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蛛网膜下腔出血细胞模型应用p38抑制剂后的蛋白组学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞,购买自中国科学院上海细胞库),模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态,建立体外SAH细胞模型,设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组),提取线粒体蛋白进行质谱分析,Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析,两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析;应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析;STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI);通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白,上调差异蛋白105个,下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667, P<0.05)。GO富集分析表明,差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中:差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析:以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白:0.345±0.014比0.226±0.045, t=13.920, P<0.05;mRNA:1.00比0.76±0.04, t=9.813, P<0.05);P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白:0.226±0.045比0.282±0.023, t=-4.768, P<0.05;mRNA:0.76±0.04比0.95±0.02, t=-6.802, P<0.05),与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍,而与多种蛋白及信号通路的调控有关。
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编辑人员丨5天前
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肾上腺皮质癌肿瘤微环境相关基因预后模型的建立与验证
编辑人员丨5天前
目的:对利用生物信息学方法筛选的肾上腺皮质癌(ACC)肿瘤微环境(TME)相关基因构建的预后模型进行验证,为ACC的诊疗提供临床指导和相关生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集79例ACC患者的转录组数据和临床病理数据。采用ESTIMATE算法计算免疫评分、基质评分(二者即反映TME)和ESTIMATE评分,应用VennDiagram包对免疫评分及基质评分高、低评分组(以中位值进行分组)间差异表达基因进行选择,采用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对选择的基因进行功能富集分析,探索基因潜在功能与通路。采用单因素Cox回归、lasso回归和多因素Cox回归分析筛选与ACC TME相关的基因,并建立ACC患者预后的风险评分(RS)模型,用受试者工作特征(ROC)曲线评价构建的模型预测ACC患者预后的价值。以基因表达综合(GEO)数据库的数据集GSE33371和GSE19750作为外部验证集,对建立的预后模型进行验证。从TCGA数据库中提取79例ACC患者资料,将临床病理因素与所构建预后模型的RS纳入Cox回归分析,获得ACC患者预后影响因素。结果:根据免疫评分和基质评分,用VennDiagram包筛选得到1 205个二者交集的差异表达基因,其中上调833个,下调372个。对差异表达基因进行各回归分析筛选后,最终构建成功包含9个TME相关基因(GREB1、POU4F1、HIC1、HOXC9、CACNB2、RAB27B、ZIC2、C3、CYP2D6)的ACC预后模型,即RS=GREB1×0.223 6+POU4F1×0.671 7+HIC1×0.167 5+HOXC9×0.211 3+CACNB2×0.156 0+RAB27B×0.956 5+ZIC2×0.582 7+C3×(-0.003 1)+CYP2D6×0.819 3。该模型在TCGA数据库中预测79例ACC患者1、3、5年总生存的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.876、0.919、0.917,在GEO验证集中预测45例ACC患者1、3、5年总生存的AUC分别为0.689、0.704、0.708,表明模型对ACC患者生存具有较高的预测准确性。对TCGA数据库中79例ACC患者资料进行Cox回归分析显示,TME相关基因预后模型RS是ACC患者预后的独立影响因素( HR=1.011,95% CI 1.005~1.016, P<0.01)。 结论:构建的ACC TME相关基因预后模型可用于预测ACC患者的预后。模型中包含的9个基因有可能作为研究ACC发病机制和免疫治疗的新靶点,值得进一步研究。
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编辑人员丨5天前
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Rab蛋白22A在骨肉瘤组织中表达及其对肿瘤细胞增殖和转移的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨Rab蛋白22A(Rab22A)在骨肉瘤组织中得表达及对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和上皮-间充质转化的影响。方法:选取2019年1月至2021年1月河南省人民医院收治的77例骨肉瘤组织和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质免疫印迹分析肿瘤组织和癌旁组织中Rab22A蛋白表达水平。采用对照慢病毒和Rab22A短发卡RNA(shRNA)慢病毒感染人骨肉瘤细胞U2OS,分别为对照组和Rab22A KD组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)分析两组细胞增殖能力;采用划痕实验、Transwell和蛋白质免疫印迹(Western blot)分析对照组和Rab22A KD组细胞迁移、侵袭和上皮-间充质转化能力。组间数据比较采用 t检验。 结果:骨肉瘤组织中Rab22A表达水平(2.09±0.22)明显高于癌旁组织(1.01±0.18),差异有统计学意义( t=32.910, P<0.05)。对照组细胞吸光度( A)值(2.09±0.11)明显高于Rab22A KD组(1.53±0.11),差异有统计学意义( t=8.795, P<0.05)。对照组细胞细胞核增殖抗原(Ki-67)表达水平(1.18±0.12)明显高于Rab22A KD组(0.89±0.77),差异有统计学意义( t=5.195, P<0.05)。对照组细胞划痕愈合率[(85.98±3.82)%]明显高于Rab22A KD组[(68.03±5.64)%],差异有统计学意义( t=6.454, P<0.05)。对照组细胞侵袭数量[(117.67±12.23)个]明显高于Rab22A KD组[(87.83±5.88)个],差异有统计学意义( t=5.387, P<0.05)。对照组细胞黏着斑激酶(FAK)表达水平(0.98±0.12)明显高于Rab22A KD组(0.70±0.07),差异有统计学意义( t=5.039, P<0.05)。Rab22A对骨肉瘤细胞上皮-间充质转化的影响,Western blot结果显示,对照组细胞上皮细胞标志物E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达水平(0.71±0.10)明显低于Rab22A KD组(1.11±0.09),差异有统计学意义( t=6.214, P<0.05)。对照组细胞间皮细胞标志物Snail、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达水平(0.98±0.10、1.16±0.09、1.09±0.11)明显低于Rab22A KD组(0.82±0.05、0.80±0.09、0.80±0.09),差异有统计学意义( t=3.595、6.849、4.931, P<0.05)。 结论:Rab22A在骨肉瘤组织中呈高表达,促进骨肉瘤细胞得迁移、侵袭和上皮-间充质转化等恶性转移特性。
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编辑人员丨5天前
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RAB39B基因c.536dupA突变导致X连锁遗传帕金森综合征的初步机制研究
编辑人员丨5天前
目的:研究突变型RAB39B基因的表达水平及RAB39B对细胞自噬水平和α-突触核蛋白的影响,并初步探索RAB39B基因c.536dupA突变在帕金森病发病机制中的作用。方法:基于前期发现由RAB39B基因新的突变c.536dupA导致青少年型帕金森综合征家系的工作背景,构建含有RAB39B基因c.536dupA突变型的重组表达质粒(pcDNA3.1-HA-RAB39B-536),与RAB39B野生型重组表达质粒(pcDNA3.1-HA-RAB39B),利用脂质体法将重组表达质粒转染至N2a细胞培养作为实验组。对照组为接受pcDNA3.1-HA转染的N2a细胞。利用实时荧光定量聚合酶链反应、蛋白质印迹、免疫荧光及免疫共沉淀等技术来明确突变型RAB39B的表达水平及RAB39B对自噬功能和α-突触核蛋白的影响。结果:在N2a细胞模型中,突变型RAB39B的转录水平约为野生型RAB39B的2倍,而突变型RAB39B的蛋白水平(0.30±0.00)明显低于野生型(1.50±0.25, t=8.313, P<0.05),加入蛋白酶体抑制剂MG132后突变型RAB39B蛋白水平有所升高(0.70±0.10, t=6.925, P<0.05);RAB39B基因突变组的微管相关蛋白1轻链3BⅡ/Ⅰ值(3.11±0.30)显著低于野生组(7.03±0.20, t=18.831, P<0.05);过表达野生型和突变型的RAB39B不影响内源性α-突触核蛋白水平,而过表达野生型的RAB39B会导致外源性的野生型和突变型(p.A53T)α-突触核蛋白水平升高[野生型:由0.60±0.11上升至1.25±0.08, t=8.254, P<0.05;突变型:由0.55±0.08上升至1.15±0.08, t=9.293, P<0.05]。 结论:RAB39B基因c.536dupA突变型蛋白稳定性下降,突变型蛋白可能通过泛素-蛋白酶体通路降解,且该突变可能影响细胞的自噬水平;RAB39B蛋白可能与α-突触核蛋白存在体内相互作用关系,可能参与α-突触核蛋白的稳态水平的维持。
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编辑人员丨5天前
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外泌体在草酸钙晶体所致肾间质纤维化中的作用
编辑人员丨5天前
目的:探讨外泌体在草酸钙晶体所致肾损伤及肾间质纤维化中的作用。方法:C57小鼠30只(6~8周龄,体重24~26 g),其中24只野生型(WT)小鼠,6只纯合子Rab27a -/-(KO)小鼠。WT小鼠随机分为空白对照(NC)组、造模1周组、造模2周组、造模4周组(WT造模组),Rab27a -/-小鼠为KO造模组,每组6只,1.25%乙二醇灌胃,分别持续给药0、1、2、4及4周,构建肾结石小鼠动物模型。苏木精-伊红(HE)染色评估肾小管损伤,Von-kossa染色评估结石晶体形成,Masson染色评估肾间质胶原纤维沉积,免疫组织化学染色检测α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、纤维连接蛋白(Fibronectin)及外泌体标志物白细胞分化抗原63(CD63)表达,两组间比较采用 t检验。 结果:HE染色显示,在野生型小鼠中,造模1周、造模2周及造模4周肾小管损伤逐渐加重(0.57±0.18比1.30±0.19, t=6.248, P<0.05;1.30±0.19比2.30±0.28, t=6.642, P<0.05),Von-kossa染色显示,肾脏晶体形成逐渐增加(1.42±0.61比5.24±0.55, t=10.410, P<0.05;5.24±0.55比10.01±0.94, t=9.946, P<0.05),差异均有统计学意义。免疫组织化学染色显示,造模1周、造模2周及造模4周CD63阳性表达面积逐渐增加(1.33±0.34比4.92±0.71, t=10.250, P<0.05;4.92±0.71比8.55±1.04, t=6.448, P<0.05)差异有统计学意义。WT造模组Masson染色胶原纤维沉积面积高于NC组(8.57±0.84比0.60±0.34, t=19.660, P<0.05),α-SMA阳性表达面积高于NC组(11.30±1.04比1.63±0.55, t=18.430, P<0.05),Fibronectin阳性表达面积高于NC组(12.85±0.68比2.78±0.55, t=25.810, P<0.05),差异均有统计学意义。WT造模组Masson染色胶原纤维沉积面积高于KO造模组(8.57±0.84比5.53±0.74, t=6.082, P<0.05),α-SMA阳性表达面积高于KO造模组(11.30±1.04比6.63±0.91, t=7.553, P<0.05),Fibronectin阳性表达面积高于KO造模组(12.85±0.68比8.80±0.93, t=7.875, P<0.05),差异均有统计学意义。 结论:肾结石形成过程中,肾小管损伤加重,外泌体分泌增加。同时,抑制外泌体分泌能减轻草酸钙晶体诱导的肾脏纤维化。
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编辑人员丨5天前
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一例 RAB3GAP1变异所致的Warburg micro综合征1型的分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例发育落后患儿的临床及遗传学特征。方法:对患儿进行全外显子组测序分析,并用Sanger测序对变异位点进行验证。结果:全外显子组测序显示患儿携带两个 RAB3GAP1基因的杂合性剪接变异:c.2607-1G>C和c.899+2dupT,分别遗传自其表型正常的母亲和父亲。 结论:确诊了1例罕见的Warburg micro综合征1型。患儿的表型与文献报道一致,并存在腭弓发育不良、显著的高腭弓及牙齿发育不良等罕见表现。
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编辑人员丨5天前
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微小RNA-597靶向Rab23对肝癌细胞增殖、周期和凋亡的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-597靶向Rab23对肝癌细胞增殖、凋亡和周期的影响及其分子机制。方法:选取南阳市中心医院2017年5月到2019年5月收集的126例肝癌和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析正常肝细胞LO2、肝癌细胞系HepG2、SMMC-7721和Huh7中miR-597表达水平;采用慢病毒在肝癌细胞系HepG2构建对照miRNA和miR-597过表达细胞系,分别为对照组和观察组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成实验和异体移植瘤实验分析肿瘤细胞的增殖能力;采用流式细胞术分析细胞周期和凋亡水平;采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析miR-597的靶基因;采用蛋白质印迹法(Western blot)检测靶蛋白表达水平。组间计量资料比较采用 t检验。 结果:肝细胞LO2中miR-597表达水平(1.09±0.15)明显高于肝癌细胞HepG2、SMMC-7721和Huh7 (0.37±0.14、0.45±0.16、0.58±0.14),差异有统计学意义( t=4.011、3.714、3.281, P<0.05)。对照组细胞吸光度值(2.87±0.26)明显高于观察组(1.53±0.22),差异有统计学意义( t=3.091, P<0.05)。对照组细胞克隆形成率[(71.23±8.29)%]明显高于观察组[(38.54±4.98)%],差异有统计学意义( t=5.220, P<0.05)。对照组小鼠体内肿瘤体积[(1 284.59±209.32) mm 3]明显高于观察组[(799.58±109.43) mm 3],差异有统计学意义( t=5.530, P<0.05)。对照组小鼠肿瘤重量[(3.98±0.29) g]明显高于观察组[(1.42±0.19) g],差异有统计学意义( t=3.218, P<0.05)。对照组细胞S期比例[(34.21±4.58)%]明显高于观察组[(44.58±5.87)%],差异有统计学意义( t=4.719, P<0.05)。对照组细胞G 2期比例[(32.14±4.28)%]低于观察组[(20.37±4.29)%],差异有统计学意义( t=3.612, P<0.05)。对照组细胞凋亡率[(3.76±1.09)%]明显低于观察组[(24.54±3.68)%],差异有统计学意义( t=4.006, P<0.05)。生物信息学和双荧光素酶报告基因结果显示,Rab23是miR-597的靶基因。对照组细胞Rab23蛋白表达水平(1.48±0.18)明显高于观察组(0.79±0.15),差异有统计学意义( t=2.976, P<0.05)。 结论:miR-597通过Rab23调控肝癌细胞的增殖、周期和凋亡。
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编辑人员丨5天前
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单倍体造血干细胞移植治疗Ⅱ型格里塞利综合征继发性噬血细胞综合征1例
编辑人员丨5天前
Ⅱ型格里塞利综合征作为罕见病,容易继发噬血细胞综合征,临床进程凶险,病死率高,且易漏诊。本研究通过报道苏州大学附属儿童医院收治1例经过基因筛查明确诊断的患儿的发病过程和预后转归,提高了临床医师对此疾病的诊治水平。患儿临床表现为银色头发、睫毛,反复肺部感染,高热不退,铁蛋白明显升高,纤维蛋白原下降。基因检测结果示患儿 RAB27A基因发生纯合子突变,分别来自于父母,p.P126Qf3*3移码突变,符合Ⅱ型格里塞利综合征诊断。父女人类白细胞抗原(HLA)为7/10,遂予患儿来自于父亲的骨髓造血干细胞移植,移植后2年随访,患儿健康存活中。
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编辑人员丨5天前
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Rab27B对食管鳞状细胞癌增殖和迁移能力的影响
编辑人员丨5天前
目的:采用细胞功能实验探讨Rab27B对食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞系表型的影响。方法:收集100例福建医科大学附属协和医院胸外科行手术切除且经过严格病理诊断的食管鳞癌患者的肿瘤组织及癌旁正常食管上皮组织进行免疫组织化学染色;通过蛋白质印迹法(Western blot)实验对比不同ESCC细胞系与正常食管上皮中Rab27B的表达量,筛选适合实验的细胞系;通过慢病毒包装转染构建稳定的Rab27B过表达细胞株,进行细胞计数试剂盒(CCK-8)实验,Transwell实验及划痕实验等细胞功能实验,观察Rab27B在体外对ESCC细胞增殖及迁移的影响;通过裸鼠体表种瘤,观察Rab27B在体内对ESCC细胞增殖的影响。组间比较采用 t检验。 结果:免疫组织化学染色结果显示,Rab27B在食管鳞癌组织中的表达与N分期( χ2=8.726, P<0.05)、TNM( χ2=8.036, P<0.01)分期及肿瘤分化程度( χ2=8.707, P<0.05)密切相关;Western blot实验结果显示,Rab27B在食管鳞癌细胞系中表达均上调;通过对过表达稳转细胞株进行实验结果显示,在Rab27B过表达的情况下,体外细胞增殖能力增强,过表达组伤口愈合比例高于阴性对照组[KYSE140组(85±2)%比(81±1)%, t=3.098, P<0.05;KYSE9706组(68±2)%比(44±2)%, t=14.697, P<0.05],差异有统计学意义;过表达组细胞增殖数高于阴性对照组[KYSE140组0.701±0.031比0.620±0.044, t=3.607;1.311±0.045比1.180±0.066, t=2.840;1.826±0.063比1.556±0.052, t=6.900, P<0.05;KYSE9706组0.511±0.062比0.451±0.046, t=1.346;0.992±0.055比0.800±0.066, t=3.871;1.522±0.032比1.250±0.067, t=6.345, P值均<0.05],差异有统计学意义。过表达组迁移能力增强,细胞迁移实验中过表达组迁移数高于阴性对照组[KYSE140组1 534±205比665±85, t=6.782, P<0.05;KYSE 9706组517±45比432±33, t=3.244, P<0.05]差异有统计学意义;裸鼠肿瘤实验结果显示过表达组裸鼠肿瘤重量高于阴性对照组裸鼠[(0.082±0.025) g比(0.142±0.037) g, t=2.845, P<0.05]差异有统计学意义。 结论:Rab27B在食管鳞癌组织中的表达与N分期、TNM分期及肿瘤分化程度密切相关;Rab27B在食管鳞癌细胞系中表达均上调;Rab27B对ESCC细胞的增殖及迁移起促进作用。
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编辑人员丨5天前
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Antibody prevalence and immunotherapy response in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy scores for patients with different neuronal surface antibodies
编辑人员丨5天前
Background::The scale assessment was helpful in predicting the presence of antibodies to autoimmune encephalitis. This study aimed to evaluate the application of antibody prevalence in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy (APE2-CHN) and response to immunotherapy in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy (RITE2-CHN) for patients with different neuronal surface antibodies.Methods::A total of 1365 patients with epileptic seizures as the prominent feature in Xuanwu Hospital, Capital Medical University, from June 2016 to June 2020 were enrolled in our study. Of these, 915 patients with epilepsy of unknown etiology whose serum and/or cerebrospinal fluid samples were examined for autoimmune antibodies were selected. All patients were scored with antibody prevalence in patients with epilepsy and encephalopathy (APE2), response to immunotherapy with epilepsy and encephalopathy (RITE2), APE2-CHN, and RITE2-CHN scores.Results::Of the 915 patients, 191 patients were positive for neural-surface specific antibodies (115 N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) Ab, 47 leucine-rich glioma-inactivated protein 1 (LGI1) Ab, 8 contactin-associated protein 2 (CASPR2) Ab, 4 AMPA2RAb, and 11 GABAR-B-Ab; 3 CASPR2-Ab and LGI1-Ab, 2 NMDAR-Ab and CASPR2-Ab, and 1 NMDAR-Ab and myelinoligodendrocyte glycoprotein [MOG] Ab). The sensitivity and specificity of APE2 ≥4 in predicting the presence of neural-surface specific antibodies in our study were 74.35% and 81.77%, respectively, and the sensitivity and specificity of APE2-CHN ≥4 were 75.92% and 84.53%, respectively. Eight cases had an APE2 score <4 and APE2-CHN score ≥5; all these patients had memory decline as the prominent manifestation. We divided the patients into six groups according to the different antibodies. APE2-CHN scores showed higher sensitivity for the prediction of NMDAR-Ab, but lower sensitivity for LGI1-Ab. A total of 187/191 (97.91%) patients received immunotherapy and 142/191 (74.35%) patients benefited from the treatments. The patients who were positive for LGI1-Ab with RITE2-CHN ≥8 responded well to immunotherapy.Conclusions::APE2-CHN had the highest value for predicting the positivity of NMDAR-Ab and RITE2-CHN evaluated the response of immunotherapy for anti-LGI1 encephalitis appropriately. However, RITE2 and RITE2-CHN do not appear to be good predictors of immunotherapy outcomes for patients with specific neuronal-surface antibodies and high APE2-CHN scores are often indicative of a poor response to immunotherapy.
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编辑人员丨5天前
