系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种复杂的自身免疫疾病,传统治疗在部分重度和难治性患者中效果有限.近期研究显示,嵌合抗原受体(chimeric antigen receptor,CAR)T细胞疗法在SLE治疗中展现出了具有前景的疗效.生物标志物在精准评估治疗效果和安全性方面至关重要,CAR T细胞治疗与安全性评估标志物包括传统标志物和与CAR T细胞疗法相关的标志物.传统的SLE病情监测标志物,仍可用于CAR T细胞治疗基线随访和病情监测,如血清抗双链DNA、抗单链DNA和抗核小体等自身抗体的滴度下降,血清补体水平恢复正常,以及尿蛋白/肌酐比值的改善,均提示病情得到有效控制.CAR T细胞疗效监测标志物分为B细胞和T细胞标志物.输注后,B细胞数量下降,B细胞表型以初始B细胞为主,记忆B细胞和浆母细胞的比例显著降低,表明治疗取得了疗效.输注前,初始T细胞(CD45RA+CD27+)和中央记忆型T细胞(CD45RA-CD62L+CD27+)的高比例则提示更强的抗肿瘤效应;患者的CAR T细胞表达与早期记忆分化相关的转录因子,如T细胞因子7和淋巴增强子结合因子1,提示这些患者对CAR T细胞疗法更为敏感.输注后,CD25、CD69和CD137等T细胞激活标志物,以及CD57、PD-1和Tim-3等耗竭标志物的高表达,提示T细胞的杀伤能力受到限制.CAR T细胞治疗安全性标志物不仅包括CAR T细胞分泌的效应细胞因子(如白细胞介素-2和IFN-γ),还包括单核细胞和巨噬细胞产生的细胞因子(如IL-1和IL-8),其水平可用于评估CAR T细胞疗法最常见的毒副反应[细胞因子释放综合征(cytokine release syn-drome,CRS)和免疫效应细胞相关神经毒性综合征(immune effector cell-associated neurotoxicity syndrome,ICANS)].高水平的血清巨噬细胞炎性蛋白1α对于预测CAR T细胞治疗后发生严重CRS和ICANS的风险具有较高的价值.此外,基线血小板计数和中性粒细胞绝对值可预测血液毒性,由IL-8、IFN-γ和IL-1β组成的感染相关预测模型,能够有效预测患者输注后出现严重感染的风险.CAR受体结构设计、清除淋巴细胞的化疗方式,患者曾接受的治疗选择及自身免疫状态等都会影响CAR T细胞治疗的疗效及安全性.在当前及未来将开启的相关临床研究中,应纳入全面、规范的检测和评估体系,为CAR T细胞疗法在SLE等自身免疫疾病的应用,提供比较标准.

目的:探究Musashi RNA结合蛋白2(MSI2)如何通过Wnt/β-catenin信号通路发挥调控肝癌细胞增殖的作用。方法:通过转染短发夹RNA(shRNA)抑制MSI2表达，将细胞分为转染对照质粒(sh-Ctrl)组和sh-MSI2组。MSI2过表达实验中将细胞分为对照组(Vector组，转染空白质粒Vector)和过表达组(MSI2组，转染MSI2重组质粒)。CCK-8和平板克隆实验检测细胞增殖。蛋白质印迹法检测干预MSI2后β-catenin、转录因子7(TCF7)和淋巴增强因子1(LEF1)的表达。Rescue回复实验中将细胞分为MSI2+sh-Ctrl组(同时转染MSI2重组质粒和sh-Ctrl质粒)和MSI2+sh-β-catenin组(同时转染MSI2重组质粒和sh-β-catenin质粒)。在过表达MSI2的基础上敲低β-catenin进行肝癌细胞增殖能力检测。结果:sh-MSI2组HepG2和MHCC97H细胞的增殖率均低于sh-Ctrl组，差异具有统计学意义( P<0.05)。MSI2组的SMMC-7721和MHCC97L细胞增殖率均高于Vector组，差异具有统计学意义( P<0.05)。克隆形成实验结果显示，与sh-Ctrl组相比，sh-MSI2组的HepG2细胞克隆数量[(129.7±6.5)比(286.0±12.8)]和MHCC97H细胞克隆数量[(134.0±6.7)比(248.0±14.1)]均减少，差异具有统计学意义( P<0.05)；与Vector组相比，MIS2组的SMMC-7721细胞克隆数量[(242.0±5.6)比(135.3±8.7)]和MHCC97L细胞克隆数量[(308.0±9.0)比(149.7±5.9)]均增加，差异具有统计学意义( P<0.05)。sh-MSI2组HepG2和MHCC97H细胞中β-catenin、TCF7和LEF1 mRNA和蛋白的表达均低于sh-Ctrl组，组间比较差异具有统计学意义(均 P<0.05)。相反，与Vector组相比，MSI2组SMMC-7721和MHCC97L细胞的β-catenin、TCF7和LEF1 mRNA和蛋白表达水平均增加，差异均具有统计学意义( P<0.05)。与MSI2+sh-Ctrl组相比，MSI2+sh-β-catenin组细胞增殖能力下降，差异具有统计学意义( P<0.05)。平板克隆实验显示，MSI2+sh-β-catenin组细胞克隆形成数量少于MSI2+sh-Ctrl组[(138.3±7.0)比(246.3±8.0)， P＝0.028]。 结论:MSI2通过Wnt/β-catenin信号通路促进肝癌细胞增殖，导致肿瘤进展。

目的:探索转录因子（transcription factors, TFs）和结肠癌预后的联系，通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型，从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法:本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据，先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量，对TCGA和GEO中TFs行差异性分析（| log2FC| >1，P-Value（Fdr）<0.05）。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析（ P<0.01）。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值，应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线（ P<0.001）及ROC曲线（AUC>0.75），对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析，构建基因集网格，进行靶基因预测，最后进行GO和KEGG的通路富集分析。 结果:取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图，火山图及TFs相关的森林图，按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析，结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路，如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论:构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险，其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素，该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

目的:研究RNA结合蛋白Musashi-2(MSI2)在肝细胞癌(HCC)中的作用及相关机制。方法:获取来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因型-组织表达数据库(GTEX)的HCC患者mRNA表达数据及相应的临床信息，在50对匹配的肿瘤/正常HCC样本中，评估MSI2的表达水平。进一步通过蛋白质相互作用网络(PPI)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和RNA互作组百科全书(ENCORI)数据库，探究MSI2如何影响HCC进展。设计3对针对MSI2和β-catenin的短发夹RNA(shRNA)序列，将他们分别克隆到慢病毒载体中，作为敲减质粒分别转染HepG2、MHCC97H和MHCC97L细胞，用于构建MSI2敲减组细胞(HepG2 sh-MSI2组、MHCC97H sh-MSI2组)、β-catenin敲减组细胞(MHCC97L sh-β-catenin组)和各自的阴性对照组细胞(HepG2 sh-Ctrl组、MHCC97H sh-Ctrl组以及MHCC97L sh-Ctrl组)。通过蛋白质印迹法检测MSI2的过表达水平。CCK-8和集落形成实验检测肝癌细胞增殖情况。将HepG2 sh-Ctrl组、HepG2 sh-MSI2组、MHCC97L sh-Ctrl组和MHCC97L sh-β-catenin组细胞悬液分别注射于各组裸鼠的前大腿处皮下，4周后处死裸鼠，取出肿瘤测量体积。 结果:基于TCGA和GTEX数据库的分析显示，MSI2在50对匹配的肿瘤中的表达高于正常样本(2.073±0.767比1.256±0.260)，差异具有统计学差异( P<0.001)。利用PPI、KEGG通路富集以及ENCORI数据库分析MSI2在HCC进展中的潜在机制，结果显示，在HCC中，MSI2与β-catenin( r＝0.455， P<0.001)、转录因子7(TCF7)( r＝0.142， P＝0.006)、淋巴增强因子1(LEF1)( r＝0.246， P<0.001)均呈正相关。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组中β-catenin的表达下降，差异具有统计学意义( P<0.001)。CCK-8增殖实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞活性降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。集落形成实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，与MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞形成集落的能力降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组裸鼠的肿瘤体积减小[(160.19±60.22)mm 3比(480.46±65.28)mm 3]，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组裸鼠的肿瘤体积减小[(456.48±38.23)mm 3比(845.67±33.19)mm 3]，差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MSI2表达上调通过Wnt/β-catenin信号通路促进肝癌细胞增殖。

目的:采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨烧伤后瘢痕组织内甲基化基因，发掘瘢痕形成过程中的分子标志物及治疗靶点。方法:采用观察性研究方法。从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库筛选出同一批次分别进行了mRNA测序和甲基化测序的GSE136906和GSE137134数据集（数据集的样本数均为6），并利用数据集GSE108110（样本数为9）纳入支持向量机及建模分析。采用“Limma”软件包对烧伤后瘢痕和正常组织之间的差异表达基因和差异甲基化基因进行鉴定。使用WGCNA筛选和瘢痕组织临床特征相关性强且基因数目多的模块。对模块内的基因进行功能富集分析并寻找模块内异常甲基化状态的基因，使用受试者操作特征（ROC）曲线判断异常甲基化基因对瘢痕的诊断效能，并使用支持向量机模型进行验证。结果:共鉴定出10个共表达基因模块，棕色模块与烧伤后瘢痕组织形成相关性高且基因数目多。棕色模块内的基因主要富集在雄激素受体信号通路的调控、细胞因子-细胞因子受体相互作用、胰岛素分泌的正调节等方面。棕色模块内显示35个基因甲基化状态异常，ROC曲线（曲线下面积>0.9）与支持向量机模型（准确率为93.3%）表明基因 CCR2、 LMO7、 STEAP4、 NNAT和 TCF7L2具有良好的瘢痕诊断效能。 结论:CCR2、 LMO7、 STEAP4、 NNAT和 TCF7L2可作为烧伤后瘢痕治疗的潜在靶点。

目的:探讨转录因子7类似物2（transcription factor 7-like 2，TCF7L2）基因多态性及表达在绝经后2型糖尿病（type 2 diabetes mellitus，T2DM）合并骨质疏松（osteoporosis，OP）患者中的作用及相关机制。方法:选择2019年1月至2020年6月在宁波大学医学院附属医院就诊的148例绝经后T2DM女性患者作为研究对象。其中合并OP 86例（T2DM+OP组），未合并OP 62例（T2DM组），并纳入同期在本院进行健康体检的100例自然绝经后健康女性作为对照组。抽取空腹静脉血，检测临床和骨代谢指标；采用毛细管电泳和片段分析（SNaPshot）技术对TCF7L2基因的两个SNP位点rs7901695（T>C）、rs290487（C>T）进行分型；采用实时荧光定量聚合酶链式反应检测法测定TCF7L2基因mRNA的相对表达量。构建过表达和沉默慢病毒载体，探究TCF7L2过表达和沉默对大鼠成骨细胞增殖的影响。结果:对于rs7901695位点，T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的TT、TC和CC基因型分布差异有统计学意义（ χ2=12.545， P=0.014），3组间的T、C等位基因频率分布差异有统计学意义（ χ2=17.089， P<0.001）。对于rs290487位点，T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的CC、CT和TT基因型分布差异有统计学意义（ χ2=10.500， P=0.033），3组间的C、T等位基因频率分布差异有统计学意义（ χ2=14.665， P=0.001）。对于rs7901695位点，携带CC+TC基因型的T2DM+OP患者FPG、TG水平显著高于携带野生型TT基因型的患者（FPG： t=2.559， P=0.014；TG： t=2.034， P=0.036），而血钙和25OHD3水平显著低于后者（血钙： t=3.889， P<0.001；25OHD： t=4.112， P<0.001）；对于rs290487位点，携带TT+CT基因型的T2DM+OP患者血钙、BGP和25OHD3水平均显著低于携带野生型CC基因型的患者，差异有统计学意义（血钙： t=3.751， P<0.001；BGP： t=2.731， P=0.007；25OHD3： t=3.225， P=0.002）。T2DM+OP患者TCF7L2基因mRNA相对表达量显著低于T2DM组和对照组（ F=5.735， P<0.05）；随着rs7901695位点C等位基因的增加，TCF7L2基因mRNA相对表达量逐渐降低（ F=5.723， P<0.05）。此外，TCF7L2过表达的大鼠成骨细胞增殖率显著升高，而TCF7L2沉默的成骨细胞增殖水平显著下降（ F=7.846， P<0.05）。 结论:在绝经后T2DM女性中，TCF7L2基因变异会导致基因表达水平降低，抑制成骨细胞的增殖，从而参与到OP的发病机制中。

目的:通过分析精神分裂症社会隔离饲养模型小鼠杏仁核基因转录水平的改变确定精神分裂症致病基因及相关通路。方法:29只3周龄SPF级C57BL/6J雄性小鼠按照随机数字表法分为对照组(16只)及模型组(13只)，对照组每个透明鼠笼里饲养4只，模型组每个透明鼠笼里饲养1只，每个笼里小鼠可见其周边小鼠，但是无法相互触碰到。2组小鼠均饲养4周，随后1周内完成旷场实验、前脉冲抑制实验及新物体识别实验。实验结束后采用脊椎脱臼法处死小鼠，取杏仁核行转录组测序，通过GO富集分析及KEGG富集分析明确模型组小鼠差异表达基因（DEGs）富集的功能及相关通路。结果:（1）动物实验部分：与对照组小鼠相比，模型组小鼠旷场实验中运动距离显著增加[（1 239.20±106.35） m vs. （1 845.53±143.65） m]，差异有统计学意义（ t=3.464， P=0.002）；实验前5 min在中心区域的活动时间显著减少[（13.15±1.41）s vs. （8.47±1.19） s]，差异有统计学意义（ t=2.464， P=0.020）。与对照组相比，模型组小鼠的78 dB前脉冲抑制缺失[（22.28±1.53）% vs. （14.59±2.76）%]，差异有统计学意义（ t=2.629， P=0.013）；88 dB前脉冲抑制缺失[（32.83±3.39）% vs.（18.44±3.07）%]，差异有统计学意义（ t=3.081， P=0.005）。与对照相比，模型组小鼠测试期新物体识别率显著下降[（80.5±2.2）% vs.（71.0±3.6）%]，差异有统计学意义（ t=2.356， P=0.026）。（2）生信分析部分：共找到96个DEGs，其中表达上调的42个，包含 Th、Crlf1等基因；表达下调的54个，包含 Prkcd等基因。 Th与 Crlf1为正强相关关系（ r=0.940， P=0.018）。GO基因富集分析结果提示DEGs富集在质膜边界细胞投影功能、神经元分化过程、细胞凋亡过程等方向，KEGG富集分析结果提示DEGs富集在WNT信号通路、细胞凋亡通路及酪氨酸代谢通路。蛋白质网络互作分析结果提示Wnt6、Tcf712、Pitx2、Tcf7、Cd4为关键蛋白。 结论:社会隔离饲养模型小鼠杏仁核中 Th、Prkcd、Lrrc74b、Fadd、Wnt6、Ror2、Notum、Tcf7l2等DEGs以及涉及的相关信号通路可能与精神分裂症相关。

目的:探讨可变剪接事件及剪接因子对雄激素剥夺疗法（ADT）治疗的前列腺癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载60例进行ADT治疗的前列腺癌患者相关临床、转录组信息，并获得可变剪接事件信息。通过R语言程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及剪接因子，建立相关模型，进行独立预后分析及相关调控网络分析。结果:确定前列腺癌患者相关可变剪接事件44 070个，包含可变受体位点（AA）3 525个、可变供体位点（AD）3 101个、可变启动子（AP）9 035个、可变终止子（AT）8 663个、外显子跳跃（ES）16 772个、外显子互斥（ME）228个和内含子保留（RI）2 747个。通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 349个可变剪接事件为与ADT相关的疾病进展相关剪接事件（DFS-SE），包括AA事件145个、AD事件102个、AP事件243个、AT事件189个、ES事件557个、ME事件6个和RI事件107个。多因素Cox回归分析显示，加入临床相关信息后，ME事件（ANK3|11852|ME、TCF7L2|151705|ME、UBR2|127390|ME、SLC39A14|140283|ME）可能为预测ADT抵抗的独立预后因子（ HR＝1.398，95% CI 1.156～1.689， P<0.01）。 结论:ME类可变剪接事件结合相关临床数据对预测前列腺癌患者ADT有效性具有一定意义，对探索前列腺癌患者ADT抵抗的研究具有重要作用。

目的:对配对盒2( Pax2)相关孤独症谱系障碍(ASD)易感基因进行生物信息学分析，探讨 Pax2基因参与ASD发病的可能机制。 方法:(1)将Pathway Commons数据库中与 Pax2基因相关的基因(606个)和Simons基金会孤独症研究计划(SFARI)数据库中ASD易感基因(1 023个)取交集得到65个 Pax2基因相关ASD易感基因。在基因功能分析网站Metascape对 Pax2基因相关ASD易感基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析。使用Cytoscape软件cytoHubba插件的最大团中心度(MCC)算法，筛选前10个核心 Pax2基因相关ASD易感基因。(2)取3只13周龄雄性Pax2-nestin小鼠(实验组)及3只同龄雄性C57 BL/6J小鼠(对照组)，采用Western blotting实验检测2组小鼠海马组织中谷氨酸受体2B亚基(GluN2B)蛋白的表达。 结果:(1)GO分析显示 Pax2基因相关ASD易感基因在生物学过程(BP)本体主要富集于跨突触信号、行为、脑发育、化学突触传递的调节、胶质细胞再生、小脑形态发育、谷氨酸能突触传递、记忆等子集，在细胞组分(CC)本体主要富集于突触后、树突、β连环蛋白-T细胞因子(TCF)复合物、树突分支等子集，在分子功能(MF)本体主要富集于突触后密度蛋白95/果蝇圆盘大肿瘤抑制蛋白/紧密连接带-1蛋白(PDZ)结合结构域、转录因子结合、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、谷氨酸受体活性、微管蛋白结合等子集。KEGG通路富集分析显示 Pax2基因相关ASD易感基因主要分布在丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、长时程抑制、谷氨酸能突触等通路。核心 Pax2基因相关ASD易感基因为 Gria1、 Dlg2、 Ntrk2、 Grid2、 Igf1、 Jmjd1c、 Ldb1、 Tcf4、 Tcf7l2、 Adrb2。(2)Western blotting实验显示，对照组、实验组小鼠海马组织中GluN2B蛋白的相对表达量分别为2.36±0.60、0.85±0.44，差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:Pax2基因异常可能导致 Pax2基因相关ASD易感基因的表达或功能异常，并通过多种机制参与ASD的发病。

目的 探讨高脂饮食对小鼠胰岛功能及胰腺组织中转录因子7-类似物2(TCF7L2)与胰高血糖素样肽-1(GLP-1)的影响.方法 30只小鼠随机均分为2组:正常对照组和高脂饮食(T2DM模型)组,分别连续24周喂养普通饲料和60％高脂饲料.连续喂养24周后比较两组小鼠的体质量以及胰岛功能等相关指标的差异;检测小鼠不同时间点的血糖水平,血浆中胰岛素、高密度脂蛋白(HDL-C)、低密度脂蛋白(LDL-C)、总胆固醇(TC)和甘油三酯(TG)的水平,胰腺组织中 TCF7L2、GLP-1和胰高血糖素样肽-1受体(GLP-1R)蛋白的表达水平和mRNA转录水平.结果 与正常对照组比较,高脂饮食组小鼠的体质量显著增加(P＜0.01),葡萄糖耐量和胰岛素耐受能力明显受损(P＜0.05),HDL-C、LDL-C、TC、TG、空腹血糖和胰岛素的水平明显增加(P＜0.05),而TCF7L2、GLP-1和GLP-1R的mRNA和蛋白表达水平明显降低(P＜0.01).另外,与正常对照组相比,高脂饮食组小鼠胰腺组织的胰岛形态不规则,体积增大,血管数量增多,扩张充血显著.结论 高脂饮食的T2DM小鼠,胰腺组织胰岛形态改变,胰岛功能降低,TCF7L2表达水平降低,并且GLP-1和GLP-1R表达水平同步降低.