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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨5天前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨5天前
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体腔热灌注化疗与贝伐珠单抗联合对子宫内膜癌患者疗效评价
编辑人员丨5天前
目的 探讨体腔热灌注化疗联合贝伐珠单抗在子宫内膜癌中的应用效果.方法 选取2018年1月至2020年1月期间大兴区人民医院与解放军总医院第八医学中心收治的子宫内膜癌(EC)患者89例,随机分为对照组(44例)和研究组(45例),对照组采用体腔热灌注化疗,研究组采用贝伐珠单抗联合体腔热灌注化疗.对比两组的化疗效果,化疗前后的血清恶性生物学指标、原癌基因表达、不良反应发生情况及预后.结果 研究组化疗后有效率与疾病控制率均高于对照组(P<0.05);化疗后两组的血清恶性肿瘤特异性生长因子(TSGF)、泌乳素(PRL)、血管内皮生长因子(VEGF)、糖类抗原125(CA125)水平均下降(P<0.05),研究组化疗后上述血清恶性生物学指标均低于对照组(P<0.05).两组化疗后的原癌基因人类表皮生长因子受体2(c-erbB2)、髓细胞增生原癌基因(c-myc)、Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(K-ras)mRNA表达量均下降(P<0.05),研究组化疗后c-erbB2、c-myc、K-ras表达量均低于对照组(P<0.05).两组的毒副反应发生率比较差异无统计学意义(P>0.05).随访6~36个月,对照组与研究组的无进展生存率分别为47.70%、68.20%,无进展生存时间分别为10个月和16个月,总生存率分别为20.5%、42.20%,总生存时间分别为18个月和23个月,两组的无进展生存率(Log-Rank x2=7.404,P=0.007)和总生存率比较差异有统计学意义(Log-Rank x2=8.432,P=0.004).结论 对EC患者应用贝伐珠单抗联合体腔热灌注化疗的效果显著,能有效降低血清恶性生物学指标和原癌基因的水平,延长患者的生存时间,且安全性佳.
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编辑人员丨5天前
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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨5天前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨5天前
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靶向HER2的 177Lu标记亲和体核素药物的构建及其在荷瘤鼠中的评估
编辑人员丨5天前
目的:制备一种基于亲和体的靶向人表皮生长因子受体2(HER2)的放射性核素治疗药物 177Lu-1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(DOTA)-HER2-BCH,初步评估其在HER2阳性肿瘤模型中的生物分布、治疗效果及安全性,探讨其用于HER2阳性肿瘤治疗的可行性。 方法:采用盐酸-乙酸钠缓冲体系完成 177Lu标记。采用放射性高效液相色谱对标记产物进行质量控制并监测体外稳定性。在HER2阳性NCI-N87荷瘤鼠模型中进行生物分布实验,以及 177Lu-DOTA-HER2-BCH放射性核素治疗及曲妥珠单克隆抗体(简称单抗)治疗。对治疗后小鼠正常器官行组织学分析。采用重复测量方差分析及Bonferroni法分析数据。 结果:成功获得放射性标记产率>80%、放化纯>98%、体外稳定性良好的 177Lu-DOTA-HER2-BCH。生物分布数据显示, 177Lu-DOTA-HER2-BCH靶向性好,肿瘤摄取高且滞留时间长,注射后4、24、48和96 h的肿瘤摄取值分别为(11.93±0.46)、(8.65±0.40)、(5.89±0.69)和(3.26±0.36)每克组织百分注射剂量率(%ID/g)。治疗实验示, 177Lu-DOTA-HER2-BCH治疗可明显抑制肿瘤生长,治疗开始后第3天,肿瘤体积明显小于对照组[平均值差值146.97 mm 3; F=4.02, P=0.016(Bonferroni法校正)],随后2组间肿瘤体积的差异随着时间的延长而增大;在整个治疗过程中, 177Lu-DOTA-HER2-BCH治疗组与曲妥珠单抗治疗组间肿瘤体积差异无统计学意义[ F值:0.05~61.21,均 P>0.017(Bonferroni法校正)]。治疗结束后,小鼠各器官病理检测结果均未见异常。 结论:177Lu-DOTA-HER2-BCH放射性核素治疗在HER2阳性荷瘤鼠中表现出良好的抑制肿瘤生长的效果,有望成为HER2阳性肿瘤的可替代治疗方式。
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编辑人员丨5天前
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酪氨酸激酶受体信号通路在胆囊癌发生发展与靶向治疗中作用的研究进展
编辑人员丨5天前
胆囊癌是恶性程度最高的胆道系统肿瘤,预后差。酪氨酸激酶受体(ErbB)信号通路是胆囊癌研究中最为深入的信号通路之一,与胆囊癌的发生发展、转移与耐药等恶性生物学行为密切相关。部分针对ErbB信号通路的靶向治疗药物在胆囊癌的临床试验中展现出良好的治疗效果。本文就近年来ErbB信号通路在胆囊癌中的研究新进展与靶向治疗新理念作一综述。
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编辑人员丨5天前
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胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨5天前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
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编辑人员丨5天前
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抗体-药物偶联物在治疗胃癌和胃食管结合部腺癌中的研究进展
编辑人员丨5天前
胃癌是起源于胃黏膜上皮的恶性肿瘤,是最常见的消化道恶性肿瘤之一,胃癌患者表现出发病率、转移率、病死率高的特点。胃癌在手术、化疗、免疫疗法等多种治疗下,因高度异质性及转移复发率高,部分患者仍出现疾病复发、转移和预后不良。抗体-药物偶联物是一类由单克隆抗体和小分子细胞毒性载荷通过连接子偶联而成的新型高效抗肿瘤药物,其高度靶向性和小分子化疗药物的强大杀伤作用为胃癌的治疗提供了一个新的方案,目前正在多个临床试验中对不同靶点进行评估。文章主要综述了抗体-药物偶联物在胃癌及胃食管结合部腺癌的最新研究进展以及在未来发展中的挑战。
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编辑人员丨5天前
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吡咯替尼治疗人表皮生长因子受体2阳性转移性乳腺癌效果及影响因素研究
编辑人员丨5天前
目的:评价真实世界中人表皮生长因子受体2(HER2)阳性转移性乳腺癌患者口服吡咯替尼的疗效,并探讨其影响因素。方法:回顾性分析山西省肿瘤医院2018年9月至2020年12月收治的148例口服吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者的临床资料。根据实体瘤疗效评价标准1.1版进行疗效评价,根据美国国立癌症研究所常见不良反应评价标准4.0进行不良反应分级。采用Kaplan-Meier法绘制无进展生存(PFS)曲线,将患者按不同临床特征进行分层,应用log-rank法进行PFS单因素分析;采用Cox比例风险模型对PFS进行多因素分析。结果:148例患者客观缓解率(ORR)为71.6% (106/148),疾病控制率(DCR)为89.2%(132/148)。整体中位PFS时间为11.0个月(95% CI 10.1~11.9个月),其中19例伴脑转移患者中位PFS时间为10.0个月(95% CI 7.4~12.6个月)。无病间期(DFI)、转移器官数和美国东部肿瘤协作组(ECOG)评分分层患者的PFS差异均有统计学意义(均 P<0.05),激素受体阴性与阳性患者间PFS差异无统计学意义( P>0.05)。多因素Cox回归分析显示,DFI (>1年比≤1年: HR=5.254,95% CI 0.728~37.933, P=0.046)和ECOG评分(≥2分比0~1分: HR=2.454,95% CI 1.261~4.788, P=0.008)是PFS的独立影响因素。≥3级的主要不良反应为腹泻(31例,20.9%)和手足综合征(38例,25.8%)。 结论:在真实世界中吡咯替尼治疗HER2阳性转移性乳腺癌患者疗效确切、安全性良好,特别是对于DFI>1年和ECOG评分0~1分患者,疗效和安全性更佳。
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编辑人员丨5天前
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肠道病毒71型感染鼠树突状细胞后基因表达谱的变化及内吞途径分析
编辑人员丨5天前
目的:探究肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)体外感染小鼠树突状细胞(dentritic cell,DC)后基因表达谱的变化,探讨EV71感染对DC的生物过程及相关信号通路的影响。方法:使用人横纹肌肉瘤细胞扩增培养EV71病毒株,建立EV71感染DC模型,采用流式细胞术检测DC抗原表型变化,应用表达谱基因芯片检测基因表达变化,筛选差异表达基因,采用反转录定量聚合酶链反应对表达谱基因芯片结果进行验证,对差异表达基因进行基因本体(gene onto logy, Go)与京都基因和基因组数据库(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析以判定差异基因主要影响的生物学功能或者通路。加用内吞途径抑制剂QS11,通过蛋白质印迹法检测EV71表面主要蛋白病毒蛋白l的表达水平变化。统计学分析采用 t检验。 结果:EV71感染DC 24 h后,细胞出现典型的细胞病变效应。流式细胞术检测结果示,EV71感染后的DC表面特征性标志CD80和CD86阳性率(10.61±0.76)%明显升高,与未感染EV71的DC(1.64±0.11)%比较,差异有统计学意义( t=-20.19, P<0.01)。表达谱基因芯片检测结果显示,在EV71感染的DC中共筛选出87个差异表达的基因,包括66个上调的基因和21个下调的基因。基因本体分析表明,失调的基因涉及175个生物过程。京都基因和基因组数据库分析显示,内吞途径、核黄素代谢途径、ErbB信号途径、转换生长因子β信号途径和T淋巴细胞受体信号途径等与差异表达的基因相关。蛋白质印迹法结果显示,EV71感染DC同时加入抑制剂QS11后,病毒蛋白1表达水平(0.49±0.05)比EV71感染组(1.17±0.05)明显下降,差异有统计学意义( t=-2.20, P<0.01)。 结论:EV71感染DC后差异表达基因主要涉及病毒转录、凋亡过程、免疫细胞分化等多个过程。基因分析显示,内吞途径中差异基因的富集最显著。内吞途径可能参与了EV71感染DC的过程。
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编辑人员丨5天前
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浸润性乳腺癌PELP1/MNAR表达与雌激素受体、人表皮生长因子受体2、Ki-67表达及PIK3CA基因突变的相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨浸润性乳腺癌PELP1/MNAR表达与雌激素受体(ER)、Ki-67和人表皮生长因子受体2(HER2)表达及与PIK3CA基因突变的相关性。方法:收集山西省大同市第五人民医院2008年1月至2018年12月80例原发浸润性乳腺癌患者石蜡包埋组织标本,应用免疫组织化学EliVision二步法检测PELP1/MNAR蛋白表达,采用聚合酶链反应(PCR)-Sanger测序检测PIK3CA基因突变情况。比较ER、Ki-67、HER2不同表达状态及PIK3CA基因是否突变患者间PELP1/MNAR表达情况,分析各指标与PELP1/MNAR表达的相关性。结果:ER阳性[86.1%(31/36)比59.1%(26/44)]、Ki-67高表达[100.0%(13/13)比65.7%(44/67)]、HER2阳性[81.0%(34/42)比60.5%(23/38)]患者PELP1/MNAR蛋白高表达率较高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。PIK3CA突变型和野生型患者PELP1/MNAR蛋白高表达率差异无统计学意义[60.0%(12/20)比75.0%(45/60), P=0.199]。PELP1/MNAR的表达与ER表达水平呈负相关( r=-0.195, P<0.05),与Ki-67表达水平呈正相关( r=0.198, P<0.05),与HER2表达水平呈正相关( r=0.225, P<0.05),与淋巴结转移呈负相关( r=-0.269, P<0.05)。 结论:浸润性乳腺癌PELP1/MNAR的表达与ER表达水平负相关,与Ki-67、HER2表达水平正相关。PELP1/MNAR表达与PIK3CA基因突变无相关性,二者可能在乳腺癌PI3K-AKT-mTOR调节途径中各自发挥作用。
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编辑人员丨5天前
