目的:探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据，并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子，建立乳头状肾细胞癌预后模型，进行独立预后分析，并绘制剪接事件相关的调控网络。结果:通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关，包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析，并结合临床数据，显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素( HR＝1.028，95% CI：1.018~1.039， P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系，构建调控网络，共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析，其中正、负相关调控事件分别为553、506个。 结论:可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义，对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。

目的:分析甲状腺癌的可变剪切（AS）事件，探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性，并建立AS事件与剪接因子（SF）的调控网络。方法:分别从癌症基因图谱（TCGA）和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据，合并得到AS事件生存数据的矩阵，评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件，最小绝对值收敛和选择算子（LASSO）回归分析筛选变量避免模型过度拟合，多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier 曲线和受试者工作特征（ROC）曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性，并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共纳入507例甲状腺癌患者，研究发现10 447个基因发生了45 150次可变剪切事件。其中ES为主要类型（38.84%），ME发生次数最少（0.51%）。单因素Cox回归筛选出1 842个与预后相关的AS事件，多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值，能够很好地区分高风险和低风险组（ P<0.001，AUC=0.929）。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达，包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。 结论:基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值，构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。

目的:探究脑卒中后失语症(PSA)患者外周血单核细胞(PBMC)中失语相关基因前颗粒蛋白(GRN)的表达情况。方法:将对数生长期PC12细胞进行培养，细胞密度达到30%~50%时将其分为非特异性干扰组(基因对照组)和特异性干扰组(基因沉默组)。在PC12细胞中沉默GRN的表达后采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术分析2组基因可变剪接事件发生情况。选取PSA患者10例(患者组)和健康受试者10例(对照组)，2组受试者均于入组当天进行首次采血，并于入组12 d经皮(患者组出院当天)进行第二次采血。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)测定2组受试者外周血单核细胞(PBMC)中GRN的mRNA表达量的变化和kappaB结合蛋白相关核因子(NFRKB)的可变剪接事件发生情况。患者组接受常规言语治疗，于首次采血和第二次采血后即刻采用汉语失语成套测试(ABC)对其言语功能进行评估，并采用Pearson法分析GRN表达量的变化与ABC各项评分变化的相关性。结果:PC12细胞沉默GRN后，基因沉默组GRN的表达量与基因对照组GRN的表达量相比，差异有统计学意义( P<0.01)。两个样本间，发生显著差异可变剪接的基因共有237个，其中5′端发生可变剪接事件的基因数量最多。基因沉默组NFRKB可变剪接事件的发生概率与基因对照组比较，差异有统计学意义( P<0.05)；基因沉默组NFRKB可变剪接事件的发生概率与基因对照组比较，差异有统计学意义( P<0.05)。PSA患者组首次采血血样PBMC中GRN的mRNA表达水平和健康组血样比较，差异有统计学意义( P<0.001)；患者组第二次采血血样PBMC中GRN的mRNA表达水平与其首次采血血样比较，差异有统计学意义( P<0.001)。患者组首次采血血样PBMC中NFRKB基因发生可变剪接事件的概率与健康组比较，差异有统计学意义( P<0.05)。患者组第二次采血血样PBMC中NFRKB基因发生可变剪接事件的概率与首次采血比较，差异有统计学意义( P<0.01)。PSA患者第二次评估时的ABC量表口语表达得分显著优于其首次评估，差异有统计学意义( P<0.05)，且在ABC量表的口语表达部分中，PSA患者第二次评估时复述评分，显著高于其首次评估，差异有统计学意义( P<0.05)。对患者组首次血样和第二次血样PBMC中GRN表达量的差异与PSA患者ABC量表口语表达评分的差异进行相关性分析，结果发现，GRN表达量的变化与口语表达能力的恢复呈正相关。 结论:GRN可通过调控NFRKB的可变剪接来促进PSA患者言语功能的恢复。

目的:探讨可变剪接事件及剪接因子对雄激素剥夺疗法（ADT）治疗的前列腺癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载60例进行ADT治疗的前列腺癌患者相关临床、转录组信息，并获得可变剪接事件信息。通过R语言程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及剪接因子，建立相关模型，进行独立预后分析及相关调控网络分析。结果:确定前列腺癌患者相关可变剪接事件44 070个，包含可变受体位点（AA）3 525个、可变供体位点（AD）3 101个、可变启动子（AP）9 035个、可变终止子（AT）8 663个、外显子跳跃（ES）16 772个、外显子互斥（ME）228个和内含子保留（RI）2 747个。通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 349个可变剪接事件为与ADT相关的疾病进展相关剪接事件（DFS-SE），包括AA事件145个、AD事件102个、AP事件243个、AT事件189个、ES事件557个、ME事件6个和RI事件107个。多因素Cox回归分析显示，加入临床相关信息后，ME事件（ANK3|11852|ME、TCF7L2|151705|ME、UBR2|127390|ME、SLC39A14|140283|ME）可能为预测ADT抵抗的独立预后因子（ HR＝1.398，95% CI 1.156～1.689， P<0.01）。 结论:ME类可变剪接事件结合相关临床数据对预测前列腺癌患者ADT有效性具有一定意义，对探索前列腺癌患者ADT抵抗的研究具有重要作用。

目的:探讨1例由 SLC6A8基因变异所致脑肌酸缺乏综合征(CCDS)患儿的临床表现及遗传学特点。 方法:选取2021年3月5日因"间断抽搐发作1月余"就诊于复旦大学附属儿科医院的1例CCDS患儿作为研究对象，收集其临床资料。应用全外显子组测序(WES)对患儿进行基因变异分析，对可能的变异位点通过Sanger测序进行验证并应用转录组测序(RNA-seq)技术验证剪接变异。结果:患儿为1岁10月龄男性，精神运动发育落后，1岁9月龄始无热惊厥发作，母亲与外婆均有惊厥发作史，患儿头颅MRS示双侧基底节区及丘脑肌酸峰降低，提示脑肌酸缺乏。WES结果发现患儿X染色体 SLC6A8基因存在c.1767+1_1767+2insA剪接变异，母亲及外婆均为该变异杂合子。RNA-seq结果显示患儿 SLC6A8基因exon12处存在异常可变剪接事件，该变异导致蛋白发生截短。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异指南，c.1767+1_1767+2insA评级为可能致病变异(PVS1_Strong+PM2_Supporting+PP4)。 结论:SLC6A8基因c.1767+1_1767+2insA变异考虑是该CCDS患儿致病原因。该变异的检出丰富了该基因的变异谱。

扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)是心力衰竭重要的原因之一,任何阶段均可出现严重的心血管事件,导致猝死.RNA结合基序蛋白20(RNA-binding motif protein 20,RBM20)基因突变是引起DCM的原因之一,呈家族性聚集,可合并心律失常,具有易猝死、早死亡的特点.该文介绍RBM20基因及其调节TTN基因、CAMK2基因的剪接,总结RBM20基因突变相关DCM的治疗,旨在提高临床工作者对RBM20基因的认识,为精准医学治疗提供新思路.

旨在揭示盐芥(Eutrema salsugineum)ABCG25的结构及其对干旱、盐害以及温度等胁迫的响应.以山东生态型盐芥作为材料,通过电子克隆以及RT-PCR技术,获得一个腺苷三磷酸结合盒转运蛋白G(ABCG)家族成员基因的全长cDNA序列,命名为EsABCG25,GenBank登录号为KY111263.EsABCG25全长2 154 bp,含1 983 bp的开放阅读框,编码一个含有660氨基酸的蛋白分子.该基因定位于盐芥第5染色体,含有4个外显子和3个内含子.EsABCG25蛋白具有一个核苷酸结合结构域(NBD)和一个跨膜结构域(TMD),与来源于同科植物芜菁的ABCG25亲缘关系最近.对高通量测序数据分析表明该基因在盐芥的茎部表达最为丰富,在莲座叶中表达丰度最低,且在不同组织中均有可变剪接事件.Real-time PCR结果显示,该基因表达受多种逆境影响,尤其受到ABA的明显诱导.EsABCG25具有ABCG家族的典型序列特征;该基因在盐芥不同组织中的表达丰度存在差异,表达受到多种逆境的诱导,与盐芥的抗逆性关系密切.

目的 探讨黄曲霉毒素B1(aflatoxin B1,AFB1)诱发大鼠致肝癌的可能机制及其阻断肝癌分子机制的可变剪接事件.方法 构建AFB1诱发大鼠致肝癌模型,提取大鼠肝组织总RNA,采用Illumina HiSeq 2000测序平台对大鼠肝组织进行RNA-seq测序,以大鼠基因组数据为参考,纳入目前已知的具有多种可变剪接存在的332个参考基因,鉴定和分析大鼠基因组的可变剪接基因,并对具有差异表达的可变剪接基因进行GO分类的生物过程(biological process,BP)富集分析.结果 RNA-seq测序结果显示,未成癌组与对照组有18个基因的可变剪接模式存在较大差异,差异基因主要富集在刺激反应功能上;成癌组与对照组有37个基因的可变剪接模式存在差异,差异基因主要富集在刺激反应和细胞增殖调节功能上;成癌组与未成癌组有32个基因的可变剪接模式存在明显差异,差异基因主要富集在细胞增殖调节功能上.成癌组发现7个与细胞增殖调节相关基因的可变剪接模式发生异常,其中成癌组、未成癌组和对照组IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接模式存在显著差异.结论 IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接改变可能在AFB1诱导大鼠肝癌形成过程中发挥重要作用.

可变剪接(Alternative splicing,AS)是动植物体内蛋白质多样性和遗传多样性的重要调控机制.为鉴定和分析绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接,对多浪绵羊妊娠90日龄胎儿(F90)、出生后30日龄羔羊(L30)和成年3岁羊(A3Y)的背最长肌组织进行转录组测序,利用rMATS软件鉴定样品中的可变剪接事件和差异剪接基因(Differential splicing gene,DSG),并对DSG进行GO和KEGG功能富集分析.结果表明,绵羊背最长肌组织在F90、L30和A3Y时期分别鉴定出13923、11959和12164个可变剪接事件,其中外显子跳跃(Skipped exons,SE)的比例最高,约为70.69％,5'端可变剪接位点(Alternative 5'splice sites,A5SS)、3'端可变剪接位点(Alternative 3'splice sites,A3SS)、互斥外显子(Mutually exclusive exons,MXE)和内含子保留(Retained introns,RI)的比例分别约为7.28％、11.18％、5.96％ 和4.84％.在F90_vs_L30、F90_vs_A3Y和L30_vs_A3Y比较组中分别鉴定到2545、2689和1701个显著的差异剪接基因(P<0.05).GO和KEGG功能富集分析显示,差异剪接基因显著富集到横纹肌发育、肌肉结构发育、肌细胞分化、肌膜、胰岛素信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路等与肌肉发育密切相关的通路上.上述结果表明可变剪接在背最长肌发育中发挥重要作用.

目的:探讨可变剪接在肺腺癌预后中的作用.方法:在TCGA数据库中收集474例肺腺癌组织的RNA-seq数据,绘制可变剪接图谱;通过单因素Cox回归分析确定肺腺癌中存活相关的剪接事件,再利用最小绝对收缩模型筛选用于监测存活的预后因子;收集5例肺腺癌患者的癌组织,采用PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测CHEK1、KIF23、MCM和FN1的mRNA亚型条带.结果:在肺腺癌中存在着大量的可变剪接事件并与预后相关,包括CHEK1、KIF23、MCM7和FN1,通过生物信息学利用可变剪接事件构建了高效的风险预测模型;KEGG途径分析表明,主要富集的基因与““regulation of autophagy”、“central carbon metabolism in cancer”和“cell cycle”有关;5例肺腺癌患者的癌组织PCR扩增结果显示,可变剪接核心基因CHEK1、KIF23、FN1确实存在CHEK1-AP-19309、KIF23-AP-31390、FN1-ES-57398等剪接体.结论:可变剪接事件可作为预测肺腺癌患者临床结果的指标,可为肺腺癌患者制定个体化治疗方案提供依据.