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长链非编码RNA ABHD11-AS1通过调节miR-542-3p/MAP3K11对胃癌细胞侵袭和迁移的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨长链非编码RNA ABHD11-AS1(long non-coding RNA ABHD11-antisense RNA1,LncRNA ABHD11-AS1)通过调节miR-542-3p/MAP3K11对胃癌(gastric cancer,GC)细胞侵袭和迁移的影响。方法:胃癌细胞BGC-823常规培养后依次分为si-NC组、si-LncRNA ABHD11-AS1组、si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-NC inhibitor组、si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor组、si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor+si-con组和ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor+si-MAP3K11组。预测并验证LncRNA ABHD11-AS1/miR-542-3p/MAP3K11之间的相互作用关系。qRT-PCR检测胃癌细胞中LncRNA ABHD11-AS1、miR-542-3p、MAP3K11 mRNA水平,Transwell法检测胃癌细胞迁移和侵袭能力,Western blot检测胃癌细胞中MAP3K11、MMP-2和MMP-9蛋白表达水平。结果:LncRNA ABHD11-AS1和miR-542-3p、miR-542-3p和MAP3K11靶向关系被验证。与si-NC组[(184.09±17.32)和(87.64±7.54)]比较,si-LncRNA ABHD11-AS1胃癌细胞的迁移和侵袭能力明显降低[(68.35±6.21)和(28.23±3.05)( P均<0.05)];与si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-NC inhibitor组[(75.39±7.08)和(31.26±3.15)]比较,si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor组胃癌细胞迁移和侵袭能力升高[(138.24±12.58)和(61.23±5.86)( P均<0.05)];与si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor+si-con组[(145.33±13.09)和(65.45±6.08)]比较,si-LncRNA ABHD11-AS1+miR-542-3p inhibitor+si-MAP3K11组胃癌细胞的迁移和侵袭能力明显降低[(108.36±9.87)和(145.33±13.09)( P均<0.05)]。 结论:下调LncRNA ABHD11-AS1调控miR-542-3p/MAP3K11轴可抑制胃癌细胞迁移和侵袭。
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编辑人员丨1周前
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血清甲胎蛋白升高伴肠母细胞分化胃腺癌的分子特征分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨血清甲胎蛋白(AFP)升高伴肠母细胞分化胃腺癌(GAED)患者的免疫表型和分子生物学特征。方法:收集2018—2020年山西省肿瘤医院收治的13例血清AFP升高且伴有GAED患者的临床病理资料,应用免疫组织化学(IHC)及二代测序方法对13例血清AFP升高伴GAED患者的病理组织进行免疫标志物和分子生物学特征分析,生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验。结果:13例GAED患者中,男12例,女1例,年龄41~70岁,中位年龄64岁,病灶位置以胃窦部(5例)、胃体部(4例)为主。IHC显示可表达瘤胚胎蛋白(AFP、SALL4、GPC3)、肠上皮分化蛋白(CDX-2、CD10)和一些原始肠上皮表型标志物(OCT3/4、Claudin6),联合应用多种标志物诊断可降低漏诊率。13例患者中,12例存在至少1个基因突变(1个基因突变:1例,2~5个基因突变:3例,6~15个基因突变:8例),1例未检测到突变。突变频率最高的基因是TP53(10例),其他突变基因包括EPHB1(3例)、ATRX(2例)、EPHA5(2例)、GATA3(2例)、LRP1B(2例)和MAP2K4(2例)。13例患者中3例存在基因结构变异,分别为C14orf177-GNAS、AIM1-FGFR3、EPHA6-ROS1基因重排。13例患者均存在拷贝数变异,11例患者存在2个以上基因的拷贝数变异。常见的扩增基因为IRS2(5例)、PTEN(5例)、GNAS(4例)、CCNE1(3例)、CEBPA(3例)、PCK1(3例)、ERBB2(2例),常见的缺失基因为SOX2(5例)、MYC(5例)。13例患者中,死亡4例,死亡患者中有2例出现肝转移;无病生存患者4例,5例患者病情进展,其中3例出现腹腔转移,2例出现肝转移。血清AFP升高伴GAED患者3年生存率为65.9%,3年无进展生存率为30.7%。基因LRP1B点突变与预后不良有关( P<0.001)。行免疫治疗较单纯化疗的患者预后无明显改善( P=0.595),但进行术后化疗或术后化疗加免疫治疗较只进行手术患者预后好(均 P<0.05)。 结论:血清AFP升高伴GAED是一种具有高度侵袭性的肿瘤,有独特的分子特征,往往同时伴有多个分子事件,TP53突变是其最常见的基因突变类型,此外,部分患者伴有人表皮生长因子受体2扩增和基因重排。
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编辑人员丨1周前
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圆锥角膜患者亲代角膜地形图的特征研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨圆锥角膜患者及其亲代的角膜地形图特征及对应指标相关性。方法:病例对照研究。选取于青岛眼科医院就诊的圆锥角膜患者父母48人(96只眼)为试验组,男性23人,女性25人,年龄(44.14±1.70)岁;纳入无圆锥角膜的屈光不正患者父母44人(88只眼)为对照组,男女各22人,年龄(42.81±4.03)岁;并进一步在两组中按性别进行分组。另将试验组子代26例(49只眼)圆锥角膜患者纳入研究,男性15例,女性11例,年龄(18.83±2.74)岁。两组受试者及圆锥角膜患者均行视力及Pentacam角膜地形图检查,并做Belin分析。收集基础指标包括:平坦曲率K1、陡峭曲率K2、最大曲率Kmax及散光,角膜最薄厚度(TP)及前/后表面高度(Ef/Eb);及Belin分析指标:角膜前/后表面高度偏差值(Df/Db)、厚度进展偏差值(Dp)、最薄点偏差值(Dt)、相关厚度偏差值(Da)、总偏差值(Do);最小/最大/平均厚度进展指数(PPImin、PPImax、PPIave),及Ambrósio平均/最大相关厚度指数(ARTave/ARTmax)。并行Mann-Whitney U检验比较两组差异的统计意义;对比两组诊断指标异常值的比例,用受试者操作特征(ROC)曲线对比各诊断指标对圆锥角膜亲代的鉴别价值。采用偏相关分析发现圆锥角膜患者与其亲代间参数的相关性,二分类Logistics回归分析通过亲代指标推测子代患病情况。 结果:试验组中筛查出1例(2.08%)阳性患者;试验组与对照组在前表面参数K1、K2、Kmax、散光度数、Ef差异无统计学意义( P>0.05);试验组和对照角膜厚度分别为522.00(493.00,542.75)、540.00(523.25,559.50)μm,角膜后表面高度分别为8.00(4.00,11.00)、5.00(3.00,8.00)μm,差异均有统计学意义( Z=-4.415,-3.307; P<0.05)。另外,两组除Df外,其余Belin分析指标如Do( Z=-4.551, P=0.000)、PPImax( Z=-3.959, P=0.000)、ARTave( Z=-4.792, P=0.000)等指标差异均有统计学意义。Belin分析指标中试验组可疑指标比例为对照组的1.5倍,病理指标则近3.0倍。ARTave指标对圆锥角膜亲代人群的整体鉴别价值最大(ROC曲线下面积为0.705),而PPImax灵敏度最高(0.854),Eb特异度最高(0.837)。圆锥角膜患者与其亲代间多个角膜地形图指标具有强相关性,二分类回归分析发现母亲Do、Eb 、TP指标及父亲Do、Kmax指标是影响子代患病的主要影响因素,在子代中表现出85.6% 的诊断率。 结论:圆锥角膜患者亲代的角膜地形图检查结果中角膜前表面指标正常,但角膜厚度较薄、后表面高度增高;Belin分析指标除Df外均出现异常,可疑及病理指标占比升高;该人群角膜地形图检查结果拥有亚临床期圆锥角膜的特征。相对传统指标,ARTave对该人群的亚临床圆锥角膜鉴别价值最高。圆锥角膜患者与其亲代之间的多个角膜地形图指标强相关,母亲指标的Do、Eb、TP与父亲指标中Do、Kmax预测子代患病情况价值较高。 (中华眼科杂志,2020,56:456-464)
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编辑人员丨1周前
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参苓白术散“异病同治”2型糖尿病与溃疡性结肠炎的网络药理学与分子对接研究
编辑人员丨1周前
目的:根据中医“异病同治”理论,运用网络药理学方法探讨参苓白术散治疗T2DM与溃疡性结肠炎的分子关联规律。方法:采用TCMSP、ETCM中药化学成分数据库获取参苓白术散的化学成分并预测其作用靶点;结合OMIM、GeneCards、DrugBank、TTD疾病数据库获取T2DM与溃疡性结肠炎的靶点,利用微生信平台获取参苓白术散化学成分、T2DM、溃疡性结肠炎的交集靶点,应用Cytoscape 3.8.2软件绘制“中药-化学成分-靶点”网络及“有效成分-交集靶点”网络。借助STRING数据库对交集靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。应用STRING数据库构建交集靶点PPI网络,应用Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件获取核心靶点。采用分子对接技术检验复方的核心成分与靶点的效应关系。结果:获得参苓白术散化学成分176个,对应靶点226个,T2DM靶点11 478个,溃疡性结肠炎靶点4 857个,药物化学成分与疾病交集靶点162个。GO功能及KEGG通路富集分析获得相关生物过程1 789个、分子功能163个、细胞组分92个,获得192条通路,主要涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17、MAPK、PI3K-Akt信号通路等。参苓白术散核心成分主要为谷固醇、木犀草素、山柰酚、柚皮素、β-胡萝卜素等,核心靶点包括EGFR、ALB、IL1B、CASP3、ESR1、VEGFA、PTGS2、TNF、IL6、MYC、AKT1、JUN、TP53等。分子对接结果显示,核心化学成分与核心靶点具有较好的结合活性。结论:参苓白术散通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1、VRGFA、PTGS2、MYC、JUN、TP53等核心靶点,调节IL-17信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路等,改善组织炎症损伤、黏膜屏障损伤、免疫调节失衡、肠道菌群失调、胰岛素抵抗、细胞凋亡、氧化应激等生物进程,异病同治T2DM与溃疡性结肠炎。
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编辑人员丨1周前
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慢性鼻窦炎伴鼻息肉鼻黏膜上皮细胞基因转录组分析
编辑人员丨1周前
目的:通过研究基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)患者与对照组鼻黏膜上皮细胞差异表达基因并分析其功能,寻找参与调控CRSwNP鼻黏膜上皮屏障功能损伤的关键基因。方法:2018年6月至2020年5月,从可公开获得的GEO数据库下载编号为GSE107624(7例CRSwNP和7例对照)和GSE69093(13例CRSwNP和11例对照)的mRNA表达芯片数据,对两个数据集进行联合分析,筛选CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞差异表达基因,并对差异基因进行相互作用网络、功能注释和参与调控通路分析,根据基因注释结果筛选参与CRSwNP调控的重要基因。同期,收集首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科CRSwNP患者鼻息肉组织(14例,46.8±17.9岁)和鼻中隔偏曲患者的钩突黏膜组织(7例,23.4±2.3岁)作为对照组,对组织进行原代上皮细胞培养,并提取RNA进行实时荧光定量聚合酶链反应(Q-PCR)检测,对筛选出关键基因的mRNA表达水平进行验证。采用SPSS 22.0软件对数据进行统计学分析。结果:GSE107624数据库中CRSwNP患者与对照组上皮细胞中差异基因为3 856个,GSE69093数据库中为771个。在2个数据库中,CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞同时表达上调的基因共55个,表达下调的基因共3个。对这58个基因进行GO基因功能注释分析发现 SPTBN1、 FNBP1L、 VAPB、 SNX1参与细胞黏附功能, MAP1B参与微管相关复合体构成;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现 BAMBI、 SIAH1参与调节果蝇无翅/整合素(Wingless/Integrated,Wnt)通路, COL6A1、 EIF4E参与调节磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-AKT)通路;String蛋白相互作用网络分析发现微管相关蛋白1B(microtubule associated protein 1B,MAP1B)、VAMP相关蛋白B和C(VAMP associated protein B and C,VAPB)为核心功能蛋白。对筛选出差异倍数前3位基因( COL6A1、 MAP1B和 BAMBI)进行Q-PCR验证, MAP1B在CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞表达水平升高。 结论:CRSwNP鼻黏膜上皮细胞中表达水平升高的 MAP1B基因,以及相关的Wnt、PI3K-AKT信号通路调控异常可能介导了CRSwNP鼻黏膜上皮细胞屏障功能障碍。
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编辑人员丨1周前
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伴MAP2K1基因突变的经典型毛细胞白血病1例
编辑人员丨1周前
患者,男,59岁,于2020年9月体检查血常规:WBC 2.63×10 9/L,中性粒细胞计数(ANC)0.50×10 9/L,HGB 91 g/L,PLT 63×10 9/L;腹部超声示脾大。患者未就诊。2020年12月患者出现乏力、活动耐量下降,伴盗汗,体重2个月内下降10 kg。2021年2月7日患者误伤手指后出现反复发热,体温最高39.2 ℃。就诊我院急诊,查血常规:WBC 0.55×10 9/L,ANC 0.11×10 9/L,HGB 51 g/L,PLT 45×10 9/L;血EB病毒DNA 2 400拷贝/ml;支原体抗体1∶160(+);CT示双下肺间质性改变,纵隔及腹主动脉旁淋巴结肿大,脾大;血培养肠炎沙门菌阳性。诊断为肠炎沙门菌血流感染、支原体肺炎,予美罗培南、莫西沙星抗感染治疗,10 d后体温正常。转入血液科排查全血细胞减少病因。血涂片未见异常;骨髓象:可见毛细胞,占32.5%,该细胞边缘呈"毛发"样突起,或呈"伪足"状、撕扯状;酸性磷酸酶染色阳性率95%,不被酒石酸抑制(TRAP阳性)(图1)。骨髓免疫分型:B细胞占淋巴细胞51%,主要表达CD19、CD20、CD22、CD11c、CD103、CD25,部分表达FMC7、CD23、CD200、kappa、sIgM;不表达CD5、CD10、CD138、CD38、lambda;骨髓活检:造血组织比例明显增多,结合免疫组化,符合B细胞淋巴瘤;免疫组化:CD20(+),CD79b(+),CD5(-),CD10(-),CyclinD1(-),BRAF V600E(-);二代测序检出MAP2K1基因I103N、Y130N位点突变,均为致病突变。IgHV区重排检测检出一群寡克隆IgH重排细胞,占B细胞的99.25%,选用IGHV3-11,V区突变阳性。PET-CT:多发代谢增高淋巴结(最大者2.0 cm×2.7 cm,SUVmax 5.5),肝右叶局灶性代谢增高灶(SUVmax 3.6),脾大伴代谢弥漫不均匀增高(SUVmax 4.5),中轴骨、双侧肱骨及股骨骨髓代谢不均匀弥漫性增高(SUVmax 3.8)。依据典型骨髓形态学及免疫表型,该患者诊断为经典型毛细胞白血病(HCL)。于2021年3月11日开始化疗(克拉屈滨10 mg/d,×5 d)。化疗第1天即出现发热,伴左小腿皮肤红肿、疼痛,皮下波动性包块,抽脓液送检细菌培养阴性,先后予头孢美唑、替考拉宁、利奈唑胺抗感染治疗,发热缓解,左小腿肿痛好转。2021年3月27日患者出现发热、气促,伴低氧,血气检查示Ⅰ型呼吸衰竭,胸部CT示双肺弥漫磨玻璃影,送检病原学检查包括痰细菌、真菌培养、六胺银染色、抗酸染色、卡氏肺孢子菌(PCP)-DNA、血CMV-DNA均阴性,结合临床表现及影像学,考虑PCP不除外,因患者存在磺胺过敏史,故加用卡泊芬净抗感染,并联合甲泼尼龙40 mg每日两次,1周后复查胸部CT较前明显好转,1个月内甲泼尼龙减停。患者于化疗后第26天脱离粒细胞缺乏及血细胞输注,化疗后第40天血常规恢复正常,4个月后复查骨髓象示完全缓解,流式细胞术检测微小残留病(MRD)为0%。此时左小腿皮肤破溃伴窦道形成,予换药处置,至2021年9月皮肤破溃完全愈合。随访至今血细胞正常,外周血未见异常细胞,B超检查脾脏正常。
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编辑人员丨1周前
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腹主动脉瘤关键基因的鉴定及信号通路分析
编辑人员丨1周前
目的:通过生物信息学分析来识别腹主动脉瘤的关键基因及并分析其相关的生物学通路。方法:对68例样本(腹主动脉瘤:49例;对照组:19例)的RNA表达谱数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)来识别与腹主动脉瘤最为相关的基因模块。接着对模块中基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。随后,将样本按7∶3随机分为训练集(49例)与验证集(19例)。在训练集中,利用随机森林算法对模块中基因进行筛选,保留与腹主动脉瘤相关性大于0.5的基因。为了防止过拟合,Lasso回归算法被用来对确定腹主动脉瘤的关键基因。并使用并采用受试者工作特征(ROC)曲线计算不同数据集的AUC值。结果:WGCNA分析共得到11个基因模块,其中浅橙色基因模块与腹主动脉瘤相关性最高( r=0.21),共包含106个基因。GO富集分析提示106个基因主要显著富集于"淋巴细胞分化"等功能;KEGG富集分析提示基因显著集中于"细胞因子受体相互作用"等信号通路。随机森林算法共得到49个基因,而Lasso回归算法确Fc受体样蛋白A(FCRLA)、CXC亚家族趋化因子13(CXCL13)、Rap鸟嘌呤核苷酸交换因子6(RAPGEF6)和促分裂原活化蛋白激酶1(MAP4K1)是腹主动脉瘤的关键基因。ROC曲线结果提示在训练集、验证集与总数据集中AUC值分别为0.921、0.800和0.881。 结论:FCRLA、CXCL13、RAPGEF6和MAP4K1是腹主动脉瘤的关键基因且与免疫浸润明显相关。
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编辑人员丨1周前
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基于杜洛克猪全基因组重测序的InDel分析及重要经济性状基因定位
编辑人员丨3周前
本研究利用选择信号分析方法在美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪中筛选与重要经济性状相关的候选基因.选取健康状态良好、饲养管理水平一致的成年美系杜洛克公猪33头、丹系杜洛克公猪11头,提取DNA并重测序,利用Fst&Pi的联合分析,保留候选区域,对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与重要经济性状相关的相关候选基因.美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪的全基因组重测序平均测序深度在13×以上,测序数据平均效率为99.82%,Q30平均值分别为91.91%、91.93%,G+C含量分别在42.90%-43.83%和42.48%~43.55%,均表明本次测序数据质量较高.以5%为筛选阈值,关联Fst&Pi提取相关候选区域,采用选择性消除方法检测到相应的选择信号区域,美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪之间的Fst值为0.268,θπ比值分别为0.495和-1.415,Pi值分别为4.206和3.506.在美系杜洛克猪的选择性消除分析中有557个受选择区域,注释到1 323个基因;丹系杜洛克猪的选择性消除分析中有207个受选择区域,注释到338个基因.GO分析和KEGG通路富集分析发现,在美系和丹系杜洛克群体中初步筛选到ERLIN2、TMCO2、PITX2、SORCS3和SUFU等5个与精子发生、脂肪形成、生殖功能等性状相关的候选基因.在美系杜洛克猪中筛选到ATP1B1、LAMA4、EP300、ELOVL3、ECHS1、THEME5、PIP5K1A、PPT1、UBQLN1、1L2、CNTFR、ITGA10、SEC24D、MAP3K5 和 HSP90B1 等 15 个与肉质、脂肪合成与代谢、精子发生、生长发育、骨发生和饲料效率等性状相关的候选基因.在丹系杜洛克猪中筛选到PDIA3、CBLIN2、CYCS和CDH7等4个候选基因,分别与产奶量、肉质性状、骨骼肌、饲料效率相关;BMI1、LHX8、ELL3、CATSPER2和CSMD1等5个与繁殖性状相关的候选基因.本研究发现美系杜洛克猪群体和丹系杜洛克猪群体间存在较大的遗传分化,为进一步研究杜洛克公猪的遗传特性提供了基因组数据支撑.
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编辑人员丨3周前
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基于颜色-特征成分关联分析及网络药理学的金银花质量标志物(Q-Marker)研究
编辑人员丨1个月前
目的 基于颜色-特征成分关联分析及网络药理学探讨金银花Lonicerae Japonicae Flos中潜在的质量标志物(quality markers,Q-Marker).方法 收集山东、河南和河北 3 个产地共 30 批金银花样品,建立金银花HPLC特征图谱方法,得到金银花中的非挥发性特征成分,将其与实验室前期得到的含量较高、具有产地特异性的挥发性成分相结合,作为金银花潜在的Q-Marker候选物;采用色彩分析仪测定金银花的颜色与Q-Marker进行相关性分析,筛选出与颜色相关的成分;结合网络药理学方法,从金银花的适应证和功效 2 个层面对Q-Marker候选物的药理活性进行预测,进一步确定潜在Q-Marker.结果 建立了金银花非挥发性成分 HPLC 特征图谱,指认了 9 个特征峰,结合实验室前期对挥发性成分研究结果,最终从金银花中得到了 16 种特征性成分;相关性分析结果表明,与金银花颜色具有显著相关性的成分有 10 个,包括绿原酸、当药苷、断氧马钱子苷、芦丁、(Z)-二聚断马钱苷烯醛、异绿原酸B、异绿原酸C、α-亚麻酸甲酯、正己醛、(E,E)-2,4-癸二烯醛;网络药理学研究得到 11 种与疾病和药效关联的Q-Marker,分别为当药苷、断氧马钱子苷、芦丁、(Z)-二聚断马钱苷烯醛、异绿原酸B、异绿原酸A、芳樟醇、肉豆蔻酸、α-亚麻酸甲酯、α-橙花醇、月桂醛.通路富集分析结果显示,这些成分主要通过丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶激酶1(recombinant mitogen activated protein kinase kinase 1,MAP2K1)、丝裂原活化蛋白激酶14(mitogen-activated protein kinase 14,MAPK14)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等 62 个关键靶点作用于细胞凋亡(apoptosis)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、松弛素(relaxin)、C型凝集素(C-type lectin receptor)、白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)、结合免疫球蛋白E的Fc受体(Fc epsilon RI)、T细胞抗原受体(T cell receptor)等多种信号通路.将颜色和药理活性成分取交集,最终得到 6 种与颜色关联的Q-Marker,包括当药苷、断氧马钱子苷、芦丁、异绿原酸B、(Z)-二聚断马钱苷烯醛、α-亚麻酸甲酯.因此,为提高金银花的质量标准,可以考虑在《中国药典》标准基础上,将芦丁、异绿原酸B、α-亚麻酸甲酯、芳樟醇和肉豆蔻酸纳入金银花的质量评价体系.结论 从理论层面出发,筛选出能够体现其质量的 Q-Marker,为全面控制金银花的质量提供依据,为进一步研究金银花的活性物质及其作用机制提供参考.
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编辑人员丨1个月前
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基于高密度遗传图谱定位水稻籽粒性状QTL
编辑人员丨1个月前
籽粒性状直接影响水稻的产量和品质,因此,解析水稻籽粒性状的遗传机制对提高水稻产量和品质至关重要.本研究以籽粒性状差异较大的稽稻和广百香占为亲本构建定位群体,利用水稻1K mGPS SNP芯片对定位群体进行基因分型,构建了包含770个Bin标记的高密度遗传图谱,通过QTL定位分析,最终鉴定出17个调控籽粒性状的QTLs,其中粒长QTL4个,粒宽QTL3个,粒厚QTL3个,长宽比QTL2个,千粒重QTL5个,LOD值介于2.55~42.44之间,表型贡献率介于4.73%~29.63%之间.在这17个QTLs中,9个为已知粒型基因位点,8个可能是新鉴定位点,分别为粒长qGL6,粒宽qGW5、qGW10和qGW12,粒厚qGT10,长宽比qGLWR5-2,千粒重qTGW10和qTGW11.根据新发现粒宽QTL(qGW5)定位区间内的基因注释、与拟南芥的同源基因比对、时空表达分析、激素响应分析和序列分析,最终筛选到1个编码CCCH类锌指蛋白的调控水稻粒宽的候选基因Os05g0195101.本研究为进一步开展水稻籽粒性状基因的克隆和遗传调控的解析奠定了基础.
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编辑人员丨1个月前
