目的:Kallmann综合征(Kallmann syndrome, KS)是一种以先天性低促性腺激素性性腺功能减退和嗅觉缺失为特征的遗传病。目前已经报道20余个基因与KS相关。本研究对3例KS患者进行全外显子测序，以进一步明确其遗传病因。方法:收集3例KS患者及家属外周血提取基因组DNA，采用全外显子组测序进行基因学检测序筛选出的致病基因，并进行Sanger测序和家系验证，并通过生物信息学软件对突变位点进行功能分析。结果:先证者1为25岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退、头发早灰及感音性耳聋，基因检测在SOX10基因中检出杂合错义突变c.475C>T(p.R159W)，具有KS表型的先证者1母亲、姐妹和表姐均检测到该错义突变，符合常染色体显性遗传。先证者2为15岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退及左肾缺如，基因检测发现该患者有ANOS1基因c.844delC(p.R282Vfs*28)杂合突变。其母为c.844delC杂合突变携带者，临床表型正常，符合X连锁隐性遗传。先证者3为21岁女性，表现为低促性腺激素性腺功能减退及嗅觉缺失，基因检测在FGF17基因中检出杂合错义突变c.149G>A(p.R50Q)，该突变经SIFT和PolyPhen2生物信息学预测为致病性错义突变，在HGDM数据库未见报道，认为是新发突变。结论:KS是一种临床和遗传异质性很强的疾病，本研究在3例KS患者中通过外显子测序分别发现了ANOS1 c．844delC，SOX10 c．475C>T及FGF17 c．149G>A突变，进一步拓展了KS的突变谱及表型谱。

目的:通过挖掘TCGA数据库中肾透明细胞癌(ccRCC)的免疫相关基因数据，构建ccRCC预后分子标签。方法:从TCGA数据库中提取611例的RNA-Seq测序数据(正常样本72例，ccRCC样品539例)和530例ccRCC患者的临床数据，筛选出免疫相关基因(IRGS)表达数据，并计算正常肾组织与ccRCC组织表达差异的IRGS。在530例ccRCC肿瘤组织样品的IRGS表达数据中，随机抽取70%的样品应用LASSO-Cox回归构建预后分子标签(训练组)，30%的样品验证构建的IRGS预后分子标签(测试组)。结果:在ccRCC组织中筛选出差异表达的IRGS共775种。单因素Cox分析得到298种IRGS与ccRCC预后有相关性( P<0.05)。采用LASSO-Cox回归分析中筛选出12个与ccRCC预后相关的IRGS，分子标签值在训练组、测试组、所有样本数据与ccRCC患者的生存期呈显著相关，分子标签值越高患者的预后越差，其中所有样本数据中的1、3、5年受试者工作特征曲线(ROC)的曲线下面积分别为0.797、0.763、0.780。 结论:ccRCC的IRGS预后模型可用于预测ccRCC患者的预后，有利于临床治疗。

目的 分析人基底神经节各核团的分子标志物以及不同核团间、不同性别、疾病相关的差异表达,探讨差异表达基因的生物学功能.方法 针对来源于10具人尸脑45个基底神经节核团样本,按是否有神经疾病分为对照组和帕金森病组,对照组按性别分为女性和男性组,提取各样本RNA进行高通量转录组测序.生物信息学分析鉴定对照组各核团的分子标志物、不同核团间、不同性别以及帕金森病相关的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因富集分析和功能注释.结果 测序分析发现,top差异表达基因包含尾状核的DRD1、FOXG1、FAM 183A;黑质的 SLC6A3、EN1、SLC18A2、TH;苍白球的 MEPE、FGF10;底丘脑的 SLC17A6、PMCH、SHOX2 等.其中,壳核top差异表达基因与尾状核存在部分重叠,如DRD1、FOXG1等.对照组不同核团间鉴定出大量差异表达基因,尾状核与苍白球间存在数量最多的差异表达基因(9321),其次是壳核与苍白球间(6341),尾状核与黑质间(6054).黑质与底丘脑间存在数量最少的差异表达基因(44).基因富集分析发现,尾状核与苍白球间下调基因显著富集在神经元髓鞘形成、细胞迁移调节等;壳核与苍白球上调基因富集在化学突触传递、膜电位调节、金属离子转运、神经递质转运等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成、细胞黏附等;尾状核与黑质上调基因富集在化学突触传递、轴突传导等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成等.另外,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定到性别差异上调基因468、548、1402、333和341个,以及下调基因756、988、2532、444和1372个.基因富集分析发现,上调基因大多富集在免疫反应相关通路,下调基因富集在化学突触传递等.最后,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定出帕金森病特异上调基因709、852、276、507和416个,以及下调基因830、2014、1218、836和1730个.基因富集分析发现,上调基因大多富集在凋亡信号调节,下调基因大多富集在化学突触传递、动作电位调节等.结论 我们发现并分析了人基底神经节不同核团的分子标志物、核团间差异、性别差异和帕金森病的相关差异.

目的 采用孟德尔随机化(MR)和反向MR方法评估91种炎症蛋白与5种心血管疾病(主动脉夹层、动脉瘤、冠心病、非风湿性心瓣膜病和风湿性心瓣膜病)之间的因果关系.方法 使用来自欧洲人群的全基因组关联研究(GWAS)数据,利用MR方法和反向MR方法对 91 种炎症蛋白与 5 种心血管疾病之间的双向因果关系进行评估分析.MR分析方法包括逆方差加权法、加权中位数法、MR-Egger回归、简单模式和加权模式,敏感性分析包括 Cochran's Q检验、MR-Egger截距检验、MR-PRESSO法和留一法.结果 共有16种炎症蛋白可能与心血管疾病风险存在相关性,分别为C-C趋化因子配体(CCL)20、CD5、CCL28、白细胞介素 20 受体α(IL-20RA)、潜在转化生长因子β1前体(LAP-TGF-β1)、胸腺基质淋巴细胞生成集(TSLP)、胱抑素D(CST5)、白血病抑制因子(LIF)、翻译起始因子 4E结合蛋白 1(EIF4EBP1)、CCL4、白细胞介素 22 受体α1(IL-22RA1)、IL-10、IL-17C、单核细胞趋化蛋白(MCP)-2/CCL8、神经秩蛋白(NRTN)、MCP-3/CCL7.此外,心血管疾病的进展可能会导致 10 种炎症蛋白水平的变化,包括CCL11、IL-8、TNF-β、成纤维细胞生长因子(FGF)-19、白细胞介素10受体α(IL-10RA)、FGF-21、白细胞介素 10 受体β(IL-10RB)、β-神经生长因子(β-NGF)、CD5 和MCP-1/CCL2.结论 多种炎症蛋白与 5 种心血管疾病之间存在双向因果关系,进一步研究各种炎症蛋白与上述心血管疾病之间的相关性具有潜在临床价值.

目的:采用网络药理学方法分析乳腺熏洗方促进非哺乳期乳腺炎(NPM)术后创面愈合的机制,并通过临床研究对关键通路进行验证.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选乳腺熏洗方的主要化合物成分和作用靶点,在人类基因综合分析数据库(Genecards)中查找与乳房创面愈合相关的共同靶点,将共同靶点输入STRING数据库,获得蛋白质相互作用(PPI)网络,再使用Cytoscape 3.10.10软件绘制PPI网络图.利用DAVID数据库和Metascap数据库对疾病-药物潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.采用蛋白质印迹法检测 4 例NPM术后患者治疗前后创面组织血管内皮生长因子(VEGF)、信号转导和转录激活蛋白 3(STAT3)蛋白表达水平.结果:乳腺熏洗方促进乳房创面愈合共涉及 101 个靶点,关键靶点有基质金属蛋白酶(MMP2、MMP9)、细胞因子[白细胞介素(IL)-1β、IL-6、表皮生长因子受体(EGFR)、转化生长因子-β(TGF-β)、肿瘤坏死因子(TNF)、成纤维细胞生长因子 2(FGF-2)]、黏附分子(ICAM-1)和信号转导蛋白(STAT3、MAPK)等,参与了包括VEGF、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、IL-17、AGE-RAGE、TNF等信号通路的调控.治疗后,NPM术后创面组织的VEGF、STAT3 蛋白表达水平均较治疗前升高(P＜0.05).结论:乳腺熏洗方通过多途径、多靶点的协同调节,在促进NPM术后创面愈合方面具有明确作用.

目的 分析胃癌组织中磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)相关基因的表达及功能,寻找胃癌相关的潜在生物标志物.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胃癌数据,在分子特征数据库(MSigDB)下载PI3K-AKT相关基因集合,使用Wilcoxon检验和倍性变化筛选差异表达基因.通过R包"survival"进行生存分析.使用STRING数据库分析相关蛋白质交互作用(PPI)网络信息.基于Metascape对差异表达基因进行富集分析.应用CIBERSORT算法计算胃癌免疫细胞浸润水平.选取2023年3—5月在河北医科大学第四医院外三科行根治性手术的20例进展期胃癌患者标本,使用Western法检测肿瘤组织和癌旁组织中CXC基序受体4(CXCR4)的表达.结果 基于TCGA数据库,胃癌组织中上调基因10个,分别为溶质载体家族2成员1(SLC2A1)、周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、E2F转录因子1(E2F1)、肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)、tribbles假激酶3(TRIB3)、G蛋白亚基γ转导蛋白1(GNGT1)、成纤维细胞生长因子17(FGF17)、白细胞介素4(IL-4)和CXCR4.下调基因12个,分别为蛋白激酶Cβ型异构体(PRKCB)、双特异性蛋白磷酸酶3(DUSP3)、类钙结合蛋白39(CAB39L)、蛋白激酶AMP激活催化亚基α2(PRKAA2)、腺苷酸环化酶2(ADCY2)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(CDKN1A)、Toll通路中进化保守的信号传导中间体(ECSIT)、肽基脯氨酰顺/反异构酶-NIMA相互作用1(PIN1)、丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)、MAPK相互作用的丝氨酸/苏氨酸激酶2(MKNK2)和T细胞淋巴瘤侵袭转移诱导蛋白1(TIAM1).CXCR4基因的表达与患者的预后相关,103例高表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为33.8％和18.8％,303例低表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为51.3％和42.5％,差异有统计学意义(x2=16.60,P<0.001).对CXCR4进行PPI网络显示,其与其他蛋白具有广泛的相互作用.通路富集分析结果显示,在基因本体论(GO)数据库收录的通路中,CXCR4主要与细胞因子介导的信号通路、调节白细胞胞间黏附、正向调节细胞因子产生、调节肽基酪氨酸磷酸化、调节造血功能和调节防御反应密切相关.在京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库收录的通路中,CXCR4主要与趋化因子信号通路、Th17细胞分化、破骨细胞分化、人巨细胞病毒感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用密切相关.免疫细胞浸润结果显示,胃癌组织中,CXCR4的表达与初始B细胞浸润呈正相关(r=0.24,P<0.001),与CD8+T细胞浸润也呈正相关(r=0.25,P<0.001).Western blot法检测显示,CXCR4蛋白在胃癌组织中的相对表达水平为1.52±0.27,明显高于其在癌旁组织中的相对表达水平(0.42±0.12;t=17.05,P<0.001).结论 PI3K-AKT相关基因CXCR4在胃癌组织中高表达,且与胃癌患者预后、多种信号通路及初始B细胞和CD8+T细胞浸润相关,是胃癌潜在的生物标志物.

目的 探讨自发矮小症雌性SD大鼠(short stature rat,SSR)不孕的原因及其致病机理研究.方法 以成年野生型SD雌性大鼠和SSR雌性大鼠为研究对象,采用阴道涂片法观察动情周期变化;采用同期发情超数排卵方法比较促排卵效果;测定卵巢、子宫重量及体重、卵巢、子宫指数;测定血清中AMH、E2、FSH、LH、FSH/LH含量;对卵巢组织进行转录组学测序以分析基因表达差异.结果 SSR雌性大鼠动情周期无异常,SSR雌性大鼠体重显著低于野生型,其卵巢指数和子宫指数显著高于野生型.排卵结果显示,野生型SD大鼠平均排卵数量显著高于SSR雌性不孕大鼠(P<0.001);野生型SD大鼠血清AMH(P<0.01)、E2(P<0.05)水平显著高于SSR雌性不孕大鼠,血清FSH(P<0.01)、LH(P<0.01)及FSH/LH(P<0.05)水平显著低于SSR雌性不孕大鼠,PROG则不显著;转录组测序获得 250 个差异表达基因,其中有 190 个上调基因、60 个下调基因.GO和KEGG分析结果显示,差异表达基因主要富集在IL-17 信号通路(IL-17 signaling pathway)、p53 信号通路(p53 signaling pathway)和细胞因子-细胞因子受体相互作用(cytokine-cytokine receptor interaction)等.利用CytoHubba插件的MCC、MNC、EPC和Degree计算法分别筛选前 10 的重要节点,取交集最后得到 9 个Hub基因,分别为Cxcl1、Cxcl2、IL1a、IL1b、Cd80、Mmp13、Mmp8、Fgf3、Ptgs2.结论 SSR雌性大鼠不孕可能与卵巢储备功能下降和卵巢低反应有关,同时筛选出 Cxcl1、Cxcl2、IL1a、IL1b、Cd80、Mmp13、Mmp8、Fgf3 和Ptgs2 与不孕相关,为进一步探究不孕机制奠定理论基础.

目的:应用生物信息学方法初步筛选原发免疫性血小板减少症(ITP)的关键基因并探索其发病机制,进而预测治疗ITP的潜在中药(TCM).方法:基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)的基因芯片原始数据集GSE80401,以P<0.05及|logFC|≥1条件筛选差异miRNA的标准进行分析,得到ITP的差异miRNA.采用miRTarBase、miRDB和TargetScan进行miRNA靶基因预测,在Genecards数据库搜索ITP的靶点,将预测的上调靶基因和下调靶基因分别与疾病靶点取交集,在此基础上,将映射的靶基因分别通过String数据库和Cytoscape构建PPI网络,筛选核心的靶基因,对核心靶基因在DAVID和Omicsbean数据库上进行GO和KEGG通路富集分析.将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical)分析治疗关键基因的TCM.结果:筛选出符合条件的差异基因 422个,关键基因 17个,包括BCL2L1、CCND1、CD44、CDKN1A、CREB1、GRB2、MAPK1、MAPK8、PIK3R1、CDK2、CAV1、FGF2、IGF1、SMAD2、SMAD4、TLR4和VEGFA,主要涉及蛋白聚糖、FoXO、PI3K-Akt、人T细胞白血病病毒1感染、内分泌抵抗、黏着斑等信号通路.筛选得到包括人参、赤芍、当归、蜂毒、眼镜蛇、补骨脂、地黄、水牛角、火麻仁、菟丝子、五灵脂和金鸡纳皮等在内的具有防治ITP的TCM共12味.TLR4映射的TCM最多,其次是CCND1和VEGFA.在众多的TCM中,人参同时作用于17个靶点,赤芍、当归和蜂毒同时作用于11个靶点,眼镜蛇和补骨脂同时作用于9个和8个靶点,地黄和水牛角同时作用于7个靶点,火麻仁同时作用于4个靶点,菟丝子同时作用于3个靶点,五灵脂同时作用于2个靶点,提示上述药物具有多靶点防治ITP的潜能.结论:基于生信分析初步预测得到ITP的关键致病基因及具有防治作用的TCM,可为相关TCM新药开发提供靶点及研究思路.

目的 探讨血清血小板衍生生长因子(PDGF)、成纤维细胞生长因子2(FGF-2)水平与膝骨关节炎患者病情严重程度的相关性.方法 选取2020 年7 月—2023 年1 月新疆医科大学第四附属医院骨二科诊治膝骨关节炎患者105 例作为关节炎组,依据严重程度分为轻中度亚组62 例和重度亚组43 例;同时纳入健康体检者102 例作为健康对照组.采用PCR法检测PDGF基因rs974819 位点、FGF-2 基因rs2922979 位点多态性并进行测序鉴定;采用双抗体夹心酶联免疫吸附法检测血清PDGF水平,酶联免疫吸附法检测血清FGF-2 水平;多因素Logistic回归分析影响膝骨关节炎患者病情严重程度的因素.结果 健康对照组和关节炎组 PDGF 基因 rs974819 位点、FGF-2 基因rs2922979 位点上均检出GG型、GC型、CC型3 种基因型,关节炎组携带CC型基因型及C等位基因占比显著高于健康对照组(PDGF:χ2/P =41.726/<0.001,54.382/<0.001;FGF-2:χ2/P =65.987/<0.001,88.988/<0.001),C等位基因可能是膝骨关节炎的易感基因.关节炎组血清 PDGF、FGF-2 水平低于健康对照组(t/P = 11.715/<0.001、22.079/<0.001).重度亚组血清PDGF、FGF-2 水平低于轻中度亚组(t/P =6.525/<0.001、8.304/<0.001),IL-17、TNF-α水平高于轻中度亚组(t/P =6.032/<0.001、8.952/<0.001).血清PDGF、FGF-2 高是膝骨关节炎患者病情进展为重度的保护因素[OR(95%CI)=0.849(0.753～0.957)、0.834(0.747～0.931)].结论 随膝骨关节炎患者疾病严重程度增加,血清PDGF、FGF-2 水平降低,PDGF基因rs974819 位点、FGF-2 基因rs2922979 位点的C等位基因可能是膝骨关节炎的易感基因.

Kallmann综合征(Kallmann syndrome,KS)是一种罕见的伴有嗅觉缺失的先天性促性腺功能低下疾病,呈家族性或散发性发病,具有明显的遗传异质性.目前只有KAL1、FGFR1、PROKR2、PROK2、CHD7以及FGF8被鉴定为KS致病基因,但只能解释25％ ～ 30％的KS病例.对WDR11、NELF、HS6ST1、DUSP6、SPYR4、IL17RD、SEMA3A、HESX1等KS的候选基因研究较少.文章就以上kallmann候选基因的研究进展进行综述.