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基于循环游离DNA末端基序检测的食管鳞状细胞癌及其癌前病变预测模型建立及验证
编辑人员丨6天前
目的:探索并建立基于循环游离DNA(cfDNA)末端基序检测的食管鳞状细胞癌(ESCC)预测模型,并评估其用于ESCC早期检测的可行性。方法:前瞻性收集2021年8月至2022年11月中国医学科学院肿瘤医院201例ESCC、46例食管高级别上皮内瘤变(HGIN)、46例食管低级别上皮内瘤变(LGIN)、176例食管良性病变患者和29例健康对照的血浆样本进行cfDNA提取、文库构建与测序。将ESCC患者和对照组受试者随机分为训练集(284例)和验证集(122例)。对训练集中ESCC及对照组cfDNA末端基序矩阵标准化处理及差异特征筛选,经主成分分析降维、十折交叉验证及随机森林递归特征消除后训练并建立随机森林分类模型Motif-1(M1),在验证集和癌前病变组中验证其性能。将癌前病变组患者纳入数据集后随机分为训练集(243例)、验证集(105例)、测试集(150例),采用与M1相同的方法使用训练集训练并构建随机森林模型Motif-2(M2),在验证集中检验并确定最佳阈值,在测试集中进行性能检测。结果:构建了2个基于cfDNA 末端基序检测的ESCC及其癌前病变的预测模型,M1模型在验证集中的灵敏度为90.0%,特异度为77.4%,曲线下面积(AUC)为0.884;M1模型预测LGIN、HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度分别为76.1%、80.4%和91.2%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为85.0%,且预测分值和灵敏度随着恶性肿瘤的临床分期上升而增加( P<0.001)。M2模型在测试集中灵敏度为87.5%,特异度为77.4%,AUC为0.857;M2模型预测食管癌前病变及ESCC的灵敏度分别为80.0%和89.7%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为89.4%。 结论:构建的2种基于 cfDNA 末端基序的血浆检测模型在ESCC及其癌前病变中具有较高的灵敏度及特异度,可用于早期ESCC检测。
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编辑人员丨6天前
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急性缺血性卒中患者内源性脱氧核糖核酸酶活性和游离DNA浓度的临床意义
编辑人员丨6天前
游离DNA(cell-free DNA, cfDNA)和内源性脱氧核糖核酸酶活性是相反的介质,可能会影响急性缺血性卒中发病后的炎症反应。德国汉诺威医学院的Grosse等进行了一项队列研究,旨在急性卒中患者中探讨这些标志物、循环炎症介质以及临床病程之间的联系,包括卒中相关感染(stroke-associated infections, SAI)。
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编辑人员丨6天前
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循环游离DNA在乳腺癌临床应用的研究进展
编辑人员丨6天前
循环游离DNA的液体活检已经成为评估癌症的辅助方法。由于该方法具有微创、简便等优点,其在乳腺癌的筛查、诊断、监测治疗和预后及耐药性检测等方面的作用日益突出。现对循环游离DNA(cell free DNA,cfDNA)在乳腺癌的临床应用及相关研究进展进行综述。
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编辑人员丨6天前
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供体来源细胞游离DNA鉴别移植肾急性排斥反应类型
编辑人员丨6天前
目的:探讨血浆供体来源的细胞游离DNA(donor-derived cell-free DNA,dd-cfDNA)片段在鉴别移植肾T细胞介导的排斥反应(T cell-mediated rejection,TCMR)和抗体介导的排斥反应(antibody-mediated rejection,ABMR)中的价值。方法:回顾性纳入2017年12月1日至2019年7月18日在浙江大学医学院附属第一医院经肾活检确诊的移植肾急性排斥反应患者。根据2017年Banff移植肾排斥反应病理分类诊断标准将患者分为ABMR组和TCMR组,后者又分为TCMRⅠ型亚组和TCMRⅡ型亚组。采用二代测序+目标区域捕获的方法检测入选者外周血浆dd-cfDNA水平。比较两组患者人口学及临床病理指标的差异。采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)评价血浆dd-cfDNA和血肌酐水平对鉴别两种移植肾ABMR和TCMR的诊断价值。结果:共60例移植肾急性排斥反应患者入选本研究,TCMR组42例,ABMR组18例。ABMR组患者血浆dd-cfDNA百分比较TCMR组显著升高[2.33(1.19,4.30)%比0.98(0.50,1.82)%, P=0.001];ABMR组dd-cfDNA绝对值亦较TCMR组显著升高[0.94(0.60,2.27)ng/ml比0.43(0.20,0.96)ng/ml, P=0.003]。ROC曲线分析结果显示,dd-cfDNA百分比鉴别诊断TCMR和ABMR的曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.76(95% CI 0.64~0.88),阈值为1.11%,敏感性88.89%,特异性59.52%;dd-cfDNA绝对值鉴别诊断TCMR和ABMR的 AUC为0.74(95% CI 0.61~0.86),阈值为0.53 ng/ml,敏感性88.89%,特异性54.76%。TCMR亚组与ABMR组血浆dd-cfDNA水平的比较结果显示,TCMR两亚组间dd-cfDNA百分比及绝对值水平的差异均无统计学意义(均 P>0.05);ABMR组dd-cfDNA百分比显著高于TCMRⅠ型亚组( P=0.008)和TCMRⅡ型亚组( P=0.030)。ABMR组dd-cfDNA绝对值显著高于TCMRⅠ型亚组( P=0.003)。 结论:血浆dd-cfDNA水平检测对鉴别ABMR和TCMR两种排斥反应类型有辅助诊断价值。
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编辑人员丨6天前
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Genome-wide methylation profiling identified methylated KCNA3 and OTOP2 as promising diagnostic markers for esophageal squamous cell carcinoma
编辑人员丨6天前
Background::Early detection of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) can considerably improve the prognosis of patients. Aberrant cell-free DNA (cfDNA) methylation signatures are a promising tool for detecting ESCC. However, available markers based on cell-free DNA methylation are still inadequate. This study aimed to identify ESCC-specific cfDNA methylation markers and evaluate the diagnostic performance in the early detection of ESCC.Methods::We performed whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) for 24 ESCC tissues and their normal adjacent tissues. Based on the WGBS data, we identified 21,469,837 eligible CpG sites (CpGs). By integrating several methylation datasets, we identified several promising ESCC-specific cell-free DNA methylation markers. Finally, we developed a dual-marker panel based on methylated KCNA3 and OTOP2, and then, we evaluated its performance in our training and validation cohorts. Results::The ESCC diagnostic model constructed based on KCNA3 and OTOP2 had an AUC of 0.91 [95% CI: 0.85–0.95], and an optimal sensitivity and specificity of 84.91% and 94.32%, respectively, in the training cohort. In the independent validation cohort, the AUC was 0.88 [95% CI: 0.83–0.92], along with an optimal sensitivity of 81.5% and specificity of 92.9%. The model sensitivity for stage I–II ESCC was 78.4%, which was slightly lower than the sensitivity of the model (85.7%) for stage III–IV ESCC. Conclusion::The dual-target panel based on cfDNA showed excellent performance for detecting ESCC and might be an alternative strategy for screening ESCC.
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编辑人员丨6天前
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改良磁珠筛选法富集母体外周血胎儿游离DNA在无创产前检测中的应用价值
编辑人员丨6天前
目的:评估改良磁珠筛选法富集胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA)在无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)中的应用价值。方法:从2017年10月至2019年12月在北京市海淀区妇幼保健院接受常规NIPT的11 000例孕妇中,回顾性纳入cffDNA浓度偏低(<6.00%),或首次检测Z值灰区(3.00~4.00),或产前介入性产前诊断确定假阳性或生后确定假阴性病例共31例。取首次常规NIPT留存的血浆标本,使用改良磁珠筛选法富集cffDNA进行NIPT(改良富集法NIPT)。采用Wilcoxon秩和检验比较改良富集法NIPT与常规NIPT测得的男胎cffDNA浓度变化。结果:31例孕妇中13例常规NIPT cffDNA浓度偏低,11例常规NIPT 13/18/21-三体假阳性(3例13-三体,4例18-三体,4例21-三体,均经介入性产前诊断证实),6例首次常规NIPT Z值灰区(复测为低风险),1例常规NIPT 21-三体假阴性(生后染色体检查证实)。使用改良富集法后,<150 bp的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)片段得到有效富集,21例男胎的cffDNA浓度由常规NIPT的4.43%(2.45%~17.61%)提升至改良富集法NIPT的13.46%(7.75%~36.64%),差异有统计学意义(Z=-14.22, P<0.01)。13例常规NIPT cffDNA浓度偏低者经改良富集法NIPT,均成功检出为低风险;6例Z值灰区病例及11例假阳性病例中的6例经改良富集法NIPT确定为低风险,与常规NIPT复测结果一致;1例假阴性病例确定为高风险。 结论:与常规NIPT相比,改良富集法NIPT降低了因cffDNA浓度偏低导致的检测失败率,降低了假阳性率,并成功检测出假阴性病例,显示出更高的检测成功率和更低的假阳性率。
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编辑人员丨6天前
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游离DNA检测技术及其在疾病诊疗中的应用和研究进展
编辑人员丨6天前
游离DNA(cfDNA)是存在于人体细胞外液中的DNA片段,在生理或病理条件下(如妊娠、肿瘤等),cfDNA的含量变化和分子特征等使其成为疾病诊疗的生物标志物之一。随着cfDNA富集技术以及测序、质谱等检测技术的发展,cfDNA的检测已形成完整的检验流程。基于cfDNA检测的液体活检技术在临床肿瘤诊疗、产前检查中已得到广泛应用,并且在自身免疫病诊疗中展现出较大的潜力。本综述描述了cfDNA检测技术的发展和液体活检在临床方面的应用,以及cfDNA在疾病诊断和治疗中的研究进展。
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编辑人员丨6天前
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肝癌精准治疗的研究前沿
编辑人员丨6天前
肝癌是严重威胁我国人民生命健康的重大疾病。近年来,肝癌的临床诊治及创新研究取得了令人瞩目的进展。新型血清标志物的发现和转化应用,包括蛋白、miRNA以及外周血循环游离DNA甲基化等,促进了肝癌的早诊早治。影像学以及计算机技术的进步,为精准肝脏外科的实现创造了便利条件。靶向与免疫治疗的进步,将为肝癌的精准治疗提供更多的手段。借助于基因组、转录组、蛋白组、代谢组等多组学技术,对肝癌发生和发展机制及其基因表型特征的认识越来越深入。单细胞、基因编辑、药物开发等技术的进步,使得肝癌创新研究的思路和方法越来越开阔。肝癌是一种复杂而难治的恶性肿瘤,通过不断揭示其恶性生物学行为的真正本质,进一步探寻制癌之道,从而助力肝癌精准治疗,使患者生存获益。
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编辑人员丨6天前
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Non-invasive chromosome screening for embryo preimplantation using cell-free DNA
编辑人员丨6天前
Preimplantation genetic testing (PGT) is a widely adopted screening method that can be performed to identify and select embryos with normal ploidy; however, PGT relies on embryo biopsy, that is, polar body, embryo cells, or trophectoderm biopsy, to obtain embryonic DNA, increase its technical limitations. Studies have indicated that biopsy may have an influence on the quality and development of embryos, and increase the chance of abnormal epigenetic modifications. Therefore, non-invasive PGT (niPGT) detection of cell-free DNA (cfDNA) has gradually become a hot research topic in the field of assisted reproduction. Studies showed cfDNA could be detected in blastocyst fluid and spent culture medium (SCM) in vitro cultured embryos. The cfDNA collection requires less skill and makes lower risk to embryos. Some studies have been conducted to evaluate the feasibility of SCM-based niPGT approaches. When comparing the ploidy consistency of cfDNA in SCM, its consistency to the conventional PGT for aneuploidies results fluctuated widely, it is critical to recognize the factors influencing accuracy. These contradictory results may be related to factors such as the difference in SCM sampling methods and sampling time, and the definition of consistency. In this review, we aimed to comprehensively summarize how researchers use embryonic cfDNA to conduct niPGT detection. It also systematically reviews the factors affecting the accuracy of the test and its underlying issues, as well as prospective applications. We hope to provide a basis for future niPGT research and a useful reference for the standardized operation of niPGT that can be widely applied in clinical practice.
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编辑人员丨6天前
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肺癌流行病学研究年度进展2022
编辑人员丨6天前
肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重危害人类的健康。本文对2022年1月1日至12月10日国内外肺癌流行病学领域的研究进展进行综述。研究发现,随着肺癌病因学研究的深入和精准医学的开展,全球肺癌的发病率和死亡率得到了一定程度的控制;大规模人群队列和生物银行的建设推动了肺癌的病因学研究,阐明肺癌发病与吸烟、空气污染、慢性病共病、饮食和生活习惯等因素的关联对肺癌一级预防策略的制定具有积极意义;高通量组学检测技术的发展推动了罕见胚系变异、嵌合基因组变异、“表观时钟”、循环细胞游离DNA(cfDNA)甲基化和血浆代谢物等新型生物标志物的发现,有助于优化肺癌个体化风险评估模型和提高肺癌早期筛查效果;深度学习等人工智能算法可揭示影像组学特征与临床诊疗数据之间的深层关系,提升肺癌的筛查效能。上述研究发现为肺癌精准防治工作的有效开展提供了技术支撑和理论依据。
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编辑人员丨6天前
