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外泌体非编码RNA在头颈肿瘤液体活检中的研究进展
编辑人员丨4天前
头颈肿瘤是全球第七大常见肿瘤,据统计其发病率逐年上升,但疾病预后却不容乐观。外泌体作为一种新发现的肿瘤细胞间转运系统,可通过多种非编码RNA进行细胞信号传导,影响肿瘤的发生与发展。而液体活检作为一种无创或微创的检测方式,在肿瘤诊断、预后评估与肿瘤治疗方面受到了重视。本文对外泌体的非编码RNA在头颈肿瘤细胞的增殖、转移中的作用进行综述,并探讨其在液体活检中对肿瘤的诊断、预后与治疗等方面的意义。
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编辑人员丨4天前
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心血管器械感染的分子影像:靶向细菌或宿主病原体免疫反应?
编辑人员丨4天前
快速、准确诊断心血管器械感染仍是临床的一大挑战。解剖影像技术,如超声心动图、心脏CT或CT血管造影术是临床疑似心内膜炎的一线检查。其能检出赘生物和瓣膜周边并发症。既往研究表明, 18F-脱氧葡萄糖(FDG)PET/CT功能影像与解剖影像相比,具有独特优点。其可在发生形态学损伤前诊断早期心脏器械感染,并识别感染源或在体内其他部位的细菌栓子。尽管 18F-FDG PET/CT的异常结果已作为器械相关和人工瓣膜心内膜炎的主要诊断标准,被纳入到2015年的欧洲心脏病学会指南,但美国指南尚未纳入这一标准。除了这些临床可用的影像学手段,研究者们还致力于开发靶向细菌的示踪剂用于特异性感染显像,包括细菌麦芽糖糊精转运体、细菌胸苷激酶、抗生素、抗菌肽、细菌抗体、噬菌体和细菌DNA/RNA杂交核苷酸寡聚物的示踪剂。在上述示踪剂中,放射性标记的抗生素已在人体中进行了研究,但未能成功在临床上用于感染显像。其余大多数示踪剂仅在实验动物中进行了研究。本文比较了解剖和功能影像在心脏器械感染中的作用,并讨论了 18F-FDG和细菌靶向示踪剂的优缺点。
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编辑人员丨4天前
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基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的燃煤污染型氟暴露人群血浆微小RNA靶基因模块化分析
编辑人员丨4天前
目的:建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA(microRNA,miRNA)靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法:将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA(hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683)的靶基因定位到STRING在线数据库(https://string-db.org),筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化,通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数,筛选PPI网络的中心节点(度和介数均最高的节点)。同时,采用CytoHubba插件中的最大团中心(MCC)分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析,筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/),对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)的度(101)和介数(0.010 723 89)均最高,为PPI网络的中心节点。经MCC分析,UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块,5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论:成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络,筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。
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编辑人员丨4天前
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妊娠期肝内胆汁淤积症相关非编码RNA研究进展
编辑人员丨4天前
妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)是一种妊娠并发症,可导致早产、死胎等严重后果,其发病机制尚不清楚。非编码RNA起重要的生理性调节作用,影响着物种之间及生物与环境之间的相互关系,参与许多疾病的发生和发展。微小RNA(miRNA)是一种由DNA转录,长度为18~24 nt的内源性非编码RNA,miRNA 34a(miR-34a)、miR-221/222、miR-148a、miR-3614-5p、miR-590-3p等miRNA在ICP孕妇的血清或胎盘组织中表达异常。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,部分lncRNA在ICP患者的胎盘中表达量异于正常产妇,如linc02527在ICP患者的血清及胎盘中表达均增加、lncRNA H19可能与雌激素相互作用从而促进ICP的发生。这些差异表达的非编码RNA通过调节胆汁酸的合成、代谢、转运及与雌激素的相互作用等,与ICP的发生、发展相关。本文综述近年来非编码RNA中的miRNA和lncRNA在ICP中的研究进展,为ICP的治疗提供新思路。
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编辑人员丨4天前
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tRFs在风湿免疫性疾病中的研究进展
编辑人员丨4天前
tRFs(tRNA-derived RNA fragments)是由前体转运RNA(tRNA)或成熟tRNA通过特定机制分解、加工、修饰而产生的一种小分子非编码RNA,在生物界中广泛存在。根据其切割位点的不同,可分为i-tRF、tRF-1、tRF-2、tRF-3、tRF-5和tRNA halves(tiRNAs)。目前研究表明,tRFs参与调控基因转录和翻译,细胞增殖以及细胞应激反应等,在肿瘤、神经退行性变、代谢及免疫相关性疾病发生发展过程中具有重要调控作用,本文就tRFs结构、作用机制及其在风湿性疾病中的研究进展进行系统的综述。
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编辑人员丨4天前
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活体靶向羧酸酯酶1f基因敲减对急性肝衰竭小鼠枯否细胞极化活性的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨靶向羧酸酯酶1f(Ces1f)基因敲减对脂多糖/D-半乳糖胺(LPS/D-GalN)诱导的急性肝衰竭小鼠枯否细胞(KC)极化活性的影响。方法:将携带靶向Ces1f干扰序列的小RNA(siRNA)与多肽转运载体(Endoporter)结合形成的复合物siRNA-EndoPorter包裹在β-1, 3-D葡聚糖壳中形成复合体颗粒(GeRPs)。将30只雄性C57BL/6小鼠随机分为正常对照组、模型组(LPS/D-GalN)、预处理组(GeRPs)、预处理模型组(GeRPs+LPS/D-GalN)、空载体组(EndoPorter)。采用实时荧光定量PCR和蛋白质印迹(western blot)技术检测各组小鼠肝组织Ces1f mRNA及蛋白表达水平;采用实时荧光定量PCR技术检测各组小鼠KC M1极化表型分化簇86(CD86)mRNA以及KC M2极化表型分化簇163(CD163)mRNA表达水平;采用免疫荧光双染技术检测KC中Ces1f蛋白以及M1/M2极化表型CD86/CD163蛋白表达情况;采用苏木精-伊红染色观察肝组织病理损伤情况。多组间均数比较采用单因素方差分析,或方差不齐时采用独立样本非参数秩和检验。结果:正常对照组与模型组、预处理组和预处理模型组肝组织Ces1f mRNA/蛋白相对表达水平分别为:1.00±0.00、0.80±0.03/0.80±0.14、0.56±0.08/0.52±0.13、0.26±0.05/0.29±0.13,各组间差异均有统计学意义( F值分别为9.171/3.957、20.740/9.315、34.530/13.830, P值均< 0.01)。正常对照组与模型组、预处理组和预处理模型组KC Ces1f阳性细胞百分比分别为91.42%±3.79%、73.85%±7.03%、48.70%±5.30%、25.68%±4.55%,各组间差异均有统计学意义( F值分别为6.333、15.400、23.700, P值均< 0.01)。正常对照组与模型组、预处理模型组CD86 mRNA相对表达水平分别为1.00±0.00、2.01±0.04、4.17±0.14,各组间差异均有统计学意义( F值分别为33.800、106.500, P值均< 0.01)。正常对照组与模型组、预处理模型组CD163 mRNA相对表达水平分别为1.00±0.00、0.85±0.01、0.65±0.01,各组间差异均有统计学意义( F值分别为23.360、55.350, P值均< 0.01)。正常对照组与模型组、预处理模型组(F4/80 +CD86 +)百分比和(F4/80 +CD163 +)百分比分别为10.67%±0.91%和12.60%±1.67%、20.02%±1.29%和8.04%±0.76%、43.67%±2.71%和5.43%±0.47%,各组间差异均有统计学意义( F值分别为11.130/8.379、39.250/13.190, P值均< 0.01)。正常对照组与模型组、预处理模型组肝损伤评分分别为0.22±0.08、1.32±0.36、2.17±0.26,各组间差异均有统计学意义( F值分别为12.520、22.190, P值均< 0.01)。 结论:Ces1f可能是一个肝脏炎症抑制分子,其抑制效应的产生可能来自于该分子对KC极化表型稳态的维持。
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编辑人员丨4天前
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ATP结合盒转运子E1在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、凋亡和转移关系
编辑人员丨4天前
目的:探讨ATP结合盒转运子E1(ABCE1)在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、周期和转移的关系。方法:选取安阳市人民医院和河南省肿瘤医院2018年12月到2020年12月手术收集的71例神经胶质瘤和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质免疫印迹(Western blot)分析ABCE1蛋白表达水平。将神经胶质瘤细胞U251分为对照组和ABCE1 KD组,分别采用对照短发卡RNA(shRNA)和ABCE1 shRNA慢病毒感染建立稳定细胞系,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验分析两组细胞增殖;采用流式细胞术分析两组细胞凋亡变化;采用划痕实验和Transwell分析两组细胞迁移能力;采用Western blot分析两组细胞凋亡和迁移相关蛋白表达水平。计量数据比较采用 t检验。 结果:癌旁组织ABCE1蛋白表达水平(0.87±0.12)明显低于神经胶质瘤组织(2.09±0.22),差异有统计学意义( t=3.109, P<0.05)。对照组细胞吸光度值(1.88±0.22)明显高于ABCE1 KD组(1.30±0.18),差异有统计学意义( t=2.019, P<0.05)。克隆形成实验结果显示,对照组细胞克隆形成率[(59.32±6.09)%]明显高于ABCE1 KD组[(30.12±4.99)%],差异有统计学意义( t=5.891, P<0.05)。对照组细胞凋亡率[(3.01±0.34)%]明显低于ABCE1 KD组[(19.43±3.09)%],差异有统计学意义( t=3.011, P<0.05)。对照组细胞迁移数量[(97.43±5.89)个]明显高于ABCE1 KD组[(57.91±4.32)个],差异有统计学意义( t=4.009, P<0.05)。对照组细胞半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3蛋白表达水平(1.38±0.31)明显低于ABCE1 KD组(2.01±0.23),差异有统计学意义( t=3.118, P<0.05)。对照组细胞黏着斑激酶(FAK)蛋白表达水平(1.19±0.15)明显高于ABCE1 KD组(0.55±0.19),差异有统计学意义( t=2.791, P<0.05)。 结论:ABCE1蛋白神经胶质瘤组织中表达水平显著增加,并参与胶质瘤细胞的增殖、凋亡和迁移等恶性细胞生物学过程。
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编辑人员丨4天前
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子痫前期孕妇胎盘组织中circRNA表达谱及circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络分析
编辑人员丨4天前
目的:通过高通量测序鉴定子痫前期(PE)孕妇胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,构建circRNA-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)相互作用网络,揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法:收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇(PE组)和30例正常妊娠孕妇(对照组)的临床资料并采集其胎盘组织。(1)采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。(2)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。(3)使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络;并对差异表达circRNA进行基因本体(GO)功能注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。(4)采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。(5)选择circRNA_05393进行后续功能研究,使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平,采用穿膜小室(transwell小室)体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力,活细胞计数法检测细胞的增殖能力,细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果:(1)高通量测序发现了72个差异表达circRNA,其中35个上调,37个下调。(2)qRT-PCR技术检测显示,与对照组比较,PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673(分别为1.306±0.168、2.059±0.242; t=2.356, P=0.021)和circRNA_07796(分别为1.275±0.232、1.954±0.230; t=2.018, P=0.047)的表达水平显著升高,而circRNA_05393(分别为1.846±0.377、0.790±0.094; t=3.138, P=0.002)的表达水平显著降低。(3)circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示,生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路,细胞组分方面主要富集于皮质细胞骨架,质膜成分等,分子功能方面主要富集于电压门控钠通道活性、碱性氨基酸跨膜转运蛋白活性等。KEGG信号通路富集分析显示,相互作用网络中的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,p53信号通路,过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。(4)logistic回归分析结果显示,circRNA_05393表达下调是PE发生的危险因素( OR=0.044,95% CI为0.003~0.596; P=0.019);相关性分析结果显示,circRNA_05393与PE孕妇的收缩压、舒张压显著相关( P均<0.05)。(5)敲低或过表达circRNA_05393显著降低或增加HTR-8/SVneo细胞的迁移、侵袭能力( P均<0.05),但对细胞成管能力、增殖能力无显著影响( P均>0.05)。 结论:胎盘组织中circRNA表达谱的构建、circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络的探索为揭示特定circRNA在PE发生中参与的调控机制提供了可能。抑制circRNA_05393可能通过减少滋养细胞的迁移和侵袭来参与PE的进展。
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编辑人员丨4天前
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miR-511-3p靶向ATP2A2调控内质网应激对肺癌细胞增殖和凋亡的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨miRNA-511-3p(miR-511-3p)对肺癌细胞增殖和凋亡的影响,及ATP2A2、内质网应激在其中的可能作用。方法:回顾性收集2020年1月至2022年3月惠州市中心人民医院69例肺癌患者的肺癌组织和癌旁正常组织(距离肿瘤>2 cm)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测癌和癌旁组织以及永生化肺上皮细胞株BEAS-2B、人肺细胞株CCD-19Lu、人肺癌细胞株A549、H1975、H1299中miR-511-3p转录水平相对表达量。选择miR-511-3p相对表达水平最低的肺癌细胞株A549进行后续实验。将细胞分为miR对照组(转染miR-511-3p无关序列)、miR-511-3p过表达组(转染miR-511-3p模拟物)、miR-511-3p敲低组(转染miR-511-3p抑制物);另取A549细胞分为ATP2A2过表达对照组(转染空载质粒)、ATP2A2过表达组(转染ATP2A2过表达质粒),以及ATP2A2敲低对照组(转染载有小干扰RNA无关序列的质粒)和ATP2A2敲低组(转染载有ATP2A2小干扰RNA序列的质粒)。采用qRT-PCR法检测各组A549细胞miR-511-3p和ATP2A2转录水平相对表达量;蛋白质印迹法检测各组A549细胞ATP2A2蛋白及内质网应激标志蛋白的相对表达量;双荧光素酶报告基因实验验证miR-511-3p与ATP2A2 mRNA的靶向关系;CCK-8法检测各组A549细胞增殖能力(以吸光度值表示);流式细胞术检测各组A549细胞中凋亡细胞占比;无机磷比色法检测各组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性;荧光探针法检测各组A549细胞Ca 2+浓度。 结果:69例患者肺癌组织和癌旁组织miR-511-3p转录水平相对表达量分别为0.08±0.03、0.17±0.12,差异有统计学意义( t=6.04, P<0.05)。miR-511-3p过表达组、miR-511-3p敲低组、miR对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(58.1±6.1)%、(11.0±1.3)%、(22.0±2.1)%,miR-511-3p过表达组较miR对照组高,miR-511-3p敲低组较对照组低,差异均有统计学意义( t值分别为9.70、7.64,均 P<0.05)。培养24、48、72 h后,miR-511-3p过表达组A549细胞增殖能力均较miR对照组低,miR-511-3p敲低组均较miR对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。ATP2A2敲低组、ATP2A2敲低对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(58.2±1.5)%、(23.8±1.0)%,差异有统计学意义( t=33.94, P<0.05);ATP2A2过表达组、ATP2A2过表达对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(13.8±2.0)%、(23.8±1.0)%,差异有统计学意义( t=7.96,均 P<0.05)。miR-511-3p过表达组、miR-511-3p敲低组、miR对照组A549细胞ATP2A2转录水平相对表达量分别为0.11±0.01、1.34±0.19、0.51±0.12,miR-511-3p过表达组较miR对照组低,miR-511-3p敲低组较对照组高,差异均有统计学意义( t值分别为5.76、6.40,均 P<0.05);miR-511-3p过表达组A549细胞ATP2A2蛋白相对表达量较其对照组低,miR-511-3p敲低组较其对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验验证miR-511-3p与ATP2A2 mRNA存在靶向关系。对照组、miR-511-3p过表达组、ATP2A2过表达组、miR-511-3p过表达+ATP2A2过表达组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(21.5±3.0)%、(58.1±5.0)%、(13.3±1.2)%、(20.5±4.0)%,差异有统计学意义( F=73.28, P<0.001);对照组、miR-511-3p敲低组、ATP2A2敲低组、miR-511-3p敲低+ATP2A2敲低组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(23.5±3.0)%、(11.3±1.2)%、(60.1±7.0)%、(25.6±5.0)%,差异有统计学意义( F=78.45, P<0.001)。ATP2A2过表达组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性高于对照组,ATP2A2敲低组低于对照组,差异均有统计学意义( t值分别为4.61、6.07,均 P<0.05);ATP2A2过表达组A549细胞内Ca 2+浓度低于对照组,ATP2A2敲低组高于对照组,差异均有统计学意义( t值分别为3.30、3.95,均 P< 0.05)。miR-511-3p过表达组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性低于miR对照组,miR-511-3p敲低组高于miR对照组,差异均有统计学意义( t值分别为6.54、4.16,均 P<0.05);miR-511-3p过表达组A549细胞内Ca 2+浓度高于miR对照组,miR-511-3p敲低组低于miR对照组,差异均有统计学意义( t值分别为3.60、6.23,均 P<0.05)。敲低ATP2A2或过表达miR-511-3p的A549细胞内质网应激标志GRP78、PERK、p-eIF2a、ATF4、CHOP蛋白相对表达量均较相应对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05);过表达ATP2A2或敲低miR-511-3p的A549细胞各蛋白相对表达量均较相应对照组低,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:miR-511-3p水平变化可能影响肺癌细胞的增殖和凋亡,机制可能是其靶向ATP2A2进而调控内质网应激而影响肺癌细胞凋亡。
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编辑人员丨4天前
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甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本在乳腺癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨4天前
目的:探讨乳腺癌患者血清外泌体中长链非编码RNA(lncRNA)甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本(GARS1-DT)的表达及其与临床病理特征的关系。方法:收集2017年1月至2018年1月就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院乳腺甲状腺外科的乳腺癌患者血清64例及乳腺良性肿瘤患者血清4例,进行外泌体提纯分离及鉴定。对4例乳腺癌外泌体和4例乳腺良性肿瘤外泌体进行高通量测序,筛选差异表达的lncRNA,对差异lncRNA进行靶基因预测与富集分析,确定与氧化应激相关的lncRNA GARS1-DT。采用RT-qPCR验证60例乳腺癌外泌体中GARS1-DT的表达水平以及与临床病理特征的相关性分析,两组之间比较采用 t检验,多组间均数比较采用方差分析、 χ2检验分析表达水平与临床病理特征的相关性。 结果:乳腺癌血清外泌体中GARS1-DT的表达水平显著低于乳腺良性肿瘤血清外泌体GARS1-DT(0.114±0.026比1.015±0.330, t=5.430, P<0.01),在有淋巴结转移组中该基因表达显著低于无淋巴结转移组(0.641±0.491比1.066±0.590, t=3.021, P<0.01),Luminal B型乳腺癌组显著低于三阴型乳腺癌组(0.502±0.362比1.114±0.517, F=3.391, P<0.05)。相关性分析结果显示,GARS1-DT的差异表达与患者年龄、孕激素受体(PR)表达、淋巴结转移和月经状况、分子分型等明显相关( χ2=5.644、5.658、9.094、5.220、7.933, P<0.05)。 结论:GARS1-DT在乳腺癌中显著表达下调,通过顺式调控靶基因GARS1,影响乳腺癌临床病理因素。
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编辑人员丨4天前
