目的:在分子水平探讨Nek2B与β-catenin在三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）中的表达及意义。方法:利用生物信息学分析的方法[GEO2R在线工具、基因本体（GO）功能分析、KEGG生物途径富集分析]筛选TNBC基因芯片集数据中的差异表达基因；运用Western blot及即时定量逆转录-聚合酶链反应（qRT-PCR）检测Nek2B、β-catenin在TNBC细胞系中的表达水平；收集山西医科大学第二医院2007年1月1日至2012年12月31日的80例TNBC患者资料，采用免疫组织化学法检测Nek2B在TNBC肿瘤组织芯片的表达，分析其与TNBC临床病理学特征之间的关系。结果:通过生信分析2个TNBC肿瘤的cDNA芯片集（GSE38959和GSE27447），初筛共得到998个差异表达基因（DEG），其中13个共同DEG，生物途径分析结果显示共同DEG与Wnt/β-catenin通路有密切联系，其中Nek2的表达差异最大，且与患者不良预后相关；Western blot和qRT-PCR结果提示在同一种TNBC细胞系中，Nek2B与β-catenin的表达强度一致；免疫组织化学结果显示，在TNBC肿瘤组织中，Nek2B的高表达与高组织学分级（G3；84.3%比37.9%， P<0.001），淋巴结转移（76.7%比54.1%， P=0.032）和高Ki-67阳性指数（78.6%比52.6%， P=0.007）以及β-catenin阳性表达（72.5%比27.3%， P=0.018）相关。 结论:Nek2B高表达与TNBC患者的不良预后有关，在TNBC组织与细胞中，Nek2B的表达与β-catenin呈正相关性，提示Nek2B可能通过调控Wnt/β-catenin信号通路影响TNBC的发生与发展。

目的 基于基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选肺腺癌(LUAD)预后相关基因.方法 从GEO数据库中筛选出GSE118370、GSE10072、GSE115002 3个数据集,使用R软件筛选LUAD组织和相邻正常肺组织中的差异基因,对差异基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.应用STRING数据库构建与差异基因相关的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.应用Cytoscape软件鉴定差异基因中的关键基因,采用基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库分析关键基因在LUAD组织和正常肺组织中的表达,比较关键基因高表达与低表达LUAD患者的总生存期和无病生存期,比较不同临床分期LUAD患者关键基因的表达情况.应用UALCAN数据库对LUAD组织和正常肺组织中关键基因的表达情况进行分析.结果 共获得101个上调差异基因和213个下调差异基因.GO富集分析结果显示,上调差异基因主要富集在细胞外基质组织、有丝分裂细胞周期、上皮细胞分化等生物过程中,以及细胞黏附分子结合、蛋白激酶结合等分子功能方面;KEGG通路富集分析结果显示,上调差异基因主要富集在p53信号通路、松弛素信号通路等通路.GO富集分析结果显示,下调差异基因主要富集在血管发育、细胞对细胞因子刺激的反应等生物过程中,以及细胞外基质和膜筏等细胞组成中;KEGG通路富集分析结果显示,下调差异基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、神经活性配体-受体相互作用等通路中.最终筛选出8个关键基因,分别是BUB1有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B(BUB1B)、ZW10相互作用着丝点蛋白(ZWINT)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、DNA拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、泛素结合酶E2C(UBE2C)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、NIMA相关激酶2(NEK2)、纺锤体微管的装配因子(ASPM).这8个基因在LUAD组织中的表达水平均高于正常肺组织,且与LUAD患者的总生存期、无病生存期及临床分期有关.结论 BUB1B、ZWINT、CDK1、TOP2A、UBE2C、CCNB2、NEK2、ASPM基因在LUAD组织和正常肺组织中的表达具有差异,并且与LUAD患者的总生存期、无病生存期及临床分期有关.

目的:分析鼠李柠檬素通过NIMA相关激酶2(NEK2)抑制肝癌细胞增殖、迁移和侵袭的机制.方法:网络药理学分析鼠李柠檬素可能的作用靶点为NEK2,TCGA_LIHC数据库分析肝癌组织中NEK2表达及预后的关系.检测不同浓度鼠李柠檬素对肝癌细胞增殖及NEK2蛋白表达的影响,设置对照组和鼠李柠檬素组,检测两组细胞增殖、迁移和侵袭.观察鼠李柠檬素对移植瘤体积、质量及瘤组织中Ki67蛋白表达.构建shNEK和稳定过表达NEK2细胞,观察鼠李柠檬素抑制NEK2对肝癌细胞生物学行为的影响.结果:与癌旁组织相比,癌组织NEK2的表达明显上调(P＜0.05),且其表达量与预后有关(P＜0.05).随着鼠李柠檬素浓度越高,HepG2细胞和Hep3B细胞相对存活率降低(P＜0.05).鼠李柠檬素组增殖活性、侵袭、迁移细胞数均低于对照组(P＜0.05),移植瘤体积和质量明显低于对照组(P＜0.05),Ki67蛋白表达明显低于对照组(P＜0.05),且随着鼠李柠檬素浓度越高、作用时间越久,NEK2蛋白表达下降更为明显(P＜0.05).NEK2基因沉默可以促进细胞增殖、侵袭和迁移,NEK2过表达可以逆转鼠李柠檬素抑制的细胞增殖、侵袭和迁移(P＜0.05).结论:鼠李柠檬素可以抑制NEK2蛋白表达,抑制肝癌细胞的增殖、迁移和侵袭.

目的 研究Nek2(nima-related kinase2)在肝癌组织和肝癌细胞系中的表达,并通过沉默肝癌细胞中的Nek2 基因,研究Nek2对肝癌细胞凋亡的影响,并初步探索其机制.方法 使用Western blotting对27对肝癌及非癌组织和正常肝细胞株HL-77026及人肝癌细胞株HepG2、PLC/PRF/5、Hep3B、BEL-7402、SMMC-7721、QGY-7701中Nek2的蛋白表达情况进行分析.筛选HepG2细胞系进行下一步实验.沉默肝癌细胞HepG2中的Nek2因子,通过流式细胞仪( FACS)分析,采用Western blotting技术检测转染前后肝癌细胞中P53、Bcl-2、Bad、Caspase-3蛋白表达的变化.结果 Nek2在肝癌组织和6个肝癌细胞株中均表达升高.沉默肝癌细胞系HepG2中的Nek2后可使细胞的凋亡增强,P53、Caspase3和Bad的蛋白表达升高,抗凋亡因子Bcl-2的蛋白表达下降.结论 抑制Nek2表达可以明显促进肝癌HepG2细胞的凋亡,并通过影响凋亡信号传导通路中的重要因子来促进细胞的凋亡.

目的 研究上调微小RNA-151a-3p(miR-151a-3p)对前列腺癌细胞增殖和迁移的影响和机制.方法 采用实时荧光定量PCR检测PC-3M、C4-2B、22RV1、DU-145、PC-3、LNCaP人前列腺癌细胞和RWPE-1人正常前列腺上皮细胞中miR-151a-3p的表达量.以miR-151a-3p表达量最低的PC-3细胞为研究对象,生物信息学预测并采用双荧光素酶报告基因实验检验miR-151a-3p的潜在靶基因.转染miR-151a-3p模拟物或阴性对照微小RNA(miR-NC)至PC-3细胞.实时荧光定量PCR检测miR-151a-3p和潜在靶基因mRNA的表达量,Western blot法检测靶基因及下游信号通路蛋白表达量.采用MTr法检测PC-3细胞的增殖,TranswellTM实验检测PC-3细胞的迁移能力.结果 miR-151a-3p在前列腺癌细胞的表达量明显低于RWPE-1人正常前列腺上皮细胞,其中PC-3细胞中的表达量最低.生物信息学预测及双荧光素酶报告基因实验表明NIMA相关激酶2(NEK2)是miR-151a-3p的潜在靶基因.转染miR-151a-3p模拟物后,PC-3细胞中miR-151a-3p的表达量明显上升,NEK2基因的表达量明显降低,NEK2基因下游磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B-哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(PI3K-AKT-mTOR)信号通路蛋白水平降低.上调miR-151a-3p明显抑制前列腺癌PC-3细胞的增殖和迁移.结论 miR-151a-3p在前列腺癌细胞中表达降低,上调miR-151a-3p的表达可通过降低NEK2基因及下游PBK-AKT-mTOR信号通路蛋白的表达抑制前列腺癌PC-3细胞的增殖和迁移.

目的 探讨CDC20、TOP2A、NEK2在食管鳞癌中表达及其与食管鳞癌临床病理特征及预后的相关性.方法 选取实施根治性手术的食管鳞癌患者70例,均术中做病理取材标本,A组(癌组织)、B组(癌旁组织)、C组(正常组织),采用免疫组化法、半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测CDC20、TOP2A、NEK2表达情况.结果 A组CDC20、TOP2A、NEK2表达水平最高,与B、C组差异明显(P＜0.05);B组CDC20、TOP2A、NEK2表达水平高于C组,差异明显(P＜0.05).食管鳞癌患者性别、年龄、瘤体大小、位置等因素与CDC20、TOP2A、NEK2表达无相关性(P＞0.05);TNM分期、淋巴转移及浸润因素与CDC20、TOP2A、NEK2呈正相关性(P＜0.05);肿瘤分化与CDC20、TOP2A、NEK2阳性表达率呈负相关.TNM分期、肿瘤分化程度、淋巴转移、静脉浸润及CDC20、TOP2A、NEK2阳性表达均是影响食管鳞癌患者预后存活的危险因素.结论 CDC20、TOP2A、NEK2高表达与食管鳞癌转移、复发、预后均有密切相关,三项指标联检可准确评估食管癌病理状态,为患者预后判定提供参考.

目的 应用全外显子组测序技术(whole exome sequencing,WES)对核型和染色体微阵列分析结果未见异常的先天性泌尿系统发育异常(congenital anomalies of the kidney and urinary tract,CAKUT)胎儿进行分析,探讨其单基因水平的遗传学病因.方法 选取产前超声提示为CAKUT伴或不伴其他畸形的胎儿样本26例,其中19例为G1组,WES只对胎儿样本进行检测;7例为G2组,用WES对核心家系进行检测.按照Hiseq 2500标准操作流程进行测序,并用相应的生物信息学软件和数据库对数据进行分析,G1组的测序周转时间为11～12周,G2组为8～9周.结果 WES在4例(15.4％)样本中检测到致病性突变,所涉及的基因分别为UMOD、NEK8、HNF1B和BBS2;在2例(7.7％)样本中检测到可能致病性突变,所涉及的基因分别为HSPD1和GRIN2B.此外,4例致病性样本中,孤立性CAKUT致病性检出率为10.5％(2/19),而CAKUT合并其他异常的检出率为57.1％(4/7).结论 WES能提高产前诊断中不明原因的CAKUT胎儿的致病性检出率,再次证明了CAKUT与单基因缺陷存在相关性.

目的:采用多种生物信息学分析工具,筛选与食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)发生发展相关的枢纽基因(Hub gene),并分析其生物学功能.方法:选取GEO食管鳞状细胞癌芯片数据GSE 100942为研究对象,采用GEO2R软件对数据进行处理和分析,筛选差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape构建差异表达基因的蛋白互作网络并筛选Hub基因;应用GO及KEGG进行生物功能富集分析;同时通过网络工具MiRDB寻找可能调控Hub基因的miRNA,并构建Hub基因-miRNA调控网络;利用GEPIA在线分析工具对筛选基因的表达和患者生存情况进行验证.结果:分析GSE100942芯片数据共筛选出1229个表达差异达2倍以上及223个表达差异达4倍以上的差异基因,以及在食管癌组织中表达均上调的20个Hub基因;功能富集分析显示这些差异基因主要富集到了癌症相关通路,并主要参与了细胞分裂及有丝核分裂等生物学过程;从Hub基因进一步鉴定了DLGAP5、BUB1B、TPX2、TTK、CDC20、CCNB2、AURKA、DEPDC1为食管鳞状细胞癌相关的8个关键Hub基因,他们参与了细胞增殖、细胞周期、信号通路等重要生物学过程.通过构建的miRNA调控网络分析,鉴定了CEP55、ECT2、NEK2、DEPDC1及NUSAP1等5个Hub基因受该网络高度调控.结论:基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析与食管鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因,筛选出的20个Hub基因和其中的8个关键基因可为进一步研究食管鳞状细胞癌发病的分子机制及分子标志物的筛选提供理论指导.

目的:探讨极光激酶A(AURKA)在食管癌组织中的表达与功能,并分析其对患者生存预后的影响.方法:基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异;通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用(PPI)网络,并将数据导入Cytoscape软件后采用CytoHubba分析插件筛选出核心基因;在GEPIA数据库中,基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性;采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系.结果:GEPIA、Oncomine数据库分析显示,AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高(P<0.05),但与患者肿瘤分期无关(P>0.05);AURKA与CDC20(r=0.78)、PLK1(r=0.83)等核心基因的表达呈显著正相关,其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等;参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及FoxO等信号通路的调节;AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差,差异具有统计学意义(P<0.05),且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组(P均<0.05).结论:AURKA在食管癌组织中表达升高,且高表达组患者预后不良;AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路,AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标.

在糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)进展的过程中,Nod样受体蛋白3(Nod-like receptor protein3,NLRP3)炎症小体活化与DN肾损伤密切相关.其特征是组分蛋白——NLRP3、凋亡相关斑点样蛋白(apoptosis-associated speck-like protien,ASC)、胱冬肽酶(caspase)-1前体表达水平和结合水平的改变以及下游的效应蛋白-caspase-1,白介素(interleukin,IL)-1β,IL-18表达水平的升高,此外,还有相关炎症介质的释放.NLRP3炎症小体活化的分子调控机制涉及多条信号通路的激活,如活性氧(reactive oxygen species,ROS)/硫氧还蛋白互作蛋白(thioredoxin-interacting protein,TXNIP)通路、核因子(nuclear factor,NF-κB)通路、核转录因子E-2相关因子-2(nuclear factor erythroid-related factor 2,Nrf2)通路、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)通路以及丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPKs)通路等.更为重要的是,激酶类的调节因子,如未有丝分裂曲霉相关蛋白激酶7(never in mitosis aspergillus-related kinase 7,Nek7)在上游可与NLRP3靶向结合而直接激活NLRP3炎症小体.一些中药提取物(槲皮素、姜黄素、千金藤素、胡椒碱以及红景天苷)和中药经典复方(乌梅丸)等可以通过多种途径干预NLPR3炎症小体而改善DN炎症性肾损伤.因此,基于NLRP3炎症小体活化的分子调控机制而精准揭示抗炎性中药或中药复方延缓DN进展的作用靶点是今后的发展方向之一.