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miR-548b-3p通过调控诱骗受体3的表达影响肝癌细胞恶性生物学性状的研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨 miR-548b-3p是否可以通过下调诱骗受体3(DcR3)的表达进而调节肝癌细胞的恶性生物学性状。 方法:通过实时荧光定量PCR检测Hep3b、HepG2、Huh7.5.1、PLC、97H等5种常见肝癌细胞系中 miR-548b-3p的水平,实验用肝癌细胞系购自上海市肿瘤研究所。裸鼠皮下成瘤性实验包括 miR-548b-3p过表达和低表达两部分: miR-548b-3p过表达实验包括Huh7.5.1- miR-548b-3p细胞组和Huh7.5.1-NC细胞组; miR-548b-3p低表达实验组包括PLC- miR-548b-3p-sponge组和PLC-NC细胞组,每组分别5只裸鼠。实验用裸鼠为雄性Balb/c品系,体重20~25 g,4~6周龄。利用Starbase软件预测 miR-548b-3p与 DcR3是否存在结合位点;双荧光素酶报告实验验证 DcR3是否为 miR-548b-3p的靶基因。通过拯救实验验证 miR-548b-3p对肝癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响是否通过 DcR3来实现。采用Graphpad Prism 9进行统计分析,符合正态分布的计量资料以均数±标准差( ± s)表示,组间比较采用 t检验。 结果:实时荧光定量PCR以2 -ΔΔCt相对表达量为参数进行比较,假设Hep3b相对表达量为1,HepG2相对表达量为0.902,Huh7.5.1相对表达量为0.712,PLC相对表达量为1.293,97H相对表达量为0.818,最后结果表明, miR-548b-3p表达最高的是PLC细胞,表达最低的是Huh7.5.1细胞;裸鼠皮下成瘤性实验表明,实验4周后,Huh7.5.1- miR-548b-3p组成瘤体积为(444.77±142.34) mm 3,Huh7.5.1-NC组成瘤体积为(918.80±139.21) mm 3;PLC- miR-548b-3p-sponge组成瘤体积为(407.49±58.50) mm 3,PLC-NC组成瘤体积为(218.62±47.55) mm 3;利用Starbase软件预测到 miR-548b-3p与 DcR3存在结合位点;双荧光素酶报告实验证明 DcR3是 miR-548b-3p的靶基因;拯救实验验证 miR-548b-3p对肝癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响是通过 DcR3来实现的。 结论:miR-548b-3p可调节肝癌细胞的增殖、侵袭和迁移等恶性生物学性状,并且是通过下调 DcR3的表达水平来实现的。
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编辑人员丨6天前
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多发性大动脉炎患者血浆外泌体携带的差异微小RNA和蛋白表达谱分析
编辑人员丨6天前
目的:检测初治多发性大动脉炎(TAK)患者血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,分析其在TAK发病机制中的可能作用。方法:选2020年6月至11月北京协和医院风湿免疫科确诊的初治TAK患者10例,另选与之年龄性别匹配的健康对照者5例,分别通过RNA测序和蛋白质谱技术检测血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,筛选出差异表达的微小RNA和蛋白,并对其进行层次聚类分析、功能、信号通路和结构域富集分析,最终筛选出与血管炎有关的微小RNA和蛋白,探究其在TAK发病机制中的可能作用。统计学采用Fisher精确概率检验或 χ2检验。 结果:TAK患者血浆外泌体携带的差异表达的微小RNA 29个,其中miR-101-3p、miR-122-5p、miR-143-3p、miR-185-3p、miR-192-5p、miR-194-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20b-5p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-335-5p、miR-34a-5p、miR-3613-5p、miR-548ad-5p、miR-590-3p、miR-7-5p表达上调,miR-1249-3p、miR-141-3p、miR-199a-5p、miR-199b-5p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-204-5p、miR-29c-5p、miR-335-3p、miR-381-3p、miR-4433b-5p、miR-584-5p表达下调。差异表达的蛋白357个,其中236个表达上调,121个表达下调,最终筛选前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白。结论:血浆外泌体携带的miR-34a-5p、miR-200c-3p、miR-143-3p、miR-22-3p、miR-21-5p、前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白可能通过调节血管生理过程、炎症反应、自身免疫等过程参与TAK的发病机制,具有作为TAK生物标志物和治疗靶点的潜在作用。
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编辑人员丨6天前
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Identifying miRNA biomarkers of polycystic ovary syndrome through text mining
编辑人员丨6天前
Objective::Polycystic ovary syndrome (PCOS) is an endocrine disorder with diverse clinical manifestations that often occurs in women of childbearing age. However, its molecular pathogenesis remains unclear, and this study aimed to identify miRNA targets in PCOS through text mining and database analysis.Methods::First, three different sets of text mining genes (TMGs) associated with "polycystic ovary syndrome", "obesity/adiposis", and "anovulation" keywords were retrieved from the GenCLiP3 database, and overlapping genes were selected. Second, Gene ontology annotation and biological pathway enrichment analyses of these overlapping TMGs were performed, followed by protein-protein interaction (PPI) network analysis. Third, genes in the gene module clustered in the PPI were selected to predict potential miRNAs for PCOS via miRNA-mRNA analysis.Results::A total of 4291 TMGs related to three different keywords were obtained through text mining; 72 intersect TMGs were retained among the three gene sets, and 62 TMGs participated in the establishment of the PPI network, of which 18 were aggregated in the gene module. Finally, 11 miRNAs that simultaneously bound to two TMGs ( IGF1, ESR1, MAPK1, NAMPT, PIK3CA, and SERPINE1) could be prioritized as targets to study PCOS. Conclusion(s)::The discovery of 11 miRNAs (miR-301a-3p, miR-301b-3p, miR-3666, miR-454-3p, miR-130a-3p, miR-130b-3p, miR-4295, miR-190a-3p, miR-5011-5p, miR-548c-3p, and miR-4799-5p) and 6 TMGs, which are associated with the HIF-1 signaling pathway ( P = 4.799E-08), could be used as potential targets for PCOS.
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编辑人员丨6天前
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血浆外泌体miR-548k在食管鳞癌中的表达及诊断价值
编辑人员丨2024/7/13
目的 探讨血浆外泌体中与食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)发生相关的microRNAs(miRNAs),并评估其在ESCC诊断中的应用价值.方法 选取2020年3月至2021年6月山东大学第二医院胸外科收治的55例ESCC患者为ESCC组,另选取55例健康体检者为对照组,提取受试者血浆外泌体,并通过透射电镜、NanoSight粒径分析及 Western blotting进行鉴定.筛选阶段,送检对照组、ESCC组术前血浆外泌体RNA各5例进行测序.采用qRT-PCR法对训练集、验证集中差异性miRNAs分子表达进行检测,并通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估差异性miRNAs分子的诊断价值.结果 测序结果显示,与对照组相比,5 个 miRNAs(miR-548k、miR-6516-5p、let-7b-3p、miR-3934-5p、miR-196a-5p)在 ESCC 组血浆外泌体中表达显著上调,8 个 miRNAs(miR-34c-5p、novel_1 67、miR-548u、miR-548ah-3p、miR-548p、miR-200a-5p、miR-200b-3p、miR-1228-5p)明显下调.通过训练队列证实,miR-548k在ESCC组血浆外泌体中明显上调(P<0.001),血浆外泌体 miR-548k 用于 ESCC 诊断时 ROC 曲线下面积(area under curve,AUC)为 0.918,明显优于 miR-34c-5p、miR-548u、miR-6516-5p.通过验证队列进一步证实,miR-548k在ESCC组血浆外泌体中高表达(P<0.001),血浆外泌体miR-548k可用于ESCC患者诊断(AUC值为0.889).结论 miR-548k在ESCC组血浆外泌体中表达显著增高,血浆外泌体miR-548k对ESCC诊断有一定的临床应用价值.
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编辑人员丨2024/7/13
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滑膜肉瘤差异表达基因生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路.方法 通过Gene Expression Omnibus (GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)对差异表达基因进行深入分析.结果 共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE 18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA.构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个IncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,bsa-miR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用.KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P<0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8).PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用.结论 通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-548p表达上调抑制卵巢癌细胞系SKOV-3的增殖和迁移
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨miR-548p对卵巢癌细胞系SKOV-3细胞增殖和迁移能力的影响,阐明miR-548p发挥功能的相关作用机制.方法 实时荧光定量PCR分析卵巢癌组织和癌旁组织以及卵巢癌细胞系中miR-548p的表达;用miR-548p模拟物作用于SKOV-3细胞,MTT和Transwell方法检测SKOV-3细胞增殖及迁移;Western blot检测细胞中基质金属蛋白酶、线粒体凋亡蛋白以及NF-κB.结果 相对于癌旁卵巢组织及人卵巢上皮细胞系,miR-548p在卵巢癌组织以及卵巢癌细胞系中低表达(P<0.05);增加miR-548p的表达可以抑制SKOV-3细胞的增殖及迁移,伴随相关MMP-2、MMP-9以及Bcl-2蛋白的表达减少,Bax蛋白的表达增加(P<0.05);miR-548p的表达增加可显著抑制SKOV-3细胞p-p65含量(P<0.05).结论 miR-548p通过降低p65磷酸化水平调控卵巢癌细胞的增殖和迁移,为卵巢癌的治疗提供了一个新的潜在靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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外周血中miRNAs表达水平对精神分裂症的诊断价值
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨外周血中miRNAs的表达水平对精神分裂症的诊断价值.方法:选取40例精神分裂症患者作为观察组,40例健康体检者作为对照组.实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)鉴定精神分裂症患者外周血液中miRNAs表达情况.通过受试者工作特征曲线(ROC曲线)评价miRNAs的诊断效能.采用可视化和集成发现数据库(DAVID)工具对miRNAs靶基因进行基因功能和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:两组受试对象外周血miR-30d-5p、miR-181b-3p、miR-652-5p、miR-193a-3p、miR-181b-5p、miR-346、miR-572、miR-7-5p、miR-564、miR-548d-3p和miR-30a-5p表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);观察组miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p表达水平高于对照组(P<0.05);miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p的ROC曲线下面积(AUC)值分别为0.763,0.659和0.725,三者联合检测的AUC值为0.802.miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p靶基因与突触结构和神经功能密切相关,三者共同靶基因SATB2和PER2在精神分裂症患者中异常表达(P<0.05).结论:miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p在精神分裂症中异常表达,三者及其靶基因结合有望作为精神分裂症诊断规范和治疗监测的生物标记物.
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编辑人员丨2023/8/5
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微小RNA-548c-3p通过靶向调控PCNA基因表达对喉癌细胞增殖及凋亡影响的研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA-548c-3p(miR-548c-3p)对喉癌细胞增殖及凋亡的影响及其作用机制.方法 用miR-548c-3p mimic、增殖细胞核抗原(PCNA)-siRNA及其阴性对照分别或同时转染喉癌TU686和M4e细胞,用qRT-PCR与Western blot法检测miR-548c-3p和PCNA的表达;MTT法和流式细胞术分别检测转染细胞的增殖和凋亡;双荧光素酶报告基因实验观察miR-548c-3p和PCNA的靶向关系.Western blot法检测PCNA、细胞周期蛋白1(CyclinD1)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、B淋巴细胞瘤-2相关蛋白(Bax)的表达.结果 miR-548c-3p的表达量在癌旁组织(0.74±0.10)、喉癌组织(1.94±0.16),TU686细胞(0.35±0.07)和M4e细胞(0.41±0.03)中均呈低表达,而PCNA mRNA和蛋白均呈高表达,差异有统计学意义(P均<0.05).证实PCNA上存在miR-548c-3p的结合位点.上调miR-548c-3p可抑制细胞增殖及CyclinD1、Bcl-2的表达,并可促进细胞凋亡及Bax的表达,差异有统计学意义(P均<0.05);上调miR-548c-3与抑制PCNA对细胞增殖及凋亡的作用相似.pcDNA-PCNA显著减弱miR-548c-3p mimic对细胞增殖和凋亡的作用.结论 miR-548c-3p通过抑制PCNA表达而降低喉癌细胞增殖能力并诱导细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-548t-3p靶向CITED2调控甲状腺癌细胞的凋亡研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨miR-548t-3p调控甲状腺癌细胞凋亡的潜在机制.方法 选取甲状腺癌患者62例,检测其癌组织和癌旁组织中miR-548t-3p的表达水平.过表达或敲低miR-548t-3p后,检测甲状腺癌细胞SW579、B-CPAP、8305C、BHT101、CAL-62、KHM-5M、TPC-1、FTC-133、HTh-7的凋亡水平.通过miRDB在线分析和荧光素酶报告实验鉴定miR-548t-3p的底物.结果 miR-548t-3p在甲状腺癌组织的表达水平显著高于甲状腺癌旁组织(P<0.05).过表达miR-548t-3p后,甲状腺癌细胞SW579、B-CPAP、8305C、BHT101、CAL-62、KHM-5M、TPC-1、FTC-133、HTh-7的凋亡水平均下降(P<0.05);而敲低miR-548t-3p后,甲状腺癌细胞的凋亡水平均上升(P<0.05).过表达miR-548t-3p后,miR-548t-3p能够显著降低SNRK、VASP、CITED2的mRNA水平(P<0.05).敲低SNRK、VASP、CITED2后,仅当敲低CITED2时,甲状腺癌细胞SW579的凋亡水平显著下降(P<0.05).过表达CITED2后,甲状腺癌细胞SW579的凋亡水平显著上升(P<0.05).敲低miR-548t-3p后,CITED2的蛋白表达水平显著上升.过表达miR-548t-3p后,CITED2的蛋白表达水平显著下降.此外,miR-548t-3p靶向CITED2的3端非编码区(P<0.05).同时敲低miR-548t-3p和CITED2,SW579细胞的凋亡水平无显著改变(P>0.05);同时过表达miR-548t-3p和CITED2,SW579细胞的凋亡水平无显著改变(P>0.05).结论 miR-548t-3p通过靶向CITED2 mRNA的3端非编码区,降解了CITED2 mRNA并减少了CITED2的蛋白表达,最终抑制了甲状腺癌细胞的凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
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宫颈癌及癌前病变宫颈组织中miR-548b、CIP2A表达及与HPV感染关系
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨宫颈癌(CC)及癌前病变宫颈组织中微小RNA-548b(miR-548b)、蛋白磷酸酶2A癌性抑制因子(CIP2A)表达水平及其与人乳头状瘤病毒(HPV)感染的相关性.方法:选取2018年12月-2020年11月本院收治的CC患者47例为CC组,富颈癌前病变患者61例为癌前病变组,宫颈炎患者45例为宫颈炎组.实时荧光定量PCR法测定宫颈组织miR-548b、CIP2A表达水平,聚合酶链反应-反向点杂交法检测HPV感染情况;Spearman法分析宫颈组织miR-548b、CIP2A表达水平与CC及宫颈癌前病变者HPV感染的相关性,Pearson法分析宫颈炎、癌前病变宫颈组织及CC癌组织中miR-548b表达水平与CIP2A的相关性,使用受试者工作特征(ROC)曲线评价宫颈组织miR-548b、CIP2A表达水平对CC的诊断价值.结果:宫颈炎组、癌前病变组、CC组富颈组织miR-548b表达水平依次降低,CIP2A表达水平及HPV阳性感染率依次升高(均P<0.05);CC及宫颈癌前病变者宫颈组织miR-548b与HPV感染呈负相关,CIP2A与HPV感染呈正相关(均P<0.05),3组宫颈组织中miR-548b表达均与CIP2A呈负相关(P<0.05).宫颈组织miR-548b、CIP2A诊断CC的曲线下面积(AUC)分别为0.882、0.889,截断值分别为0.61、1.81,敏感度均为89.4%,特异性分别为72.6%、78.3%;两者联合诊断CC的AUC为0.945,敏感度、特异性分别为87.2%、92.5%.结论:CC及癌前病变患者宫颈组织miR-548b呈低表达、CIP2A呈高表达,两者均与HPV感染相关,miR-548b联合CIP2A检测诊断CC效能较好.
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编辑人员丨2023/8/5
