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转运RNA来源的分子片段770靶向细胞骨架相关蛋白2对乳腺癌细胞增殖的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨转运RNA来源的小分子片段770(tRF-770)调控细胞骨架相关蛋白2(CKAP2)对乳腺癌细胞增殖的影响。方法:使用MINTbase数据库v2.0序列与基因组中成熟的tRNA进行比对,确认tRF-770的染色体定位;TA克隆实验鉴定tRF-770;利用TargetScan和miRBase数据库分析预测tRF-770的靶基因;利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库数据分析CKAP2在乳腺癌中的表达情况。选择乳腺癌细胞株MDB-MA-231和MCF7,分别分为空白对照组(不予任何处理)、tRF-770过表达组(转染tRF-770过表达序列)及阴性对照组(转染阴性对照序列);另外设立tRF-770过表达+CKAP2-HA组(共转染tRF-770过表达序列与CKAP2过表达序列)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测乳腺癌细胞中tRF-770的相对表达量;CCK-8法检测乳腺癌细胞增殖能力并进行挽救实验;双荧光素酶报告基因实验验证tRF-770的靶基因;蛋白印迹法检测CKAP2-ERK2信号通路相关蛋白的表达情况。结果:tRF-770与9类tRNA剪切修饰的5'端完全匹配,TA克隆测序验证结果表明产物大小以及碱基与预期tRF-770序列一致。基于TCGA数据库数据分析发现CKAP2在乳腺癌组织中高表达( t=7.21, P<0.05)。qRT-PCR检测结果显示,在MDA-MB-231细胞中,空白对照组、阴性对照组、tRF-770过表达组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.42±0.11、3.75±0.01,差异有统计学意义( F=1 395.00, P<0.001);在MCF7细胞中,3组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.45±0.21、3.26±0.16,差异有统计学意义( F=169.30, P<0.001);两种细胞中,与空白对照组及阴性对照组比较,tRF-770过表达组中tRF-770相对表达量均升高(均 P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验结果表明,tRF-770与CKAP2 mRNA 3'UTR结合。CCK-8法检测结果显示,在MDA-MB-231、MCF7细胞中,第3天和第4天tRF-770过表达组细胞增殖能力均低于空白对照组和阴性对照组(均 P<0.05);第3天和第4天阴性对照组与tRF-770过表达组细胞增殖能力比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CCK-8法挽救实验结果显示,在两株乳腺癌细胞中,tRF-770过表达+CKAP2-HA组自转染第2天起,细胞增殖能力均高于tRF-770过表达组(均 P<0.05)。蛋白质印迹法检测结果显示,两种乳腺癌细胞中,tRF-770过表达组与阴性对照组比较,CKAP2、p-ERK2、PCNA蛋白表达均下降(均 P<0.05);ERK2蛋白在MDA-MB-231细胞中表达量变化较小,而在MCF7细胞中tRF-770过表达组蛋白表达下降。 结论:tRF-770可能通过CKAP2-ERK2信号通路抑制乳腺癌细胞增殖。
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编辑人员丨1周前
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转运RNA衍生片段在疾病中的作用及其机制研究进展
编辑人员丨1周前
转运RNA(tRNA)是将信使RNA(mRNA)翻译成蛋白质的关键分子,研究表明它还是一些非编码小RNA的前体RNA。近年来,人们发现在细菌、真菌、植物和动物中存在一些长约16~60 nts的非编码RNA(ncRNA),它们是由tRNA精确剪切而来的片段(tRF),并非是随机降解的产物。目前人们对这类小分子RNA的认识还很有限,近年的研究表明tRF在各种疾病中具有重要的功能。本文针对tRF的分类、修饰及其在各种疾病中的作用及机制等研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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脓毒症大鼠早期血浆代谢组学的动态变化
编辑人员丨1周前
目的:测定脓毒症大鼠早期血浆代谢组学指标,寻找不同时间点的脓毒症差异代谢物和相关代谢通路,初步揭示脓毒症大鼠早期的病理生理变化。方法:将15只8周龄雄性SD大鼠按随机数字表法分为假手术组(S组,6只)和脓毒症组(C组,9只),采用盲肠结扎穿孔术制备脓毒症大鼠模型;S组只游离盲肠,不予以结扎和穿孔。造模后2、6、12 h通过眼眶采血收集血浆,利用气相色谱-质谱(gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS)联用技术测定血浆代谢组学,利用NIST数据库和Feihn代谢组学数据库的标准离子片段谱库比对鉴定内源性代谢物。通过MetaboAnalyst 4.0网站进行多元回归分析,包括主成分分析(principal components analysis,PCA)和偏最小二乘法判别分析(partial least squares discriminant analysis,PLS-DA)模式识别各代谢物的变化,筛选相关差异代谢物[ P<0.05、变化倍数(fold change)>1.5、变量权重值(variable important in projection, VIP)>1.5],并进一步通过KEGG分析相关代谢通路。 结果:PCA和PLS-DA模式识别结果显示,各个时间点的C组和S组代谢物之间表现出聚类型分布,不同时间点的C组代谢物之间也呈现聚类型分布。2、6、12 h时点S组与C组之间分别检测出14个、25个和21个差异代谢物。2 h时差异代谢物相关信号通路涉及淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢;6 h时差异代谢物相关信号通路涉及淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、甘氨酸-丝氨酸和苏氨酸代谢、花生四烯酸代谢以及氨酰tRNA生物合成;12 h时差异代谢物相关信号通路涉及半乳糖代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、精氨酸生物合成、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢以及维生素B6代谢。结论:脓毒症大鼠早期血浆代谢物水平呈现显著性的动态差异,血浆差异代谢物的改变可能参与脓毒症的病理生理学过程。
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编辑人员丨1周前
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tRNA衍生片段作为肿瘤诊断性及预后评估生物标志物的研究进展
编辑人员丨1周前
癌症是全球范围内死亡的第2大原因,而癌症患者前期症状不明显以及预后较差是导致患者死亡的主要因素。因此,寻找有效的诊断性及预后评估的生物标志物对于降低癌症发生率以及提高预后准确性都具有十分重要的意义。tRNA衍生片段是一类新的非编码RNA,在癌症生物学中具有重要的调控作用。主要对tRNA衍生片段在肿瘤发生、发展及预后过程中作为生物标志物的研究进展进行综述,为癌症的诊断和预后评估提供理论基础。
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编辑人员丨1周前
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乳腺癌阿霉素耐药细胞株中转运RNA及其来源片段表达谱分析
编辑人员丨1周前
目的:分析阿霉素诱导的MCF-7耐药细胞(MCF-7/Adriamycin,MCF-7/ADR)中转运RNA及其来源片段(tRNA-Derived small RNAs,tDRs)表达谱变化,筛选出调控乳腺癌阿霉素耐药的tDRs。方法:采用高通量测序检测MCF-7/ADR细胞的tDRs表达谱,筛选差异表达tDRs。基因本体和京都基因与基因组百科全书对差异tDRs进行生物学通路分析。细胞凋亡实验和实时定量聚合酶链反应检测转染后细胞凋亡能力和凋亡相关基因。两两比较采用成组 t检验。 结果:MCF-7/ADR细胞中73条tDRs存在差异(差异倍数>2, P<0.05)。生物学分析示tDRs的主要功能及通路和肿瘤相关,尤其是上调的tDRs(tRF-58-75-Ala-AGC-1,tRF-58-75-Ala-AGC-5,tRF-58-75-Pro-AGG-1-M7和tRF-59-76-Tyr-GTA-4)与细胞凋亡关系密切。转染tRF-58-75-Ala-AGC-1抑制剂后,MCF-7/ADR转染组细胞凋亡率高于阴性对照组[(83.34±1.95)%比(71.12±5.01)%, t=3.937, P<0.05];MCF-7/ADR转染组细胞中B细胞淋巴瘤/白血病-2(bcl-2) mRNA表达水平低于阴性对照组(0.58±0.23比1.00±0.05), t=3.025, P<0.05);半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3、7、9 mRNA表达水平高于阴性对照组(1.29±0.11、1.50±0.16、1.22±0.07比1.00±0.05, t=4.226、5.296、4.174, P<0.05)。 结论:MCF-7/ADR细胞的tDRs表达存在差异。
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编辑人员丨1周前
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tRNA修饰在胶质瘤中的研究进展
编辑人员丨3周前
转运RNA(transfer RNA,tRNA)是哺乳动物细胞中修饰程度最高的RNA,其修饰不仅高度动态,并且易受环境条件的影响.肿瘤发生常伴有tRNA修饰异常.研究发现tRNA修饰酶在多种肿瘤组织中异常表达,与发病机制密切相关.胶质瘤是最常见的原发性中枢神经系统肿瘤,恶性程度最高,预后极差.本文主要针对胶质瘤相关的几种tRNA修饰予以综述,描述其在胶质瘤发生发展中的功能和机制,为探索tRNA异常修饰生成的衍生片段作为胶质瘤诊断的生物标志物,以及设计靶向表观遗传调控因子的小分子抑制剂作为胶质瘤的治疗靶点提供新思路.
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编辑人员丨3周前
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血5'tRF-LysCTT对急性脑梗死早期诊断及病情严重程度判定的价值
编辑人员丨3周前
目的 探究血5'tRF-LysCTT表达水平对急性脑梗死(ACI)患者早期诊断及病情严重程度判定的价值.方法 收集2022年10月至2023年10月在哈尔滨医科大学附属第一医院神经内科住院急性脑梗死(ACI)患者为ACI组(n=114),选取同期健康体检者为对照组(n=112).根据NIHSS评分将ACI患者分为轻型组(NIHSS≤5分,n=66)和中重型组(NIHSS>5分,n=48).通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)技术检测两组血 5'tRF-LysCTT水平.应用多因素Logistic回归分析预测ACI患者神经功能缺损程度的危险因素.ROC曲线分析5'tRF-LysCTT对区分轻型、中重型ACI的诊断价值.结果 ACI患者血5'tRF-LysCTT水平明显低于对照组(1.34±0.56 vs.3.28±1.01,P<0.001).与轻型组比较,中重型组血5'tRF-LysCTT表达明显降低(1.65±0.45 vs.0.89±0.36,P<0.001).与 5'tRF-LysCTT 相对表达量与 ACI 神经功能缺损程度呈负相关(P<0.001).ROC曲线分析5'tRF-LysCTT对区分ACI组与对照组的曲线下面积(AUC值)为0.956(95%CI0.9317~0.9805),敏感度为94.6%,特异度为84.7%,截断值为2.11;区分ACI轻、中重型的AUC值为0.908(95%CI 0.8543~0.9618),敏感度为93.3%,特异度为80.2%,截断值为1.41,具有较高诊断效率.Logistic回归分析显示,5'tRF-LysCTT是预测神经功能缺损程度的独立危险因素.结论 血5'tRF-LysCTT可能成为ACI患者早期诊断及病情严重程度判定的新标志物.
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编辑人员丨3周前
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血清tRNA衍生片段tRF-17-79MP9PP的表达及与乳腺癌患者预后的相关性
编辑人员丨1个月前
目的 检测乳腺癌患者血清tRNA衍生物tRF-17-79MP9PP(tRF-17)的表达水平,并分析其与患者预后的相关性.方法 选取2016年6月至2019年12月本院收治并确诊的70例乳腺癌患者及25例健康人对照组的血清标本,记录患者的临床资料和数据.采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测两组血清tRF-17的表达水平;绘制ROC曲线并分析tRF-17对乳腺癌的临床筛查价值;采用Spearman相关分析tRF-17与血液炎症指标以及肿瘤标志物的相关性,随访截止日期为2023年4月,使用单因素和多因素COX回归分析乳腺癌预后不良的影响因素.结果 与健康人对照组的14.09(5.14,21.34)相比,乳腺癌患者血清tRF-17的表达水平[3.99(0.70,10.46)]显著降低,差异有统计学意义(Z=-3.575,P<0.01);其筛查乳腺癌的ROC曲线下面积(AUCROC)为0.742(95%CI:0.635~0.849,P<0.01).tRF-17高表达组乳腺癌患者的平均生存时间显著高于低表达组(75.97个月vs 56.06个月,log-rank P<0.01).COX比例风险模型分析提示,淋巴结转移和血清tRF-17表达水平均是影响患者预后的独立危险因素(HR=1.723,95%CI:1.084~2.739,P<0.05;HR=0.189,95%CI:0.041~0.862,P<0.05).结论 乳腺癌患者血清tRF-17呈低表达,其表达水平是影响乳腺癌患者预后的独立危险因素,或可成为一种评估患者预后的生物学标志物.
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编辑人员丨1个月前
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tsRNA在急性心肌梗死早期诊断中的价值
编辑人员丨1个月前
目的 探讨转运RNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)在急性心肌梗死(AMI)早期诊断中的价值及其作为AMI诊断标志物的潜能.方法 将年龄及体质量匹配的雄性C57小鼠(8~10周龄)随机分为MI组及对照组(Sham组),每组4只.两组均于建模24 h后提取左室心肌组织RNA,经去修饰预处理,连接人工化接头后扩增,筛选包含15~40个核苷酸的小RNA扩增产物,构建文库并测序,将测序结果与GtRNAdb数据库成熟的tRNA和tRNA前体序列比对,获得在AMI前后心肌中差异表达的tsRNA谱.采用生物信息学分析同一密码子对应的tRNA在AMI前后剪切方式的改变.依据AMI前后tsRNA表达谱差异,获得在AMI后特异性高丰度表达的tsRNA,并在AMI小鼠心肌和血浆中验证,探讨tsRNA作为AMI诊断标志物的潜能.结果 tsRNA表达谱在组内有较好的重复性,组间差异较大.发生 AMI 后,Asn-GTT、Glu-TTC、Gly-ACC、Gly-GCC、His-GTG、Ile-AAT、Ile-GAT、Pro-TGG、Ser-AGA 和 Trp-CCA 在心肌中剪切方式发生改变,生成有明显差异的tsRNA表达谱.与Sham组相比,MI组有268个tsRNA表达上调,1 228个tsRNA 表达下调,且有64个特异性tsRNA.AMI建模第1天,小鼠 tRF-Gly-CCC-2-31、tiRNA-Val-CAC-1-32、tiRNA-Val-AAC-2-32、tiRNA-Glu-TTC-2-32 和 tiRNA-Lys-TTT-1-34 在心肌中特异性表达,其中 tiRNA-Val-AAC-2-32 和 tiRNA-Lys-TTT-1-34在AMI小鼠血浆中特异性高丰度表达,并随AMI持续时间动态变化.结论tsRNA表达谱在AMI前后差异显著,其中在小鼠心肌和血浆中特异性表达的tiRNA-Val-AAC-2-32和tiRNA-Lys-TTT-1-34有AMI诊断潜能,可能在AMI修复过程中发挥重要作用.
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编辑人员丨1个月前
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tRNA衍生片段与恶性肿瘤
编辑人员丨2024/7/6
转运RNA(tRNA)是蛋白质翻译的衔接分子,tRNA衍生片段(tRNA-derived fragments,tRFs)有5种类型:tRF-1、tRF-2、tRF-3、tRF-5及i-tRF(中间体tRF),tRFs在众多恶性肿瘤中呈异常表达,且与患者预后不良相关.此外,tRFs通过调节细胞周期和参与癌症转移机制影响肿瘤细胞的生物学进程,展现出成为肿瘤预后标志物的潜力,深入研究tRFs在恶性肿瘤中的作用机制有助于肿瘤早期诊断和靶向治疗.本文综述了tRFs参与的生物过程、在不同肿瘤中作用机制及当前临床研究中的新进展,为后续tRFs研究提供新的见解.
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编辑人员丨2024/7/6