目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

目的:初步建立纳米孔16S测序技术检测下呼吸道感染细菌性病原的流程和方法，并评估其可行性。方法:收集北京医院呼吸与危重症医学科2019年7月至2020年9月就诊的33例下呼吸道感染患者的支气管肺泡灌洗液标本，进行纳米孔16S测序。采用χ2检验对16S测序结果和细菌培养结果进行统计分析，比较病原检出率以及病原种类，对纳米孔测序在病原体检测的应用进行评估。结果:33例患者的16S测序病原检出率高于传统的细菌培养［75.8%（25/33），45.5%（15/33），χ2=5.140， P<0.05］。25份纳米孔16S测序阳性样本中，共检测出16种病原体，主要包括副流感嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、鲍曼不动杆菌、琼氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、粪肠球菌、鹑鸡肠球菌、纹带棒状杆菌、副胞内分枝杆菌、黏质沙雷菌、 Insuavis无色杆菌、默氏枸橼酸杆菌以及肺炎支原体，多于临床培养检测的6种病原体，包括副流感嗜血杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌和嗜麦芽窄食单胞菌（χ2=7.949， P<0.05）。纳米孔16S测序比对至种水平的序列占属水平的80.0%（60.0%，86.0%），与细菌培养结果的一致率为33.3%（11/33）。 结论:本研究建立的纳米孔16S扩增子测序流程能够从下呼吸道感染患者的支气管肺泡灌洗液中快速鉴定细菌性病原。纳米孔16S扩增子测序病原检出率高，检出病原种类多于细菌培养，且可以将多数细菌鉴定至种水平。该技术是一种非常有潜力的平台，具有广阔的应用前景。

目的:基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构。方法:选取2016年3月至2020年3月本院收治的肾结石患者102例为研究对象，均行经皮肾镜取石术。采用16SrRNA测序技术检测结石标本和尿液标本中的微生物信息，根据结石成分将标本分为碳酸磷灰石组、草酸钙组、磷酸铵镁组、尿酸组，分析各组样本菌群的多样性和丰富度。结果:结石标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主，科水平以肠杆菌科、黄单胞菌科、假单胞菌科为主，属水平以寡养单胞菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属为主；变形菌门是四组结石标本中的优势菌门(>55%)，磷酸铵镁组中放线菌门和无壁菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，碳酸磷灰石组、草酸钙组中厚壁菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，尿酸组中拟杆菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>5%)；在属水平中，磷酸铵镁组中的优势菌是奇异变形杆菌、寡养单胞菌属、棒状杆菌属，碳酸磷灰石组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、金黄杆菌属，草酸钙组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、短波单胞菌属，尿酸组是寡养单胞菌属、假单胞菌属、金黄杆菌属。尿液标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、无壁菌门为优势菌(>13%)，属水平以假单胞菌属、支原体属、克雷伯氏菌属为优势菌(>8%)；结石标本和尿液标本α多样性指标比较，差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:肾结石患者结石标本中寡养单胞菌、金黄杆菌和短波单胞菌含量较高，而尿液中则以假单胞菌属、支原体菌属、乳酸杆菌属为优势菌。

目的:探究变应性鼻炎（AR）及非变应性鼻炎（nAR）患者的鼻腔菌群特征及差异菌的致病作用。方法:选取2022年2—7月于哈尔滨医科大学附属第二医院鼻科门诊就诊的AR患者35例、nAR患者35例为试验组，选取同期体检的健康人群20名为对照组，合计男性39例，女性51例，年龄8~55岁。利用16SrDNA高通量测序分析3组受试者鼻腔菌群相对丰度特征，使用R软件进行Alpha多样性指数分析，利用LEfSe、Metastats、 t检验进行组间差异分析，同时利用R软件分析菌群的作用及与环境因子的关系。 结果:3组样本的菌群构成存在显著差异，AR组内金黄色葡萄球菌（ P=0.032）、丙曲棒状杆菌（ P=0.032）的相对丰度显著高于nAR组，鼠李乳杆菌、昆可乳杆菌、产碱菌（ P值分别为0.016、0.005、0.001）的相对丰度显著低于nAR组，nAR组内嗜黏蛋白阿克曼菌的相对丰度高于对照组（ P=0.009）。环境因子相关性分析显示昆可乳杆菌与IgE呈负相关关系（ P=0.044），鼠李乳杆菌与年龄呈正相关关系（ P=0.019）。分别构建5个属的AR、nAR随机森林预测模型，AR组肺炎链球菌-FF10、黄体假单胞菌、副氏假单胞菌、熊不动杆菌和固氮杆菌模型的曲线下面积（AUC）为100%（95%CI：100%~100%），nAR组副氏假单胞菌、固氮杆菌、巴拉蒂梭菌、土瑞酸杆菌和黄链球菌模型的AUC为98.4%（95%CI：94.9%~100%）。 结论:AR、nAR患者与健康受试者鼻腔菌群相对丰度显著不同，菌群丰度的改变与AR及nAR的发生具有显著关系。菌群的联合检测具有诊断AR及nAR患者的潜力。

对2023年8月8日海南医学院第一附属医院收治的1例慢性肝病患者感染创伤弧菌(Vibrio vulnificus)的诊疗经过进行回顾性分析.患者男,34岁,渔民,患有慢性乙型病毒性肝炎.8月3日捕鱼时腿部擦伤,当天夜里出现发热、双下肢持续性胀痛,左下肢为甚,发病第4天至当地医院就诊检查后采用抗生素治疗,并于8月8日转诊至海南医学院第一附属医院.接诊时患者血压低,下肢皮温高,末梢血运较差,可见多处结痂,并出现感染性休克征象.入院12h行左小腿脓肿切开引流术+创面负压吸引术并送检左下肢感染组织,病原体培养提示创伤弧菌感染,病理结果提示坏死性筋膜炎,予美罗培南联合万古霉素抗感染、维持血压、维持水电解质平衡等对症支持治疗,富马酸丙酚替诺福韦片抗病毒治疗及多烯磷脂酰胆碱胶囊保肝治疗,根据药敏结果予左氧氟沙星+头孢他啶抗感染,并依据创面情况行清创治疗.入院后17 d,患者感染基本控制,但肝功能酶仍高于正常水平,创面仍有渗血及渗液,患者及家属要求出院,出院后伤口愈合不佳,于2023年9月11日再次入院,予抗病毒及保肝治疗.第5天分泌物病原体培养结果为纹带棒状杆菌(Corynebacterium striatum)合并斯氏普鲁威登菌(Providencia stuartii)感染,并报告纹带棒状杆菌为多重耐药菌,换用敏感抗生素治疗及对症支持治疗.第2次入院后16 d,患者一般情况可,但肝功能酶指标仍高于正常,予办理出院.患者出院4个月后对其进行电话随访,自述第2次出院后遵医嘱积极抗病毒治疗及戒酒,创面恢复尚可.该患者有典型暴露史及临床表现,符合创伤弧菌导致的脓毒性休克及坏死性筋膜炎特征,临床中应根据其病理学特点、临床特征对创伤弧菌感染进行早期诊断、处理,改善患者预后.

目的 分析宏基因组学下一代测序(mNGS)在湖南省流行病原体筛查检测中的临床应用价值,并分析不同流行病原体的流行趋势和临床特征.方法 收集整理华中区进行mNGS病原体检测的患者数据,统计高频检出病原体,并分析和追踪其流行趋势及易感特征.结果 共统计2019-2023年常见的流行病原体检测人群共16 627例,其中男性10 811例(65.02％),女性5 816例(34.98％);高频检出的病原体有新冠病毒、疱疹病毒(1、4、5型)、鲍氏不动杆菌、白假丝酵母、耶氏肺孢子菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、烟曲霉菌、铜绿假单胞菌、结核分枝杆复符合群、纹带棒状杆菌、肺炎链球菌、肺炎支原体、鹦鹉热衣原体;从2021年第四季度开始,对于病原体的检测样本逐年上升,呼吸科、重症科、感染科和儿科对于mNGS的接受度较高.结论 mNGS能缩短病原体检测时间,提高病原体识别率和准确率,可作为指导预防流行病学的应用依据.

目的 基于宏基因组二代测序(mNGS)数据,分析重症监护室(ICU)感染性疾病患者的病原体分布情况,为临床抗感染治疗提供依据.方法 回顾性分析7所综合性三甲医院ICU感染性疾病标本的mNGS报告结果,探讨ICU病原体分布情况.结果 收集1083份感染性疾病标本的mNGS报告,总体检出率为85.50％.病原体种类172种,病原体例数1334例,检出的细菌的种类和数量最多,其次为病毒.革兰阴性菌例数(60.29％)较革兰阳性菌(39.71％)多,检出数前3位的革兰阴性菌为肺炎克雷伯菌(114例,22.75％)、鲍曼不动杆菌(78例,15.57％)和铜绿假单胞菌(66例,13.17％);革兰阳性菌为屎肠球菌(68例,20.61％)、纹带棒状杆菌(46例,13.94％)和金黄色葡萄球菌(31例,9.39％).检出数前3位的真菌为白色念珠菌(79例,40.51％)、耶氏肺孢子菌(32例,16.41％)和近平滑念珠菌(16例,8.21％).DNA病毒为主要的检出病毒,检出数前3位为巨细胞病毒(71例,27.52％)、人疱疹病毒1型(62例,24.03％)和EB病毒(57例,22.09％);RNA病毒中检出数前3位为HpgV病毒(13例,43.33％)、人冠状病毒229E型(4例,13.33％)、鼻病毒(3例,10.00％)和人冠状病毒HKU1型(3例,10.00％).在不典型病原体中,鹦鹉热衣原体检出率最高(11例,55.00％).结论 革兰阴性菌是ICU感染性疾病患者的主要病原体,其次为病毒.动态监测ICU病原体分布情况有助于制定合理有效的抗感染治疗策略.

囊性中性粒细胞性肉芽肿性乳腺炎(CNGM)是肉芽肿性乳腺炎(GM)中的一种特殊亚型,具有高度独特的组织学类型.该疾病的病理特征表现为化脓性脂肪肉芽肿,由中性粒细胞和上皮样组织细胞包绕形成中心脂质空泡,其中含有稀疏的革兰阳性细菌容易被遗漏或忽略.该文就克氏棒状杆菌与CNGM相关性的研究进展作一综述.

患者男,38岁,厨师,因"步态失衡5 d,发热1 d"于2017年8月10日凌晨入院.患者于5 d前因酗酒,上消化道出血,出现四肢乏力,步态不稳,伴肢体不自主抖动,当时未予治疗,至入院前1 d发热,体温38.3 ℃,无畏寒、寒战,偶有咳嗽,无咳痰,无腹痛、腹泻,在当地医院就诊,拟"酒精性肝硬化及脑病"转入南昌大学附属感染病医院治疗.既往有饮酒史10余年,近4年饮酒量增加,未婚未育.入院体格检查:体温39.2 ℃,脉搏113次/min,呼吸20次/min,血压144/67 mmHg (1 mmHg=0.133 kPa),神志尚清,计算力、定向力正常,颈项稍抵抗,皮肤、巩膜轻度黄染,可见肝掌及蜘蛛痣,心肺听诊无异常.腹稍膨,腹壁静脉显露,全腹无压痛及反跳痛,肝肋下未触及,脾肋下缘,墨菲征阴性.肝浊音界上界位于右锁骨中线上第6肋间隙,肝区叩击痛阴性,双肾区无叩击痛,移动性浊音阳性可疑,双下肢轻度水肿.扑翼样震颤阴性.外院CT显示:考虑酒精性肝硬化及脑病;脾脏增大.实验室检查:白细胞计数6.65×109/L,Hb 59.00 g/L,血小板计数42.00×109/L,中性粒细胞比例0.625 4.尿素5.56 mmol/L,肌酐63 μmol/L,钾2.97 mmol/L;钠130.3 mmol/L,氯90.0 mmol/L,钙2.02 mmol/L,镁0.61 mmol/L,磷0.65 mmol/L,C 反应蛋白88.88 mg/L,降钙素原7.03 μg/L,PT A 71%.入院后10 h患者出现神志不清,四肢不自主抖动,仍高热,体温39.5 ℃,脉搏136次/min,呼吸20次/min,血压109/57 mmHg,定向力正常,颈部抵抗,颌胸距4指,布氏、克氏征查体不合作,四肢肌张力增高,双侧巴彬征阳性.当时即行腰椎穿刺,作脑脊液常规检查和培养.脑脊液检查:颜色为淡黄色,混浊度为清亮,有凝块,潘氏试验(+ +),有核细胞计数922×106/L,单叶核细胞比例0.137,多叶核细胞比例0.863,腺苷脱氨酶2.2 U/L,乳酸脱氢酶113 U/L,葡萄糖0.30 mmol/L,氯化物96.7 mmol/L,脑脊液总蛋白433.9 mg/L,脑脊液墨汁染色阴性.考虑细菌性脑膜炎,经血培养后给予美罗培南抗感染,降颅压,物理降温,糖皮质激素等治疗以及对症支持治疗,治疗第2天神志转清,低热,体温37.5 ℃,脉搏96次/min,呼吸20次/min,血压109/60 mmHg,仍有四肢不自主抖动,计算力、定向力正常,颈部稍抵抗,颌胸距1指.抗感染治疗第3天即体温正常,神志清楚,仍有颈部抵抗,颌胸距1指,四肢无不自主抖动,但肌张力仍高,不能站立.脑脊液培养:棒状杆菌属阳性.苯唑西林耐药,头孢唑林、头孢吡肟、头孢西丁、头孢曲松、头孢呋辛钠、阿米卡星、庆大霉素(低浓度)、替考拉宁、万古霉素、阿齐霉素、红霉素、左氟沙星、诺氟沙星、克林霉素、复方新诺明、利奈唑胺、氨苄西林/舒巴坦、青霉素均敏感.诊断:棒状杆菌属脑膜炎(脑膜脑炎型).头颅CT提示右侧顶叶局部缺血灶,神经内科会诊意见:右颞顶叶缺血灶,性质待定.建议:降颅内压治疗,甘露醇150 mL/次静脉输液,每8h一次;美罗培南抗感染;护肝治疗;建议头颅MRI加磁共振血管成像技术(magnetic resonance angiography, M RA).必要时给予蚯叶酸胶囊,30万 U,3次/d;营养支持治疗,反复加强锻炼,维生素B12500 μg 肌内注射,1次/d.抗感染治疗1周后,患者颈部无抵抗,病理征阴性,四肢无不自主抖动,肌张力无明显升高,能站立,双下肢不能正常走动.头颅M RI提示:右侧颞顶叶及右侧脑室旁可见多个点片状等长T1长 T2信号影,考虑多发急性脑梗死,MRA 未见明显异常.复查脑脊液:颜色为无色,混浊度为清亮,凝块无,潘氏试验阴性,有核细胞计数6×106/L,单叶核细胞比例0.98,多叶核细胞比例0.02,腺苷脱氨酶0.9 U/L,乳酸脱氢酶34 U/L,葡萄糖3.00 mmol/L,氯108.7 mmol/L,脑脊液总蛋白75.8 mg/L,唾液酸8.2 mg/L.血糖5.80 mmol/L,C反应蛋白14.1 mg/L,降钙素原0.12 μg/L,提示治疗效果明显,继续抗感染治疗2周,逐渐减少甘露醇用量至停药.治疗2周后,患者四肢无不自主抖动,肌张力正常,能行走,但有左下肢跛行,嘱出院入神经内科治疗.半月后随诊,仍有左下肢跛行,与出院时相比无明显改善,其他无明显异常,嘱其继续神经内科治疗.

目的:对临床分离的解葡萄糖苷棒状杆菌进行鉴定和药敏分析,为临床用药提供参考.方法:将从我院泌尿系统结石致尿路感染患者中段尿标本中分离得到的2株菌株接种至哥伦比亚血平板和麦康凯平板上,观察其生长情况并计数;采用基质辅助激光解析飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)检测菌株的蛋白质谱图;提取菌株DNA,采用聚合酶链反应扩增其16S核糖体RNA(rRNA)序列,对片段大小约为1500 bp的目标条带进行双向测序,并与GenBank数据库进行Blast比对,鉴定菌种;采用Etest法监测2株菌株的耐药情况.结果:2株菌株在哥伦比亚血平板上生长(菌落数＞105CFU/mL),在麦康凯平板上不生长;均为革兰氏阳性棒状杆菌,多呈栅栏样或八字形排列.MALDI-TOF-MS鉴定其均为解葡萄糖苷棒状杆菌,可信度为99. 9％,在m/z2431、3089、3364、3378、4200、5508、6302、6637、6730、6946、12603处出现特征峰;Blast比对结果显示,2株菌株与 GenBank中已知解葡萄糖苷棒状杆菌的序列同源性超过98％.药敏试验结果显示,菌株1对头孢曲松、环丙沙星耐药,对青霉素G等其他14种抗菌药物敏感;菌株2对头孢曲松、红霉素、环丙沙星、四环素、克林霉素耐药,对头孢噻肟中介,对其他10种抗菌药物敏感.结论:2株菌株均为解葡萄糖苷棒状杆菌,对常用抗菌药物的耐药性有所差异.该菌为罕见的泌尿道病原菌,且呈多重耐药,临床应根据菌株鉴定及药敏试验结果合理选用抗菌药物.