目的:鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)甲基化生物标志物，并构建ccRCC甲基化预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中ccRCC患者的临床数据以及ccRCC甲基化数据，筛选出ccRCC癌组织和正常肾组织中甲基化差异基因，然后将差异基因经过LASSO-Cox回归分析筛选ccRCC预后相关的基因并构建ccRCC预后分子标签。结果:首先筛选出485例ccRCC癌组织和正常肾组织中甲基化差异基因798种，差异基因结合ccRCC生存数据经过单因素Cox分析得到492种与ccRCC预后相关的甲基化差异基因( P<0.05)；再将325例肿瘤组织样品数据按30%和70%随机分为两组，70%组为训练组用于筛选预后分子标签，30%组为测试组用于测试筛选出的分子标签预测预后效果。采用LASSO-Cox回归分析从中筛选出5种与ccRCC预后相关的甲基化差异基因，分别为CMTM3、HAND2、HIST1H3E、MIR4425、SHOX2。利用5种基因联合多因素COX回归系数构建分子标签：-5.36342273779505×DML CMTM3+3.260844271×DML HAND2+4.995985347×DML HIST1H3E-1.84339230384795×DML MIR4425+3.323857473×DML SHOX2代入相关数据后，计算分子标签分值。训练组、测试组、全部数据组的分子标签值与ccRCC患者生存期显著相关，分子标签值越高患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的挖掘，发现影响ccRCC预后的有5种基因，且联合5种基因构建的分子标签与ccRCC患者的预后有显著性关联，构建的ccRCC预后模型有望应用于临床。

目的:探讨SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化检测对早期肺腺癌筛查及诊断的价值。方法:下载癌症基因组图谱（TCGA）数据库中471例肺腺癌患者的mRNA测序数据及相应的413例甲基化数据分别计算两基因启动子区甲基化水平，分析正常肺组织与肿瘤组织的甲基化水平差异。回顾性分析2018年1月至2019年1月南京大学医学院附属鼓楼医院接受手术的54例早期肺腺癌及31例肺良性肿瘤患者临床资料，检测肿瘤组织及正常肺组织（距肿瘤>5 cm）（称为：临床样本）SHOX2及RASSF1A甲基化状态，以任一基因启动子区甲基化阳性为两基因联合甲基化阳性。以病理诊断为金标准，绘制受试者工作特征（ROC）曲线，分析基因甲基化阳性诊断早期肺腺癌的效能。筛选出石蜡样本中肿瘤细胞比例>80%的患者，对其肿瘤组织及正常肺组织进行mRNA高通量测序。分析两基因甲基化阳性与患者临床病理特征的关系，采用Spearman法分析临床样本和TCGA数据库样本中两基因启动子区甲基化水平与mRNA表达水平的相关性。采用基因集变异分析（GSVA）法分析两基因甲基化阳性临床肺腺癌样本和对应的甲基化阴性肺腺癌样本间京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路的差异。结果:在TCGA数据库中，SHOX2启动子区甲基化岛包含6个被测序的甲基化位点，其中位点cg04532033、cg01557547甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织（均 P<0.05）；RASSF1A基因启动子区甲基化岛包含11个被测序的甲基化位点，其中6个位点的甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织（均 P<0.05）；与正常肺组织比较，SHOX2启动子区甲基化水平在Ⅰ、Ⅱ期肺腺癌组织中升高（均 P<0.05）；RASSF1A启动子区甲基化在肺腺癌各期中均处于较高水平（均 P<0.001）。在临床54例早期肺腺癌患者中，癌组织SHOX2启动子区甲基化阳性28例，RASSF1A启动子区甲基化阳性21例，两基因联合甲基化阳性40例；31例良性肺结节SHOX2、RASSF1A甲基化均为阴性。ROC曲线分析示，SHOX2启动子区甲基化阳性诊断早期肺腺癌的灵敏度高于RASSF1A启动子区甲基化阳性诊断（51.8%比38.9%），两基因联合甲基化阳性诊断的曲线下面积（AUC）均高于单独以SHOX2或RASSF1A甲基化阳性诊断（0.870比0.759、0.694）。Ⅰ、Ⅱ期肺腺癌SHOX2及RASSF1A甲基化实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测的循环阈值（Ct）均低于正常肺组织（均 P<0.05）；与两基因甲基化均阴性患者相比，两基因联合甲基化阳性患者具有年龄更高、肿瘤长径更长、病理分期更晚的特点（均 P<0.05）。在临床Ⅰ~Ⅱ期肺腺癌样本中，SHOX2及RASSF1A启动子区甲基化qRT-PCR检测的Ct与其mRNA相对表达水平均呈负相关（ r=-0.43， P=0.003； r=-0.48， P=0.001）；TCGA数据库Ⅰ~Ⅱ期肺腺癌样本中，SHOX2启动子区甲基化水平与其mRNA相对表达量呈负相关（ r=-0.23， P<0.001），RASSF1A启动子区甲基化水平与其mRNA相对表达量也有负相关趋势，但无统计学意义（ r=-0.05， P=0.310）。两基因启动子区甲基化阳性肺腺癌样本中与叶酸代谢及DNA稳定性相关的通路上调，与血管收缩、细胞生长分化等相关的通路的下调。 结论:SHOX2及RASSF1A启动子区甲基化联合检测可作为早期肺腺癌筛查、诊断的指标。两基因启动子区甲基化异常可能影响多个肿瘤相关通路，促进早期肺腺癌的发生、发展。

目的 联合矮小同源盒基因2(Short stature homeobox gene 2,SHOX2)、RAS相关结构域家族 1 亚型 A(RAS association domain family 1,isoform A,RASSF1A)及癌胚抗原(Carci-noembryonic antigen,CEA)构建预测肺癌发生的列线图模型,并确定该模型的预测价值.方法 选择2020年1月至2022年12月在新疆医科大学第一附属医院就诊的88例肺癌患者及肺良性肿瘤患者219名.比较两组患者的人口统计学和临床特征信息以及支气管肺泡灌洗液(Bron-choalveolar lavage fluid,BALF)中SHOX2和RASSF1A基因的甲基化水平.进行单因素分析及多因素Logistic回归分析筛选出影响肺癌发生的变量构建列线图,并评估其预测效能.结果 肺癌患者中SHOX2阳性36例(41.4％),RASSF1A阳性30例(34.5％).肺癌患者CEA、细胞角蛋白 19 片段(Cytokeratin 19 fragment,CYFRA21-1)、鳞状上皮细胞癌抗原(Squamous cell carcino-ma antigen,SCCA)、胃泌素释放肽前体(Pro-gastrinreleasing peptide,Pro-GRP)水平与肺良性肿瘤患者比较差异有统计学意义(P＜0.05).Logistic回归分析显示,SHOX2、RASSF1A和CEA为肺癌发生的独立危险因素(P＜0.05),基于上述独立风险因素所构建的列线图模型显示出良好的区分能力(AUC=0.926),具有较好的一致性且获益良好.结论 联合SHOX2、RASSF1A和CEA构建的列线图模型对肺癌发生具有较高的预测价值,可为肺癌的早期诊断提供依据.

目的:探讨在支气管灌洗液标本中SHOX2和RASSF1A 基因甲基化检测联合液基细胞学对肺癌的诊断价值。方法:收集2023年3月至7月于北京胸科医院病理科检测的106例疑似肺癌患者（肺癌组84例，肺部良性疾病组22例）的气管灌洗液样本，分别做甲基化检测和液基细胞学诊断，以组织病理结果为金标准，对比两种方法的检测结果。结果:SHOX2和RASSF1A联合检测的灵敏度是52.4%（44/84）、特异度是（100%）。在亚型分组中，联合检测在小细胞癌、鳞癌和腺癌中检测的阳性率分别是（66.7%；8/12）、（72%；18/25）和（35.9；14/39）。在临床分期中，联合检测在晚期肺癌高达60.0%，明显高于早期检出率（P<0.05）。液基细胞学诊断的敏感性是（44.0%；37/84），特异性是（95.2%；20/21），甲基化检测和液基细胞学检查两种方法联合应用，检测的敏感性为（65.5%，55/84）。结论:SHOX2和RASSF1A 基因甲基化联合检测在诊断肺癌中有较高的敏感性和特异性，可以作为支气管灌洗液细胞病理学诊断的有效辅助手段，两者结合可进一步提高肺癌的诊断效能。

目的 通过肺组织活检或手术后病检结果来验证两基因甲基化指标检验肺部良、恶性结节诊断效能.方法 进行前瞻性研究,收集 2019 年 3 月至 2020 年 3 月在云南省第三人民医院 99 例诊断为肺部结节、肿块的患者,行支气管镜检查收集支气管肺泡灌洗液(BALF)样本后,进行定期随访、肺穿刺活检、手术后病检.结果 收集的 99 例肺部结节、肿块患者,经病理诊断后分为肺癌组(n = 50)和良性肺疾病组(n = 49).肺癌组年龄(62.64±9.71)岁,良性肺疾病组年龄(60.48±13.69)岁,2 组指标差异具有统计学意义(P = 0.032);在肺癌的诊断过程中,发现SHOX2 和RASSF1A基因任一阳性诊断肺癌的灵敏度分别为 72%和 58%,特异度分别为92.3%和 95.9%.而这 2 个基因的联合检测在肺癌的诊断中表现出了更高的灵敏度,为 0.84,远高于良性疾病组的 0.102(P<0.001).ROC曲线分析显示 2 个基因甲基化联合时灵敏度可提高至 84%.结论 肺泡灌洗液SHOX2 和RASS1A基因甲基化检验对存在肺部结节或肿块影像表现的肺癌患者诊断具有良好的预测价值,在影像学和组织学诊断不明时,SHOX2 和RASSF1A联合检验可以作为肺癌早期诊断的一个重要补充工具.

目的 探讨低剂量CT结合Ras相关区域家族蛋白1A(RASSF1A)、矮小同源盒基因2(SHOX2)甲基化在肺癌早期预测中的应用价值.方法 选取2021年1月～2023年1月我院90例拟行肺结节手术患者,根据手术病理学分为肺良性结节组和肺癌组.2组均于术前行低剂量CT检查、SHOX2、RASSF1A甲基化检测,采用Kappa指数分析上述检查结果与手术病理学一致性,分析低剂量CT、SHOX2、RASSF1A甲基化与血清肿瘤标志物[癌胚抗原(CEA)、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、鳞状细胞癌抗原(SCC-Ag)、细胞角蛋白19片段(CYFRA21)]对肺癌诊断效能,采用Spearman低剂量CT检查、SHOX2、RASSF1A甲基化与临床病理特征相关性.结果 低剂量CT、SHOX2、RASSF1甲基化及三者联合分别确定40例、43例、46例、58例肺癌,三者联合与手术病理学诊断肺癌效能一致性Kappa值为0.951;三者联合诊断肺癌敏感度96.67％、准确度97.78％均高于三者单一诊断效能(P＜0.05);肺癌患者血清CEA、SCC、NSE、CYFRA21水平均高于肺良性结节患者(P＜0.05);低剂量CT联合SHOX2、RASSF1甲基化诊断肺癌效能的AUC为0.983,近似于四种血清肿瘤标志物诊断肺癌效能的AUC 0.933;不同肿瘤直径、临床分期、组织学分化肺癌患者低剂量CT检出率及SHOX2、RASSF1A甲基化阳性率比较差异有统计学意义(P＜0.05);肺癌患者低剂量CT检出率、SHOX2及RASSF1A甲基化阳性率与肿瘤直径、临床分期呈正相关,与组织学分化呈负相关(P＜0.05).结论 低剂量CT联合SHOX2及RASSF1A甲基化可用于肺癌早期预警中,临床可通过其进行早期诊断、评估病情进展程度,以针对性展开后续治疗,改善预后.

目的 探讨肺泡灌洗液(BALF)中矮小同源盒基因2(SHOX2)和RAS相关区域家族1A(RASSF1A)基因甲基化联合癌胚抗原(CEA)、气道径向超声在肺癌诊断的价值.方法 选取2019 年7 月至2020 年6 月于佛山市第二人民医院就诊经胸部CT提示肺结节或占位患者114 例,根据病理诊断确认肺癌62 例(肺癌组),肺良性病变52 例(对照组).在气道径向超声定位后收集患者BALF样本、外周静脉血,对BALF样本进行细胞学检查及实时荧光PCR法检测SHOX2 和RASSF1A基因甲基化阳性率,对外周静脉血血清 CEA 水平进行检测.结果 肺癌组 SHOX2、RASSF1A 基因任一甲基化阳性 40 例(64.52%),阴性22 例,对照组任一甲基化阳性2 例(3.85%),阴性50 例,差异有统计学意义(P<0.05);肿瘤直径与肺泡灌洗液甲基化阳性率呈负相关(P<0.05);23 例肺癌患者肺泡灌洗液CEA水平异常20 例(86.96%),CEA联合任一甲基化阳性22例(95.65%);17 例对照组CEA小于5 ng/ml的12 例(70.59%),CEA联合基因甲基化双阴性的 11 例(64.71%);49 例肺癌患者气道径向超声可探及明显回音图像,其中任一基因甲基化阳性 34 例(71.4%),无探及回音图像有 13 例,其中基因甲基化阴性8 例(38.4%),差异有统计学意义(P<0.05).结论 肺癌组患者经气道径向超声定位后获取的肺泡灌洗液甲基化阳性率更高.肺泡灌洗液SHOX2 和RASSF1A基因甲基化联合癌胚抗原、气道径向超声有助于肺癌的早期诊断.

目的:探究矮小同源盒基因(SHOX2)和 Ras 相关结构域蛋白家族 1A(RASSF1A)基因甲基化与非小细胞肺癌(NSCLC)浸润、转移的关系.方法:采用甲基化特异性 PCR 法(MSP)分析 NSCLC及其相应癌旁组织中SHOX2 和RASSF1A基因启动子区甲基化状态,分析其甲基化状态与患者临床病理特征的关系.结果:NSCLC 癌组织中 SHOX2 和 RASSF1A 基因启动子区甲基化率分别为 68.97%(80/116)、33.62%(39/116),明显高于癌旁正常组织中的 12.93%(15/116)、10.34%(12/116)(P<0.05);SHOX2 和RASSF1A基因甲基化分布情况与 NSCLC 患者性别、年龄、吸烟史、肿瘤直径、分化程度无关(P>0.05),与其TNM分期、病理分型、淋巴结转移以及患者生存时间有关(P<0.05),TNM 分期中Ⅲa+Ⅲb期患者SHOX2 基因甲基化率明显高于Ⅰ+Ⅱ期患者(P<0.05),鳞癌患者基因甲基化率明显高于腺癌患者(P<0.05),有淋巴结转移患者基因甲基化率明显高于无淋巴结转移患者(P<0.05),生存时间<2 年患者基因甲基化率明显高于生存时间≥2 年患者(P<0.05);TNM 分期中Ⅲa+Ⅲb 期患者RASSF1A基因甲基化率明显高于Ⅰ+Ⅱ期患者(P<0.05),腺癌患者基因甲基化率明显高于鳞癌患者(P<0.05),有淋巴结转移患者基因甲基化率明显高于无淋巴结转移患者(P<0.05),生存时间<2 年患者基因甲基化率明显高于生存时间≥2 年患者(P<0.05).结论:SHOX2 和 RASSF1A 基因启动子区甲基化可能是 NSCLC 发生浸润以及转移的原因之一,检测 SHOX2 和 RASSF1A 基因启动子区甲基化可为NSCLC的诊断及预后评估提供参考价值.

目的 探讨矮小同源盒基因亚型2 (SHOX2)、Runt相关转录因子3(Runx3)基因甲基化在非小细胞肺癌(NSCLC)发生发展过程中的意义.方法 应用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测70例癌组织、60例癌旁组织和30例非肺癌良性切除组织中SHOX2、Runx3基因启动子区的甲基化率,分析NSCLC患者癌组织与癌旁组织甲基化水平的差异,并分析性别、年龄、吸烟史、临床分期及病理分型、分化程度、淋巴结转移对基因启动子区甲基化率的影响.结果 70例肺癌组织、60例癌旁组织、30例非肺癌良性切除组织中SHOX2、Runx3基因启动子区甲基化检出率分别为68.57％(48/70)、62.86％(44/70);8.33％(5/60)、5.00％(3/60);6.67％(2/30)、3.33％(1/29),三者基因甲基化检出率比较,差异有统计学意义(x2=64.530,P=0.000;x2=63.350,P=0.000).SHOX2基因启动子区甲基化与分化程度(x2 =8.672,P=0.003)、淋巴结转移(x2=6.481,P=0.011)明显相关;RUNX3基因启动子甲基化与病理分型(x2=4.749,P=0.029)、临床分期(x2=7.035,P=0.008)、分化程度(x2=9.341,P=0.002)、淋巴结转移(x2=5.240,P=0.022)明显相关.结论x2SHOX2、Runx3基因启动子区的甲基化与NSCLC有关.

目的 应用微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术检测肺癌患者血浆中人矮小同源盒基因2(short stature homeobox2,SHOX2)基因甲基化水平,并探讨SHOX2基因甲基化、癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)、神经元特异性烯醇化酶(neuron-specific enolase,NSE)、糖类抗原125 (carbohydrate antigen 125,CA125)和细胞角蛋白19片段(cytoker atin-19-fragment,CYFRA21-1)检测辅助诊断肺癌的临床价值.方法 收集2017 07 01-2017-12-30在郑州大学第一附属医院就诊的肺癌患者和健康体检者的标本,80例肺癌患者外周血标本作为肺癌组,其中30例肺癌患者癌组织标本为肺癌组织组.40名健康体检者外周血标本作为对照组.ddPCR检测SHOX2基因甲基化水平,电化学发光法检测血清中CEA、NSE、CA125和CYFRA21-1水平,并结合肺癌患者临床病理特征进行关联性分析.结果 80例肺癌患者血浆中SHOX2基因甲基化阳性率为71.25％(57/80),高于对照组的2.50％(1/40),差异有统计学意义,x2=50.473,P＜0.001.30例肺癌患者血浆与匹配的组织标本中SHOX2基因甲基化检测结果符合率为90.0％(27/30),x2=1.33,P=0.25.受试者工作特征(receiver operating characteristics curve,ROC)曲线分析显示,SHOX2基因甲基化、CEA、CA125、NSE和CYFRA21-1诊断肺癌曲线下面积(area under curve,AUC)值分别为0.906、0.767、0.642、0.693和0.845.CEA、CA125、NSE和CYFRA21-14项联合检测的敏感性为86.25％ (69/80),特异性为82.50％ (33/40),AUC值为0.922(95％CI为0.859～0.963);5项指标联合检测的敏感性为93.75％ (75/80),特异性为95.00％ (38/40),AUC值为0.959(95 ％CI为0.907～0.987).SHOX2基因甲基化与CEA、CA125、NSE、CYFRA21-1水平相关系数分别为0.355、0.229、0.220和0.578,差异有统计学意义,均P＜0.05.SHOX2基因甲基化与肺癌患者性别、年龄、吸烟状况之间无关联,均P＞0.05.SHOX2基因甲基化与病理类型(P=0.042)和TNM分期(P=0.039)有关.腺癌中SHOX2基因甲基化阳性率(58.97％,23/39)低于鳞癌(77.27％,17/22)和小细胞肺癌(89.47％,17/19);Ⅲ和Ⅳ期肺癌患者SHOX2基因甲基化阳性率分别为77.42％(24/31)和85.71％(18/21),高于Ⅰ (40.00％,4/10)和Ⅱ期(61.11％,11/18).结论 ddPCR可检测肺癌患者血浆中SHOX2基因甲基化,与匹配组织中检测结果一致性较好.SHOX2基因高甲基化与肺癌发生发展有关,联合CEA、NSE、CA125和CYFRA21-1检测可提高诊断效能,提示SHOX2基因甲基化可作为一种非侵入性的肺癌肿瘤标志物.