目的:探讨miR503宿主基因(MIR503HG)在食管鳞癌细胞中的功能及机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)的3个食管鳞癌数据集GSE53622、GSE53624、GSE130078中分别提取60例、119例和23例食管鳞癌及其配对癌旁组织的MIR503HG表达资料，从癌症基因组图谱数据库与基因型-组织表达数据库的组合数据集(TCGA+GTEx)中提取81例食管鳞癌组织、271例非配对正常食管组织的MIR503HG表达资料。构建MIR503HG敲降质粒，包装成慢病毒，感染食管鳞癌细胞系KYSE30和KYSE510，筛选出稳定敲降MIR503HG的细胞系。对食管鳞癌细胞KYSE30瞬时转染miRNA的模拟物，以过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测MIR503HG、hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p的表达水平，细胞计数试剂盒8法和克隆形成实验检测细胞的增殖能力，Transwell实验检测细胞的侵袭、迁移能力，流式细胞术检测细胞周期。裸鼠皮下移植瘤实验检测MIR503HG对食管鳞癌增殖的影响。结果:GEO和TCGA+GTEx数据库资料显示，食管鳞癌组织中MIR503HG的表达高于癌旁组织和正常食管组织(均 P<0.01)。敲降MIR503HG后与shNC组比较，KYSE30和KYSE510细胞的增殖速率均明显受到抑制(均 P<0.001)，克隆形成数均降低[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE30细胞的克隆形成数分别为(2.00±1.41)个和(1.33±0.47)个，均 P＝0.002；shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE510细胞的克隆形成数分别为(174.67±15.97)个和(80.33±6.34)个，均 P<0.001]，使KYSE30细胞的侵袭细胞数减少[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组侵袭细胞数分别为(75.33±6.02)个和(45.67±7.59)个，均 P<0.001]，迁移细胞数减少[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组细胞迁移数分别为(244.00±10.23)个和(210.67±13.52)个，均 P<0.001]，细胞周期阻滞在G 0/G 1期。皮下移植瘤实验显示，shMIR503HG组小鼠皮下移植瘤明显小于shNC组，shMIR503HG组肿瘤重量为(0.097±0.026)g，低于shNC组[(0.166±0.021)g， P<0.001]。敲降MIR503HG后，shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE30细胞中hsa-miR-503-3p的相对表达水平分别为0.66±0.02和0.58±0.00，hsa-miR-503-5p的相对表达水平分别为0.64±0.00和0.68±0.03，均低于shNC组(均 P<0.01)。在敲降MIR503HG后，过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p能减弱敲降MIR503HG对KYSE30细胞增殖(均 P<0.001)、侵袭(均 P<0.01)和迁移(均 P<0.001)的抑制作用。 结论:MIR503HG通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞的增殖、侵袭和迁移，在食管鳞癌中发挥癌基因的功能，可以作为食管鳞癌靶向治疗的一个新的潜在靶点。

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的乳腺癌数据进行综合分析,寻找在乳腺癌中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA),构建乳腺癌竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ceR-NA)网络,识别和预测ceRNA网络在乳腺癌中的作用.方法:下载TCGA数据库中乳腺癌组织样本基因表达谱数据,寻找差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,通过miRcode、miRTarBase、TargetScan和miRDB四个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建以上调和下调的miRNA为中心的ceRNA网络.采用Kap-lan-Meier法分析乳腺癌ceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,采用基因富集分析法对乳腺癌ceRNA网络中mRNA基因功能和调控通路进行分析.结果:在乳腺癌中异常表达的350个lncRNA、185个miRNA和2928个mRNA中,分别有23个lncRNA、27个miRNA、70个mRNA参与构建乳腺癌的ceRNA网络.Kaplan-Meier生存分析显示,lncRNA MAGI2-AS3(P=0.01)、GRIK1-AS1(P=0.03)以及miRNA hsa-miR-301b(P=0.01)、hsa-miR-503(P=0.04)和mRNA CCNE1(P=0.01)、KP-NA2(P=0.02)、FLI1(P=0.02)、TGFBR2(P=0.02)这8个基因与乳腺癌患者的生存预后显著相关.70个mRNA主要被富集到20条通路上,其中有15条通路与肿瘤有关,最显著的通路为"Pathways in cancer".结论:ceRNA网络在乳腺癌中发挥着重要的作用,多种差异表达基因与乳腺癌预后相关,可能成为潜在的肿瘤诊断标志物和治疗靶点.

目的 研究OBI患者血浆特征性miRNA表达谱,为进一步明确miRNAs在其发生和发展中相关分子机制奠定基础.方法 收集2017年11月-2018年9月在本站初筛HBsAg-/HBV-DNA+并经随访确诊为OBI的无偿献血者血浆,同时收集年龄、性别相匹配的23名健康献血者血浆.从中分别选取3例应用miRNA测序技术进行miR-NA表达谱分析;随后采用qRT-PCR对有显著差异表达的miRNAs进行验证;最后通过TargetScan7.1和miRDB v5对筛选出的miRNAs的靶基因进行预测,并对靶基因进行KEGG通路和GO功能富集分析.结果 与健康献血者相比,OBI患者血浆中有32个miRNAs表达存在统计学差异(FC≥1.5,P＜0.1,CPM≥1),包括16个上调的hsa-miR-7706,-511-5p,-1299,-3913-5p,-99b-3p,-503-5p,-296-3p,-501-3p,-3158-3p,-3615,-15b-5p,-451a,-486-5p,-25-3p,-106b-3p,-92a-3p,和16个下调的hsa-miR-187-3p,-219a-5p,-491-5p,-514a-3p,-221-5p,-132-5p,-203a-3p,-3168,-206,-218-5p,-1224-5p,-1-3p,-9-5p,-30a-5p,-30c-5p,let-7f-2-3p.生物信息学分析表明,这些差异表达的miRNAs主要参与基因表达和转录、细胞发育和代谢、蛋白修饰和激酶活性调控等相关的多种生物学过程,以及包括PI3K/Akt在内的多条信号通路.最后,qRT-PCR验证结果显示,在OBI患者血浆中hsa-miR-486-5p,-25-3p和-92a-3p表达量显著高于健康献血者,hsa-miR-1-3p显著低于健康献血者(P均＜0.05),与测序结果相符合;尽管hsa-miR-206表达量也低于健康献血者,但无统计学意义.结论 在OBI患者血浆中同样存在特征性miRNA表达谱,其在HBV感染的特定过程中可能起到重要作用,将其筛选鉴定出有助于对OBI的病理机制的阐述和将来在临床辅助筛查诊断中的应用.

目的 肺癌发生和发展是一个多基因参与、长时间演变的复杂过程.因此有必要对肺癌分子机制进行系统研究.本研究采用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中差异表达的长链非编码RNA (long non-coding RNA,LncRNA)、信使RNA (messenger RNA,mRNA)和微小RNA (microRNA,miRNA),构建基因间调控网络,并进一步筛选和分析与患者生存预后相关的RNA分子,为肺腺癌分子标志物及治疗靶点的发掘提供依据.方法 TCGA数据库获得535例肺腺癌样本和59例正常肺组织样本的RNA测序(RNAsequencing,RNA-Seq)数据,521例肺腺癌样本和46例正常肺组织样本的miRNA-seq数据以及522例肺腺癌患者临床信息进行分析.使用R语言中的“DESeq”鉴定差异表达RNA.通过miRcode数据库预测差异表达的lncRNA和miR-NA之间的相互作用,并根据TargetScan、miRTarBase和miRDB数据库进一步检索miRNA靶向的mRNA.基于RNA间的相互作用构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络.使用DAVID 6.8和R语言中的“clusterprofiler”对网络中mRNA基因功能和信号通路进行富集分析.采用Kaplan-Meier生存分析差异表达的RNA与肺腺癌患者生存预后的关联性.采用多因素Cox风险回归筛选出影响肺腺癌患者总体生存率的独立RNA分子.结果 数据分析结果表明共有lncRNA 1 647个、miRNA 120个和mRNA 2 503个在肺腺癌中差异表达,差异倍数＞2,P＜0.01.经RNA间相互作用分析结果表明这些差异表达的RNA中有lncRNA 138个,miRNA 22个和mRNA 36个参与了ceRNA网络构建.36个mRNA主要富集于11个生物学进程和5个细胞信号通路中,P＜0.05.Kaplan-Meier生存分析表明,LINC00518 (P＜0.001)、AP002478.1(P=0.011)等31个LncRNA;CCNB1 (P＜0.001)、CHEK1 (P=0.005)等16个mRNA以及1个miRNA hsa-mir-31 (P=0.021)与肺腺癌患者总体生存率有关联.多因素Cox回归分析结果表明,患者TNM分期,LINC00221、UCA1、STEAP2-AS1、LINC00518、E2F7、DLC1、CCNE2和SALL1可作为肺腺癌患者预后的独立危险因素(HR＞1,P＜0.05),而MED4-AS1和CLSPN可作为肺腺癌患者预后保护因素(HR＜1,P＜0.05).结论 根据肺腺癌中差异表达的RNA成功构建了ceRNA调控网络,有助于进一步探索肺腺癌发生发展分子机制.同时,对网络中RNA的生物学功能进行了初步分析并筛选出影响肺腺癌患者生存预后的风险因子,有望为肺腺癌患者诊断和预后提供新的生物标志物.

本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础.将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组.比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证.结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsa-miR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940.通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p,hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsa-miR-150-5p,hsa-miR-296-5p,hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调.基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致.利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1 647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关.以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证.