目的:对2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件中分离的41株金黄色葡萄球菌（金葡菌）进行肠毒素、肠毒素基因、耐药性、耐药基因情况以及分子分型分析。方法:对2起食物中毒样本分离的41株金黄色葡萄球菌，通过多位点序列分型（MLST）和 spa基因分型方法进行分子分型；ELISA检测菌株产肠毒素型别；PCR检测肠毒素基因；采用纸片扩散法对菌株进行药敏检测。选取21株代表性菌株进行全基因组测序，分析其耐药性和毒力基因，运用Snippy进行同源性分析。 结果:2起食物中毒的41株菌经MLST和 spa基因分型方法分为ST6-t701和ST7-t091。耐药性分析显示，27株ST7-t091中有2株鉴定为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），其余25株ST7-t091为甲氧西林敏感金色葡萄球菌（MSSA），对7种抗菌药物耐药；14株ST6-t701菌株的耐药谱完全一致，对6种抗菌药物耐药。PCR结果显示，所有菌株都携带 sea基因。全基因组分析显示，21株金葡菌具有相同毒力基因谱 scn、 sak、 sea、 hla、 hld、 hlgA、 hlgB、 hlgC、 lukD，携带的 scn-sak-sea属于人类免疫逃避基因簇D型，位于前噬菌体?Sa3上。单核苷酸多态性同源分析显示，2株MRSA ST7-t091高度同源，而12株MSSA ST7-t091和7株MSSA ST6-t701分别聚为一簇。 结论:2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件分别为MRSA ST7-t091和MSSA ST7-t091混合感染以及MSSA ST6-t701感染引起，菌株耐药性较强且具有高致病力。

目的:了解青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）种群结构及地区分布特征。方法:选取1954 - 2020年分离自青藏高原鼠疫自然疫源地的319株代表性鼠疫菌，利用全基因组测序技术，比对全球鼠疫菌系统发育树纳入的2 298个SNP位点；并采用MEGA 6.0软件对319株青藏高原鼠疫菌构建系统发育树，确定该疫源地鼠疫菌的SNP种群结构，描述其地区分布特征。结果:青藏高原鼠疫自然疫源地分离的319株鼠疫菌分布在5个分支中，分别为1.IN、2.ANT、3.ANT、0.PE和2.MED。1.IN分支包含209株（65.52%，209/319）菌株，为青海省鼠疫菌的优势种群，占90.51%（143/158）；2.ANT分支包含83株（26.02%，83/319）菌株，为西藏自治区鼠疫菌的优势种群，占67.24%（78/116）；3.ANT、0.PE、2.MED分支分别包含12（3.76%，12/319）、9（2.82%，9/319）、6株（1.88%，6/319）菌株，散在分布于青藏高原范围内青海省、甘肃省、四川省、西藏自治区、新疆维吾尔自治区。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌的SNP种群结构较为丰富，菌株分布在1.IN、2.ANT、3.ANT、0.PE和2.MED 5个分支，总体呈现特定地区分布特征。

目的:探究西藏自治区鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）规律成簇间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR）基因型及其地区分布特征。方法:选取西藏自治区鼠疫自然疫源地内不同时间、地区、宿主、媒介体内分离的125株代表性鼠疫菌株作为实验菌株，采用苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。应用3对CRISPR引物（针对YPa、YPb、YPc 3个位点）分别对实验菌株DNA进行PCR扩增，经测序确定鼠疫菌CRISPR基因型。结果:125株鼠疫菌均具有YPa、YPb、YPc 3个CRISPR位点，共发现18种间区序列（spacer），其中YPa位点8种、YPb位点6种、YPc位点4种；新发现spacer 2种，分别为b52、c14。经CRISPR基因分型，共有G1、G7、G7-b4′′′、G7-b52、G7-c2 -、G8、G22、G22-a4 -、G22-b4′′′、G22-c14 10种基因型，其中6种为新发现基因型。125株实验菌株中，以G7型为主要基因型，占65.6%（82/ 125），在西藏自治区下辖的6个地级市和1个地区均有分布；其次为G22、G7-c2 -型，分别占14.4%（18/ 125）、11.2%（14/125），其中G22型分布于那曲市、昌都市、拉萨市及阿里地区，G7-c2 -型分布于日喀则市和山南市。 结论:西藏自治区鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR位点遗传多态性较高，不同基因型的鼠疫菌株具有明显的地区分布特征。

目的:明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别，比较不同 emm型别GAS的基因结构及基因变异性，阐明猩红热病原学的流行、进化规律。 方法:回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本，保存GAS菌株，进行 emm基因分型，选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序，通过比较基因组学分析，描述GAS菌株基因组多态性，并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树，阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。 结果:在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中，共检测到8种 emm型别， emm12.0及其亚型(108/176株，61.4%)占比最高，其次为 emm1.0及其亚型(53/176株，30.1%)，两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示，GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性， emm12.0型菌株SNP数[183(163，213)个]大于 emm1.0型菌株SNP数[63(54，75)个]，差异有统计学意义( P<0.05)；InDel分析中， emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3，6)个]和缺失数[8(6，10)个]大于 emm1.0型菌株[1(0，2)个，5(3，7)个]。以MGAS5005参考序列，基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。 结论:引起儿童猩红热的GAS菌株型别以 emm12.0型、 emm 1.0型多见，不同型别菌株基因组组成之间存在差异， emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。

目的:检测肺炎球菌疫苗功能性抗体的标准株分子特征分析，为肺炎球菌疫苗的临床评价奠定基础。方法:对24株检测肺炎球菌疫苗功能性抗体的标准株的16S rRNA基因片段进行PCR扩增、测序，并运用多位点序列分析(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法，对相关菌株进行分子分型。结果:16S rRNA基因序列比对结果显示24株菌株的基因序列与肺炎链球菌模式株NCTC 7465的16S rRNA基因序列(LN831051)的相似性在98.35%~99.86%之间，碱基的差异在2~23 bp；多位点序列分析结果显示24株标准菌株的ST型各不相同；PFGE分析结果表明24株标准菌株100~1 000 Kb大小的DNA片段得到了较好的分离效果，各血清群/型的菌株各具其特征性的条带(12~15个片段)。结论:本研究发现检测肺炎球菌疫苗功能性抗体的标准株的ST型和PFGE图型均不相同，具有代表性，为肺炎球菌功能性抗体检测用标准菌株质量控制方法提供参考。

生物固氮是生态系统氮素的主要来源,而土壤根瘤菌的多样性及其在大豆上的应用效果还需深入研究.本研究采集了东北黑土大豆种植区8个样点的大豆土壤根瘤样本,共分离出94株菌,经16S rRNA及共生基因(nodC、nifH)分析鉴定,其中70株为根瘤菌,且均属于慢生根瘤菌属.为进一步验证根瘤菌的应用效果,根据系统发育分析结果挑选了 7株代表性土著根瘤菌,基于实验室条件开展了菌株与大豆结瘤及促生能力测定试验.结果表明:与不接种根瘤菌的对照相比,7株土著根瘤菌都具有较好的促生及结瘤能力,其中,菌株H7-L22和H34-L6的表现尤为突出,前者处理的大豆株高显著提高了 25.7％,后者处理的大豆根瘤干重比其他土著根瘤菌处理高20.9％～67.1％.选取这两株高效根瘤菌进一步开展大豆根瘤菌接种田间试验,发现接种混合根瘤菌剂的促生效果显著优于单一接种处理,与不接种对照相比,H7-L22处理的大豆增产8.4％,而混合菌剂处理的大豆产量增加了 17.9％,同时大豆的四粒荚数也显著提升.综上,根瘤菌菌剂的应用能够显著提升大豆产量,从而减少大豆生产过程中对氮肥的依赖,有助于提升土壤健康水平,促进东北黑土地区农业的绿色发展.

目的 探索疑似埃可病毒病原体感染标本的分离鉴定,了解埃可病毒11型(ECHO 11)生长特性及进化特征.方法 将2021年广东省广州市发热、急性扁桃体炎患儿的咽拭子标本接种人横纹肌肉瘤细胞(RD)进行病毒分离培养通过巢式反转录聚合酶链反应及一步法聚合酶链反应等方法对疑似埃可病毒病原体进行鉴定;扩增分离株VP1基因全长序列,选择全球有代表性流行株,绘制进化树,确定分离株的基因型并研究分离株在细胞中的生长动力学.结果 从患者咽拭子标本中分离出 ECHO 11毒株,命名为Qi-2023.分离株在RD细胞中能有效增殖,病毒滴度随着复制时间的增加而上升,3～12 h之间病毒增殖最快.进化树结果表明该分离株与D型代表株聚类在一起,VP1基因核苷酸相似性为84.42％～99.08％.且与D5亚型同源性最高,VP1基因核苷酸相似性99.08％.结论 从疑似肠道病毒感染患者的咽拭子中成功分离出一株ECHO 11,为D5亚型.这些研究将为ECHO 11感染防控提供实验室数据参考.

目的 头孢他啶/阿维巴坦(CZA)是治疗碳青霉烯耐药铜绿假单胞菌(CRPA)的一种有效的替代抗生素,在临床上被广泛应用,然而CZA耐药CRPA菌株的出现使得治疗铜绿假单胞菌感染的难度不断增加.本研究旨在通过体外时间杀菌分析,探讨多黏菌素(COL)对携带不同碳青霉烯耐药基因的CZA耐药铜绿假单胞菌菌株的体外杀菌活性,为铜绿假单胞菌感染的临床治疗提供科学依据.方法 从浙江省的一家三甲医院收集了CZA耐药的铜绿假单胞菌菌株.通过聚合酶链反应(PCR)和全基因组测序筛选了携带不同碳青霉烯耐药基因的5株代表性铜绿假单胞菌菌株,包括携带blaKPC-2的PA4696、携带blaKPC-90的PA2207、携带blaKPC-33的PA1308、携带blaVIM的PA2070、携带blaIMP-45的PA6227.通过微量肉汤稀释法确认了实验菌株的抗生素敏感性.对COL敏感的菌株进行重复的时间杀菌实验.结果 5株CRPA菌株均对CZA耐药(MIC≥16/4 mg/L),对COL敏感(MIC≤2 mg/L);其中携带blaIMP-45的菌株PA6227表现出特殊的药敏表型(ISMR),对亚胺培南(IPM)敏感(MIC=2 mg/L)而对美罗培南(MEM)(MIC=128 mg/L)等其他碳青霉烯类药物耐药.时间杀菌曲线显示,5株CZA耐药的铜绿假单胞菌菌株在前2～8 h被不同浓度的COL完全抑制,但随后恢复生长.结论 COL对CZA耐药的CRPA菌株具有体外杀菌活性,但不能单独使用.不同类型的碳青霉烯耐药基因会影响CZA的作用效果,但与COL的杀菌活性无关,携带不同碳青霉烯耐药基因的分离株均在不同时间恢复生长.在治疗铜绿假单胞菌感染时,可以调整给药间隔或药物浓度,以维持COL的浓度,从而获得更好的治疗效果.同时应注意具有ISMR这一特殊药敏表型的CRPA在临床上的出现,避免抗生素的不合理应用.

目的 探讨安徽省马鞍山市公共洗浴场所淋浴水中嗜肺军团菌的污染状况及分布,分析分离菌株全基因组信息及毒力基因和耐药基因预测情况,为军团菌病防控提供数据支撑.方法 2020-2021年,从马鞍山市区3个行政区内49家公共洗浴场所采集216份淋浴水,进行嗜肺军团菌分离培养、血清分型及PCR方法鉴定.对分离菌株进行全基因组测序、组装,预测毒力基因与耐药基因,同时将血清型1型嗜肺军团菌与来源于国内外已发表的代表性菌株构建系统发育进化树.结果 49家公共洗浴场所有27家检出嗜肺军团菌,阳性率为55.10％,3个不同行政区公共洗浴场所嗜肺军团菌阳性率差异有统计学意义(x2=13.070,P＜0.05),共采集216份淋浴水,其中66份检出嗜肺军团菌,检出率为30.56％(66/216),共得到嗜肺军团菌91株,包含6种不同血清型,以1型和3型为优势菌型.全基因组测序分析得出的91株嗜肺军团菌基因组大小3.10 Mb～3.80 Mb,G+C含量38.08％～41.02％,毒力基因预测得到294～432种毒力因子,其中175种毒力因子在91株菌株中均被检测到,主要包括分泌系统相关基因、鞭毛合成相关基因、鞭毛运动相关基因等,耐药基因预测得到20种耐药基因,主要产生对磺胺类、氟喹诺酮类、利福平等抗生素的耐药性.系统发育进化树显示2株1型嗜肺军团菌与丹麦分离株的同源性高度一致.结论 马鞍山市公共洗浴场所淋浴水存在明显的嗜肺军团菌污染,全基因组测序预测出多种毒力基因和耐药基因,提示要加强公共场所淋浴水的消毒,严格监管,预防军团菌病的发生.

目的:研制白喉棒杆菌核酸检测试剂用国家参考品.方法:将6株白喉棒杆菌和10株非白喉棒杆菌代表性菌株在各自适宜的环境下培养,经菌株鉴定后,制备灭活菌液,对候选参考品进行均匀性和稳定性的评估以及准确性、特异性、重复性和最低检出限的验证研究,并组织3家实验室进行协作标定.结果:研制出白喉棒杆菌核酸检测试剂用候选参考品,由6个阳性参考品、10个阴性参考品、最低检出限参考品和重复性参考品组成.证实该候选参考品均匀性及稳定性良好,准确性、特异性及重复性好,最低检出限可达1.0× 103～1.0×104个菌·mL-1.协作标定结果也进一步表明阳性、阴性、重复性和最低检出限候选参考品均符合国家参考品的各项要求.结论:研制出的白喉棒杆菌核酸检测试剂参考品,可用于相关试剂盒的质量控制和评价.