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基于循环游离DNA末端基序检测的食管鳞状细胞癌及其癌前病变预测模型建立及验证
编辑人员丨1天前
目的:探索并建立基于循环游离DNA(cfDNA)末端基序检测的食管鳞状细胞癌(ESCC)预测模型,并评估其用于ESCC早期检测的可行性。方法:前瞻性收集2021年8月至2022年11月中国医学科学院肿瘤医院201例ESCC、46例食管高级别上皮内瘤变(HGIN)、46例食管低级别上皮内瘤变(LGIN)、176例食管良性病变患者和29例健康对照的血浆样本进行cfDNA提取、文库构建与测序。将ESCC患者和对照组受试者随机分为训练集(284例)和验证集(122例)。对训练集中ESCC及对照组cfDNA末端基序矩阵标准化处理及差异特征筛选,经主成分分析降维、十折交叉验证及随机森林递归特征消除后训练并建立随机森林分类模型Motif-1(M1),在验证集和癌前病变组中验证其性能。将癌前病变组患者纳入数据集后随机分为训练集(243例)、验证集(105例)、测试集(150例),采用与M1相同的方法使用训练集训练并构建随机森林模型Motif-2(M2),在验证集中检验并确定最佳阈值,在测试集中进行性能检测。结果:构建了2个基于cfDNA 末端基序检测的ESCC及其癌前病变的预测模型,M1模型在验证集中的灵敏度为90.0%,特异度为77.4%,曲线下面积(AUC)为0.884;M1模型预测LGIN、HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度分别为76.1%、80.4%和91.2%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为85.0%,且预测分值和灵敏度随着恶性肿瘤的临床分期上升而增加( P<0.001)。M2模型在测试集中灵敏度为87.5%,特异度为77.4%,AUC为0.857;M2模型预测食管癌前病变及ESCC的灵敏度分别为80.0%和89.7%,联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为89.4%。 结论:构建的2种基于 cfDNA 末端基序的血浆检测模型在ESCC及其癌前病变中具有较高的灵敏度及特异度,可用于早期ESCC检测。
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编辑人员丨1天前
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肝癌患者血浆BMPR1A和PLAC8基因甲基化水平在预测根治术后早期复发中的意义
编辑人员丨1天前
目的:探究联合检测血浆中游离BMPR1A、PLAC8基因甲基化预测肝细胞癌术后复发的作用。方法:病例系列研究。选取2022年1月至2023年7月中山大学附属第三医院治疗的Ⅰ~Ⅳ期肝细胞癌患者,入组的所有患者在治疗后1、3、6、9和12个月进行甲胎蛋白(AFP)以及影像学评估检查;同时抽取患者外周血进行血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化检测,比较患者治疗后血浆中游离BMPR1A和PLAC8基因甲基化检测结果以及传统肿瘤标志物AFP检测的阳性率。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析该方法对肝细胞癌复发的预测效能,并根据游离DNA甲基化结果阳性和阴性,以及AFP是否大于7 μg/L,分别将肝细胞癌患者划分为甲基化高风险组(12例)、甲基化低风险组(21例)、AFP高风险组(15例)和AFP低风险组(18例),进行Kaplan-Meier生存分析。结果:联合检测血浆中游离BMPR1A、PLAC8基因甲基化对肝癌复发预测的敏感度为66.7%,特异度为88.9%,ROC曲线分析BMPR1A、PLAC8基因甲基化检测肝癌复发的曲线下面积为0.770和0.778,AFP为0.522;相比影像学检查,游离DNA甲基化检测平均可以提前58.3 d检测出肝细胞癌的复发(53.8 d比112.1d)。基于游离DNA甲基化预测的高风险组400 d的无进展生存率为22.2%,低于低风险组(76.2%, P<0.001)。 结论:相比于AFP,检测BMPR1A、PLAC8基因甲基化能更准确地预测肝细胞癌的复发,可成为一种实用的监测肝癌复发的方法。
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编辑人员丨1天前
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急性缺血性卒中患者内源性脱氧核糖核酸酶活性和游离DNA浓度的临床意义
编辑人员丨1天前
游离DNA(cell-free DNA, cfDNA)和内源性脱氧核糖核酸酶活性是相反的介质,可能会影响急性缺血性卒中发病后的炎症反应。德国汉诺威医学院的Grosse等进行了一项队列研究,旨在急性卒中患者中探讨这些标志物、循环炎症介质以及临床病程之间的联系,包括卒中相关感染(stroke-associated infections, SAI)。
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编辑人员丨1天前
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循环游离DNA在乳腺癌临床应用的研究进展
编辑人员丨1天前
循环游离DNA的液体活检已经成为评估癌症的辅助方法。由于该方法具有微创、简便等优点,其在乳腺癌的筛查、诊断、监测治疗和预后及耐药性检测等方面的作用日益突出。现对循环游离DNA(cell free DNA,cfDNA)在乳腺癌的临床应用及相关研究进展进行综述。
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编辑人员丨1天前
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PAD4在抗β 2GP1/β 2GP1复合物促进中性粒细胞胞外诱捕网形成中的作用
编辑人员丨1天前
目的:探讨肽酰基精氨酸脱亚氨酶4(PAD4)在抗β 2GP1/β 2GP1复合物诱导中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)形成中的作用。 方法:分离健康人外周血中性粒细胞与抗β 2GP1/β 2GP1复合物(100 μg/ml)共孵育一定时间,Western blot检测细胞PAD4表达;进一步采用PAD4抑制剂Cl-amidine(10 μmol/L)预处理中性粒细胞,Western blot检测细胞瓜氨酸化组蛋白3(CitH3)蛋白质表达,ELISA检测细胞培养上清中髓过氧化物酶(MPO)-DNA相对含量。下腔静脉狭窄法建立APS小鼠血栓模型,并通过腹腔注射Cl-amidine(50 mg/kg)进行干预,Western blot检测血浆中CitH3蛋白质表达,荧光染色法检测血浆中循环游离DNA(cf-DNA)浓度,取下腔静脉血栓称其重量,观察Cl-amidine能否抑制APS-IgG诱导的NETs和血栓形成。组间差异采用 t检验或单因素方差分析。 结果:抗β 2GP1/β 2GP1复合物能够显著下调细胞质中PAD4蛋白质表达水平[(3.67±0.32) vs (1.47±0.19), t=10.22, P<0.05],并使细胞核内PAD4蛋白质含量升高[(0.57±0.19) vs (2.97±0.31), t=11.49, P<0.05];Cl-amidine能显著抑制抗β 2GP1/β 2GP1复合物诱导的中性粒细胞CitH3蛋白质表达[(2.46±0.47) vs (0.46±0.13), t=12.24, P<0.01],明显减少培养上清中MPO-DNA含量[(4.09±0.94) vs (2.80±0.57), t=4.23, P<0.05]。在体内试验中,Cl-amidine能显著抑制APS小鼠血浆中CitH3蛋白质表达[(3.97±0.56) vs (1.09±0.45), t=11.83, P<0.01],明显降低APS小鼠血浆中cf-DNA浓度[(2 685.0±735.8) vs (1 784.0±577.0), t=3.93, P<0.05];与对照组EAPS小鼠相比,经Cl-amidine预处理的APS小鼠血栓形成明显减小[(8.22±3.06) vs (4.89±1.90), t=2.27, P<0.05]。 结论:PAD4参与了抗β 2GP1/β 2GP1复合物诱导的NETs形成,其可能在APS血栓形成中发挥重要作用。
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编辑人员丨1天前
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肝癌精准治疗的研究前沿
编辑人员丨1天前
肝癌是严重威胁我国人民生命健康的重大疾病。近年来,肝癌的临床诊治及创新研究取得了令人瞩目的进展。新型血清标志物的发现和转化应用,包括蛋白、miRNA以及外周血循环游离DNA甲基化等,促进了肝癌的早诊早治。影像学以及计算机技术的进步,为精准肝脏外科的实现创造了便利条件。靶向与免疫治疗的进步,将为肝癌的精准治疗提供更多的手段。借助于基因组、转录组、蛋白组、代谢组等多组学技术,对肝癌发生和发展机制及其基因表型特征的认识越来越深入。单细胞、基因编辑、药物开发等技术的进步,使得肝癌创新研究的思路和方法越来越开阔。肝癌是一种复杂而难治的恶性肿瘤,通过不断揭示其恶性生物学行为的真正本质,进一步探寻制癌之道,从而助力肝癌精准治疗,使患者生存获益。
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编辑人员丨1天前
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肺癌流行病学研究年度进展2022
编辑人员丨1天前
肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重危害人类的健康。本文对2022年1月1日至12月10日国内外肺癌流行病学领域的研究进展进行综述。研究发现,随着肺癌病因学研究的深入和精准医学的开展,全球肺癌的发病率和死亡率得到了一定程度的控制;大规模人群队列和生物银行的建设推动了肺癌的病因学研究,阐明肺癌发病与吸烟、空气污染、慢性病共病、饮食和生活习惯等因素的关联对肺癌一级预防策略的制定具有积极意义;高通量组学检测技术的发展推动了罕见胚系变异、嵌合基因组变异、“表观时钟”、循环细胞游离DNA(cfDNA)甲基化和血浆代谢物等新型生物标志物的发现,有助于优化肺癌个体化风险评估模型和提高肺癌早期筛查效果;深度学习等人工智能算法可揭示影像组学特征与临床诊疗数据之间的深层关系,提升肺癌的筛查效能。上述研究发现为肺癌精准防治工作的有效开展提供了技术支撑和理论依据。
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编辑人员丨1天前
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血液循环RNA在宫颈癌液体活检中的研究进展
编辑人员丨1天前
宫颈癌严重威胁女性健康,早期诊断有利于提高患者的生存率。现有的宫颈癌筛查方法的检出率不是很稳定,也尚无可靠的无创性指标来预测宫颈癌的复发,转移及预后。本文通过检索宫颈癌相关诊断预后指标,共筛选纳入20篇相关文献,证实液体活检有望替代和补充现有的筛选和血液检测方法。循环核苷酸是液体活体检测中其中的一个重要组成部分,包括循环游离DNA(cfDNA)及循环游离RNA(cfRNA),其中cfRNA是肿瘤生物标记物的潜在丰富来源,特别是在宫颈癌的早期诊断中具有独到的特异性及巨大的潜在价值。
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编辑人员丨1天前
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液体活检在原发性肝癌中的研究进展
编辑人员丨1天前
原发性肝癌是临床上常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率高。虽然数十年来,肝癌的诊断和治疗在不断发展,但目前肝癌的诊断仍主要依赖于影像学、组织活检和甲胎蛋白( AFP)等肿瘤标志物。受限于上述检测手段的特异性和灵敏性,70%的患者在确诊时已经失去手术机会,故目前肝癌的整体预后仍然很差。因此,如何实现早期诊断,实施精准个体化治疗对提高肝癌的整体预后至关重要。液体活检主要包括循环肿瘤细胞( CTC)和游离 DNA( cfDNA),以其微创,取材方便,可重复检测,动态监测等优势,有望在早期诊断、动态监测、评估预后和治疗效果、药物筛选等方面发挥重要作用。
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编辑人员丨1天前
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基于Cf DNA检测探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因的初步研究
编辑人员丨1天前
目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA,采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD),综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2,他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关,主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等,它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P=0.04),但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因,而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。
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编辑人员丨1天前
