目的:分析云南省昆明市2016－2018年MSM中HIV-1分子网络的特征，探讨HIV-1传播网络的危险因素，为干预的有效实施提供依据。方法:2016－2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份，通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因，按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络，对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列，检测到7种HIV-1基因型，其中以CRF07_BC（49.2%，226/459）和CRF01_AE（40.3%，185/459）为主，其他基因型包括URFs（4.8%，22/459）、CRF08_BC（3.1%，14/459）、CRF55_01B（1.7%，8/459）、B亚型（0.7%，3/459）和CRF68_01B（0.2%，1/459）。共163条序列进入网络，入网率为35.5%（163/459），形成56个簇，簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析，发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大；多因素logistic回归分析结果显示，性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素；按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准，有6个传播簇可判定为活跃传播簇，外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂，进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴，活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预，本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。

目的:明确浙江省一起非婚非商业异性性行为传播模式HIV感染者之间的传播关系。方法:对2020年1月至2022年1月浙江省浦江县新确证的疑似非婚非商业异性性传播HIV聚集性疫情相关HIV感染者及其性伴开展流行病学调查（流调），收集社会人口学特征、流动信息、HIV既往检测史、高危性行为史及性伴侣情况等信息。结合HIV分子传播网络监测进行传播关系分析，采集新确证HIV感染者在抗病毒治疗前的全血样本6~8 ml，分离出血浆。通过核酸提取、PCR扩增 pol基因，通过Sequencher 5.0软件拼接整理测序结果，使用Cytoscape 3.6.0软件构建HIV分子传播网络进行分析。 结果:2020年1月至2022年1月，浦江县共发现HIV感染者88例，其中异性性传播74例，有31例为非婚非商业性行为感染。初步个案调查发现，其中3例女性均与1例男性发生过无保护的非婚非商业异性性行为。4例感染者中，有2例的配偶HIV抗体检测阳性。对新确证感染者开展分子传播网络分析，共获得异性性传播序列65例，形成9个传播簇，最大传播簇中包含10例HIV感染者。HIV聚集性疫情共涉及HIV感染者11例，男性3例，女性8例；年龄均≥50岁，职业类型为农民或农村家庭妇女；追踪溯源到7例性伴，其中6例HIV阴性，1例未检测。18例调查对象的性社会网络关系中，夫妻关系6对，固定性伴关系8对，临时性伴关系3对。11例HIV感染者中，非婚非商业异性性传播9例，婚内传播2例。7例非婚非商业异性性伴与病例2（56岁男性农民）的流行病学关联，3例有流调和分子传播簇结果证实，3例有分子传播簇和流调结果证实，另有1例流调结果证实。结论:本起HIV聚集性疫情的传播模式是以病例2为核心，通过非婚非商业异性性行为传播HIV，继而引起婚内和固定性伴间的传播。流调与分子传播网络相结合的溯源调查支持本结论。

目的:了解2016年至2019年云南省德宏傣族景颇族自治州(以下简称"德宏州")境内新报告缅甸籍人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)合并感染者的HIV和HCV基因亚型分布特征。方法:通过全国艾滋病综合防治数据信息系统收集2016年1月至2019年12月德宏州境内新报告缅甸籍HIV/HCV合并感染者共1 289例，选取血浆样本留存量≥200 μL的996例患者进行HIV和HCV基因亚型检测。采用巢式聚合酶链反应分别扩增HIV pol基因区、HCV核心蛋白结合包膜蛋白(core protein-binding envelope protein， CE1)基因区和非结构蛋白5B(non-structural protein 5B， NS5 B)基因区，通过MEGA 7.0软件构建系统进化树，明确基因分型。统计学分析采用 χ2检验，采用趋势 χ2检验分析HIV和HCV基因亚型逐年变化趋势。 结果:996例HIV/HCV合并感染者中，554例(55.6%)成功扩增HIV和HCV基因片段并明确分型。HIV和HCV基因分型呈多样化。HIV基因亚型以C型和BC重组亚型为主，分别占40.3%(223/554)和33.6%(186/554)；其次为B型、流行重组型(circulating recombinant form，CRF)01_AE型，分别占6.5%(36/554)和3.6%(20/554)。HCV基因亚型以3b型为主，占31.2%(173/554)；其次为6u、1a、6n、3a、6xg型，分别占19.5%(108/554)、17.5%(97/554)、11.4%(63/554)、8.7%(48/554)、6.3%(35/554)。2016年至2019年HIV C型的构成比呈逐年下降趋势( χ趋势2＝7.23， P<0.001)，BC重组亚型呈上升趋势( χ趋势2＝5.97， P<0.001)。2019年BC重组亚型构成比为54.9%(101/184)，高于C型的21.7%(40/184)。2016年至2019年HCV 3b型、6u型、1a型的构成比无明显变化趋势( χ趋势2＝1.43、1.79、0.39， P＝0.152、0.074、0.695)。不同民族患者的HIV基因亚型分布差异有统计学意义( χ2＝22.06， P＝0.037)。 结论:德宏州境内缅甸籍HIV/HCV合并感染者的HIV和HCV基因亚型种类复杂多样。其中，HIV BC重组亚型成为优势传播毒株的趋势显著，需要进一步加强对境内缅甸籍人群中HCV和HIV基因亚型流行特征的监测。

目的:了解重庆市2014年至2018年接受高效抗反转录病毒治疗的人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus-1，HIV-1)感染者耐药突变情况。方法:收集2014年5月至2018年12月在重庆市公共卫生医疗救治中心进行高效抗反转录病毒治疗6个月以上的HIV-1感染者880例，采集其血浆标本，使用一步法反转录聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因区的蛋白酶及反转录酶区，获得的扩增序列与耐药数据库对比进行HIV-1基因型耐药分析。采用病毒基因分型工具软件分析HIV-1亚型分布。计数资料比较采用 χ2检验。 结果:880例患者中，血浆HIV-1病毒载量为(4.12±0.63) lg拷贝/mL；CD4 ＋T淋巴细胞计数为(251±124)/μL；抗病毒治疗中位时间为26个月。亚型分析中，重组型( circulating recombinant form, CRF)01-AE亚型在HIV-1亚型中占比最大，为38.9%(342/880)，CRF07-BC亚型占28.5%(251/880)，B＋C亚型占16.2%(143/880)。其中534例患者存在耐药突变，总耐药率为60.7%。对核苷类反转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NRTI)、非核苷类反转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NNRTI)和蛋白酶抑制剂(protease inhibitor, PI)的耐药率分别为51.0%(449/880)、58.6%(516/880)和1.7%(15/880)。对拉米夫定、恩曲他滨、依非韦仑和奈韦拉平的耐药较为严重，中高度耐药率分别为46.8%(412/880)、46.8%(412/880)、51.3%(451/880)和53.6%(472/880)；而对齐多夫定(6.0%，53/880)、依曲韦林(9.0%，79/880)和PI类药物的耐药情况尚不严重。NRTI最常见的耐药突变位点为M184IV(47.3%)、K65R(22.2%)和K70RE(12.6%)；NNRTI为K103NS (25.1%)、V106A(19.7%)和V179DE(14.4%)；PI为L10FIV(7.4%)和A71IVT(6.5%)。CRF01-AE亚型的耐药率为69.3%(237/342)高于CRF07-BC亚型的49.8%(125/251)和B＋C型的51.0%(73/143)，差异均有统计学意义( χ2＝22.6、14.6，均 P<0.05)。 结论:重庆市HIV-1感染者经高效抗反转录病毒治疗6个月后，耐药发生率高，以对NNRTI类药物耐药最为多见，其次为NRTI，PI较少耐药。耐药是HIV-1感染者病毒学突破的主要原因。

目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)流行株的分子传播网络，探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者/艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者为研究对象，采集其血样并收集其基本人口学及流行病学信息。从血浆中提取RNA，运用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因序列，构建进化树判定亚型。计算两两序列间的基因距离，筛选最佳基因遗传距离阈值，构建分子传播网络。统计学方法采用 χ2检验。 结果:成功获得336份样本的 pol区基因序列，共检出11种亚型，以流行重组型(circulating recombinant form，CRF)07_BC亚型[40.8%(137/336)]和CRF01_AE亚型[31.2%(105/336)]为主。以1.0%的基因遗传距离阈值绘制HIV-1分子传播网络，119例患者共形成38个分子簇(簇内患者数为2～28例)，以男性为主[82.4%(98/119)] ，以年龄≥40岁者居多[52.9%(63/119)]，主要感染CRF07_BC亚型[57.1%(68/119)]和CRF01_AE亚型[24.4%(29/119)]，其中CRF07_BC入网率[49.6%(68/137)]高于CRF01_AE入网率[27.6%(29/105)]，差异有统计学意义( χ2＝5.27， P＝0.022)；存在2个较大分子簇C1(含28例患者)和C2(含11例患者)，C1中男男同性传播占60.7%(17/28)，C2中男男同性传播有7例。高传播风险病例普遍通过手机交友软件在本地或邻近城市寻找性伴侣，所感染的HIV-1序列多与其他经济发达地区(广东省、北京市和杭州市等)的HIV-1毒株序列存在较高同源性。 结论:浙江省嘉兴市和湖州市的HIV-1亚型多样，以CRF07_BC和CRF01_AE为主。该地区HIV-1传播网络特征复杂，其中高传播风险病例可能是导致浙江省北部区域HIV-1流行的关键因素，因此亟需深化传播网络监测体系，及时制订精准干预和防治策略。

目的:了解江苏省艾滋病抗病毒治疗高病毒血症（high-level viremia，HLV）与低病毒血症（low-level viremia，LLV）病人的基因型耐药特征。方法:收集2021年抗病毒治疗满6个月，血浆病毒载量≥50拷贝/毫升的样本，按50~999拷贝/毫升、≥1000拷贝/毫升分为LLV组和HLV组。In-house PCR方法扩增HIV-1 pol区蛋白酶和反转录酶区，并测序获取序列进行耐药突变分析和亚型鉴定。 结果:LLV组242人，耐药率为40.50%；HLV组598人，耐药率为51.34%。LLV组和HLV组亚型均以CRF01_AE和CRF07_BC为主，LLV组占比为38.84%和35.12%，HLV组占比为44.82%和22.75%，亚型构成有统计学差异。LLV组和HLV组蛋白酶耐药突变位点分别以M46（42.86%）和L33（28.57%）为主，核苷类反转录酶耐药突变位点均以M184（45.97%，31.92%）为主，非核苷类反转录酶耐药突变位点均以K103（26.14%%，23.56%）为主。两组耐药类别均以核苷类反转录酶抑制剂与非核苷类反转录酶抑制剂的复合型耐药为主，其次是非核苷类反转录酶抑制剂的单独耐药。结论:应增加对艾滋病抗病毒治疗低病毒血症病人的耐药检测，及时发现耐药并逆转抗病毒治疗失败，以遏制艾滋病毒传播。

目的:分析我国6个省19个城市男男性行为人群（MSM）HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法:2019年4-11月，在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份，提取RNA，反转录后经巢式PCR扩增HIV-1 pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析，构建系统进化树判定病毒基因亚型，提交斯坦福耐药数据库分析耐药。 结果:有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列，检出的HIV-1基因亚型有9种，其中CRF01_AE（43.4%）和CRF07_BC（36.3%）所占比例较大，随后依次为B（6.3%）、CRF55_01B（5.9%）、CRF59_01B（0.8%）、CRF65_cpx（0.8%）、CRF103_01B（0.4%）、CRF67_01B（0.4%）和CRF68_01B（0.2%）；另有26份（5.5%）样本的基因亚型为未知亚型。不同省份之间的基因亚型构成比差异有统计学意义（ χ2=44.141， P<0.001）。总体抗病毒治疗前耐药率为4.6%（22/479），其中对非核苷类反转录酶抑制剂、核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂的耐药率分别为3.5%（17/479）、0.8%（4/479）和0.2%（1/479）。新近感染者的抗病毒治疗前耐药率高于长期感染者，差异有统计学意义（ χ2=4.634， P=0.031）。 结论:我国6个省19个城市MSM 的HIV-1感染者中HIV-1基因亚型多样化，不同省份之间的基因亚型构成比不同；整体抗病毒治疗前耐药率处于低水平，但新近感染者的耐药率较高，建议重点加强此类人群的耐药监测。

目的:研究安徽省合肥市2020年新报告HIV-1感染者的传播性耐药（transmitted drug resistance，TDR）及分子传播网络情况。方法:收集合肥市2020年1—12月新报告HIV-1感染者，扩增 pol基因区（2 253~3 314 nt），判定基因型耐药情况，构建分子传播网络并分析进入网络病例的相关特征。 结果:成功扩增 pol基因区序列376条，主要的毒株为CRF07_BC（157，41.8%）和CRF01_AE（136，36.2%）。新报告感染者TDR为2.7%（10/376），10例携带监测性耐药突变（surveillance drug resistance mutation，SDRM），并且毒株CRF55_01B所占比例较大（4/10）。分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络，CRF01_AE的大型网络以已婚中年男男性行为者（men who have sex with men，MSM）为主，而CRF07_BC则以教育水平较高的未婚MSM为主。通过logistic回归分析入网的影响因素发现CD4细胞计数在200~500个/μL者（ aOR=3.219，95% CI：1.226~8.452）与CD4细胞计数>500个/μL者（ aOR=5.375，95% CI：1.664~17.364）更易进入网络。 结论:合肥地区2020年新报告HIV-1感染人群以中青年MSM为主，TDR较低，但要加强CRF55_01B的耐药监测。

目的:分析2022—2023年西安市接受初始抗逆转录病毒治疗病例治疗前HIV-1基因耐药特征及亚型分布情况。方法:募集2022年5月至2023年3月西安市初始ART病例，采集静脉抗凝全血303份，提取病毒RNA，经反转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因片段，进行Sanger测序。获得的 pol基因片段序列经COMET HIV-1判断亚型，并经Los Alamos国家实验室HIV BLAST和RIP工具验证亚型。用斯坦福大学HIV耐药数据库HIVdb Program工具对序列信息进行耐药解析。 结果:303例样本PCR扩增成功并获得 pol基因片段序列260例。共检测到10种亚型或流行重组型，以CRF07_BC为主（55.77%），其次为CRF01_AE（32.69%）、CRF55_01B（4.62%）和B亚型（2.69%）。20例存在治疗前耐药相关突变（DRMs）并对一线治疗药物存在低度到高度耐受，总体治疗前耐药率为7.69%。CRF01_AE毒株耐药占比最高（3.46%）；其次是CRF07_BC（1.92%）和CRF55_01B（1.15%）。非核苷类逆转录酶抑制剂耐药发生率最高，以依非韦伦和奈韦拉平药物耐药发生最常见。 结论:西安市治疗前HIV-1基因型耐药发生水平较高（7.69%），应加强治疗前耐药监测检测，分析HIV-1耐药毒株传播来源，为临床用药和个体化治疗提供数据支持。

目的:分析嘉兴市HIV/AIDS的感染和传播关系，探索区域HIV-1分子传播网络特征，为制定针对性的防控措施提供依据。方法:以2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS为研究对象，收集社会人口学、感染和传播等相关信息。采集血样并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因序列，采用Mega 6.0软件构建系统进化树进行HIV-1亚型分析。计算研究对象的HIV-1基因序列遗传距离，筛选构建分子传播网络的基因距离阈值，使用Cytoscape 3.6.0软件绘制分子传播网络。对基于分子传播网络的流行病学调查结果进行分析。 结果:研究对象HIV/AIDS 517例中，HIV-1基因序列包括15种基因亚型，以CRF01_AE（37.1%）、CRF07_BC（36.2%）和CRF08_BC（11.8%）为主。在1.0%的基因距离阈值下构建HIV-1分子传播网络，形成87个分子簇，总体入网率为45.8%（237/517）。多因素logistic回归分析结果显示，60~81岁年龄组（与14~24岁年龄组相比， OR=2.690，95% CI：1.058~6.844）、已婚（与未婚相比， OR=1.698，95% CI：1.003~2.875）、CRF07_BC亚型（与CRF01_AE亚型相比， OR=2.203，95% CI：1.426~3.404）的HIV-1分子成簇风险较高。分子传播网络中最大的CRF07_BC-1分子簇包括50例（2017年入网21例，2018年新增入网29例）HIV/AIDS，未婚（与已婚相比， OR=2.482，95% CI：1.140~5.402）、同性性传播（与异性性传播相比， OR=3.163，95% CI：1.543~6.483）、疑似高传播风险HIV/AIDS（与其他HIV/AIDS相比， OR=7.631，95% CI：1.783~32.654）、确证地在南湖区和平湖市［与其他区（县）相比， OR=2.225，95% CI：1.074~4.608］是进入最大簇的主要危险因素。该分子簇包含7例疑似高传播风险HIV/AIDS，均为同性性传播；自我报告首次发生男男性行为的时间范围为2010-2018年，确证前2年内的同性性伴数为20（ P 25， P 75：10，100）；其中6例自我报告有近期在南湖区某MSM交友活动场所寻找性伴活动史。 结论:2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS的HIV-1亚型多样，以散发为主，存在地理聚集性和一定数量的疑似高传播风险HIV/AIDS，呈快速传播现象，需开展针对性的强化干预。