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陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒基因特征分析
编辑人员丨6天前
目的:分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的基因特征。方法:采集患者咽拭子标本,接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株,采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列,通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析,构建系统进化树,分析病毒基因特征。结果:病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV,后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022(H1N1v)。同源性分析显示,该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018(H1N1)核苷酸同源性最高,分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示,该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV,其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1,HA和NA基因来自EA H1N1,NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G,为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。PB2蛋白701N、PA蛋白P224S突变、NP蛋白Q357K突变、M蛋白P41A突变和NS蛋白92D均说明其对哺乳动物的适应性增强。结论:该患者为陕西省首例人感染G4基因型EA H1N1 SIV病例,该病毒为低致病性,但其对哺乳动物的适应性增强,需要加强对此类SIVs的监测。
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编辑人员丨6天前
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甲基转移酶样蛋白3及去甲基化酶肥胖相关蛋白对H7N9病毒复制的影响及转录组学分析
编辑人员丨6天前
目的:探究甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)和去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)在H7N9病毒感染中发挥的作用及可能的分子机制。方法:利用Western blot(WB)检测H7N9病毒感染A549细胞后METTL3和FTO的表达。敲低和过表达METTL3和FTO,H7N9病毒感染后用WB和TCID 50检测其对病毒复制的影响。利用转录组测序方法对METTL3或FTO敲低及野生型对照细胞进行了转录组水平基因差异表达分析,对发挥作用的潜在靶标进行初步分析。 结果:H7N9病毒感染A549细胞24 h后METTL3的表达上调,FTO无明显变化。敲低METTL3和FTO后,病毒核蛋白(nucleoprotein, NP)表达水平和病毒滴度显著下降,过表达METTL3和FTO后,病毒滴度显著增加。转录组测序结果显示在METTL3或FTO敲低组与对照组之间分别发现314和555个差异表达基因,GO功能富集分析和KEGG通路富集分析结果表明这些基因与宿主免疫应答相关。结论:METTL3和FTO可能通过调节宿主-病毒相互作用在H7N9病毒感染中起关键作用。
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编辑人员丨6天前
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载基因纳米球对原代肌腱细胞转染效率优化和生物相容性评价
编辑人员丨6天前
目的:筛选非病毒载体纳米球对原代肌腱细胞的最佳转染效率以及生物相容性评价。方法:制备不同剂量PEI修饰的纳米球,原代培养鸡、大鼠、小鼠肌腱细胞,转染不同剂量的siRNA,转染12 h后对细胞进行荧光拍照与流式细胞仪分析,CCK-8检测转染24、48和72 h后细胞的活力情况,WB检测GAPDH蛋白表达水平,未转染细胞作为阴性对照,脂质体作为阳性对照。结果:对于鸡、大鼠、小鼠三种原代肌腱细胞,随着转染试剂剂量的增大,脂质体的转染效率明显提高,纳米球的转染效率未见显著改变,但所有纳米球的转染效率均高于脂质体。相较于脂质体,纳米球对细胞的初期细胞毒性反应较大,随着时间的推移,毒性影响逐渐消失。结论:与脂质体相比,纳米球对于鸡、大鼠、小鼠三种肌腱细胞的转染效率都较高,纳米球是动物肌腱细胞转染siRNA的理想转染试剂。
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编辑人员丨6天前
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新疆出血热病毒基因组抗原表位及其实验室检测价值的评价
编辑人员丨6天前
目的:掌握克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)片段的精细抗原表位谱分布,明确优势抗原表位在克里米亚-刚果出血热(CCHF)实验室检测中的价值。方法:2014—2021年在新疆大学生命科学院实验室将CCHFV YL04057株采用改良生物肽合成方法分段表达出由8个氨基酸组成的最小合成短肽,以CCHFV多克隆抗体或单克隆抗体14B7(IgM)或CCHFV阳性羊血清为抗体,用免疫印迹方法鉴定出NP和GP片段上具有抗原活性的最小抗原表位(BCE),并采用邻接法将获得的具有序列多态性的BCE与不同地区的CCHFV进行空间聚类,确定BCE组合方式与地理区域分布的相关性,探讨其在建立血清学诊断中的应用价值。采用原核表达质粒(pET-32a、pGEX-KG)和带有不完整谷胱甘肽(GST188)标签的原核表达质粒(pXXGST-ST-1)构建和表达NP片段上6个不同肽段长度的优势抗原表位,建立间接酶联免疫吸附测定(ELISA)检测方法,以经免疫荧光法(IFA)鉴定的CCHF羊血清为对照,统计分析不同肽段长度的抗原表位重组蛋白与IFA检测结果的特异度、敏感度和总符合率。结果:CCHFV NP和GP片段共有30个具有抗原活性的BCE,其中NP片段抗原表位集中的核心中间片段NP 2(aa 170~305)有6个BCE,两端的NP 1(aa 1~200)和NP 3(aa 286~482)有9个BCE;GP片段的Gc(aa 1~558)和Gn(aa 533~708)片段有14个BCE和1个包含15个氨基酸的长抗原肽(AP),NP片段BCE氨基酸序列的同源性为97.1%,GP片段对应的同源性为89.1%。在GP片段9个具有序列多态性的BCE中,由GnEc1、GnE2、GnE4、GcE3、GcE6和GcAP-4(Ap)6个组合BCE可将15株来自全球不同地区的CCHFV聚类成亚洲Ⅰ、亚洲Ⅱ、非洲Ⅰ、非洲Ⅱ和欧洲 5个地理类群。构建表达的PET-32a-NP(全长)、PGEX-KG-NP 2(aa 170~305)、pGEX-KG-NP 2-1(aa 235~275)、PGEX-KG-NP 2-1-1(aa 237~256)、pXXGST-1-NP 2-1-2(aa 250~265)和PGEX-KG-NP 2-1-3(aa 260~276)6个重组蛋白CCHFV NP兔多克隆抗血清(pAb)免疫印迹反应阳性,以33份经IFA CCHF检测的羊血清为参照,以NP 2和NP 2-1 2个片段构建的重组蛋白为抗原建立的间接ELISA检测方法检测敏感度、特异度和总符合率最好,敏感度分别为73.4%(11/15)和66.7%(10/15),特异度分别为100%(18/18)和94.4%(17/18),总符合率分别为87.9%(29/33)和81.8%(27/33)。 结论:CCHFV NP和GP上分布着数量较多的具有抗原免疫活性的BCE,其中,优势抗原表位在CCHF实验室血清学诊断中具有较高的应用价值。
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编辑人员丨6天前
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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析
编辑人员丨6天前
目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。
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编辑人员丨6天前
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脊髓NINJ2在大鼠神经病理性痛中的作用:与NF-κB信号通路的关系
编辑人员丨6天前
目的:评价脊髓神经损伤诱导蛋白2(NINJ2)在大鼠神经病理性痛中的作用及其与NF-κB信号通路的关系。方法:清洁级健康雄性SD大鼠32只,体重230~260 g,7~8周龄,采用随机数字表法分为4组( n=8):假手术组(Sham组)、神经病理性痛组(NP组)、神经病理性痛+NINJ2干扰病毒组(NP+siRNA组)和神经病理性痛+对照病毒组(NP+scrRNA组)。Sham组与NP组鞘内注射生理盐水10 μl;NP+siRNA组和NP+scrRNA组鞘内注射相应病毒10 μl。1周后采用结扎胫神经和腓总神经的方法制备大鼠神经病理性痛模型,Sham组只暴露坐骨神经及其分支不结扎。分别于术前3、1 d和术后1、3、5、7、10和14 d时测定大鼠术侧机械缩足反应阈(MWT)。术后14 d时处死大鼠取脊髓腰膨大,采用Western blot法测定NINJ2和p-NF-κB p65的表达,采用ELISA法检测TNF-α、IL-1β和IL-6的含量。 结果:与Sham组比较,其余3组术后3、5、7、10和14 d时术侧MWT降低,脊髓NINJ2和p-NF-κB p65表达上调,TNF-α、IL-1β和IL-6含量升高( P<0.05);与NP组比较,NP+siRNA组术后3、5、7、10和14 d时术侧MWT升高,脊髓NINJ2和p-NF-κB p65表达下调,TNF-α、IL-1β和IL-6含量降低( P<0.05),NP+scrRNA组不同时点各指标差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:脊髓NINJ2参与了大鼠神经病理性痛的过程,与激活NF-κB信号通路有关。
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编辑人员丨6天前
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古尔图病毒核蛋白的原核表达纯化及ELISA检测方法的建立
编辑人员丨6天前
目的:获得纯化的GTV-rNP蛋白抗原,并建立快速准确检测GTV抗体的ELISA法。方法:人工合成密码子优化的 GTV-NP 编码基因,克隆至 pET32a(+)载体,构建重组表达质粒,转化至 BL21(DE3)。将优化表达获得的蛋白经Ni柱纯化后用SDS-PAGE和Western blot鉴定。以纯化蛋白为抗原,建立并优化GTV IgG抗体间接ELISA检测方法,并对其进行评价和初步应用。结果:成功构建原核表达质粒pET32a-NP,重组蛋白以包涵体形式在大肠杆菌中高效表达,大小约为44 kD,Western blot结果表明重组蛋白与GTV阳性血清具有良好的抗原性。建立的ELISA法特异性强、敏感性高、批内和批间的变异系数均小于10%具有较好的重复性;检测结果与IFA检测结果符合率达到92.77%。结论:建立的GTV NP 抗体检测ELISA方法的敏感性、重复性和特异性均较好。
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编辑人员丨6天前
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北京地区呼吸道感染住院儿童中人博卡病毒流行病学和基因进化分析
编辑人员丨6天前
目的:分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(human bocavirus 1,HBoV1)的流行病学特征,阐明遗传进化特点。方法:采用real-time PCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2 848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测,结合临床信息进行流行病学分析;利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因,分析序列同源性;构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图,进行时间进化分析。结果:2 848份样本中检出HBoV1阳性样本90份,感染率为3.16%,5岁以下患儿居多(93.33%,84/90)。HBoV1感染全年可见,10月份病例数最多,检出率为7.23%(18/249)。HBoV1阳性病例多与其他呼吸道病毒混合感染(48.89%,44/90),临床症状多为咳嗽和发热。巢氏PCR扩增获得NP1区序列55条和VP1序列47条,核酸同源性分别为98.9%~100%和99.1%~100%。HBoV1 VP1时间进化分析显示本研究获得的HBoV1基因序列出现在两个进化分支上,HBoV1种群动态平稳。结论:HBoV1是导致北京地区儿童呼吸道感染的常见病毒之一,其基因进化相对稳定,但仍需持续监测。
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编辑人员丨6天前
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2021—2022年苏州市乙型流感病毒的基因特征分析
编辑人员丨6天前
目的:了解苏州市2021年7月至2022年1月流感流行期间乙型流感病毒(influenza B virus, FluB)的基因组和遗传进化特征。方法:采用实时荧光-逆转录聚合酶链反应(Real-time fluorescence reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)法对标本进行流感病毒(influenza virus, Flu)分型检测。对检出的FluB毒株,经全基因组捕获和文库构建,利用Miseq高通量测序平台对样本进行测序。采用MEGA X软件以邻接法(Neighbor-Joining method, NJ)构建FluB血凝素(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶(neuraminidase, NA)和基质蛋白(matrix protein,MP)基因系统发育树;采用NetNGlyc 1.0 server软件预测HA和NA蛋白潜在N-糖基化位点。结果:在送检的1 500份咽拭子样本中,280份检出FluB,对其中53株样本完成了FluB全基因组序列测定。序列分析显示,FluB毒株8个基因节段(PB1、PB2、PA、HA、NP、NA、MP、NS)核苷酸序列相似性分别为99.3%~100%、98.1%~100%、98.8%~100%、98.0%~100%、99.2%~100%、98.4%~100%、98.2%~100%、99.0%~100%。除2021年7月4份样本的FluB为V1A.3进化分支外,其余样本均为V1A.3a.2进化分支。与疫苗株B/Washington/02/2019相比,2021年10月份以后样本的FluB HA蛋白氨基酸序列存在9~11个差异位点,共享9个突变位点(H122Q、A127T、R133G、P144L、N150K、G184E、N197D、K203R、R279K);未发现奥司他韦等NA抑制剂相关耐药突变。FluB HA和NA蛋白分别具有11个和4个潜在糖基化位点。结论:2021年7月至2022年1月期间,苏州市流行的FluB以V1A.3a.2毒株为优势流行株,HA和NA蛋白氨基酸序列发生多位点突变。
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编辑人员丨6天前
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大鼠神经病理性痛时脊髓lncRNA与kindlin-1/Wnt3a信号通路的关系
编辑人员丨6天前
目的:探讨大鼠神经病理性痛时长链非编码RNA(lncRNA)与kindlin-1/Wnt3a信号通路的关系。方法:实验Ⅰ 7日龄SD大鼠,体重15~20 g,雌雄不拘,断头处死后取脊髓背角,提取并培养原代星形胶质细胞,加入LPS 1 μg/ml诱导星形胶质细胞活化24 h。采用PCR免疫共沉淀法筛选与kindlin-1结合的lncRNA,采用荧光原位杂交法观察星形胶质细胞中lncRNA FOXF1-AS1的定位,采用生物素标记磁珠法检测lncRNA FOXF1-AS1与kindlin-1的结合情况。实验Ⅱ 清洁级健康雄性SD大鼠30只,体重250~280 g,10~12周龄,采用随机数字表法分为5组( n=6):假手术对照组(C组)、神经病理性痛组(NP组)、lncRNA FOXF1-AS1过表达组(F组)、lncRNA FOXF1-AS1过表达+kindlin-1 shRNA组(FK组)和lncRNA FOXF1-AS1过表达+Wnt抑制剂组(FW组)。采用坐骨神经慢性压迫法建立大鼠神经病理性痛模型。F组于术前28 d时鞘内注射lncRNA FOXF1-AS1过表达慢病毒10 μl,其余各组鞘内注射空载病毒10 μl;FK组于术前21 d时鞘内注射kindlin-1 shRNA干扰腺病毒10 μl,其余各组鞘内注射空载病毒10 μl;FW组于术后1~3 d时鞘内注射Wnt抑制剂IWP-2 10 μl,其余各组于相同时点鞘内注射人工脑脊液10 μl。分别于术前1 d、术后4和7 d时测定机械缩足反应阈(MWT)和热缩足潜伏期(TWL)。于术后7 d时痛阈测定结束后处死大鼠取脊髓组织,采用Western blot法检测kindlin-1、Wnt3a和胶质纤维酸性蛋白(GFAP)表达,采用ELISA法检测TNF-α和IL-1β含量。 结果:实验Ⅰ 表达于星形胶质细胞胞浆内的lncRNA FOXF1-AS1与kindlin-1具有结合作用。实验Ⅱ 与C组比较,NP组术后4和7 d时MWT降低,TWL缩短,脊髓kindlin-1、Wnt3a和GFAP表达上调,TNF-α和IL-1β含量升高( P<0.05);与NP组比较,F组术后4和7 d时MWT降低,TWL缩短,脊髓kindlin-1、Wnt3a和GFAP表达上调,TNF-α和IL-1β含量升高,FK组和FW组术后4和7 d时MWT升高,TWL延长,脊髓TNF-α和IL-1β含量降低,FK组脊髓kindlin-1、Wnt3a和GFAP表达下调,FW组脊髓kindlin-1上调,Wnt3a和GFAP表达下调( P<0.05);与F组比较,FK组和FW组术后4和7 d时MWT升高,TWL延长,脊髓TNF-α和IL-1β含量降低,FK组脊髓kindlin-1、Wnt3a和GFAP表达下调,FW组脊髓Wnt3a和GFAP表达下调( P<0.05)。 结论:lncRNA FOXF1-AS1可通过上调kindlin-1表达,激活Wnt3a信号通路,促进星形胶质细胞活化,进而调控炎症反应,参与大鼠神经病理性痛的过程。
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编辑人员丨6天前
