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肾上腺皮质癌肿瘤微环境相关基因预后模型的建立与验证
编辑人员丨1天前
目的:对利用生物信息学方法筛选的肾上腺皮质癌(ACC)肿瘤微环境(TME)相关基因构建的预后模型进行验证,为ACC的诊疗提供临床指导和相关生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集79例ACC患者的转录组数据和临床病理数据。采用ESTIMATE算法计算免疫评分、基质评分(二者即反映TME)和ESTIMATE评分,应用VennDiagram包对免疫评分及基质评分高、低评分组(以中位值进行分组)间差异表达基因进行选择,采用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对选择的基因进行功能富集分析,探索基因潜在功能与通路。采用单因素Cox回归、lasso回归和多因素Cox回归分析筛选与ACC TME相关的基因,并建立ACC患者预后的风险评分(RS)模型,用受试者工作特征(ROC)曲线评价构建的模型预测ACC患者预后的价值。以基因表达综合(GEO)数据库的数据集GSE33371和GSE19750作为外部验证集,对建立的预后模型进行验证。从TCGA数据库中提取79例ACC患者资料,将临床病理因素与所构建预后模型的RS纳入Cox回归分析,获得ACC患者预后影响因素。结果:根据免疫评分和基质评分,用VennDiagram包筛选得到1 205个二者交集的差异表达基因,其中上调833个,下调372个。对差异表达基因进行各回归分析筛选后,最终构建成功包含9个TME相关基因(GREB1、POU4F1、HIC1、HOXC9、CACNB2、RAB27B、ZIC2、C3、CYP2D6)的ACC预后模型,即RS=GREB1×0.223 6+POU4F1×0.671 7+HIC1×0.167 5+HOXC9×0.211 3+CACNB2×0.156 0+RAB27B×0.956 5+ZIC2×0.582 7+C3×(-0.003 1)+CYP2D6×0.819 3。该模型在TCGA数据库中预测79例ACC患者1、3、5年总生存的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.876、0.919、0.917,在GEO验证集中预测45例ACC患者1、3、5年总生存的AUC分别为0.689、0.704、0.708,表明模型对ACC患者生存具有较高的预测准确性。对TCGA数据库中79例ACC患者资料进行Cox回归分析显示,TME相关基因预后模型RS是ACC患者预后的独立影响因素( HR=1.011,95% CI 1.005~1.016, P<0.01)。 结论:构建的ACC TME相关基因预后模型可用于预测ACC患者的预后。模型中包含的9个基因有可能作为研究ACC发病机制和免疫治疗的新靶点,值得进一步研究。
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编辑人员丨1天前
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电压门控钙离子通道基因突变与儿童癫痫研究进展
编辑人员丨1天前
电压门控钙离子通道(VGCCs)异常表达和功能障碍会导致儿童多种神经系统疾病,包括癫痫、偏头痛和共济失调等。既往仅认为 CACNA1A、CACNA1H、CACNA2D2、CACNB4与儿童癫痫相关。近年来,越来越多与儿童癫痫相关的VGCCs基因被发现,尤其是与发育性和癫痫性脑病相关的基因。现就VGCCs相关基因突变与儿童癫痫的研究进展作一综述。
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编辑人员丨1天前
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逍遥散对慢性应激损伤模型大鼠海马区Cacnb4基因表达的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:本研究用逍遥散干预慢性应激损伤模型大鼠,观察其海马区Cacnb4基因的表达情况.方法:以60只Wistar大鼠随机分为空白对照组、慢性应激模型组、逍遥散治疗组3组,每组20只.造模方法采用Cart多相性慢性应激大鼠模型并加以改进,逍遥散治疗组在造模同时给予逍遥散2mL/(只·d),连续造模21 d,于第22天处死大鼠并取材.采用RT-PCR一步法及免疫组化检测方法测定各组大鼠海马区域Cacnb4基因及其蛋白表达情况.结果:慢性应激模型组大鼠海马Cacnb4mRNA及其相应蛋白表达均显著上调,中药复方逍遥散可从基因及蛋白水平同时纠正这种上调的表达变化.结论:电压依赖型钙离子通道β4辅助亚基的表达变化参与了慢性应激损伤过程,逍遥散对慢性应激所致神经细胞损伤可能通过调节这一基因发挥保护性作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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体外受精-胚胎移植对胎盘滋养层细胞MAPK信号通路的影响研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察IVF-ET技术对早期胎盘滋养层细胞MAPK信号通路基因表达的影响,探讨IVF-ET技术对早期胎盘发育和功能的影响. 方法 IVF-ET周期中双胚胎移植后妊娠7~8周,经超声引导下减胎获得的胎盘绒毛组织作为研究组(IVF-ET组,28例),自然妊娠双胎7~8周人工流产中获得的胎盘绒毛组织作为对照组(8例).利用AffymetrixHG-U133 Plus 2.0基因芯片对两组胎盘绒毛组织进行芯片杂交分析.用定量反转录聚合酶链反应(qRT PCR)在两组胎盘绒毛组织中验证其中的8个差异表达基因,从基因芯片数据中选取差异表达基因进行无监督聚类分析和基因本体(GO)功能生物信息学分析. 结果 与对照组相比,IVF-ET早期胎盘MAPK信号通路有32个差异表达基因(差异倍数≥2倍),13个基因上调,19个基因下调.上调基因是PLA2G12B、JUN、RPS6KA3、ACVR1B、FGF 18、PRKACB、RASGRP3、PLA2G4A、FGFR4、PDGFRA、CACNB2、RPS6KA2和SOS1,下调基因是STK4、GNG12、MAPK9、DUSP16、IL1R2、MAP3K8、BRAF、STK3、HSPA2、HSPB1、DUSP4、EGFR、IL1R1、TGFB1、RASA1、RPS6KA5、GADD45G、PLA2G2A和DUSP5.经qRT-PCR检测,与对照组相比,IVF-ET组8个MAPK信号通路基因成员中JUN、PLA2G4A、PDGFRA和SOS1上调,MAPK9、EGFR、TGFB1和GADD45G下调,与基因芯片检测结果一致.MAPK信号通路基因定位显示,IVF-ET组胎盘绒毛组织中受到影响的基因主要位于MAPK信号通路的上游. 结论 IVF-ET来源的早期胎盘MAPK信号通路基因表达与自然妊娠早期胎盘中存在差异,差异的基因涉及MAPK信号通路的多种关键功能,进而可能影响IVF-ET胎盘早期发育和功能.
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编辑人员丨2023/8/6
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钙通道突变致早期复极综合征的电生理机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 探究CACNA1C-P817S突变对早期复极综合征(ERS)的影响及其电生理机制.方法 收集ERS先证者外周血,采用二代测序技术,对ERS先证者筛选常见致心肌早期复极的候选基因.构建CACNA1C野生型(WT)和突变型质粒,连同WT-CACNB2b和WT-CACNA2D1质粒,分别共转染入人胚肾293细胞.采用全细胞膜片钳技术检测细胞电生理功能,同时应用共聚焦荧光显微镜检测Cav1.2蛋白的转运功能.结果 基因测序筛选出致ERS的突变基因CACNA1C-P817S,突变使CACNA1C氨基酸序列上817位点的脯氨酸变为丝氨酸.全细胞膜片钳检测结果显示P817S组钙电流(ICa)密度较WT组降低约68.8%[WT(n=15)vs P817S(n=12):(-19.2±1.5)pA/pF vs(-6.0±1.7)pA/pF,P<0.001].L型钙离子通道激活未见明显改变,但失活过程加速[V1/2,WT(n=15)vs P817S(n=12):(-30.4±0.75)mV vs(-41.6±0.84)mV,P<0.001].共聚焦检测结果显示,P817S突变可使Cav1.2蛋白转运功能降低[外周荧光强度绝对值,WT vs P817S:(19.6±2.0)MD vs(12.2±1.9)MD,P<0.01,n=4;外周/整体荧光强度百分比,WT vs P817S:(30.2±2.3)%vs(20.9±2.2)%,P<0.01,n=4].结论 CACNA1C-P817S突变通过降低Cav1.2蛋白的转运功能和改变通道动力学,使ICa发生功能性缺失,提示CACNA1C-P817S突变是ERS的一个明确的致病基因突变.
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编辑人员丨2023/8/5
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hsa_circ_0076931可能通过hsa-miR-181a-5p影响胶质瘤发生发展
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨hsa_circ_0076931在胶质瘤中的表达及其潜在分子机制.方法:通过生物信息学分析,筛选出目的基因hsa_circ_0076931,在H4细胞系中过表达hsa_circ_0076931后进行转录组测序、生物信息学分析和验证.结果:基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)结果显示:差异环状RNA(circRNAs)母基因及差异信使核糖核酸(mRNA)主要参与细胞周期、细胞分裂等生物学功能以及代谢、癌症相关和MAPK等信号通路.此外,与hsa_circ_0076931互相作用的基因主要参与细胞增殖、细胞凋亡和细胞迁移等生物功能以及MAPK、PI3K-Akt、Rapl等信号通路.hsa_circ_0076931可以下调靶基因hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-181a-5p和hsa-miR-34a-5p表达,上调双特异性磷酸酶5(DUSP5)、血小板衍生生长因子受体(PDGFRB)和钙通道β3亚基(CACNB3)的表达,并抑制磷酸化ERK(p-ERK)蛋白的表达.结论:hsa_circ_0076931可能通过吸附hsa-miR-181a-5p结合上调DUSP5的表达,从而抑制MAPK信号通路参与胶质瘤的发生发展过程.
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编辑人员丨2023/8/5
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益气复脉方对气虚血瘀型阵发性房颤患者疗效及对血清CACNB2、microRNA-499水平的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨益气复脉方治疗气虚血瘀型阵发性房颤患者疗效及对患者血清L型钙通道β2(CACNB2)与微小RNA-499(miR-499)水平的影响.方法 选取2020年2月—2022年2月启东市中医院收治的110例气虚血瘀型阵发性房颤患者,采用随机、非盲法将其分为对照组与试验组,每组各55例.对照组(脱落2例,纳入53例)采取常规治疗(口服达比加群酯胶囊及胺碘酮片),试验组(脱落1例,纳入54例)在对照组基础上联合益气复脉方(党参15g、法半夏9g、黄连10 g、鬼箭羽15 g、川芎15 g、丹参30 g、赤芍15 g、白芍15 g、炙甘草10 g、磁石30 g、远志10 g,乏力甚者加生黄芪补气治本,胸闷甚者加郁金、香附等行气开郁)治疗;4周为1个疗程,两组患者均治疗1个疗程.评估两组临床疗效及安全性.比较两组治疗前后房颤发作次数、房颤发作持续时间及主要症状改善情况.比较两组治疗前后血清CACNB2与miR-499水平.结果 试验组治疗总有效率显著高于对照组(P<0.05).治疗后,两组患者房颤发作次数及持续时间均显著低于本组治疗前(P<0.05),试验组患者房颤发作次数及持续时间均显著低于对照组(P<0.01).治疗后,两组患者心悸、气短、胸闷、头晕和乏力等症状积分均显著低于本组治疗前(P<0.05),试验组患者心悸、气短、胸闷、头晕和乏力等症状积分均显著低于对照组(P<0.01).治疗后,两组患者血清CACNB2高于本组治疗前(P<0.05),试验组患者血清CACNB2水平显著高于对照组(P<0.01).治疗后,两组患者血清miR-499水平明显低于本组治疗前(P<0.05),试验组患者血清miR-499低于对照组(P<0.05).两组患者治疗期间均未发生严重不良反应.结论 益气复脉方可有效上调阵发性房颤患者血清miR-499表达及降低CACNB2表达,改善患者临床症状,减少房颤发作次数,缩短单次发作持续时间,提高气虚血瘀型阵发性房颤临床疗效.
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编辑人员丨2023/8/5
