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基于机器学习的利用药物标签信息定量预测药物-药物相互作用
编辑人员丨6天前
目的 用现有药代动力学(PK)药物相互作用(DDI)信息的数据库,构建出可用于预测AUC倍数变化(FC)的机器学习模型,用于探究对现有DDI预测的可能,为临床用药提供一定的合理建议.方法 从美国食品药品监督管理局(FDA)认证的药品标签中提取DDI的PK数据和AUC倍数变化的数据.通过DrugBank检索出DDI有关的多肽和药效学(PD)信息,用蛋白质资源(UniProt)对相关多肽ID进行药物类型(PPDT)标识,用矩阵归一化的代码生成便于分析的多维向量数据.PPDT对AUC的影响和所产生的倍数变化作为因变量,进行机器学习模型构建.用均方根误差(RMES)值最小的模型进行模型构建,训练出袋装决策树(Bagged)预测模型.利用训练好的模型对部分药物检验,检测模型的预测性别.通过查阅现有的有关检测DDI对的文献研究结果,对预测值进行分析比较,对模型进行评价.结果 检验模型药物对共16对,分别为16种药物对他克莫司的影响,发现对DDI的有无预测准确率为81.25%;预测结果根据FDA标准分类强弱,结果表明,DDI强弱预测,偏离较大的预测较少.结论 模型预测DDI的有无评价一般;但对DDI的强弱分类后,对DDI的预测结果较好,预测结果说明模型预测性能对于在临床试验之前进行潜在的DDI评估具有一定的参考价值.
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编辑人员丨6天前
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鹿茸多肽多功效研究进展
编辑人员丨6天前
鹿茸作为传统名贵中药材,医用历史悠久,功效广泛,针对肾阳不足、精血亏虚、阳痿滑精、宫冷不孕、腰脊冷痛、筋骨痿软、崩漏等症状均有良好疗效.研究发现鹿茸的多重功效与其最主要的活性成分鹿茸多肽密切相关.作为代表性动物源中药多肽,鹿茸多肽的相关研究揭示了鹿茸的物质基础和作用机制,不断为我们展现传统中药的现代奥秘.鹿茸多肽的提取方式需要保证活性和营养的最大保存,主要采用酶解法、溶液萃取法、CO2超临界提取法等.笔者通过查阅国内外相关文献,系统性地归纳与总结了鹿茸多肽在人体多个系统中重要的治疗作用和保健价值,对鹿茸多肽修复神经、改善血管心肌、减轻肝细胞损伤、调节骨骼活动等多重功效进行重点介绍.为进一步挖掘开发动物药资源宝库提供理论参考,为源自动物药多肽创新药的研发提供新思路.
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编辑人员丨6天前
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胰腺神经内分泌癌合并皮肌炎一例
编辑人员丨6天前
神经内分泌肿瘤(neuroendocrine neoplasms,NENs)是来源于具有神经内分泌标志物的细胞且可以产生生物活性物质和/或多肽类激素的一类肿瘤,其中神经内分泌癌(neuroendocrine carcinoma, NEC)是病理分级为高级别的一种NENs。有报道称,皮肌炎(dermaomyositis, DM)与恶性肿瘤的发生具有相关性,但合并胰腺癌较为少见,合并胰腺NEC的更是鲜有报道,我科收治了一例胰腺NEC合并皮肌炎的患者,明确诊断后给予抗肿瘤治疗,二者均好转,本文旨在讨论胰腺NEC的诊治经过以及皮肌炎与恶性肿瘤发生的内在联系,为临床提供借鉴。
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编辑人员丨6天前
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外泌体靶向运载整合素αv/β3的小干扰RNA对未分化甲状腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨通过外泌体靶向运载整合素αv/β3小干扰(si)RNA(si-αv/β3)对未分化甲状腺癌(ATC)细胞的增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法:采用蛋白质印迹法(Western blot)检测整合素αv/β3在ATC细胞系(8505C、Hth7)及人正常甲状腺细胞(上海生命科学院细胞所)中的表达;将含内化精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸多肽(iRGD)的质粒转染人源胚胎肾细胞HEK-293T后采用超高速离心法得到靶向外泌体,采用PKH26染色验证其靶向性;进一步通过转染获得靶向运载si-αv/β3的外泌体iRGD-exos-si-av/β3(载siRNA组),将其同8505C细胞共孵育后,采用荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和Western blot检测载siRNA组与空载外泌体组8505C细胞内整合素αv/β3的mRNA和蛋白表达水平。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、划痕实验和Transwell检测8505C细胞的增殖、迁移及侵袭能力。两样本间比较采用 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。 结果:整合素αv/β3在8505C及Hth7细胞中的表达量显著高于人正常甲状腺细胞(αv:1.04±0.12、0.90±0.11比0.31±0.01, F=50.11, P<0.01;β3:0.93±0.23、0.89±0.16比0.33±0.27, F=6.81, P<0.05)。iRGD靶向外泌体在细胞中的荧光信号明显高于非靶向外泌体组(47.18±10.39比5.64±1.43, t=6.86, P<0.05)。转染si-αv/β3至8505C细胞后,mRNA水平表达显著低于对照组(αv:0.20±0.01比1.21±0.14, t=12.49, P<0.05;β3:0.21±0.02比1.01±0.18, t=7.90, P<0.05);蛋白表达水平亦显著低于对照组(αv:0.45±0.03比0.88±0.06, t=10.33, P<0.05;β3:0.48±0.09比1.10±0.11, t=9.02, P<0.05)。iRGD-exos-si-av/β3与空载外泌体组分别与8505C细胞共孵育后,前者mRNA水平表达明显低于空载组(αv:0.30±0.08比1.05±0.02, t=16.75, P<0.05;β3:0.27±0.05比1.29±0.20, t=8.71, P<0.05);蛋白水平表达亦低于对照组(αv:0.60±0.30比1.20±0.23, t=5.72, P<0.05;β3:0.24±0.11比1.26±0.14, t=16.23, P<0.05)。载si-αv/β3的靶向外泌体组的细胞增殖率在不同时间点均明显低于空载组[载si-αv组:12 h,(1.84±0.34)%比(3.86±0.47)%, t=6.07, P<0.05;24 h,(2.70±0.28)%比(6.52±0.29)%, t=15.99, P<0.05;48 h,(3.62±0.25)%比(8.93±0.15)%, t=31.16, P<0.05;载si-β3组:12 h,(2.07±0.15)%比(3.86±0.15)%, t=6.35, P<0.05;24 h,(3.48±0.10)%比(6.52±0.29)%, t=16.98, P<0.05;48 h,(3.85±0.22)%比(8.90±0.15)%, t=32.62, P<0.05]。划痕24 h和48 h载si-αv/β3的靶向外泌体组的细胞迁移率均低于空载组[24 h:载si-αv组为(13.00±1.10)%比(36.00±4.00)%, t=9.60, P<0.01;载si-β3组为(7.00±1.60)%比(36.00±4.00)%, t=11.34, P<0.01;48 h:载si-αv组为(17.00±1.20)%比(65.00±2.50)%, t=28.89, P<0.01;载si-β3组为(22.00±1.80)%比(65.00±2.50)%, t=24.01, P<0.01]。载si-αv/β3组的细胞迁移数均低于空载组[载si-αv组:(3 361.67±860.52)个比(7 620.67±1 008.46)个, t=5.56, P<0.05;载si-β3组:(2 868.33±1 499.92)个比(7 620.67±1 008.46)个, t=4.55, P<0.01]。 结论:iRGD靶向外泌体运载si-αv/β3通过下调ATC细胞中整合素αv/β3的表达有效减弱其增殖、迁移和侵袭能力。
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编辑人员丨6天前
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非编码RNA编码多肽的研究进展
编辑人员丨6天前
非编码RNA(ncRNA)过去被认为是一类不具备蛋白编码功能的基因转录产物,但越来越多的研究表明部分ncRNA能够编码产生功能性多肽,且通过测序、质谱等技术可以证实此类ncRNA和多肽往往具有较高的保守性和同源性。本文以“非编码RNA”和“多肽”为关键词在多个数据库进行了相关研究的检索,对编码多肽的ncRNA特征、编码多肽的检测方法、生物学功能及其临床应用价值进行了综述。结果表明这些功能性多肽参与了包括调节肿瘤发生发展、调节肌肉活动以及调节免疫应答等过程,将来可将ncRNA来源的多肽作为一类新型的标志物在疾病早期诊断、疗效判断及预后观察等方面发挥重要作用,同时将ncRNA编码的多肽作为靶点亦可为肿瘤的个体化精准治疗提供新的思路。
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编辑人员丨6天前
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高级别卵巢浆液性癌组织中ETAR mRNA表达的临床意义及ETAR来源融合多肽抑癌作用的研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨高级别卵巢浆液性癌(HGSOC)组织中内皮素A受体(ETAR)表达的临床意义;设计ETAR羧基末端(ETAR-C)氨基酸序列来源的ETAR-C融合多肽,研究其对卵巢上皮性癌(卵巢癌)细胞的体外抑癌作用。方法:(1)选择2007年1月1日至2017年12月31日在徐州市中心医院接受手术治疗、术后病理检查确诊为HGSOC且有完整临床病理资料及随访资料的患者共126例,收集其癌组织标本,采用逆转录-PCR技术检测HGSOC组织中ETAR mRNA的表达,并分析其临床意义。(2)以ETAR-C氨基酸序列为基础设计ETAR-C融合多肽,通过体外表达、纯化ETAR-C融合多肽,采用划痕实验、侵袭实验分别检测ETAR-C融合多肽处理后卵巢癌SKOV3和CAOV3细胞的迁移、侵袭能力,四甲基偶氮唑蓝(MTT)比色法检测ETAR-C融合多肽处理后顺铂耐药卵巢癌SKOV3/cDDP和CAOV3/cDDP细胞的化疗敏感性,蛋白印迹(western blot)法检测ETAR-C融合多肽处理后卵巢癌SKOV3和CAOV3细胞中β抑制蛋白1(β-arrestin-1)的表达。结果:(1)HGSOC组织中ETAR mRNA的相对表达水平为18.6±5.1,X-Tile软件分析显示最佳截断值为61.7%,据此将HGSOC患者分为ETAR mRNA高表达(76例)和低表达(50例)。ETAR mRNA高表达与HGSOC患者的腹水量、铂类药物耐药和血清癌抗原125(CA 125)水平均显著有关( P均<0.05),而与HGSOC患者的年龄、术后残留灶大小无关( P均>0.05);ETAR mRNA高表达和低表达患者的5年无进展生存率分别为18.4%、28.0%,5年总生存率分别为38.2%、52.0%,两者分别比较,差异均有统计学意义( P=0.046, P=0.034)。(2)划痕实验和侵袭实验结果均显示,内皮素1(ET-1)、ET-1+ETAR-C分别处理后SKOV3和CAOV3细胞的划痕愈合率和细胞侵袭率分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05)。MTT比色法检测显示,加入不同浓度(4、6、8、10、12、24 μg/ml)顺铂后,ETAR-C融合多肽处理后的SKOV3/cDDP和CAOV3/cDDP细胞的抑制率均显著高于对照细胞( P均<0.05)。western blot法检测显示,ET-1、ET-1+ETAR-C分别处理后SKOV3细胞(分别为1.85±0.09、1.13±0.09)和CAOV3细胞(2.14±0.15、1.66±0.12)中β-arrestin-1蛋白的表达水平分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05)。 结论:ETAR mRNA高表达HGSOC患者的预后显著差于ETAR mRNA低表达者,ETAR可能成为HGSOC治疗的新靶点。干扰ETAR与β-arrestin-1相互作用的ETAR-C融合多肽具有良好的体外抑制卵巢癌细胞的效果,具有临床应用潜力。
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编辑人员丨6天前
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人羊膜间充质干细胞改善小鼠自身免疫性卵巢功能不全及子宫内膜容受性
编辑人员丨6天前
目的:探索人羊膜间充质干细胞(human amniotic mesenchymal stem cells,hAMSCs)对自身免疫性早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)小鼠卵巢功能和子宫内膜容受性的影响。方法:使用透明带3多肽-弗氏免疫佐剂诱导小鼠自身免疫性POI,一次性尾静脉注射移植hAMSCs 1×10 6细胞/只,将动物分为正常组( n=10)、模型组( n=15)、hAMSCs组( n=15),阴道涂片监测动情周期,酶联免疫法检测血清卵泡刺激素(follicle-stimulating hornome,FSH)、雌二醇与抗苗勒管激素(anti-Müllerian hormone,AMH)含量,HE染色观察卵巢和子宫病理组织学变化,免疫组织化学检测子宫同源框A10(homeobox A10,HOXA10)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和FSH受体(FSH receptor,FSHR)蛋白表达,综合评价子宫内膜容受性。 结果:hAMSCs移植6周,hAMSCs组动情周期异常率[40.00%(6/15)]低于模型组[86.67%(13/15), P=0.021]。与模型组血清FSH[(10.239±1.091)μg/L]、雌二醇[(103.325±4.952)ng/L]和AMH[(1.133±0.494)μg/L]水平相比,hAMSCs组FSH水平[(7.664±0.735)μg/L]明显降低( P<0.001),雌二醇[(126.883±23.370)ng/L]和AMH[(2.204±0.453)μg/L]水平均明显升高( P=0.015, P<0.001)。与模型组不同,hAMSCs组卵巢指数、子宫指数增高;卵巢组织不同发育阶段的卵泡数增加,间质纤维化和闭锁卵泡少见,子宫壁与子宫内膜增厚,腺体数量和体积增加。HOXA10吸光度(absorbance, A)值hAMSCs组(5.90±1.94)高于模型组(2.79±1.27, P=0.029),TNF-α A值hAMSCs组(3.83±1.23)低于模型组(6.26±0.96, P=0.002);FSHR A值hAMSCs组(3.61±1.66)与模型组(2.74±0.22)差异无统计学意义( P>0.05),但模型组低于正常组(4.13±0.54, P=0.006)。 结论:移植hAMSCs在恢复自身免疫性POI小鼠卵巢功能的同时,可明显改善子宫内膜容受性,有助于提高生育能力。
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编辑人员丨6天前
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人源性多肽作为乳腺癌生物标志物的初步研究
编辑人员丨6天前
检测人源性多肽(DCD)在乳腺癌组织中的表达情况,初步探讨DCD作为乳腺癌新的生物标志物可能性。研究发现DCD在乳腺癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,DCD可能通过调节NCK-WASP-Arp2/3通路影响乳腺癌细胞的生长,DCD有可能成为乳腺癌筛查和诊断的生物学标志物。
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编辑人员丨6天前
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LncRNA Gm13568调控A1型星形胶质细胞活化及在EAE小鼠病变中的作用
编辑人员丨6天前
目的:探讨长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNA)Gm13568对A1型星形胶质细胞活化及实验性自身免疫性脑脊髓炎(experimental autoimmune encephalomyelitis,EAE)小鼠疾病进程的影响与分子机制。方法:构建特异性靶向星形胶质细胞的lncRNA Gm13568沉默与对照的重组慢病毒载体,分别命名为LV-Inhibit-Gm13568和LV-ctrl,并包装病毒。1×10 7 TU病毒悬液静脉注射入C57BL/6小鼠体内7 d后,髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55(myelin oligodendrocyte glycoprotein 35-55,MOG 35-55)多肽诱导EAE模型。实验分为PBS组、EAE组、LV-ctrl+EAE组和LV-Inhibit-Gm13568+EAE组,采用双盲法每日对小鼠进行神经功能评分。EAE小鼠诱导后23 d,取各组小鼠脊髓组织,利用real-time PCR测定A1型星形胶质细胞活化指标Serping 1、C3、Srgn和H2-T23的mRNA转录水平,同时测定IL-6、TNF-α、巨噬细胞趋化蛋白-1(macrophage chemotactic protein-1, MCP-1)和干扰素诱导蛋白-10(interferon-inducible protein-10, IP-10)的生成变化;Western blot检测脊髓组织胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein,GFAP)和Notch1的表达及信号转导与转录激活子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)的磷酸化水平(phosphorylated STAT3, p-STAT3);免疫荧光法检测各组脊髓组织中Notch1活化后的胞内段蛋白(Notch1 intracellular domain,NICD)与GFAP的共表达;HE和劳克坚牢蓝染色(Luxol fast blue,LFB)分别观察脊髓组织内炎症细胞浸润及髓鞘脱失变化。 结果:与PBS组比较,EAE组和LV-ctrl+EAE组小鼠A1型星形胶质细胞活化增生,Notch1的表达显著上调。沉默内源性lncRNA Gm13568后,与LV-ctrl+EAE组比较,小鼠的神经功能评分在抗原诱导后23 d从平均3.5分下降至1分以下,临床症状缓解,A1型星形胶质细胞活化降低,同时炎性因子及趋化因子生成减少;Notch1、GFAP、NICD的蛋白质表达水平和STAT3的磷酸化水平显著降低;小鼠脊髓组织炎性细胞浸润与髓鞘脱失显著减轻。结论:LncRNA Gm13568可能通过调控Notch1/STAT3信号调控A1型星形胶质细胞的活化,从而调节炎性因子及趋化因子的产生,参与EAE的病变进程。
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编辑人员丨6天前
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发热伴血小板减少综合征病毒的人源CD8 + T细胞表位鉴定
编辑人员丨6天前
目的:鉴定发热伴血小板减少综合征病毒的CD8 + T细胞表位,为了解抗病毒免疫机制和疫苗设计提供参考。 方法:基于生物信息学方法在SFTSV非结构蛋白中预测潜在表位,利用酶联免疫斑点吸附试验、胞内因子染色、四聚体染色验证表位的免疫原性,体外复性试验验证表位与人白细胞分化抗原的结合力。结果:NS-3多肽能刺激特异性CD8 + T分泌多种细胞因子,且诱导CD107a表达水平升高。康复病例中检测到NS-3表位特异性CD8 + T细胞分群。NS-3与HLA-A*3001能稳定结合。 结论:从SFTSV的NS蛋白中鉴定到首个人源HLA-A*3001限制性CD8 + T细胞表位NS-3,为疫苗开发提供依据。
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编辑人员丨6天前
