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小核仁RNA宿主基因4在胃癌中的预后价值及潜在作用机制
编辑人员丨1天前
目的:旨在探讨小核仁RNA宿主基因4(SNHG4)在胃癌组织中的表达、预后价值及可能作用机制。方法:运用UALCAN数据库分析SNHG4在胃癌中的表达情况;Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNHG4与胃癌预后的关系;StarBase、Targetscan、microT-CDS数据库及Cytoscape软件构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络;DAVID数据库对SNHG4相关miRNA的靶基因进行生物学功能及通路分析。结果:SNHG4在胃癌组织中的表达明显高于正常组织( P=8.882E-16)。生存分析发现SNHG4高表达的胃癌患者总体生存时间少于低表达组( P=8.900E-05)。通过RNA调控网络的构建,发现在胃癌中hsa-let-7a-5p( P=1.02E-03)、hsa-miR-152-3p( P=4.51E-06)、hsa-miR-204-5p( P=6.68E-04)和hsa-miR-363-3p( P=8.06E-03)可作为SNHG4的结合位点。SNHG4作用于这4种miRNA进一步调控250个靶基因。对靶基因的GO注释及KEGG富集分析,发现这些靶基因在蛋白质磷酸化的调节、转录负调控、RNA聚合酶II启动子的转录等生物过程中发挥作用,且通过阻断或激活Wnt等信号通路参与胃癌的发生及发展。 结论:SNHG4可作为胃癌潜在的诊断性肿瘤标志物,判断胃癌预后情况,通过构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络,从分子水平研究胃癌的发病机制,为实验研究及临床研究提供明确方向。
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编辑人员丨1天前
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miRNA-181b与骨髓增生异常综合征预后因素的关系及其靶基因预测
编辑人员丨1天前
目的:探讨miRNA-181b(miR-181b)与骨髓增生异常综合征(MDS)预后因素的相关性及预测的miR-181b靶基因主要生物学功能,评价miR-181b对MDS风险预测能力。方法:选择2019年1月至9月中国医学科学院血液病医院符合2016年世界卫生组织(WHO)诊断标准的131例MDS患者的骨髓样本,同时收集患者临床资料,包括血常规检查、血液疾病相关基因检测结果等,进行回顾性研究。应用荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测所有骨髓样本中miR-181b的表达量。根据国际预后评分系统(IPSS)、基于WHO分型的预后评分系统(WPSS)以及修订版IPSS(IPSS-R)三种评分系统将患者按不同危险度分组,比较各组患者miR-181b的表达差异,并分析部分预后评分因素[白细胞计数(WBC)、血红蛋白(Hb)、血小板计数(Plt)、中性粒细胞计数(ANC)、原始粒细胞比例、突变基因]与miR-181b表达的相关性。通过生物信息学在线工具TargetScan对miR-181b进行靶基因预测,并进行功能分析。结果:miR-181b表达量随IPSS、WPSS、IPSS-R危险度的升高均增加,且在各评分系统中不同危险度的患者间miR-181b表达量差异均有统计学意义(均 P<0.01);miR-181b表达量与三种预后评分系统分数均呈正相关(r值分别为0.437、0.368、0.327,均 P=0.001);miR-181b表达量与患者骨髓原始粒细胞比例呈正相关( r=0.450, P<0.01),与Plt呈负相关( r=-0.199, P=0.024),与WBC、Hb、ANC以及是否有血液疾病相关基因突变均无相关性(均 P>0.05)。生物信息学预测miR-181b潜在靶基因1 363个,主要富集的生物学过程有转录调控、RNA代谢过程的调控等,其中有22个靶基因与血液疾病相关,包括5个已证实的与MDS发病相关的基因(RUNX1、ASXL2、NRAS、ATM和KRAS);有血液疾病相关且为miR-181b靶基因的突变患者(32例)miR-181b相对表达量[中位数( P25, P75)]为1.33(0.63,1.60),高于无突变患者(99例)的0.85(0.49,1.38),差异有统计学意义( Z=2.285, P=0.022)。 结论:miR-181b与MDS预后评分系统危险度有相关性,其可能参与了MDS发病的分子生物学过程。
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编辑人员丨1天前
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靶向调控Rab23表达及影响头颈部鳞状细胞癌MicroRNA筛选与验证分析
编辑人员丨2024/8/10
目的 基于生物信息学方法筛选调控Rab23表达以及影响头颈部鳞状细胞癌预后相关的MicroiRNA(miRNA)并验证,为进一步探讨头颈部鳞状细胞癌的发生和侵袭作用机制提供新的研究思路和方法.方法 依据miRWalk数据库筛选调控Rab23表达的潜在miRNA,根据TCGA公共数据库和miRWalk数据库筛选影响头颈部鳞状细胞癌生存期的差异表达miRNA,双重筛选交集后确定调控Rab23表达及影响头颈部鳞状细胞癌预后相关的miRNA分子,再通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、蛋白免疫印迹和双荧光素酶实验进行结果验证.结果 筛选出250个差异表达miRNA,其中8个是潜在调控Rab23表达的miRNA.hsa-miR-363-3p是既能调控Rab23表达,又可显著影响头颈部鳞状细胞癌预后的miRNA.RT-qPCR、蛋白免疫印迹实验证实hsa-miR-363-3p与Rab23在肿瘤细胞和转染细胞模型中呈负调控;双荧光素酶实验验证hsa-miR-363-3p能够靶向作用于Rab23基因.结论 hsa-miR-363-3p参与靶向调控Rab23表达,可能参与了头颈部鳞状细胞癌的侵袭和转移的作用机制.
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编辑人员丨2024/8/10
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超声及血清 CK-19、Galectin-3、miRNA-363联合诊断PTMC颈部淋巴结转移的临床价值
编辑人员丨2024/4/27
目的 研究超声及血清细胞角蛋白19(CK-19)、半乳糖凝集素3(Galectin-3)及微小核糖核酸-363(miRNA-363)联合诊断甲状腺微小乳头状癌(PTMC)颈部淋巴结转移(CLNM)的临床价值.方法 回顾性选取2021年7月至2023年6月在天津市环湖医院诊断的PTMC患者92例纳入研究组,选择同期本院收治的结节性微小甲状腺肿患者92例纳入对照组.观察两组病灶情况及超声特点;比较两组血清CK-19、Galectin-3、miRNA-363水平,研究组是否发生CLNM患者病灶超声特点及血清CK-19、Galectin-3、miRNA-363水平.分析PTMC~CLNM超声特点与血清CK-19、Galectin-3、miRNA-363水平的相关性.结果 研究组多枚病灶、病灶>0.5 mm、病灶纵横比≥1、病灶形态不规则、病灶边缘模糊、病灶微钙化、病灶低回声、淋巴结肿大占比分别为70.65%、71.74%、82.61%、61.96%、72.83%、80.43%、84.78%、70.65%,均大于对照组(31.52%、52.17%、27.17%、25.00%、19.57%、15.22%、66.30%、22.83%),差异均有统计学意义(P<0.05).研究组血清CK-19、Galectin-3水平分别为(30.45±3.31)、(4.68±0.48)μg/L,均高于对照组[(7.05±0.73)、(1.72±0.19)μg/L],血清 miRNA-363 水平为(2.89±0.30)fmol/L,低于对照组[(4.30±0.46)fmol/L],差异均有统计学意义(P<0.05).研究组发生CLNM患者多枚病灶、病灶形态不规则、病灶边缘模糊、病灶微钙化、淋巴结肿大占比分别为90.91%、86.36%、95.45%、100.00%、90.91%,均大于未发生CLNM患者(64.29%、54.29%、0、25.00%、64.29%),差异均有统计学意义(P<0.05).研究组发生CLNM患者血清CK-19、Galectin-3 水平(41.20±4.42)、(5.94±0.62)μg/L,均高于未发生 CLNM 患者[(24.36±2.71)、(3.25±0.34)μg/L],血清miRNA-363水平为(2.14±0.23)fmol/L,低于未发生CLNM患者[(3.46±0.36)fmol/L],差异均有统计学意义(P<0.05).经Pearson相关分析,CLNM患者多枚病灶、病灶形态不规则、病灶边缘模糊、淋巴结肿大及血清CK-19、Galectin-3、miRNA-363 水平均与 CLNM 呈正相关(P<0.05).结论 超声及血清 CK-19、Galectin-3、miRNA-363联合诊断PTMC~CLNM具有较高的临床价值.
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编辑人员丨2024/4/27
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有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析
编辑人员丨2024/3/16
目的 研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析.方法 利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制.结果 吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585).运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500.对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动.KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路.结论 吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程.
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编辑人员丨2024/3/16
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基于TCGA探讨急性髓系白血病患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系
编辑人员丨2023/11/25
目的 探讨急性髓系白血病(AML)患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系.方法 下载TCGA数据库中AML患者的miRNA、RNA表达谱及临床数据,按照miR-363表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=81),后50%设为低表达组(n=81),比较两组患者生存曲线及年龄差异;利用Omisc软件,采用Pearson相关性分析筛选与miR-363表达相关的靶基因.将2021年12月至2022年12月在我院诊治的52例AML患者纳入研究,采用RT-qPCR技术检测患者骨髓miR-363表达水平,按照表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=26),后50%设为低表达组(n=26),比较两组患者初诊白细胞计数、血小板计数、血红蛋白及血浆靶基因水平、年龄、性别及预后分层的差异.结果 TCGA数据库分析显示,miR-363低表达组患者中位生存时间高于miR-363高表达组(822d vs 365d,P<0.05);miR-363高表达组高龄患者比例明显高于低表达组(54.32%vs 45.68%,P<0.05);共筛选出5404个miR-363相关基因,KIAA1377相关性最高(r=0.62,P<0.05).miR-363高表达组高龄患者比例、预后不良患者比例、初诊白细胞计数≥50×109/L比例、血浆KIAA1377水平明显高于低表达组(均P<0.05);血小板计数、血红蛋白水平明显低于低表达组(均P<0.05).结论 miR-363高表达与AML患者生存率降低、高龄、预后不良、初诊白细胞计数升高、血小板计数及血红蛋白水平降低有关,且KIAA1377可能是miR-363的靶基因之一.miR-363可能是AML基因治疗和预后评估的新靶点.
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编辑人员丨2023/11/25
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气虚鼻咽癌特征性微小RNA表达研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:分别检测气虚和鼻咽癌都有差异表达的微小RNA(miR),筛选出气虚鼻咽癌特征性miR.方法:在鼻咽癌高发区广东中山市,选择气虚鼻咽癌作为研究对象,分别以正常质及慢性鼻咽炎作为对照,采用芯片技术及实时荧光定量PCR检测鼻咽组织miR表达,并进行统计分析,探索气虚鼻咽癌变的特异性miR.结果:miR在气虚以上调表达为主,上调2倍以上且具有统计学差异的有34个,下调2倍以上且具有统计学差异的有19个.在鼻咽癌及气虚同时上调表达的且存在着统计学差异的miR有12个,主要包括miR-106-363基因族(miR-18b、miR-19a及miR-106)和miR-30基因族,在气虚和鼻咽癌均明显下调的且存在着统计学差异的miR有9个,PCR检测11个miR表达结果与芯片检测结果基本一致.结论:中医气虚存在着特定的miR表达特征且以上调表达为主, miR-106-363及miR-30两基因族可能是鼻咽癌气虚癌变的特征性miR.
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编辑人员丨2023/8/6
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microRNA363在缺血性脑损伤中的表达及头电针调控作用研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:观察microRNA363在缺血性脑损伤中的表达及头电针的调控作用.方法:将SD大鼠80只,随机分为模型组、非穴区组、头针组和头电针组,用Longa线栓法造成左侧大脑中动脉缺血模型,另选取20只同质鼠作为假手术组.干预7天后检测大鼠神经功能、脑梗死体积、Caspase-3蛋白及microRNA363表达.结果:急性脑缺血大鼠microRNA363明显降低,Caspase-3表达明显提高,两者呈负相关(r=-0.930,P<0.01).非穴区组、头针组及头电针组在Longa评分、脑梗死体积、Caspase-3表达及microRNA363均明显优于模型组,但非穴区组与头针组比较没有明显差别;头电针组在上述指标中,均明显优于非穴区组和头针组.结论:miRNA363具有神经保护作用;100 Hz/2 Hz疏密波头电针可通过调控microRNA363表达,进而影响Caspase-3水平,以达到抑制神经细胞凋亡的目的.
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编辑人员丨2023/8/6
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小分子RNA Cdc42GTPase和微小RNA-363-5p在不同级别胶质细胞瘤中的分布规律
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨Cdc42 GTPase和微小RNA (miRNA)-363-5p在不同级别胶质细胞瘤中的分布规律.方法 常规采集胶质细胞瘤患者术后肿瘤样本,多聚甲醛固定24h后,用蔗糖溶液浸泡至沉底,冰冻切片后应用免疫组织化学方法检测Cdc42 GTPase的表达;其余样品用液氮保存,实时荧光定量-聚合酶链反应检测Cdc42 GTPase和miRNA-363-5p在不同级别胶质细胞瘤中的表达情况.结果 实时荧光定量-聚合酶链反应检测结果显示,随着肿瘤级别(肿瘤临床分期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期)的增高,miRNA-363-5p表达量逐渐上调[(1.401 ±0.515)×10-6、(1.665 ±0.686)×10-6、(5.792 ±0.000)×10-6、(8.383±2.858)×10-6],而Cdc42 GTPase表达量逐渐下调[(2.218 ±0.694)×10-2、(2.004±0.236)×10-2、(0.285±0.004) ×10-2、(0.071±0.007) ×10-2],两两比较差异均有统计学意义(均P<0.05).结论 miRNA-363-5p的靶基因可能是Cdc42 GTPase,且随着miRNA-363-5p表达量的上调,Cdc42 GTPase表达量下调,胶质细胞瘤级别增高.
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编辑人员丨2023/8/6
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血清miRNA-363联合超声弹性成像在诊断老年甲状腺乳头状癌中的临床意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨血清miRNA-363联合超声弹性评分(ES)和弹性应变比值(SR)在老年甲状腺乳头状癌中的临床意义.方法 选择2017年1月-2018年12月在复旦大学附属华山医院静安分院诊断为甲状腺乳头状癌患者118例,为甲状腺乳头状癌组;选择同期75例诊断为老年甲状腺腺瘤者为对照组.采用实时定量PCR测定2组血清miRNA-363,采用超声测定ES和SR.结果 甲状腺乳头状癌组的血清miRNA-363较甲状腺腺瘤组降低(P<0.01),而甲状腺乳头状癌组的ES和SR水平高于甲状腺腺瘤组(P<0.01).甲状腺乳头状癌患者血清miRNA-363与ES(r=-0.762,P<0.01)和SR (r=-0.813,P<0.01)呈负相关,同样甲状腺乳头状癌患者ES与SR呈正相关(r=0.781,P<0.01).以血清miRNA-363,ES和SR联合检测作为检验变量,以发生甲状腺乳头状癌为状态变量绘制ROC曲线,联合检测的灵敏度为94.1%,特异性为76.0%,其AUC为0.940联合检测的曲线下面积优于miRNA-363 (Z=3.780,P<0.01),ES(Z=5.256,P<0.01)和SR (Z=4.976,P<0.01),而血清miRNA-363,ES和SR的曲线下面积之间的比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 血清miRNA-363联合声弹性成像检测与甲状腺乳头状癌的恶性程度相关,在诊断老年甲状腺乳头状癌具有较高的灵敏度和特异性,在早期诊断甲状腺乳头状癌具有重要的临床意义.
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编辑人员丨2023/8/6