目的:开发用于甲型流感病毒快速分型的Taqman低密度芯片(Taqman low density array，TLDA)，可以同时开展甲型流感病毒通用、H1-H16及N1-N9亚型高通量快速鉴定，适用于流感样病例及禽流感标本中甲型流感病毒的快速分型鉴定。方法:设计甲型流感病毒通用、H1-16亚型、N1-9亚型的引物探针，并将其预先定制在TLDA反应芯片上；优化TLDA退火温度；用多种亚型的甲型流感病毒核酸进行10倍梯度稀释，结合微滴式数字PCR定量方法评价TLDA检测灵敏度；用乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞等其他多种常见的呼吸道病毒验证该TLDA检测特异性，同时选用多种已经明确分型的甲型流感病毒评价该TLDA的特异性和有效性；采集16例流感样病例标本及24例禽流感外环境标本用该芯片开展检测。结果:该TLDA的最佳退火温度为60 ℃；针对甲型流感病毒H1N1、H3N2、H5N6、H7N9和H9N2，其检测灵敏度为1.52~8.00拷贝/μl；能特异性检测甲型流感病毒，与其他常见呼吸道病毒无交叉反应，并能精准鉴定多种甲型流感病毒的亚型；应用该方法检测16例流感样病例标本和24例禽流感外环境监测标本，均可分型。结论:基于TLDA技术建立的甲型流感病毒高通量快速分型检测方法具有较好的灵敏度和特异性，适用于流感样病例和禽流感标本的病原快速检测，特别是对目前用常规商业化试剂尚无法鉴定的新型甲型流感病毒能够进行快速的亚型筛查与鉴定。

目的:了解不同亚型禽流感病毒与不同动物来源红细胞的凝集特性，为流感环境样本监测工作选择更适宜的检测用红细胞。方法:选取2009-2016年我国禽流感环境监测中分离到的不同亚型的禽流感毒株，采用红细胞凝集试验，选用5种动物红细胞(鸡、火鸡、豚鼠、马和绵羊)进行检测；应用流式细胞仪检测不同动物红细胞表面唾液酸受体的表达及类型，通过氨基酸序列分析病毒血凝素蛋白受体结合区(receptor binding domain, RBD)的特征。结果:本研究共检测了14种亚型的28株禽流感病毒。结果显示所有毒株均能与火鸡和豚鼠红细胞发生凝集，其余红细胞均出现不能与某些毒株产生凝集的现象；其中1株H9N2(A/环境/安徽/43762/2015)毒株与鸡红细胞不产生凝集反应；1株H1N1(A/环境/山东/76972/2014)和2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)毒株与马红细胞不产生凝集反应；2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)和2株H13N8(A/环境/青海湖/166/2012和A/环境/青海湖/13/2012)毒株与绵羊红细胞不产生凝集反应。流式检测结果显示在火鸡、鸡和豚鼠红细胞表面可检测到两种类型唾液酸受体α2，3和α2，6，但两种受体表达比例不同；马和绵羊红细胞表面唾液酸受体只检测到表达α2，3。序列分析提示病毒RBD关键区域的氨基酸替换可能是影响病毒红细胞结合特性的重要因素。结论:在禽流感病毒检测中，火鸡和豚鼠红细胞在红细胞凝集试验中敏感性最好。不同来源的红细胞其受体表达及类型会显著影响不同亚型禽流感病毒的凝集反应，同时RBD关键区域的氨基酸变化也会影响病毒与不同红细胞的结合。

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）标本进行测序鉴定和基因特征分析，为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别，采用二代测序方法对病毒血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对，用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV，属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸（LRERRRKRGL，其中R，K为碱性氨基酸）；病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG（氨基酸排序以H3-HA为准），受体特征为禽源；NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV，属于高致病AIV，但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒，对人类健康和公共卫生存在威胁，需要继续加强监测。

禽流感病毒通常在野生鸟类和家禽中传播，但也可感染人类和其他哺乳动物。可感染人类的禽流感病毒主要有H3、H5、H6、H7和H9等亚型。2024年1月27日，中国安徽出现一例人合并感染H10N5亚型禽流感病毒和季节性H3N2流感病毒确诊病例。这是全球报告的首例人感染H10N5亚型禽流感病毒病例。该患者死前曾接触过活禽，而家禽样本经检测也呈H10N5阳性。在全球范围内，H3N2亚型感染最为普遍，与H10N5合并感染可能会增加死亡率。全球家禽养殖场数量庞大，这大大增加了人与禽类的接触，而病毒可以通过直接或间接接触被感染的禽类或鸟类传播。H10N5和H3N2合并感染可能对公共卫生构成全球性风险，而人群中尚未形成针对此种合并感染的免疫力，这可能会迅速升级为严重的全球大流行。此外，禽流感病毒在禽类中的固有储存库将持续加剧对公共卫生的威胁。接种流感疫苗、做好个人防护以及定期对禽类相关场所进行清洁、消毒等措施可以有效预防人感染禽流感病例发生。

上海市CDC试点实施了成年人急性呼吸道感染综合监测，对流感样病例（ILI）和严重急性呼吸道感染（SARI）开展主动监测和多种呼吸道病原体的检测鉴定。在2019年172例ILI中以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2亚型和B/V亚型流感病毒的检出阳性率分别为30.81%、14.53%和30.55%，新甲型H1N1型的流行高峰为第一季度。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为6.40%，高峰在第三季度。腺病毒总检出阳性率为4.65%，高峰在第二季度。人类冠状病毒OC43型2份、HKU1型和NL63型各1份、229E型未检出；金黄色葡萄球菌检出率为17.44%，肺炎克雷伯菌检出率为9.88%；1 447例SARI病例也以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2和B/V亚型流感病毒的检出率分别为5.46%、1.73%和0.30%，新甲型H1N1型流感流行高峰也为第一季度，检出阳性率为17.50%。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为2.97%，高峰在第一季度。肺炎支原体检出阳性率为3.25%，军团菌检出阳性率为1.04%。检出人类冠状病毒229E型5份、OC43型10份、HKU1型7份、NL63型6份；细菌培养检出金黄色葡萄球菌8株，铜绿假单胞菌4株，肺炎克雷伯菌3株。通过开展主动监测，不仅发现了个别少见的新发传染病如人感染H7N9禽流感病例，同时也初步掌握了上海市急性呼吸道感染病例的流行病学特征、病原谱特征及其季节性变化趋势。近年来，通过逐步增加监测哨点医院，不断改进监测方法，尤其是在应对新型冠状病毒肺炎过程中在全市推广了基于医院HIS系统的监测信息上报系统，初步建立了覆盖全市的急性呼吸道感染综合监测网络，为开展新发呼吸道传染病主动监测预警打下了基础。

目的:分析2017—2021年福建省外环境禽流感病毒流行特点，为禽流感防控、预测工作提供参考。方法:在福建省6地市监测点的4类禽类相关不同场所进行6类不同类型标本的采样，采用荧光定量PCR法对环境标本进行A型、H5、H7和H9亚型核酸检测，并采用流行病学方法对检测结果进行分析。结果:2017—2021年共采集6个监测点标本4 214份，其中A型禽流感病毒阳性率为41.53%(1 750份)，H5、H7和H9亚型阳性率分别为2.33%(98份)、1.16%(49份)和23.16%(976份)，H5+H7亚型阳性率为0.05%(2份)，H5+H9亚型阳性率为1.83%(77份)，H7+H9亚型阳性率为0.83%(35份)，H5+H7+H9亚型阳性率为0.09%(4份)，A型阳性未分型的阳性率为12.08%(509份)。不同检测场所和不同类型标本A型阳性率的差异具有统计学意义( χ2＝517.57, P<0.001; χ2＝51.58, P<0.001)：城乡活禽市场的禽流感病毒阳性率最高(49.72%)；不同类型标本中笼具表面擦拭标本(48.09%)、清洗禽类的污水(47.34%)和宰杀或摆放禽肉案板表面(45.66%)的阳性率较高。不同地区监测点的A型阳性率差异具有统计学意义( χ2＝458.34, P<0.001)：A型阳性率最高和最低的地市分别是三明市(56.00%)和漳州市(3.34%)。在时间分布方面，冬春季(11月至次年2月)和夏季(6~8月)的阳性率较高。 结论:福建省禽流感病毒总体阳性率较高，以H9亚型为主，应重点加强冬春季和夏季禽流感病毒的监测，加强对城乡活禽市场的监管力度。

目的:研究2017—2018年佛山市活禽交易市场禽流感病毒检出率、混合流行情况和基因变异分析，评估活禽市场禽流感的潜在风险。方法:采用荧光PCR检测2017年4月至2018年3月间1 440份活禽交易市场环境监测标本，对部分H9N2阳性标本进行血凝素（hemagglutinin，HA）全长测序，结合采集时间、采集地点、标本种类和基因进化情况综合分析。结果:1 440份标本中甲型流感阳性422份。阳性标本中检出H9N2单独阳性标本213份（213/422，50.47%），混合阳性标本38份（38/422，9.00%）。H5N6单独阳性标本44份（44/422，10.43%），混合阳性标本26份（26/422，6.16%）。H7N9单独阳性标本4份（4/422，0.95%），混合阳性标本16份（16/422，3.79%）。来自外环境标本混合阳性检出率明显高于来自活禽标本（14.7% vs 1.75%， x2=20.10， P<0.01），零售市场混合阳性检出率高于批发市场但无明显差异（13.46% vs 8.18%， x2=1.97， P=0.1602）。9株测序的H9N2标本HA基因序列与国内疫苗株共同处于h9.4.2亚分支上。 结论:H9N2亚型禽流感病毒在佛山市活禽市场中存在比例较高，是与其他禽流感病毒混合感染率最高的亚型，后期应重点监测。

目的:对活禽市场家禽中分离的H5N6禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)进行遗传进化和分子特征分析。方法:2018年12月于乌鲁木齐市活禽市场采集家禽双腔拭子和环境样本，通过接种鸡胚、血凝试验和RT-PCR等方法分离鉴定AIVs，以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序，利用BLAST、Clustal W、MEGA-X和DNAStar等软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:从家禽样品中分离到6株H5N6亚型AIVs，其各基因之间的一致性较高(99.4%～100.0%)，为同一来源。BLAST分析显示除 NP基因与苏州家禽中分离的H5N6毒株一致性最高(99.7%)，其余7个基因片段均与2017—2018年广东环境中分离的H5N6毒株一致性最高，在99.0%～100.0%之间。遗传进化分析显示分离株的 HA属于Clade2.3.4.4.C分支， HA、 NA、 PB1、 PA、 NP、 MP这6个基因均与2018年自华东地区水貂中分离的H5N6病毒株聚在同一分支， PB2和 NS均与2017—2018年于广东环境中分离的H5N6病毒株聚在一起。分离株HA的裂解位点含多个连续的碱性氨基酸，为高致病性AIV， HA的S137A和T160A突变可增强病毒与人源受体SAα2，6-Gal的结合。另外， NA茎部缺失、 PB2的L89V、G309D、R477G、I495V、I504V、D391E和A661E以及 NS1的P42S、D92E和80～84位氨基酸缺失等突变均可增强病毒对哺乳动物的毒力和致病力。 结论:分离的6株高致病性H5N6 AIVs与2017—2018年分离自华东地区水貂和广东环境的H5N6 AIVs的遗传关系较近，存在的多个突变可增强病毒对哺乳动物的致病性，存在较大的公共卫生风险。

目的:描述增城区2019年1月至2020年6月年农贸市场中禽流感病毒的污染特征，分析新冠疫情暴发对禽流感病毒市场污染的影响。方法:在增城区各街镇农贸市场中抽检禽流感病毒核酸，A型流感病毒阳性的再进行H5、H7、H9分型，采用SPSS26.0进行统计描述。结果:共检测了1 978份环境样本，A型流感病毒阳性率为31.24%（618/1 978），其中H9亚型占92.07%（569/618）；2019年与2020年的阳性率无统计学差异（ x2=0.052， P=0.082）；不同类型样本中脱毛机内壁的阳性率最高（44.08%），冰柜（箱）内壁最低（13.33%）。 结论:污染增城区农贸市场的禽流感病毒优势亚型为H9，与活禽直接接触的样本更易检出禽流感病毒。新冠肺炎暴发后环境禽流感病毒阳性率与疫情暴发前没有差异，建议加强对农贸市场的监管力度。