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转移性结直肠癌免疫微环境及预后相关的免疫相关差异表达基因分析
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学方法,分析转移性结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的免疫微环境差异,筛选与预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库中下载结直肠癌及转移灶基因芯片数据集GSE131418,包括莫菲特癌症中心MCC队列的样本数据517例和Consortium队列样本数据618例;从免疫学数据库和分析门户IMMPORT中下载免疫相关基因集,包含免疫相关的基因2 483个。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载结直肠癌组织及癌旁组织的RNA测序数据共695例,临床信息627例。采用ESTIMATE算法计算转移灶组织和原发肿瘤组织的基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分,并用CIBERSORT反卷积算法对结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的22种免疫细胞浸润情况进行比较分析。筛选免疫相关差异表达基因并进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。根据各免疫相关差异表达基因表达水平的中位数将患者分为高、低表达组,分别使用Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型对免疫相关差异表达基因进行分析,筛选两种方法结果中与预后显著相关的基因(均 P<0.01),用Cox回归进行多因素分析。比较TCGA数据库和GEO数据库GSE131418数据集中各基因在肿瘤组织和癌旁组织、原发肿瘤组织和转移灶组织中的表达差异,并进行生存分析。 结果:转移性结直肠癌转移灶组织基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分均低于原发肿瘤组织(均 P<0.001)。与原发肿瘤组织相比,转移灶组织中活化的自然杀伤(NK)细胞、单核细胞、CD8 + T细胞、T细胞、活化的树突细胞比例增高,而未活化的肥大细胞、未活化的树突细胞、未活化的NK细胞、活化的记忆CD4 + T细胞、M1型巨噬细胞以及中性粒细胞比例降低。转移性结直肠癌转移灶组织与原发肿瘤组织免疫相关差异表达基因289个,其中上调基因101个,下调基因188个。KEGG信号通路富集结果显示,在转移性结直肠癌转移灶组织的免疫微环境中,发生了血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、程序性死亡受体配体1(PD-L1)表达与程序性死亡受体1(PD-1)检查点通路、辅助性T细胞(Th)1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-κB信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路的富集。筛选出7个预后相关的免疫相关差异表达基因,分别为ANGPTL5、FPR1、HSPA8、NR2E3、PSMD2、PSMD8、SBDS。Cox回归多因素分析结果显示,转移性结直肠癌免疫相关差异表达基因ANGPTL5( HR=2.69,95% CI 1.22~5.92, P<0.05)、HSPA8( HR=0.57,95% CI 0.33~0.97, P<0.05)、SBDS( HR=2.23,95% CI 1.18~4.21, P<0.05)是转移性结直肠癌独立的预后影响因素。ANGPTL5在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达高于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达ANGPTL5的患者预后更差。HSPA8在肿瘤组织中表达高于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达HSPA8的患者预后更好。SBDS在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达SBDS的患者预后更差。 结论:转移性结直肠癌的免疫微环境与原发肿瘤相比存在较大差异,其免疫细胞浸润程度降低,整体处于免疫抑制状态,筛选出预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因可能是新的转移性结直肠癌治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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SBDS基因变异致Shwachman-Diamond综合征1例患儿的临床及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨1例 SBDS基因变异致Shwachman-Diamond综合征(SDS)患儿的临床特点及基因变异情况。 方法:选择2022年2月因"间断腹泻、便血7月余"就诊于郑州大学附属儿童医院消化科1例SDS女性患儿作为研究对象,收集其临床资料。收集患儿、患儿父母及其姐姐的外周血样,进行全外显子组测序,并进行Sanger测序验证。结果:患儿为1岁1月龄女性,主要表现为腹泻、便血、生长发育迟缓、营养不良,血液转氨酶升高,中性粒细胞和血红蛋白降低。左手腕部正位X射线摄片显示骨龄明显落后。肠镜检查发现结直肠黏膜糜烂,肠腔内可见较多油性食物残渣附着。基因测序显示患儿 SBDS基因存在父源c.258+2T>C和母源c.100A>G复合杂合变异。c.258+2T>C为已报道致病性变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级指南,c.100A>G变异评级为可能致病性变异(PM1+PM2_Supporting +PM3+PM5+ PP3)。 结论:c.258+2T>C和c.100A>G复合杂合变异考虑是该SDS患儿致病原因。对于难治性腹泻、肝损害和生长迟缓的患儿,需警惕SDS,基因检测有利于明确诊断及指导治疗。
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编辑人员丨4天前
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中国儿童Shwachman-Diamond综合征的临床诊治循证研究
编辑人员丨4天前
目的:探索我国儿童Shwachman-Diamond综合征(SDS)的临床表型及基因型特征,以供早期诊断参考。方法:以"Shwachman-Diamond综合征""SDS"" SBDS基因""遗传性骨髓衰竭"等为关键词,设定检索年限为2002年1月至2022年10月,检索在万方数据和中国知网数据库相关文献。同时以"Shwachman-Diamond syndrome"为关键词,检索2002年1月至2022年10月内Web of Science和美国医学文摘数据库(PubMed)的文献报道病例,包含上海市同济医院治疗的1例SDS患儿,共计44例作为研究对象。参照《国际SDS诊断标准》作为诊断标准,应用 χ2检验和 t检验统计学分析,以系统回顾的方式进行循证研究,对资料完整的44例临床数据进行病例系列研究,归纳我国儿童SDS流行病学、临床特征和早期诊断要点,并与国际病例资料进行对比。 结果:中国儿童SDS主要特征归纳如下:(1)男女比例大约为1.3∶1,起病中位年龄为3个月,诊断中位年龄为14个月,相对起病年龄滞后。(2)常见首发症状为胰腺消化酶缺乏(31.8%)和中性粒细胞减少伴感染(31.8%)。国际共识所示SDS三类主要病变发生率分别为血细胞减少(95.4%),胰腺病变(72.7%)和骨骼异常(40.9%)。(3)SDS常见致病 SBDS基因变异位点为c.258+2T>C和c.183_184TA>CT,其表型与临床表现无明显相关性( P>0.05)。(4)与国际报道比较,中国儿童SDS三系减少的发生率与部分亚洲国家及北美地区均存在一定差异( P<0.05),基因变异也存在一定种族差异。 结论:儿童SDS起病年龄早,个体差异明显。需加强病例报道和资料汇总,以提高临床对于SDS的认识和早期诊断率,以利及时实施有效临床干预措施。
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编辑人员丨4天前
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异基因造血干细胞移植治疗Shwachman-Diamond综合征:3例报告及文献复习
编辑人员丨4天前
研究报告了在浙江大学医学院附属第一医院接受异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)的3例Shwachman-Diamond综合征(SDS)患者,并结合相关文献资料总结SDS的临床表现和基因突变特征,探讨allo-HSCT对此类患者的疗效及移植时机。3例SDS患者均为男性,移植年龄分别为32、33、32岁。3例患者均为幼年发病,例1以贫血为首发临床表现,后逐渐进展为全血细胞减少;例2、3均以全血细胞减少为首发临床表现。例1、3有智力障碍,例3有胰腺脂肪化及慢性胰腺炎表现。3例患者均身材矮小。3例患者均检出SBDS:c.258+2T>C剪切位点杂合突变。3例患者的家系成员均无SDS临床表现。3例患者均采用减低剂量预处理方案(氟达拉滨+白消安+司莫司汀+兔抗人胸腺细胞免疫球蛋白)。例1、例2行单倍体造血干细胞移植,例3行无关供者造血干细胞移植。例1移植前诊断骨髓增生异常综合征转化急性髓系白血病,移植后早期复发并死亡;例2为继发性植入不良,血小板输注依赖;例3移植后脱离药物维持治疗,血常规正常。
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编辑人员丨4天前
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新生儿Shwachman-Diamond综合征一例并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:探讨Shwachman-Diamond综合征(Shwachman-Diamond syndrome,SDS)在新生儿期的临床特点。方法:选取1例临床及基因诊断明确的新生儿SDS病例,回顾性分析其临床特点、实验室及影像学检查以及基因检测结果,并对2004年以来国内外报道的临床及基因诊断明确且有新生儿期病史的27例SDS患儿的资料进行文献复习。结果:(1)本例患儿表现为以中性粒细胞减少为主的三系减低,粒细胞绝对值最低降至0,X线胸片提示胸廓窄,后肋骨呈弓形,基因诊断结果为SBDS基因的双基因复合杂合突变,确诊为SDS。(2)文献复习:国外18例,其中早产9例(50.0%),造血功能障碍13例(72.2%),胰腺脂肪化7例(38.9%),腹泻3例(16.7%),胸廓发育不良13例(72.2%),骨X线改变15例(83.3%),低血糖5例(27.8%),肝功能异常6例(33.3%)。包括本例在内国内共报道9例,早产1例(11.1%),造血功能障碍5例(66.7%),胰腺脂肪化3例(33.3%),腹泻7例(77.8%),胸廓发育不良1例(11.1%),骨X线改变3例(33.3%),肝功能异常2例(22.2%)。基因诊断资料显示国外14例(77.8%)存在SBDS基因最常见的c.183_184TA>CT或c.258+2T>C突变,国内9例患儿均存在一种或两种的复合杂合突变。结论:SDS在新生儿期最常见的表现是造血功能障碍,以中性粒细胞减少为主,胰腺外分泌功能不全在新生儿期并不常见,但长期脂肪泻及先天性胸廓发育不良的患儿需注意SDS的可能。
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编辑人员丨4天前
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Shwachman-Diamond综合征1例报告及文献复习
编辑人员丨2024/7/27
目的:探讨Shwachman-Diamond 综合征(SDS)的临床特征、诊断及治疗,以提高临床医生对该疾病的认识.方法:回顾性分析1例以中性粒细胞减少和转氨酶水平升高为主要临床表现,经基因检测明确诊断为 SDS患儿的临床资料,并结合相关资料分析 SDS的临床表现、基因特征、诊断和治疗方法.结果:患儿,男性,27月龄.以中性粒细胞减少和转氨酶水平升高为首发临床表现,患儿既往3月龄时出现腹泻,口服胰酶散治疗后腹泻好转,近半年反复呼吸道感染.入院查体显示牙釉质发育不良,影像学表现为四肢长骨骨质密度异常,基因测序结果提示患儿Shwachman-Bodian-Diamond综合征(SBDS)基因c.258+2T>C纯合变异.住院期间给予保肝和增加粒细胞等对症支持治疗,患儿病情好转后出院,随访 1 年,患儿病情稳定.结论:SDS 患儿典型表现为腹泻,肝功能、血象和骨骼异常,尤其是中性粒细胞减少,也可能存在生长发育落后,心脏、肝脏、中枢神经系统、骨骼和免疫系统受累,对疑似患儿及时进行基因检测,有助于SDS患儿早期诊断及治疗.
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编辑人员丨2024/7/27
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基于TCGA数据库的宫颈癌免疫基因预后模型构建及预后标志物鉴定
编辑人员丨2024/7/6
目的:构建基于免疫相关基因的宫颈癌预后模型,寻找宫颈癌预后相关的分子标志物.方法:利用TCGA数据库中宫颈癌的转录组信息及临床数据,运用生物信息学方法分析在宫颈癌中差异表达的免疫相关基因,筛选出与患者生存相关的免疫基因,KEGG进行富集分析.逐步回归分析构建可作为预后评估的风险评分模型并评价其预测能力.通过Cox回归进行独立预后分析,同时鉴定出与临床参数相关的免疫预后基因,分析它们与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性.结果:在宫颈癌及正常组织中共筛选出5565 个差异表达基因,其中免疫相关基因 339 个,Cox分析显示有 24 个基因与患者预后相关,经逐步回归分析最终确定 12 个免疫相关基因(TNF、TFRC、APOBEC3H、CSK、OLR1、PTPN6、SBDS、AGT、TGFA、IL17RD、NRP1、ZAP70)并构建风险评分模型.生存分析显示,高风险组患者的总生存期明显低于低风险组(P<0.01).ROC曲线下面积为0.75.患者的风险评分与临床分期密切相关(P<0.01),但与年龄、肿瘤分级无相关性(P>0.05).相关性分析筛选出2 个与预后显著相关的免疫基因(OLR1 和ZAP70).OLR1 和ZAP70 基因表达量与肿瘤微环境中的CD8+T细胞、CD4+T细胞、NKT细胞、树突状细胞、辅助性T细胞等具有高度正相关.结论:宫颈癌中有多个免疫相关基因异常表达,且与患者预后紧密相关,基于免疫基因构建的风险评分模型可有效预测患者预后,为宫颈癌的免疫治疗提供潜在的治疗靶点.
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编辑人员丨2024/7/6
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异基因造血干细胞移植治疗Shwachman-Diamond综合征4例并文献复习
编辑人员丨2024/1/20
目的 总结Shwachman-Diamond综合征(SDS)临床特点,探讨异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)治疗SDS的安全性及有效性.方法 回顾性分析2015年7月—2022年2月在北京京都儿童医院治疗的SDS患儿临床资料,并复习相关文献.结果 共纳入4例患儿,男2例,女2例.4例均生后1月以腹泻起病,中位诊断年龄38.5(14-70)个月,均为SBDS基因复合杂合突变.4例均有脂肪泻、淀粉酶减低、胰腺超声或影像学异常、牙齿发育不良及生长发育迟缓.1例严重慢性中性粒细胞减少症,1例急性髓系白血病,2例骨髓增生异常综合征(MDS).中位移植时间为44.5(25-73)个月.1例行非血缘外周血干细胞移植;3例行非血缘脐带血移植.4例均进行清髓预处理,并成功植入,1例移植后出现MDS复发行二次移植后再次复发.移植后中位随访时间35(14~92)个月,3例无病存活,1例带病存活.结论 SDS出现严重血细胞减少、MDS及白血病时,allo-HSCT是安全有效的一种治疗方式.
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编辑人员丨2024/1/20
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Shwachman-Diamond综合征的临床特征及基因分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过对Shwachman-Diamond综合征(SDS)患儿的临床资料及基因分析,并结合文献复习,深入了解SDS的临床特征、诊治及预后.方法 回顾性分析在我院儿科确诊Shwachman-Diamond综合征(SDS)患儿的病例资料和随访资料,采用测序和PCR法对患儿及一级亲属进行SBDS基因检测.结果 SDS病变可累及多系统,主要临床特征是脂肪泻、生长发育落后、骨髓功能障碍、骨骼异常.SBDS基因c.258+2T>C突变类型最为常见.结论 SDS首发临床表现不一,对于症状不典型者,要尽早行基因学检查明确诊断,以免误诊及漏诊.
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编辑人员丨2023/8/6
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Shwachman-Diamond综合征研究进展
编辑人员丨2023/8/6
Shwachman-Diamond综合征(SDS)是一种罕见的常染色体隐性遗传病,累及多系统脏器的疾病,主要表现为胰腺外分泌功能不全,骨髓衰竭和骨骼发育异常,还可累及全身其他脏器功能,并有恶性转化可能.SDS相关基因定位于7q11,常见的突变类型为183_184 TA>CT和258+2 T>C.现综合检索到的国内外相关文献,分析其临床特点、基因型及诊治方案等,以提高临床医师对该病的认识.
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编辑人员丨2023/8/6
