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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨2天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨2天前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的临床分布及耐药特征
编辑人员丨2天前
探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的临床分布及耐药特征,为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株,应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验,采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测,通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行基因检测。结果显示,510株CRKP菌株主要来源于痰液302株(59.2%)、尿液127株(24.9%)、血液47株(9.2%);科室主要分布于重症医学科231株(45.3%),其次为呼吸内科108株(21.2%)和神经外科79株(15.5%);药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高,仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性,但对替加环素的耐药率逐年上升,从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%,差异有统计学意义( χ2=14.444, P<0.05)。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示,510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株(90.4%),其中丝氨酸酶 450株(88.2%),金属酶 9株(1.8%),既产丝氨酸又产金属酶2株(0.4%);不产酶的有49株(9.6%);免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株(97.6%),IMP 2株(0.4%);NDM 7株(1.5%);KPC+NDM 2株(0.4%);PCR基因检测结果:blaKPC 450株(97.6%),blaIMP 2株(0.4%),blaNDM 7株(1.5%),blaKPC+NDM 2株(0.4%)。综上,CRKP菌株主要来源于痰液标本,分布于重症医学科,耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主,临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测,为预防CRKP的感染,减少细菌耐药的产生提供参考依据。
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编辑人员丨2天前
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三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究
编辑人员丨2天前
目的:评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms,CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法:随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株,应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定,分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准,评价上述3种检测方法的性能。结果:122株CRO菌株属于12个不同菌种,PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性,KPC-2型阳性70株,占57%(70/122),其中肺炎克雷伯菌46株,铜绿假单胞菌12株,其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122),均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122),其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株,以大肠埃希菌为主(12/20);IMP-4型阳性2株,分别为肺炎克雷伯菌和阿氏肠杆菌;检测出1株同时产KPC-2和IMP-4的肺炎克雷伯菌;未检测到VIM型碳青霉烯酶;有10株未检出以上5种基因型。与金标准PCR方法相比mCIM联合eCIM试验灵敏度为95.65%(22/23),特异度为100.00%(90/90),阳性预测值(PPV)为100.00%(22/22),阴性预测值(NPV)为98.90%(90/91),诊断准确度为99.11%(112/113);Carba-5和Carba-R试验的灵敏度、特异性、PPV、NPV和诊断准确度均为100%。结论:碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌临床微生物实验室可以使用Carba-5试验快速、准确地检测常见碳青霉烯酶型,有条件的实验室还可以选择Carba-R试验,并监测患者是否存在碳青霉烯耐药菌的定植;而Carba-5和Carba-R检测结果阴性时,建议结合药敏结果进行mCIM联合eCIM试验检测。
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编辑人员丨2天前
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青岛市区5家医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌耐药基因检测及分析
编辑人员丨2天前
目的:通过对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)的碳青霉烯酶表型的筛查及耐药基因检测,明确青岛市区该细菌耐药基因的分布及构成,为临床上合理应用抗菌药物治疗提供依据。方法:收集2016年10月至2019年9月青岛市区5家三甲医院临床分离出的非重复CRKP共54株,采用琼脂稀释法或纸片扩散法(K-B法)进行常用抗菌药物的药敏试验;应用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型筛查;采用聚合酶链反应(PCR)扩增 blaKPC-2、 blaNDM-1、 blaOXA-48、 blaIMP、 blaVIM目的基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 结果:药敏试验显示,CRKP对阿米卡星耐药率最低(35.2%),其次为复方新诺明(53.7%)、庆大霉素(55.6%)、左氧氟沙星(75.9%)、亚胺培南/西司他丁(88.9%),哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢噻肟、头孢哌酮/舒巴坦钠的耐药率均高于90%。改良Hodge试验阳性菌株有43株(阳性率为79.63%),阴性菌株为11株。PCR耐药基因检测共检出带有碳青霉烯酶耐药基因的菌株40株,目的耐药基因检出率为74.07%。其中35株携带KPC-2基因,7株携带OXA-48基因,4株携带NDM-1基因,1株携带IMP基因,其中携带有OXA-48基因的菌株均同时携带KPC-2基因,未检测出携带VIM基因的菌株,剩余14株未检测出目标碳青霉烯酶基因。结论:青岛市区5家医院CRKP携带的产碳青霉烯酶基因主要为KPC-2,其次为OXA-48及NDM-1。
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编辑人员丨2天前
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亚胺培南联合常用抗菌药物对bla KPC-2型CRKP体外抗菌作用分析
编辑人员丨2天前
目的:探讨亚胺培南联合常用抗菌药物对bla KPC-2型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌作用。 方法:选取乐清市人民医院2018年1月至2019年1月分离的6株非重复的经聚合酶链反应和DNA序列确认的bla KPC-2型CRKP菌株,测量其对常用9种抗菌药物的敏感率,采取棋盘稀释法进行亚胺培南联合8种抗菌药物的药物敏感性试验,计算部分抑菌浓度指数(FIC)并评价联合应用效果;通过绘制体外时间-杀菌曲线评估联合用药的杀菌作用。 结果:6株bla KPC-2型CRKP菌株对亚胺培南、美罗培南、头孢他啶、环丙沙星、利福平、头孢噻肟等抗菌药物耐药率为100.00%(6/6),对米诺环素、克拉维酸耐药率为66.67%(4/6),对替加环素耐药率为33.33%(2/6);亚胺培南联合替加环素抗菌作用较好,对4株起协同作用、2株起相加作用;以菌株KPN2进行亚胺培南联合替加环素治疗的时间-杀菌曲线显示:菌株KPN2在亚胺培南1/2最低抑菌浓度(MIC)与替加环素1/4 MIC在(t+2)时杀菌率>95%,此作用可维持(t+10)h至(t+12)h,亚胺培南联合替加环素对002杀菌率逐步降低,002生长曲线逐渐上升。 结论:体外药物敏感性试验显示,亚胺培南联合替加环素对bla KPC-2型CRKP具有较好协同杀菌作用,可供临床治疗bla KPC-2型CRKP感染患者时参考。
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编辑人员丨2天前
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耐药铜绿假单胞菌临床分离株β-内酰胺酶基因检测研究
编辑人员丨2天前
目的:研究耐药铜绿假单胞菌临床分离株β-内酰胺酶基因的携带状况,及其对β-内酰胺类抗菌药物耐药性的作用。方法:收集2018年3月至2019年5月浙江省杭州市和宁波市两个地区6所医院住院患者首次发现感染时临床分离的98株耐药铜绿假单胞菌,其中宁波地区39株,杭州地区59株。所有菌株采用琼脂稀释法对14种抗菌药物进行敏感性试验,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析A、B、C、D四类共39种β-内酰胺酶基因携带情况,阳性基因测序后作BLAST比对。采用SPSS 24.0软件对数据进行分析。结果:98株耐药铜绿假单胞菌中,多重耐药(MDR)菌占81.63%,广泛耐药(XDR)菌占12.25%。所有菌株对多黏菌素B敏感,对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为94.90%和82.65%,宁波地区分离株对阿米卡星、妥布霉素和庆大霉素的耐药率高于杭州地区分离株( χ2=31.962、22.440和29.671, P<0.01),杭州地区分离株对氨曲南和亚胺培南的耐药率均高于宁波地区分离株( χ2=4.181和5.543, P<0.05)。共检出7种β-内酰胺酶基因,其中 PDC和 OXA-50群的检出率最高,均为100.00%, TEM、GES和 OXA-10群只在宁波地区分离株中检出, KPC只在杭州地区分离株中检出。β-内酰胺酶基因阳性模式有7种,所有菌株均携带 PDC和 OXA-50群,55株(56.12%)只检出 PDC和 OXA-50群。检出 PDC、OXA-50群基因为国内首次报道。 结论:携带 PDC和 OXA-50群基因是导致铜绿假单胞菌对β-内酰胺类抗菌药物耐药的重要原因。
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编辑人员丨2天前
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肺炎克雷伯菌耐药靶标KPC-2的免疫原性和保护效果评价及保护机制初步研究
编辑人员丨2天前
目的:采用肺炎克雷伯菌耐药靶标KPC-2为抗原制备重组蛋白疫苗,在小鼠肺炎模型中评价疫苗的免疫原性、保护效果和保护机制。方法:利用大肠埃希菌原核表达系统表达肺炎克雷伯菌KPC-2蛋白,经GST亲和层析对目的蛋白进行纯化;采用KPC-2蛋白制备疫苗,经皮下注射免疫新西兰兔,心脏采血分离血清,用Protein G亲和层析纯化多克隆抗体,同时运用调理吞噬杀菌试验检测抗体的体外杀菌活性。采用KPC-2疫苗免疫雌性BALB/c小鼠3次,间接ELISA检测血清中特异性IgG抗体滴度。末次免疫后7 d,通过气管插管构建小鼠肺炎克雷伯菌肺部感染模型,感染1 h后尾静脉给予0.1 mg美罗培南治疗,通过比较免疫组与佐剂组的生存率、细菌定植量和组织病理学差异,以及给药组与生理盐水组生存率的差异评价疫苗的保护效果。采用KPC-2多克隆抗体被动免疫评价抗体的保护效果。结果:KPC-2免疫组小鼠血清特异性IgG水平显著高于对照组( t=4.325, P<0.05),免疫组生存率显著高于对照组[70% (7/10) vs 10% (1/10), P<0.05];免疫组小鼠肺组织炎性程度及细菌定植量显著低于对照组( t=3.127, P<0.05);疫苗主动免疫与被动免疫均具有良好的保护效果,且对抗生素治疗有明显的增效性;KPC-2多克隆抗体在体外表现出明显的吞噬杀菌活性( t=5.427, P<0.05)。 结论:KPC-2疫苗具有良好的免疫原性和保护效果,体液免疫应答在其保护中发挥了重要作用,证明采用耐药靶标作为抗原制备疫苗具有可行性。
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编辑人员丨2天前
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Xpert Carba-R在血培养碳青霉烯耐药基因快速检测中的应用与评估
编辑人员丨2天前
目的:评估Xpert Carba-R平台在血培养碳青霉烯耐药基因的快速检测中的应用价值。方法:本研究选取16株携带不同碳青霉烯耐药基因型的肠杆菌目菌株制备模拟阳性血培养样本,采用Xpert Carba-R直接检测模拟血培养液中的碳青霉烯耐药基因。收集2022年1—6月南京医科大学第一附属医院临床血培养鉴定为肠杆菌目的样本117份进行前瞻性研究,采用Xpert Carba-R检测5种碳青霉烯耐药基因,以PCR测序法为参考方法评价其灵敏度与特异性。同时收集阳性患者临床资料进行预后分析。结果:16份制备的模拟阳性血培养样本采用Xpert Carba-R检出 bla KPC阳性8份, bla NDM阳性5份, bla IMP阳性1份,阴性2份,与已知结果完全一致。117份临床血培养阳性样本中28份经Xpert Carba-R检出为碳青霉烯耐药基因阳性,其中 bla KPC阳性24份, bla NDM 2份, bla KPC+bla NDM 2份,与PCR测序法相比其敏感度和特异度均为100%,且检测用时明显减少。25例患者中9例采用单药治疗,5例治疗有效;16例采用联合治疗,12例治疗有效;共17例治疗有效,8例治疗无效其中3例死亡,病死率为12%(3/25)。 结论:Xpert Carba-R可快速、准确地检测血培养液中碳青霉烯耐药基因,为临床早期合理用药提供依据。
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编辑人员丨2天前
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全国碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对抗菌药物的敏感性、耐药机制和分子特征研究
编辑人员丨2天前
目的:了解全国临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对抗菌药物的敏感性、耐药机制和分子特征。方法:收集自我国31个省、市和自治区151所医疗机构2021年1—6月临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌,按区域统一运送至3个中心实验室。中心实验室按照统一的实验方案进行菌种复核鉴定,肉汤微量稀释法测定碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)对抗菌药物的敏感性,所有菌株进行全基因组测序,分析菌株产生的碳青霉烯酶基因和多位点序列分型。结果:共收集CRKP菌株4 314株,CRKP57.7%(2 396/4 152)分离自呼吸道标本,其次为泌尿道标本(12.3%,510/4 152)和血液标本(10.40%,432/4 152)。药敏试验结果显示,氨曲南-阿维巴坦、黏菌素E、多黏菌素B和替加环素对CRKP具有高度抗菌活性(敏感率90.3%~96.4%)。头孢他啶-阿维巴坦及亚胺培南-瑞来巴坦在成人分离株中的敏感率高于儿童[分别为88.9%(3 399/3 822)和75.9%(2 902/3 822),51.4%(253/492)和50.4%(248/492)],而阿米卡星及复方磺胺甲基异噁唑在儿童分离株中的敏感率更高(65.2%,321/492和65.2%,321/492比25.5%,975/3 822和36.8%,1 407/3 822)。KPC-2基因(85.9%,3 705/4 314)仍是我国CRKP中主要流行的碳青霉烯酶基因类型,其次为NDM(7.8%,336/4 314)及OXA-48-like(1.3%,56/4 314)基因。此外,部分菌株携带KPC-3、KPC-12、KPC-21、KPC-33和 KPC-71等基因。虽然产KPC-2是成人与儿童分离CRKP的主要耐药机制,但检出率差别大,分别为90.2%(3 447/3 822)和52.2%(257/492),儿童患者中CRKP携带NDM基因的比例明显高于成人,分别为41.9%(206/492)和3.4%(130/3 822)。多位点序列分型结果显示,我国临床分离的CRKP仍以ST11克隆型流行为主。结论:不同省市之间分离CRKP的耐药机制和多位点序列分型有所差异。
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编辑人员丨2天前
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重症监护病房耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌分子及临床特征分析
编辑人员丨2天前
探讨重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)碳青霉烯酶分布情况,并比较耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-hvKP)和耐碳青霉烯非高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant non-hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-non-hvKP)两者之间的临床特征。收集并回顾性分析2020年5月至2021年3月西安交通大学第二附属医院重症监护病房49例患者分离的53株非重复CRKP菌株,使用碳青霉烯酶抑制剂增强试验进行产碳青霉烯酶菌株初筛,拉丝试验进行高黏液表型初筛,使用PCR方法检测5种主要的碳青霉烯酶基因( blaKPC-2、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM和 blaOXA-48-like),常见血清型(K1和K2)和毒力基因(rmpA和iutA),将同时检测出rmpA和iutA基因的菌株视为高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP),并对CR-hvKP进行全基因组测序。针对49例感染患者的临床资料,采用独立样本 t检验,Mann-Whitney U检验,χ2检验或Fisher精确概率法比较CR-hvKP和CR-non-hvKP两者的临床特征差异。重症监护病房分离的CRKP存在广泛耐药,对多黏菌素B和替加环素仍具有良好的敏感性。CRKP主要的耐药机制为产碳青霉烯酶(52/53,98.1%),53株CRKP除1株未检测到碳青霉烯酶外,其余52株CRKP至少检测到1种碳青霉烯酶耐药基因,其中45株携带单一酶型,包括36株 blaKPC-2(36/53,67.9%)、8株 blaNDM(8/53,15.1%)和1株 blaIMP(1/53,1.9%),7株携带两种酶型 blaKPC-2和 blaNDM(7/53,13.2%)。拉丝试验和毒力基因检测结果显示,53株CRKP检出7株(13.2%)CR-hvKP,其中2株拉丝试验阳性。测序结果表明CR-hvKP主要属于ST11型。CR-hvKP感染患者年龄几乎都在60岁以上(7/7),存在侵入性治疗(7/7)、肺部感染高黏液表型(2/7)以及具有较高的死亡率(5/7);CR-hvKP感染患者的中性粒细胞百分比(86.44±4.70)%高于CR-non-hvKP感染患者(78.90±19.15)%,差异有统计学意义( t =-2.225, P=0.032)。综上,重症监护病房CR-hvKP菌株以产KPC-2酶,荚膜血清型K2和ST11序列型为主,需加强对CR-hvKP菌株的监测与控制,防止耐药和高毒力菌株的共同进化。
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编辑人员丨2天前
