目的:了解山东省兰陵县羊携带志贺毒素基因 stx2k新亚型大肠埃希菌的情况及其分子特征。 方法:2019年11月采集山东省兰陵县不同养殖户的羊粪便512份，经EC肉汤增菌后PCR检测 stx基因，阳性样品分别接种科玛嘉(CHROMagar?)ECC及科玛嘉(CHROMagar?)STEC培养基，对 stx基因阳性菌株进行全基因组测序。根据基因组数据分析菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)情况及毒力基因携带情况。 结果:从512份羊粪中共分离86株产志贺毒素大肠埃希菌，包括5种不同的 stx亚型，其中 stx2k亚型菌株37株；86株菌分为20种O∶H血清型及18种不同ST型。 结论:山东省兰陵县羊携带的产志贺毒素大肠埃希菌在志贺毒素亚型、血清型及毒力基因等分子特征方面存在多样性，且检出了产志贺毒素2k新亚型的大肠埃希菌。

目的:了解2008年至2017年河南省睢县5岁以下腹泻患儿粪便标本中志贺菌的血清型分布和耐药情况。方法:采集2008年至2017年河南省睢县豆付元卫生室的4 721份5岁以下腹泻患儿粪便标本，细菌培养分离出志贺菌株。采用玻片凝集试验进行血清学分型。按比例选取271株志贺菌株，采用多重梯度聚合酶链反应检测毒力基因，Kirby-Bauer琼脂法进行药物敏感试验。采用趋势性卡方检验分析耐药性年度变化趋势。结果:4 721份粪便标本中志贺菌检出率为20.69%(977/4 721)。977株志贺菌共分为2群13种血清型，福氏志贺菌占77.79%(760/977)，宋内志贺菌占22.21%(217/977)，每年最常见的3种血清型呈交替变化。271株志贺菌中，福氏志贺菌优势基因携带模式为志贺菌肠毒素( Shigella enterotoxin, shET) -1＋、 shET-2＋、侵袭性质粒H抗原(invasion plasmid antigen H， ipaH)＋、侵袭相关毒力基因(invasion-associated locus, ial)＋，占84.04%(179/213)；宋内志贺菌为 shET-1－、 shET-2＋、 ipaH＋、 ial＋，占46.55%(27/58)。志贺菌对氨苄西林、萘啶酸、四环素的耐药率均>90%，对头孢吡肟和头孢他啶较敏感；对头孢噻肟、头孢吡肟、环丙沙星、氯霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率逐年上升，差异有统计学意义( χ2＝24.027、7.232、6.039、4.764、6.809，均 P<0.05)。98.52%(267/271)的菌株对3种以上抗菌药物耐药，福氏志贺菌对环丙沙星、诺氟沙星、氯霉素的耐药率均高于宋内志贺菌；对庆大霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率均低于宋内志贺菌，差异均有统计学意义( χ2＝31.866、14.868、83.036、68.534、14.738，均 P<0.01)。 结论:2008年至2017年睢县5岁以下腹泻患儿志贺菌每年主要流行的血清型不断发生变化，不同血清分型的优势基因携带模式不同。大多数分离菌株产生了多重耐药，且不同血清型的志贺菌耐药谱不同。

目的:了解我国不同来源产志贺毒素 stx2e亚型大肠埃希菌分离株的分子特征。 方法:对2012年—2018年间监测中发现的3株人源、13株动物源及8株食品来源的携带 stx2e基因亚型的大肠埃希菌进行体外抗生素敏感性试验并进行全基因组测序。根据全基因组序列，对菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)、毒力基因及耐药基因携带情况、系统进化关系及志贺毒素前噬菌体基因组成进行分析。 结果:24株菌分为19种O∶H血清型和19种序列(ST)型，均携带至少1种耐药相关基因，其中19株菌至少对一种抗生素耐药。3株人源菌株分别属于不同血清型及ST型，但存在与之相同血清型或ST型的动物、食品来源菌株；全基因组进化分析显示相同血清型或ST型的人源菌株分别与动物或食品源菌株具有较近亲缘关系。不同菌株间 stx2e序列高度相似(>99.7%)，但志贺毒素前噬菌体基因组成、大小等存在较大差异。 结论:本研究为我国对罕见的人源性 stx2e亚型大肠埃希菌菌株特征进行报道，结合动物及食品源性菌株，表明我国 stx2e亚型菌株具有高度遗传多样性，存在感染人的风险。

近年来，肠道菌群逐渐成为恶性肿瘤治疗相关研究的热点。肠道机会致病菌（如具核梭杆菌、脆弱拟杆菌）、肠道益生菌（如丁酸梭菌、乳酸菌）以及肠道致病菌（如沙门氏菌、志贺菌）可通过影响信号通路、调节自噬、调节免疫反应、产生代谢产物及毒素以及通过粪菌移植等途径影响结直肠癌放化疗和免疫治疗疗效及相关不良反应，同时为结直肠癌靶向治疗提供大量潜在靶点。进一步研究肠道菌群与结直肠癌非手术治疗的关系，可为结直肠癌非手术治疗相关基础与临床研究提供参考。

目的:了解人源非O157产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）抗生素耐药表型及耐药基因携带状况。方法:33株非O157 STEC菌株来自2011—2019年7个省份，包括青海、黑龙江（各1例），广西、山东（各2例），广东（4例），河南（11例），上海（12例），均分离自感染性腹泻患者粪便标本。采用改良微量肉汤法对非O157 STEC进行19种抗生素最小抑菌浓度（MIC）检测；通过全基因组测序进行O∶H血清分型、多位点序列分型（MLST）及耐药相关基因预测。结果:33株非O157 STEC分为19种O∶H血清型、17种MLST序列型；10株菌对1种或以上抗生素耐药，5株为多重耐药菌株，对四环素耐药率最高（30.3%，10株），并检出阿奇霉素耐药菌株（12.1%，4株），但所有菌株均对碳青霉烯类药物敏感；共检出22种耐药基因，全部菌株均携带 blaEC基因，并检出超广谱β-内酰胺酶（ESBL）基因型 blaCTX-M-15（3.0%，1株），首次检出 fosA7基因。 结论:中国7省份33株人源非O157 STEC中存在多重耐药和阿奇霉素耐药菌株，且携带多种耐药基因型，但均对碳青霉烯类药物敏感。

目的:评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）、血清学和多位点测序分型（MLST）方法对大肠埃希菌分型的效果。方法:使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列，使用在线软件SeroTypeFinder和 MLST获得血清型和序列型（ST）；采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs，使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST，并比较血清学和MLST分型结果。结果:将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型，203株大肠埃希菌被分为79个CT型别，76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强，辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高，调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌［O157∶H7（ST11）、O104∶H4（ST678）和O26∶H11（ST21）］菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4，检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%；根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7（ST11）和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论:基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果，预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。

目的:对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析，并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法:采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便，进行多重病原体核酸检测和分离培养，对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果:56份黏稀样粪便分离出38株宋内志贺菌（阳性率67.86%），血清型均为宋内志贺菌Ⅰ相；3份末梢水和井水革兰阴性菌（GN）增菌液荧光PCR检测志贺菌阳性；菌株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H（ ipaH）阳性（38份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）阳性（31份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）/肠毒素2基因（ sen）阳性（1份）；耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药，仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物；36株菌 XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致，其中3株菌株基因组ST型分析均为ST152型；全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群菌株引起，且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国菌株、1株韩国菌株聚集成一个大簇，而与其他国家的菌株距离较远。 结论:本起由水源污染单一宋内志贺菌克隆引起，分离株为低毒力株，呈多重耐药表型。

目的 对我国不同来源产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)分离株的致病潜力进行分级,为STEC的风险管理提供参考依据.方法 运用联合国粮食及农业组织和世界卫生组织于2018年联合发布的STEC与食品归因、表征和监测报告中提出的危害等级分级方法,对我国2018-2022年已发表的STEC数据进行分级分析.结果 分级结果显示,纳入研究的STEC菌株中72.9％为低危害菌株,26.0％为高危害菌株,1.1％为最高危害菌株.高危害菌株主要来自牛或牛肉食品(95.3％),仅有8株为最高危害菌株,分别来自牛和患者.结论 仅依据STEC菌株的血清型不足以作为菌株毒力评判标准,通过毒力基因组合对STEC感染风险进行分级是更可靠的方法.这一方法可为我国制定STEC监测和风险评估提供参考.

目的 了解浦东新区常见蝇种携带肠道传染病病原体情况,为蝇类防制和感染性腹泻病防控提供科学依据.方法 2021年4-11月每月下旬,采用网捕法,在农户、农贸市场、餐饮外环境3类场所采集家蝇,在公园、居民区、农贸市场3类场所采集丝光绿蝇和棕尾别麻蝇.对捕获的蝇种冷冻后分类鉴定,采用胃肠道感染微流体芯片V3进行感染性腹泻相关病原体筛查.采用Excel 2019和SPSS 22.0软件进行数据整理及统计分析.结果 共捕获家蝇1 544只、丝光绿蝇642只、棕尾别麻蝇509只,家蝇、丝光绿蝇和棕尾别麻蝇的病原体检出率分别为37.29％(44/118)、67.50％(27/40)和70.97％(22/31),差异有统计学意义(x2=17.936,P＜0.001).上述3个蝇种的细菌和病毒检出率差异均有统计学意义(x2=44.547,P＜0.001;x2=26.519,P＜0.001).家蝇共检出11种病原体(6种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为人芽囊原虫(占总检出病原体数量的42.37％)、札如病毒(占20.34％)和隐孢子虫(占10.17％);丝光绿蝇共检出12种病原体(7种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为产志贺毒素大肠埃希菌(STEC,占18.75％)、星状病毒(占13.75％)和札如病毒(占11.25％);棕尾别麻蝇共检出10种病原体(5种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为STEC(占22.22％)、星状病毒(占14.81％)和札如病毒(占14.81％).浦东新区家蝇携带病原体检出率最低,与另外2个蝇种的主要病原体有所差异.结论 浦东新区常见蝇种携带感染性腹泻病原体种类多样,且不同蝇种携带的病原体有所不同,应加强环境整治,科学制定蝇类防控策略.

目的 分析上海市浦东新区餐饮场所蜚蠊侵害及其肠道病原体携带情况,为餐饮场所蜚蠊防制和感染性腹泻病防控提供科学建议.方法 2021年4月-2022年3月,每月中旬使用蜚蠊诱捕器对上海市浦东新区12个街镇5种类型餐饮场所开展1次蜚蠊侵害调查和采样,对捕获的蜚蠊进行肠道病原体检测.采用Excel 2019、SPSS 22.0软件进行数据整理和统计分析.结果 浦东新区餐饮场所蜚蠊侵害率为20.83％,蜚蠊密度为0.74只/个,种类为德国小蠊(占65.79％)和黑胸大蠊(占34.21％),不同类型餐饮场所蜚蠊的构成比差异有统计学意义(x2=126.509,P＜0.001).企事业单位食堂蜚蠊侵害率和密度最高,分别为29.03％和1.32只/个.蜚蠊样本的病原体检出率为28.13％,检出札如病毒、诺如病毒、星状病毒、产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)、嗜水气单胞菌、人芽囊原虫和隐孢子虫共7类病原体53组.德国小蠊携带的优势病原体为札如病毒、人芽囊原虫和STEC,黑胸大蠊携带的优势病原体为札如病毒、STEC和嗜水气单胞菌.结论 浦东新区餐饮场所蜚蠊携带多种人体肠道病原体,应重视餐饮场所的蜚蠊防制,有针对性地制定控制策略.