)。71株DEC的全基因组测序结果显示,共检测到77种耐药基因,并被归类为32个ST分型,优势基因型为ST-1491(29.6%,21/71)和ST-10 Complex(23.9%,17/71)。其中,ST-1491全部产ESBLs,均为 bla CTX-M耐药基因突变株,ST-10 Complex优势基因型为ST-218(35.3%,6/17)。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。 结论:上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重;EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性,当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。
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编辑人员丨5天前
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基层医院门诊尿路感染优势菌株及其耐药特征
编辑人员丨5天前
目的:了解门诊疑似尿路感染患者中段尿病原菌的分布,分离的优势菌株大肠埃希菌超广谱β-内酰胺酶(ESBL)基因型及携带率。方法:收集2017—2019年绍兴市中心医院医共体钱清分院疑似尿路感染患者中段尿样本,并对其进行培养、分离,采用VITEK 2全自动微生物鉴定仪鉴定病原菌。纸片扩散法进行药敏试验,双纸片协同试验测定大肠埃希菌产ESBL情况,PCR检测ESBL基因型及其携率。结果:1 529例患者送检中段尿病原菌阳性392例,阳性率为25.6%。分离到病原菌424株,革兰阴性菌、阳性菌和真菌分别占70.3%、22.4%和7.3%。大肠埃希菌最常见有226株,其中44.7%(101株)产ELBL,产ESBL菌株CTX-M型和TEM型基因携带率分别为87.1%和70.3%。除亚胺培南和美罗培南,产ESBL大肠埃希菌对其余18种抗生素的耐药率明显高于非产ESBL菌株。结论:大肠埃希菌是本地区门诊尿路感染常见病原菌,其产ESBL率高、CTX-M和TEM为主要携带基因型,亚胺培南、美罗培南、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦和阿米卡星对大肠埃希菌敏感。
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编辑人员丨5天前
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安徽省149例腹泻病例中的分离沙门菌耐药谱及耐药基因分析
编辑人员丨5天前
目的:分析安徽省腹泻病例粪便及肛拭子标本中所分离沙门菌的耐药谱及耐药基因型。方法:选取分离自2017年4—10月安徽省腹泻病例粪便及肛拭子标本的149株沙门菌,采用玻片凝集法鉴定沙门菌血清型,采用微量肉汤稀释法测定所有菌株对14种抗生素药物的敏感性。选取其中耐头孢类抗生素的菌株,采用多重PCR方法对β-内酰胺酶编码基因 bla TEM、 bla SHⅤ、 blaOXA-1 、 blaOXA-2 、 bla PER、 bla CMY、 bla CTX-M,以及黏菌素耐药基因 mcr-1和 mcr-2进行检测。 结果:腹泻病例年龄 M( P25, P75)为5.0(1.1,38.5)岁,男性为92例,≤12岁病例占54.4%(81例)。149株沙门菌中,105株对除亚胺培南以外的其他13种抗生素均具有不同程度的耐药性,其中,对氨苄西林的耐药率最高,为55.0%(82株),53.0%(79株)的菌株同时对≥3类抗生素耐药(多重耐药),主要为鼠伤寒沙门菌(83.6%,46/55)和肠炎沙门菌(71.4%,20/28)。共检出53种耐药谱,最常见耐药谱为氨苄西林-氨苄西林/舒巴坦-四环素-氯霉素-头孢唑啉-甲氧苄啶/磺胺甲噁唑,共10株。60株耐头孢类抗生素菌株中,45株携带 bla TEM- 1基因的菌株,其中6株同时携带 blaCTX-M-14 基因,3株同时携带 blaCTX-M-65 基因;32株单独携带 blaTEM-1 耐药基因,且均对氨苄西林产生耐药性,其中31株对头孢唑啉产生了耐药性;2株未检出耐药基因。检出1株携带 mcr-1基因的多重耐药菌。 结论:安徽省沙门菌对氨苄西林耐药现象较严重,且多重耐药菌株较多; blaTEM-1 型基因是检出的主要耐药基因;检出 mcr-1基因提示应关注安徽省沙门菌多黏菌素耐药情况。
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编辑人员丨5天前
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ppk1基因缺失对产ESBLs尿路感染大肠埃希菌药物敏感性的影响
编辑人员丨5天前
探讨 ppk1基因缺失对产超广谱β-内酰胺酶尿路感染大肠埃希菌(ESBLs-UPEC)药物敏感性的影响及其作用机制。本课题为实验性研究,2021年3至4月期间从广州医科大学附属市八医院检验科临床尿路感染患者尿液标本中分离1株产超广谱β-内酰胺酶(耐药基因型为TEM合并CTX-M-14型)的大肠埃希菌,命名为UE210113,并采用自杀质粒同源重组技术构建 ppk1基因敲除株Δpk1并同时构建回补株Δpk1-C,用于开展研究 ppk1基因对ESBLs-UPEC药物敏感性的影响及作用机制。使用Vitek2 Compact和微量肉汤稀释法分别检测UE210113、Δpk1 及Δpk1-C对抗菌药物的敏感性;同时采用实时荧光定量PCR法对UE210113、Δpk1 及Δpk1-C的 ESBLs、外膜蛋白以及主动外排系统基因进行定量分析。通过两独立样本秩和检验,药物敏感性实验结果显示,与UE210113相比,Δpk1对头孢他啶、头孢吡肟、妥布霉素、米诺环素和复方新诺明的敏感性增强( Z=-2.121, P<0.05; Z=-2.236, P<0.05; Z=-2.236, P<0.05; Z=-2.121, P<0.05),Δpk1-C的药敏性恢复与UE210113一致( Z=0, P>0.05);实时荧光定量PCR法检测耐药性相关基因的结果显示,Δpk1 中编码ESBLs基因 blaTEM和 blaCTX-M-14 表达量较UE210113明显下调,但在Δpk1-C未恢复表达;外膜蛋白基因 omp F在Δpk1中的表达明显上调而 omp A、omp C则表达下调,主动外排系统基因 tol C、mdt A和 mdt G在Δpk1中的表达相对下调,外膜蛋白和主动外排系统基因在Δpk1-C均能恢复表达。综上, ppk1基因的缺失影响了ESBLs-UPEC的外膜蛋白基因和主动外排系统蛋白基因的表达,使ESBLs-UPEC对多种药物的敏感性提高。
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编辑人员丨5天前
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泌尿外科住院患者耐头孢他啶大肠埃希菌的流行病学及危险因素调查
编辑人员丨5天前
目的:探讨泌尿外科住院患者中耐头孢他啶大肠埃希菌的流行病学特点及危险影响因素。方法:收集2017年1月到2020年12月本院泌尿外科送检分离培养的非重复大肠埃希菌共406株。根据大肠埃希菌是否对头孢他啶耐药分为耐药组(109例)和敏感组(297例)。使用Vitek 2 Compact对菌株进行药敏测定,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法完成细菌同源性分型分析,并使用PCR方法完成耐药基因检测,统计病例资料并进行危险影响因素分析。结果:泌尿外科住院患者中大肠埃希菌对头孢他啶的耐药率为26.8%(109/406),主要来源于尿液标本(占89.2%);耐药组细菌对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢曲松、氨曲南和环丙沙星等呈现出高的耐药率,且耐药组对所有抗生素的耐药率均高于敏感组(均 P<0.05)。PFGE同源性分析结果显示29株耐头孢他啶大肠埃希菌呈现出不同条带。PCR结果显示耐头孢他啶大肠埃希菌携带blaCTX-M有73株(占67.0%),携带blaTEM有48株(占44.0%),携带blaSHV有11株(占10.1%)。多因素logistic回归分析结果显示前列腺疾病( OR=2.03, P=0.017)、尿路感染( OR=2.43, P=0.001) 、导尿管( OR=1.88, P=0.014)和头孢菌素使用史( OR=1.67, P=0.035)是耐头孢他啶大肠埃希菌感染的独立危险因素。 结论:泌尿外科耐头孢他啶大肠埃希菌的检出率较高,ESBLs基因以CTX-M基因型为主要流行型别。前列腺疾病、尿路感染、导尿管和头孢菌素使用史是耐头孢他啶大肠埃希菌感染的独立危险因素。因此,临床建议结合耐头孢他啶大肠埃希菌的流行病学特征和药敏谱,合理使用抗生素,减少不必要的侵入性操作,从而预防和控制该类细菌的出现。
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编辑人员丨5天前
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结直肠癌术后切口感染患者分离产ESBLs大肠埃希菌耐药性及分子分型
编辑人员丨2023/8/19
目的 探究结直肠癌术后切口感染患者分离产β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的耐药性及分子分型.方法 收集 2018 年 5 月-2021 年 5 月于中国医科大学附属盛京医院进行手术治疗的结直肠癌患者术后切口感染分泌物分离出的大肠埃希菌 105 株,筛选产 ESBLs大肠埃希菌菌株 48 株,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增鉴定产 ESBLs大肠埃希菌β-内酰胺酶基因型,采用多位点序列分型(MLST)分析产ESBLs大肠埃希菌ST分型.结果 48 株产ESBLs大肠埃希菌对碳青霉烯类抗菌药物完全敏感,对阿米卡星、妥布霉素耐药率分别为 18.75%和 25.00%,但对其他抗菌药物耐药率均较高,表现为多重耐药;产 ESBLs大肠埃希菌对常用抗菌药物(阿米卡星、妥布霉素、亚胺培南和美罗培南除外)的耐药率高于非产 ESBLs 大肠埃希菌(P<0.05);48 株产 ESBLs大肠埃希菌均检出β-内酰胺酶基因,其中 31 株(64.58%)检出携带TEM-1 基因,19 株(39.58%)检出携带CTX-M-14 基因;48 株产 ESBLs大肠埃希菌共有 10 种 ST分型,以 ST131(31.25%)为主.结论 结直肠癌术后切口感染患者分离产 ESBLs大肠埃希菌表现为多重耐药,对多种抗菌药物存在不同程度耐药,产 ESBLs大肠埃希菌以TEM-1、CTX-M-14 为主要基因型,主要 ST分型为 ST131 型.
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编辑人员丨2023/8/19
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携带NDM-1基因ST571型肺炎克雷伯菌引起新生儿医院感染暴发的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 调查某医院儿科分离的6株对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的耐药基因型和相互间的同源性,为控制医院感染提供依据.方法 采用梅里埃Vitek-2 Compact对6株肺炎克雷伯菌进行鉴定及药敏试验.改良Hodge试验和金属酶E条检测菌株是否产碳青霉烯酶.聚合酶链式反应扩增菌株是否携带碳青霉烯酶、超广谱β-内酰胺酶和Ampc等耐药基因,并测序确定其基因型.多位点序列(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)验证菌株之间的同源性.结果 6株肺炎克雷伯菌表现为多重耐药性,对临床常用的抗生素耐药.所有菌株改良Hodge和金属酶E条试验均阳性,且携带多个耐药基因.其中5株菌,分别携带NDM-1、SHV-11、DHA-1、oqxA和fosA3基因.另外1株ST11型肺炎克雷伯菌携带KPC-2、CTX-M-65、TEM-1和OXA-1基因.5株携带NDM-1基因的肺炎克雷伯菌中,有4株的PFGE带型相同,且都为ST571型,另一株为ST76型,带型与前4株不同.结论 新生儿病房中存在携带NDM-1、SHV-11、DHA-1、oqxA和fosA3基因的ST571型肺炎克雷伯菌引起的医院感染暴发.
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编辑人员丨2023/8/6
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儿童尿道分离大肠埃希菌CTX-M耐药基因型的分布及pH值变化对其耐药性的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 明确儿童尿道分离大肠埃希菌CTX-M耐药基因型的亚型分布以及pH值变化对其耐药性的影响.方法 对2013年10月—2014年5月收治的尿路感染患儿清洁中段尿中分离获得的113株大肠埃希菌进行培养,检测和统计产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌株的药敏结果,并采用PCR及基因测序法分析CTX-M耐药基因的亚型分布.在体外建立不同梯度的酸碱培养环境,评估pH值变化对CTX-M耐药基因型大肠埃希菌耐药性的影响.结果 113株大肠埃希菌中有68株(60.18%)产ESBLs,产ESBLs大肠埃希菌对美罗培南和亚胺培南的耐药率分别为1.47%和2.94%.41株携带CTX-M耐药基因,其中CTX-M-14型和CTX-M-15型为主要亚型,均为18株.相对于中性环境,pH值为6.0、6.5时,大肠埃希菌对头孢呋辛、头孢噻肟、头孢他啶和头孢曲松的耐药率差异无统计学意义(P>0.05),粪pH值为6.0时头孢吡肟的耐药性加重,差异均有统计学意义(P<0.01);pH值为8.0、8.5时,大肠埃希菌对头孢他啶和头孢吡肟的耐药率明显下降,pH值为8.5时,大肠埃希菌对头孢噻肟的耐药率明显下降,差异均有统计学意义(P<0.05).结论 产ESBLs大肠埃希菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率低;CTX-M耐药型大肠埃希菌的携带率较高,其中CTX-M-14型和CTX-M-15型为最主要的流行亚型,适当碱化尿液可能有助于CTX-M耐药型大肠埃希菌尿路感染患儿的治疗.
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编辑人员丨2023/8/6
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老年耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌耐药机制及院内高毒力荚膜基因型分布特点
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨老年耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌感染的耐药机制,分析承德市中心医院高毒力荚膜基因型的分布特点.方法 收集2016年1月至2017年3月间从承德市中心医院收治的老年患者中分离出的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌18株,鉴定菌株和药敏试验;采用改良Hodge试验、EDTA协同试验、Carba NP试验初筛碳青霉烯酶,进一步检测菌株毒力情况,PCR检测耐药基因、荚膜血清型和毒力基因.结果 碳青霉烯酶检出Kpc基因6株(33.33%),Ndm基因7株(38.89%);超广谱β-内酰胺酶中Shv检出15株(83.33%),明显高于 Ctx-M 基因10株(55.56%)、Tem基因7株(38.89%)(P<0.01);AmpC 酶中检出 DHA 基因2株(11.11%).膜孔蛋白基因检测显示,Ompk36编码基因缺失率明显高于Ompk35(P<0.05);且当Ompk35基因缺失时Ompk36也缺失.荚膜分型显示,K1型4株,K57型2株,未检出K2、5、20及54,未分型12株;rmpA阳性率明显高于Acrobactin(P<0.05);4株K1型肺炎克雷伯菌均携带rmpA基因,其中1株同时携带Acrobactin基因;2株K57型肺炎克雷伯菌均携带rmpA基因;18株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌均携带FimH-1基因.结论 老年耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌感染的主要耐药机制为携带Kpc和Ndm基因以及超广谱β-内酰胺酶合并膜蛋白缺失;该院Kpc基因荚膜血清型菌株分离率较高,应加以重视.
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编辑人员丨2023/8/6
