目的:探讨长非编码RNA HOXA簇反义RNA 3(LncRNA HOXA-AS3)通过miR-218-5p调控泛素特异性肽酶3(USP3)对前列腺癌细胞增殖、凋亡的影响。方法:体外培养人前列腺上皮细胞和人前列腺癌细胞系DU-145、PC-3、22RV1，将DU-145细胞分为对照组、LncRNA HOXA-AS3过表达组、LncRNA HOXA-AS3敲低组、共转染阴性对照组、LncRNA HOXA-AS3敲低＋miR-218-5p inhibitor组。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和免疫印迹法检测LncRNA HOXA-AS3、miR-218-5p与USP3的表达；采用免疫荧光染色检测凋亡相关蛋白Bax和Bcl-2表达比值(Bax/Bcl-2)；采用免疫印迹法检测增殖(PCNA、Cyclin D1)与凋亡相关蛋白(Bax、Bcl-2)的表达；采用双荧光素酶报告基因实验检测前列腺癌细胞中LncRNA HOXA-AS3对miR-218-5p的靶向调节。结果:与人前列腺上皮细胞相比，DU-145、PC-3、22RV1细胞的LncRNA HOXA-AS3、USP3的mRNA与蛋白表达升高，miR-218-5p表达降低(均 P<0.05)。与对照组比较，LncRNA HOXA-AS3过表达组LncRNA HOXA-AS3、USP3的mRNA与蛋白表达、细胞活力、集落生成率、PCNA与Cyclin D1、Bcl-2蛋白表达升高，miR-218-5p表达、凋亡细胞比例、细胞凋亡率、Bax/Bcl-2、Bax蛋白表达降低(均 P<0.05)；LncRNA HOXA-AS3敲低组的细胞LncRNA HOXA-AS3、USP3的mRNA与蛋白表达、细胞活力、集落生成率、PCNA与Cyclin D1、Bcl-2蛋白表达降低，miR-218-5p表达、凋亡细胞比例、凋亡率、Bax/Bcl-2、Bax蛋白表达升高(均 P<0.05)。与LncRNA HOXA-AS3敲低组比较，LncRNA HOXA-AS3敲低＋miR-218-5p inhibitor组的USP3的mRNA与蛋白表达、细胞活力、集落生成率、PCNA与Cyclin D1、Bcl-2蛋白表达升高，miR-218-5p表达、凋亡细胞比例、细胞凋亡率、Bax/Bcl-2、Bax蛋白表达降低(均 P<0.05)。共转染miR-218-5p mimics和野生型LncRNA HOXA-AS3报告质粒的相对荧光素酶活性降低(0.34±0.06 vs.1.01±0.22， P<0.05)。 结论:敲低LncRNA HOXA-AS3可通过上调miR-218-5p而降低USP3表达，从而抑制前列腺癌细胞增殖，并促使其凋亡。

核孔蛋白98（Nucleoporin 98，NUP98）基因位于11号染色体短臂末端的1区5带上，当发生累及11p15的平衡易位或倒位时，导致NUP98基因重排，截至目前已发现至少28种与之相关的伙伴基因 [ 1] ，以涉及同源异型盒（Homeobox，Hox）基因家族最为多见，涵盖了HOXA（7p15）、HOXB（17q21）、HOXC（12q13）、HOXD（2q31）四个基因簇，其中，由t（7;11）（p15;p15）形成NUP98-HOXA9融合基因是NUP98基因重排最常见的形式，以在急性髓系白血病（AML）中发生为主，发生率约为2.2% [ 2, 3] ，该融合基因参与诱导白血病的发生，且与不良预后密切相关。我们回顾性分析了我院2017-2020年发现的3例伴有t（7;11）（p15;p15）且NUP98-HOXA9融合基因阳性AML-M 2患者的临床和实验室资料，并进行相关文献复习。

目的:明确1例多发畸形伴生长迟缓患儿的遗传学病因。方法:应用基于高通量测序(next generation sequencing, NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)技术对1例常规G显带染色体核型未见异常的多发畸形伴生长迟缓患儿进行遗传学分析。结果:患儿及其父母的染色体核型分析均未见异常；CNV-seq分析结果显示患儿7号染色体p15.3p15.1区存在约4.36 Mb杂合缺失(24 020 000-28 380 000) ×1，父母的CNVs检测未见异常。该缺失片段内包含 HOXA13、CYCS、DFNA5、HOXA11、HOXA2等28个OMIM基因。其中 HOXA13基因已明确与远端肢体畸形、尿道下裂、隐睾有关， HOXA1、HOXA3和 HOXA4基因参与心脏原基及心脏原始心管的发生， HOXA2参与听觉系统的发育，患儿临床表型与7p15缺失综合征相吻合。 结论:患儿的 HOXA1、HOXA2、HOXA3、HOXA4及 HOXA13基因的单倍型剂量不足可能是导致7p15缺失综合征相关临床表型的主要原因。

目的 探讨HOXA基因簇中各蛋白编码基因和非编码基因在泛癌中的表达及对肿瘤预后评估的作用.方法 使用NCBI网站GeneBank数据库分析HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因的组成及相互位置关系.应用UCSC数据库phasCons评分分析HOXA基因簇序列的保守性.基于美国阿拉巴马大学伯明翰分校创立的癌症组学数据UALCAN分析网站,评估HOXA基因簇转录的11个HOXA编码基因和6个非编码基因在24种癌症中的表达模式,Kaplan-Meier分析在泛癌中HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因表达与肿瘤预后的相关性.结果 人HOXA基因簇由11个蛋白编码基因和6个已被注释的非编码基因组成,分别位于染色体7p15.2的DNA负链和正链上.HOXA基因簇各蛋白编码基因进化十分保守,而非编码基因的保守性低于编码基因.24种癌症的差异分析结果显示HOXA基因簇转录的蛋白编码基因及非编码基因在肿瘤组织中的表达与正常对照组织有差异,表达模式具有组织器官特异性.生存分析提示HOXA基因簇中蛋白编码基因和非编码基因低表达有利于肾透明细胞癌、子宫内膜癌、肺腺癌、直肠腺癌、胃腺癌、肾嫌色细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌及肾乳头状细胞癌的预后.结论 HOXA基因簇成员可能是泛癌诊断和预后的重要分子生物标志物.

目的:探讨hsa-miR-196a-5p在食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)发生发展过程中的作用,并对其生物学特征及表型功能进行预测分析,为最终研究miR-196a-5p的功能提供有利线索.方法:通过Quantitative Real-time PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织中miR-196a-5p相对表达水平.使用Target Scan、MIRDB、miRand和Tarbase DIANA TOOLS 7.0四种在线软件预测miR-196a-5p的靶向调控基因集合,将4个预测集合利用在线软件VENNY2.1取交集,最终确定miR-196a-5p的靶基因集合范围.在线数据库string可以完成对所预测的靶基因编码蛋白质之间相互关系的预测.最后通过使用在线数据库metascape对hsa-miR-196a-5p预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类分析和通路富集分析.结果:miR-196a-5p序列号为MIMAT0000226,定位于人12q13.13.与斑马鱼、七鳃鳗、鸭嘴兽、褐家鼠、家兔、野猪等物种的miR-196a-5p在UAGGUAGUUUCAUGU UGUUGGG区域高度保守.32对食管鳞状细胞癌肿瘤组织中miR-196a-5p的表达量显著高于对应的癌旁正常对照组织,与前期Agilent Human miRNA基因芯片结果保持一致.生物信息学方法预测的最终靶基因有48个,且其编码蛋白质之间关系网络集中在以HOXA7、HOXA5和HOXA9为核心的HOX家族和EXOC基因簇.miR-196a-5p靶基因功能集中在胚胎和器官形态发生、骨骼系统开发、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、基因表达/转录的正调控,以及参与转录因子活性调节等方面.主要参与的信号通路有促性腺激素释放激素、Ras、FoxO信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素信号通路和肿瘤转录失调通路(P<0.01)等.miR-196a-5p在ESCC肿瘤组织中显著高表达,而TGFBR3基因与miR-196a-5p出现相反的表达方式,我们推测TGFBR3可能是ESCC中miR-196a-5p的一个靶基因.结论:miR-196a-5p在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-196a-5p可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展.

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)HOXA簇反义RNA2(HOXA-AS2)在胰腺癌组织中表达,以及沉默该基因对胰腺癌细胞增殖和侵袭力的影响.方法 选取2015年8月至2020年8月在我院行根治性手术治疗的胰腺癌患者97例,培养人胰腺癌PANC-1和AsPC-1细胞并分别分为si-HOXA-AS2组、si-Con组和空白组,分别转染干扰序列、阴性对照序列和不作任何处理,使用RT-PCR检测胰腺癌和癌旁组织中HOXA-AS2表达,以及不同组细胞中HOXA-AS2表达,分别使用CCK-8和Transwell法检测细胞增殖活性及细胞侵袭力.结果 HOXA-AS2在胰腺癌组织中表达量为(2.21±0.20),高于癌旁组织的(1.03±0.14),差异有统计学意义(t=48.030,P<0.001);胰腺癌组织中HOXA-AS2表达量在不同TNM分期、分化程度和是否发生淋巴结转移差异有统计学意义(P<0.05);PANC-1和AsPC-1细胞中,与si-Con组和空白组比较,si-HOXA-AS2组HOXA-AS2表达量明显降低(P<0.05),si-HOXA-AS2组24、48、72和96 h时吸光度OD值均低于si-Con组和空白组(P<0.05),si-HOXA-AS2组侵袭细胞数均低于si-Con组和空白组(P<0.05).结论 HOXA-AS2在胰腺癌组织中表达量升高,且与恶性进展临床指标相关,沉默其表达可减少细胞增殖、抑制细胞侵袭力.

三维基因组染色质架构蛋白CTCF(CCCTC-binding factor)能够介导增强子与基因启动子的远距离染色质相互作用,也可以结合调控区域的绝缘子发挥增强子绝缘功能,对发育中的基因表达调控具有重要作用.同源框基因家族(Homeobox gene family,Hox)编码一类控制动物发育的关键转录因子,在发育中主要沿胚胎首尾轴(head-to-tail axis)呈时空线性表达.在哺乳动物中,Hox基因分为HoxA、HoxB、HoxC和HoxD四个基因簇,在中枢神经系统、骨骼和四肢发育中发挥重要功能.HoxD基因簇主要调控四肢发育,受位于其两侧调控域内的增强子调节,沿肢体近远轴(proximal-distal axis)呈时空线性表达.在人类基因组中,HOXD基因簇及其两侧的调控区域分布有串联排列的CTCF结合位点(简称CTCF位点),参与9个HOXD基因的表达调控.本研究以HOXD基因簇为模式基因,探究CTCF对发育基因(developmental genes)转录调控的影响.利用CRISPR DNA片段编辑技术在人HEK293T细胞中获得一系列的串联反向CTCF位点删除的单细胞克隆株.RNA-seq实验揭示CTCF位点删除后HOXD基因表达下降.定量高分辨率染色体构象捕获实验显示,HOXD与上游增强子簇的远距离染色质相互作用增强,与下游增强子簇的远距离染色质相互作用减弱.综上所述,串联反向的CTCF位点通过其绝缘子功能维持上下游增强子簇对HOXD基因簇表达调控的平衡,为探究动物发育过程中Hox基因表达的精准调控机制提供参考.

研究发现,HOXA11是同源盒(HOX)基因簇中重要一员,其表达于正常人宫颈组织、子宫内膜、子宫肌层,参与转录因子编码,对细胞的分化和组织的修复具有重要作用.但其异常表达也参与女性各种妇科疾病的形成、发展等过程,是各类妇科疾病诊断、预后评估重要生物标志物.本研究主要分析归纳近年来HOXA11在女性妇科疾病中的研究现状,为今后妇科疾病的预防、诊断、治疗等提供新思路、新方向.

目的 探讨HOXA基因簇各蛋白编码基因mRNA表达水平及与预后的关系.方法 采用生物信息学方法分析癌症基因组图谱(TCGA)_GBMLGG数据库中669例不同级别胶质瘤和TCGA_GBM数据库中489例胶质母细胞瘤组织HOXA基因簇编码基因mRNA的表达情况,分析其与胶质瘤临床病理分级和预后的关系.纳入2011年1月至2015年12月经术后病理证实的70例胶质瘤组织和手术切除的正常脑组织20例,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测HOXA基因簇各蛋白编码基因在胶质瘤中的表达水平,并分析其与总生存时间(OS)的关系.结果 HOXA基因簇由HOXA1、HOXA2、HOXA3、HOXA4、HOXA5、HOXA6、HOXA7、HOXA9、HOXA10、HOXA11、HOXA13共11个蛋白编码基因组成.TCGA_GBMLGG数据库分析显示,HOXA基因簇中11个编码基因的相对表达量随胶质瘤级别的升高而升高,在Ⅳ级胶质瘤中的相对表达量高于Ⅱ～Ⅲ级(P<0.001).在胶质母细胞瘤组织中,除HOXA6基因外,其他10个基因的相对表达量均高于正常脑组织(P<0.001).HOXA基因表达水平在胶质母细胞瘤组织中最高,其次为星形细胞瘤,最少为少突星形细胞瘤和少突神经胶质瘤.HOXA基因簇在IDH1野生型胶质瘤中的表达水平均高于IDH1突变型胶质瘤(P<0.001).HOXA基因簇高表达与较短的OS有关(P<0.001).在70例临床胶质瘤组织中,Ⅱ～Ⅲ级、Ⅳ级胶质瘤组织中HOXA基因簇的相对表达量高于20例正常脑组织,其表达水平随胶质瘤级别的升高而升高(P<0.05).70例临床胶质瘤患者的中位OS为20.9个月,HOXA基因低表达组患者的中位OS明显优于高表达组(P<0.001).结论 胶质瘤组织中HOXA编码基因表达水平升高,可能参与了胶质瘤的发生、发展过程;HOXA基因簇高表达是预后不良因素,可作为预测预后的生物标志物.