目的 探讨结直肠癌组织中Janus激酶2(JAK2)基因突变和T细胞因子3(TCF3)蛋白表达与临床病理特征及预后的相关性,为结直肠癌病情和预后早期评估提供实验室参考指标.方法 回顾性分析2016年1月～2021年4月收治且保留结直肠癌及癌旁组织蜡块的50例结直肠癌患者资料,收集患者的基本资料,TNM分期、淋巴结转移等临床病理特征及3年生存预后.对患者的结肠癌及癌旁组织蜡块进行检测,采用Taqman荧光探针法检测结肠癌组织JAK2基因rs2230724位点AA、AG和GG等基因型分布情况,通过免疫组化法检测结肠癌及癌旁组织TCF3蛋白阳性表达率.比较不同临床病理特征患者的基本资料、JAK2 rs2230724基因突变和TCF3蛋白表达情况,Logistics回归模型分析结肠癌临床病理特征的影响因素.采用Kaplan-Meier生存曲线分析比较结直肠癌组织JAK2基因突变和TCF3蛋白表达患者的生存预后,采用Cox回归模型分析影响结直肠癌患者预后的危险因素.结果 结肠癌组织TCF3蛋白阳性表达率均高于癌旁组织(P＜0.05).TNM Ⅲ期结肠癌患者的年龄、BMI、结肠癌组织JAK2基因rs2230724位点GG型占比和TCF3蛋白阳性表达率均高于TNM Ⅰ～Ⅱ期患者(P＜0.05);存在淋巴结转移结肠癌患者的年龄、BMI、吸烟率、结肠癌组织JAK2基因rs2230724位点GG型占比和TCF3蛋白阳性表达率均高于无淋巴结转移患者(P＜0.05);Logistics回归模型分析结果显示,结肠癌TNM分期、淋巴结转移等临床病理特征的影响因素均为年龄、结肠癌组织JAK2基因rs2230724位点突变情况和TCF3蛋白阳性表达率(P＜0.05).Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,结肠癌组织JAK2基因rs2230724位点GG型和TCF3蛋白阳性患者均具有更高的累计全因死亡率(P＜0.05).单因素和多因素Cox回归模型分析结果显示,影响结直肠癌患者预后的独立危险因素有JAK2基因rs2230724位点GG型、TCF3蛋白阳性表达、TNM Ⅲ期、淋巴结转移和年龄等.结论 结直肠癌组织中JAK2基因rs2230724位点GG型占比和TCF3蛋白表达均与其临床病理特征及预后相关,可作为结直肠癌临床病理特征评估及预后预测参考指标.

目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA)，并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756，筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析；参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF；通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因；在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析，筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队；利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs，并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队，最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络，进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因，KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用，GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个，负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络，从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。

目的:探讨骨髓间充质干细胞(BMMSCs)来源外泌体miR-200a对肾小管间质纤维化的影响及其机制。方法:2019年3月至2020年7月，收集从4周龄SD大鼠(福建医科大学动物实验中心)提取的BMMSCs来源外泌体，与从新西兰兔提取的肾小管上皮细胞共培养，提取BMMSCs来源外泌体，与肾小管上皮细胞共培养，蛋白免疫印迹(Western blot)检测上皮-间充质转化(EMT)标志物E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和波形蛋白(Vimentin)蛋白的相对表达水平，明确外泌体对EMT的影响。构建过表达和低表达miR-200a的BMMSCs，分别与肾小管上皮细胞共培养，Western blot检测E-cadherin、N-cadherin和Vimentin蛋白及Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路各标志蛋白的表达水平。双荧光素酶报告实验验证肾小管上皮细胞中miR-200a与β-catenin基因CTNNB1是否直接结合。使用方差分析和独立样本 t检验分析组间差异。 结果:高剂量外泌体组E-cadherin表达水平较低剂量组更低(0.51±0.09比0.78±0.12， t＝3.115， P<0.05)，而N-cadherin(2.05±0.22比1.40±0.13， t＝6.478， P<0.001)和Vimentin(1.01±0.13比0.75±0.12， t＝2.987， P<0.05)表达水平高于后者。高表达miR-200a外泌体处理组E-cadherin表达水平较低表达miR-200a外泌体处理组降低(0.71±0.09比1.48±0.14， t＝4.751， P<0.05)，而N-cadherin(1.55±0.12比0.75±0.10， t＝11.603， P<0.01)和Vimentin(0.88±0.07比0.37±0.04， t＝6.039， P<0.05)表达水平前者较后者更高。Wnt/β-catenin信号通路标志蛋白糖原合成酶激酶3β(GSK3β)表达量在组间差异无统计学意义(0.89±0.21比0.92±0.15， t＝0.130， P>0.05)，而低表达miR-200a外泌体处理组p-GSK3β、β-catenin和T细胞因子-1(TCF-1)表达水平均高于高表达miR-200a外泌体处理组(1.89±0.17比1.15±0.12， t＝4.125， P<0.05；1.32±0.09比0.74±0.15， t＝4.962， P<0.05；0.96±0.08比0.38±0.05， t＝6.740， P<0.05)。双荧光素酶报告实验显示，野生型β-CTNNB1肾小管上皮细胞中，miR-200a组细胞荧光活性显著低于miR-NC组(0.51±0.07比0.98±0.08， t＝13.251， P<0.01)，差异有统计学意义。而突变型β-CTNNB1的细胞中，miR-200a组细胞荧光活性与miR-NC组差异无统计学意义(0.94±0.05比0.96±0.07， t＝0.247， P>0.05)。 结论:BMMSCs来源外泌体miR-200a通过直接作用β-catenin基因CTNNB1，降低β-catenin表达，抑制Wnt/β-catenin通路激活，从而抑制肾小管上皮细胞EMT过程。

目的:探讨Toll样受体9（TLR9）信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法:提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞，在细胞融合度达80%时分为两组，分别加入10 μL磷酸盐缓冲液（PBS，PBS对照组）和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸（CpG-ODN，CpG-ODN处理组）。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序，使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况，通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路，应用Homer软件预测转录因子。结果:与PBS对照组相比，CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因，其中102个基因表达上调，482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体（GO）为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目；京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）信号通路富集结果显示，富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示，干扰素调节因子3（IRF3）是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子；IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子，转录因子21（TCF21）、锌指蛋白135（ZNF135）和阳性调节域4（PRDM4）等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论:CpG-ODN激活TLR9信号通路，原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化，为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。

目的:探讨靶向捕获高深度测序（Panel-seq）及转录组测序（RNA-seq）与传统检测方法在儿童初发急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞及分子遗传学分型中的差异及意义。方法:回顾性分析2020年9月至2021年12月在广州市妇女儿童医疗中心新诊断为B-ALL的152例患儿临床资料。患儿除接受包括核型分析、荧光原位杂交以及43种融合基因定量筛查的传统细胞及分子遗传学方法检测外，还进行Panel-seq及RNA-seq检测。Panel-seq覆盖血液系统肿瘤常见变异的600多个基因，同时分析融合基因及基因突变；RNA-seq分析融合基因、基因突变及基因表达情况，推测染色体水平的拷贝数变异，并结合基因表达谱聚类和拷贝数变异预测高二倍体亚型。分析比较各检测方法遗传学分型结果。结果:152例患儿中，男性93例，女性59例，中位年龄4.0岁（0.8~13.0岁），中位原始细胞比例0.855（0.215~0.965）。152例患儿中，传统检测方法鉴定出4例（2.6%）BCR-ABL1、2例（1.3%）CRLF2基因相关融合、27例（17.8%）ETV6-RUNX1、1例（0.7%）iAMP21、5例（3.3%）MLL重排、8例（5.3%）TCF3-PBX1以及22例（14.5%）高二倍体核型；Panel-seq鉴定出4例（2.6%）BCR-ABL1、2例（1.3%）CRLF2基因相关融合、27例（17.8%）ETV6-RUNX1、3例（2.0%）MEF2D基因相关融合、1例（0.7%）MEIS1-FOXO1、5例（3.3%）MLL重排、5例（3.3%）PAX5基因相关融合、8例（5.3%）TCF3-PBX1、4例（2.6%）ZNF384基因相关融合和2例（1.3%）IKZF1 N159Y突变。1例MLL重排患儿因样本质量问题未进行RNA-seq检测，其余151例患儿中，共检出1例（0.7%）ACIN1-NUTM1、4例（2.6%）BCR-ABL1、3例（2.0%）CRLF2基因相关融合、8例（5.3%）DUX4基因相关融合、27例（17.9%）ETV6-RUNX1、3例（2.0%）MEF2D基因相关融合、1例（0.7%）MEIS1-FOXO1、4例（2.6%）MLL重排、5例（3.3%）PAX5基因相关融合、1例（0.7%）ZMIZ1-ABL1、8例（5.3%）TCF3-PBX1、4例（2.6%）ZNF384基因相关融合及61例（40.4%）高二倍体亚型和2例（1.3%）IKZF1 N159Y突变；RNA-seq对融合基因及高二倍体核型检出有明显优势。传统方法、Panel-seq和RNA-seq检测的细胞及分子遗传学分型率分别为45.4%（69/152）、40.1%（61/152）和87.4%（132/151），三者结合可对89.5%（136/152）患儿进行分型。结论:联合应用Panel-seq、RNA-seq技术可提高B-ALL患儿遗传学异常的检出率，从而进行更精确的细胞及分子遗传学分型，为指导治疗及判断预后提供依据。

目的:对l例表现为特殊面容、智力低下、运动及语言发育迟缓、胼胝体发育不良的患者进行全外显子组测序分析，以探讨其遗传学病因。方法:抽提患者及其家系成员的外周血基因组DNA，应用二代测序技术对患者进行全外显子组测序，并在患者及其父母中对候选变异进行Sanger测序验证。结果:患者 TCF4基因第11外显子存在c.1357delAinsGGA(p.Thr453GlyfsTer10)杂合变异，导致其编码的蛋白质从第453位置起翻译9个氨基酸后终止，产生截短蛋白，影响正常功能。Sanger测序未在患儿父母中发现相同的变异。 结论:TCF4基因c.1357delAinsGGA杂合变异可能是患者的遗传学病因，患者被确诊为Pitt-Hopkins综合征。

目的:采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨烧伤后瘢痕组织内甲基化基因，发掘瘢痕形成过程中的分子标志物及治疗靶点。方法:采用观察性研究方法。从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库筛选出同一批次分别进行了mRNA测序和甲基化测序的GSE136906和GSE137134数据集（数据集的样本数均为6），并利用数据集GSE108110（样本数为9）纳入支持向量机及建模分析。采用“Limma”软件包对烧伤后瘢痕和正常组织之间的差异表达基因和差异甲基化基因进行鉴定。使用WGCNA筛选和瘢痕组织临床特征相关性强且基因数目多的模块。对模块内的基因进行功能富集分析并寻找模块内异常甲基化状态的基因，使用受试者操作特征（ROC）曲线判断异常甲基化基因对瘢痕的诊断效能，并使用支持向量机模型进行验证。结果:共鉴定出10个共表达基因模块，棕色模块与烧伤后瘢痕组织形成相关性高且基因数目多。棕色模块内的基因主要富集在雄激素受体信号通路的调控、细胞因子-细胞因子受体相互作用、胰岛素分泌的正调节等方面。棕色模块内显示35个基因甲基化状态异常，ROC曲线（曲线下面积>0.9）与支持向量机模型（准确率为93.3%）表明基因 CCR2、 LMO7、 STEAP4、 NNAT和 TCF7L2具有良好的瘢痕诊断效能。 结论:CCR2、 LMO7、 STEAP4、 NNAT和 TCF7L2可作为烧伤后瘢痕治疗的潜在靶点。

目的:探索转录因子（transcription factors, TFs）和结肠癌预后的联系，通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型，从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法:本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据，先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量，对TCGA和GEO中TFs行差异性分析（| log2FC| >1，P-Value（Fdr）<0.05）。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析（ P<0.01）。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值，应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线（ P<0.001）及ROC曲线（AUC>0.75），对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析，构建基因集网格，进行靶基因预测，最后进行GO和KEGG的通路富集分析。 结果:取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图，火山图及TFs相关的森林图，按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析，结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路，如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论:构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险，其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素，该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

目的:挖掘中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。方法:收集2018年3月至2020年12月复旦大学附属华山医院面向全国招募并入组的非综合征型颅缝早闭患者，设计临床问卷收集患者一般情况信息。在PubMed中输入关键词craniosynostosis、gene panel，提取1995年1月至2017年5月所有相关文献并设计基因面板。基因文库在Illumina HiSeq X平台上进行测序，并进行生物信息学分析及致病分析。结果:在PubMed和Ovid数据库中共查阅得到文献237篇，样本总量为3 375例患者，其中1 822例(54%)检测到相应突变，涉及21个致病基因。以突变检出率不低于0.4%为界，本研究挑选了12个热点基因：FGFR2、TWIST1、FGFR3、EFNB1、FGFR1、SKI、POR、RAB23、TCF12、MSX2、SMAD3和ERF构成基因面板，进行了二代测序。本研究共招募非综合征型颅缝早闭患者109例，其中男性62例，女性47例；入组平均年龄2.1岁；均无家族史；父亲平均生育年龄28.3岁；母亲平均生育年龄26.7岁。在19例患者的基因序列中发现了14个不同的致病或可能致病的突变位点，突变率为17.4%(19/109)。这14个突变位点分布在5个基因上，分别是FGFR2、TWIST1、TCF12、EFNB1、FGFR3。而这14个突变可以被分类为5个错义突变、3个无义突变、1个剪接突变、1个移码突变和4个框内缺失突变，其中有11个位点未见报道。这11个位点，主要集中于TWIST1和TCF12两个基因，突变类型包括：3个功能缺失、4个移码缺失、3个错义突变、1个移码插入，其中7个为新发突变。结论:TWIST1和TCF12两大基因是中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。

目的:研究RNA结合蛋白Musashi-2(MSI2)在肝细胞癌(HCC)中的作用及相关机制。方法:获取来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因型-组织表达数据库(GTEX)的HCC患者mRNA表达数据及相应的临床信息，在50对匹配的肿瘤/正常HCC样本中，评估MSI2的表达水平。进一步通过蛋白质相互作用网络(PPI)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和RNA互作组百科全书(ENCORI)数据库，探究MSI2如何影响HCC进展。设计3对针对MSI2和β-catenin的短发夹RNA(shRNA)序列，将他们分别克隆到慢病毒载体中，作为敲减质粒分别转染HepG2、MHCC97H和MHCC97L细胞，用于构建MSI2敲减组细胞(HepG2 sh-MSI2组、MHCC97H sh-MSI2组)、β-catenin敲减组细胞(MHCC97L sh-β-catenin组)和各自的阴性对照组细胞(HepG2 sh-Ctrl组、MHCC97H sh-Ctrl组以及MHCC97L sh-Ctrl组)。通过蛋白质印迹法检测MSI2的过表达水平。CCK-8和集落形成实验检测肝癌细胞增殖情况。将HepG2 sh-Ctrl组、HepG2 sh-MSI2组、MHCC97L sh-Ctrl组和MHCC97L sh-β-catenin组细胞悬液分别注射于各组裸鼠的前大腿处皮下，4周后处死裸鼠，取出肿瘤测量体积。 结果:基于TCGA和GTEX数据库的分析显示，MSI2在50对匹配的肿瘤中的表达高于正常样本(2.073±0.767比1.256±0.260)，差异具有统计学差异( P<0.001)。利用PPI、KEGG通路富集以及ENCORI数据库分析MSI2在HCC进展中的潜在机制，结果显示，在HCC中，MSI2与β-catenin( r＝0.455， P<0.001)、转录因子7(TCF7)( r＝0.142， P＝0.006)、淋巴增强因子1(LEF1)( r＝0.246， P<0.001)均呈正相关。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组中β-catenin的表达下降，差异具有统计学意义( P<0.001)。CCK-8增殖实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞活性降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。集落形成实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，与MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞形成集落的能力降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组裸鼠的肿瘤体积减小[(160.19±60.22)mm 3比(480.46±65.28)mm 3]，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组裸鼠的肿瘤体积减小[(456.48±38.23)mm 3比(845.67±33.19)mm 3]，差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MSI2表达上调通过Wnt/β-catenin信号通路促进肝癌细胞增殖。