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一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本,使用数字PCR方法对病毒载量进行测定,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份,均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇,内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成,疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。
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编辑人员丨5天前
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加强我国猴痘的综合监测与公共卫生应对
编辑人员丨5天前
猴痘是由猴痘病毒感染引起的人畜共患传染病,目前已有超过100个国家报告了猴痘病例。为了有效应对猴痘病例的输入以及传播,我国亟须加强包括入境监测、症状监测和人群监测的综合监测措施,同时做好针对传染源控制、传播途径阻断和重点人群防护的综合应对。
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编辑人员丨5天前
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2015—2020年河南省患者来源单核细胞增生李斯特菌流行特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析河南省患者来源单核细胞增生李斯特菌的血清学和分子分型,了解河南省李斯特菌病流行情况,构建患者分离株分子溯源数据库,为李斯特菌病溯源提供实验室依据。方法:参照国家食源性疾病监测工作手册,2015年1月至2020年7月河南省单核细胞增生李斯特菌感染病例专项监测从16家哨点医院监测李斯特菌病阳性病例71例,采集阳性病例标本80份进行检测,对获得的阳性菌株71株进行分子分型,参照中华人民共和国出入境检验检疫行业标准单核细胞增生李斯特菌血清分型方法(SN/T 2521-2010)和单核细胞增生李斯特菌诊断血清使用说明书对获得的80株单核细胞增生李斯特菌进行血清学分型,参照国家食源性疾病分子溯源网络使用手册进行聚丙烯酰胺凝胶电泳(PFGE)聚类分析。结果:共监测到71例李斯特菌病阳性病例,其中38例为围产期病例,33例为非围产期病例。80份李斯特菌病阳性病例标本58.75%(47/80)来自围产期病例,20.00%(16/80)来自非围产期有基础病病例;来自于非围产期年龄>1个月~≤5岁、>5~≤60岁和>60岁人群分别为7.50%(6/80)、12.50%(10/80)和1.25%(1/80)。标本类型分为5类,73.75%(59/80)为血液,15.00%(12/80)为脑脊液,粪便、宫腔拭子、痰液各占3.75%(3/80)。对获得的80株单核细胞增生李斯特菌进行血清学分型,分属3个血清型,1/2b型、1/2a型和4b型分别占61.25%(49/80)、35.00%(28/80)和3.75%(3/80);71株单核细胞增生李斯特菌经AscⅠ酶切,获得58种带型,每种带型包括1~4株菌株,相似度为60.8%~100%。GX6A16HA0005、GX6A16HA0011、GX6A16HA0030、GX6A16HA0023、GX6A16HA0029和GX6A16HA0054为优势带型,依次包括4、4、4、3、2和2株菌;GX6A16HA0005带型包括的4株菌分离自2016、2018和2020年,其中2016年(1株)和2018年(1株)均来自濮阳市;GX6A16HA0011带型包括的4株分离自2016、2018和2020年,其中2020年2株均来自洛阳市;GX6A16HA0030带型包括的4株均分离自2018年,分别来自洛阳市、商丘市和郑州市;GX6A16HA0023带型包括的3株菌分离自2017和2018年,其中2017年中1株和2018年1株均来自洛阳市;GX6A16HA0029带型包括的2株菌均分离自2018年,分别来自开封市和濮阳市;GX6A16HA0054带型包括的2株菌均分离自2020年,分别来自平顶山市和安阳市;4株不同血清型菌株PFGE带型相同。结论:河南省李斯特菌病病例主要集中在围产期、老幼及免疫力低下人群,感染类型主要是侵袭性感染;流行菌株血清型为1/2a、1/2b和4b,菌株PFGE分型结果呈现多样化,出现跨年度或者同年度不同地区、同年度同地区不同时间带型一致现象;应将多种分型技术联合应用在溯源分析中。
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编辑人员丨5天前
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广州市3起本地新型冠状病毒肺炎疫情流行特征及分析
编辑人员丨5天前
目的:分析广州市3起本地新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的流行特征,为优化疫情防控策略和措施提供参考依据。方法:资料来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统截至2021年6月18日广州市COVID-19本地病例数据,采用Excel 2019和SPSS 22.0软件进行数据整理和统计学分析。结果:3起本地COVID-19疫情累计报告病例726例,其中我国湖北省关联疫情366例,病例以女性(51.6%,189/366)、18~65岁(81.4%,298/366)、职业以家务/待业(32.2%,118/366)和离/退休人员(20.2%,74/366)为主,首发症状以发热(71.6%,250/349)和咳嗽(60.7%,212/349)为主;非洲国家及地区(非洲)入境关联疫情207例,以男性(69.6%,144/207)、18~40岁(72.9%,151/207)和商业服务职业(62.3%,129/207)为主,首发症状以无明显不适(55.6%,15/27)和咳嗽(37.0%,10/27)为主;Delta变异株关联疫情153例,以女性(58.8%,90/153)、≥41岁(64.7%,99/153)和离/退休人员(32.0%,49/153)为主,首发症状以咳嗽(32.9%,48/146)和无明显不适(28.1%,41/146)为主。我国湖北省关联疫情、非洲入境关联疫情和Delta变异株关联疫情的家庭续发率分别为11.2%、5.7%和11.5%;潜伏期 M( P 25, P 75)分别为6.5(4.0,10.8)d、4.0(2.5,6.0)d和4.0(3.0,5.0)d;代间距 M( P 25, P 75)分别为4.0(3.0,8.0)d、4.0(2.5,6.0)d和3.0(2.0,5.0)d。3起本地COVID-19疫情在性别、年龄、职业、首发症状、家庭续发率和潜伏期等的差异有统计学意义(均 P<0.05)。病例发现途径中,我国湖北省关联疫情主要是自主就医(44.3%,162/366),非洲入境关联疫情和Delta变异株关联疫情主要是社区主动排查[58.5%(121/207)和27.5%(42/153)]和密切接触者管理[33.3%(69/207)和67.3%(103/153)]。 结论:广州市3起COVID-19本地疫情因感染来源、变异株类型和防控策略的不同导致流行特征在社会人口学特征、临床、传播特征及病例发现等方面存在较大差异。提示在疫情常态化防控阶段,应不断完善重点人群和常见症状监测、强化聚集性疫情排查等措施,严防疫情反弹。
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编辑人员丨5天前
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北京市一起境外输入无症状感染者相关新冠肺炎聚集性疫情的溯源调查
编辑人员丨5天前
目的:对一起在北京市顺义区局部地区发生的新冠肺炎本地聚集性疫情进行调查,分析其感染来源。方法:应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹,对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测,对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测,对疫情早期报告的病例和环境核酸阳性标本进行全基因组测序、比对分析,分析感染来源和传播链。结果:2020年12月23日至2021年1月16日,顺义区局部地区聚集性疫情报告42例新型冠状病毒感染者。感染来源为1例从印度尼西亚入境的境外输入无症状感染者,2020年11月26日从印度尼西亚入境,11月26日至12月10日在集中观察期间5次新冠病毒核酸检测、1次血清抗体检测,结果均为阴性。12月10日隔离期满后到京,12月28日诊断为无症状感染者。在入京后传播给合租房屋的租户1人,在A商场购物期间传播给该商场服装售货员1人,同时传播给在A商场购物的同一家庭3人。随后在顺义区多个点位发生续发病例,并在顺义区某工业园区引发局部暴发疫情。结论:此次疫情为入境人员集中隔离期满、解除隔离后导致的聚集性疫情,提示应适当延长入境人员集中隔离时间,并加强对入境人员的样本采集检测。
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编辑人员丨5天前
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2017年天津口岸出入境人员梅毒血清学检测结果分析
编辑人员丨5天前
目的:了解天津口岸出入境人员的梅毒抗体情况,为控制口岸梅毒传播提供依据。方法:从天津国际旅行卫生保健中心信息系统中获得2017年度全部出入境体检人员人口学资料与梅毒特异性抗体检测结果,建立出入境体检人员数据库,采用描述流行病学的方法对梅毒的流行特征进行分析。结果:本研究共确定22 649个研究对象,梅毒抗体总检出率为0.51%(116例),男性梅毒抗体检出率为0.60%(102/16 491),女性为0.25%(14/5 708),50岁以上年龄组检出率最高为1.46%(25/1 712),来自南美洲地区的人员检出率最高,为4.23%(5/118),不同性别、年龄组、国籍间人员检出率差异具有统计学意义( χ2=10.668、59.072、43.601, P<0.05)。不同职业间,公务人员检出率最高为1.31%(4/305),但不同职业间比较差异无统计学意义( χ2=7.641, P>0.05)。入境人员检出率为0.79%(41/5 175),高于出境人员检出率0.43%(75/17 474),两者间差异有统计学意义( χ2=10.328, P<0.05)。 结论:2017年天津出入境人员梅毒抗体整体检出率较高。为了提高监测质量和效率,可将男性、50岁以上、南美洲地区的入境人员列为重点人群,加强监测,做好口岸梅毒的防控工作。
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编辑人员丨5天前
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全国首起新型冠状病毒Alpha变异毒株相关本地疫情的溯源调查
编辑人员丨5天前
目的:对北京市大兴区局部地区发生的全国首起新型冠状病毒Alpha变异毒株本地聚集性疫情进行调查,分析其流行特征和传播链。方法:应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹,对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测,对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测,分析流行特征和传播链。结果:2021年1月17至29日,大兴区局部地区聚集性疫情报告33例新型冠状病毒感染者,32例病例存在明确的流行病学关联,其中除1例在工作场所感染外,其他病例均在社区及家庭内感染。所有病例共涉及14个家庭,其中6个家庭全部发病,所有家庭成员罹患率为69%(33/48),续发率为56%(19/34)。通过入境人员和货品排查,未发现明确的感染来源。结论:该起新型冠状病毒Alpha变异毒株相关聚集性疫情发现和处置及时,影响范围局限,但家庭聚集性特征较以往疫情更明显。
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编辑人员丨5天前
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我国疟疾消除后阶段输入风险评估指标体系的构建
编辑人员丨5天前
目的:构建我国疟疾消除后阶段输入风险评估指标体系,为科学评估疟疾输入风险提供参考工具。方法:通过文献综述初步建立疟疾输入风险评估指标体系。选择国内18名疟疾防治专家,采用德尔菲法对指标体系展开2轮专家咨询,请专家对每项指标的重要性、可操作性、熟悉程度和判断依据进行打分,并计算专家积极系数、权威系数、意见协调系数,筛选指标后计算各指标权重。分别采用克朗巴哈 α系数,权威系数和因子分析评价指标体系内在信度、内容效度和结构效度。 结果:13名专家完成2轮咨询,最终构建包含3个一级指标、6个二级指标和44个三级指标的疟疾输入风险评估指标体系。2轮咨询专家积极系数分别为72%(13/18)和100%(13/13)。对于各项指标重要性评分和可操作性评分的Kendall协调系数值分别为0.22和0.25,均具有显著性。指标体系重要性评分、可操作性评分、熟悉程度评分和判断依据评分的克朗巴哈 α系数值分别为0.938、0.945、0.983、和0.962。各二级指标条目下归一化权重值居第1位的三级指标分别为境外感染风险中的入境人员是否严格执行防护措施(0.048 1)、虫媒特征中的当地媒介能量(0.019 8)、自然因素特征中的当地海拔(0.028 5)、外部暴露风险中的来源国抗疟药物可及性(0.034 2)、境内传播风险中的当地与来源国的地理位置关系(0.050 1)和内部防控能力中的多部门联合防控机制(0.044 6)。 结论:所构建的疟疾输入风险评估指标体系可为消除疟疾后防止其输入后再传播、巩固疟疾消除成果提供参考工具。
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编辑人员丨5天前
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广州市新型冠状病毒肺炎境外输入病例流行特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解广州市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)境外输入病例流行特征,为疫情防治工作提供科学依据。方法:资料来源于全国传染病报告信息管理系统截至2020年4月1日广州市COVID-19境外输入病例数据,采用Excel 2010和SPSS 19.0软件对数据进行整理与统计学分析。结果:截至2020年4月1日,广州市累计报告COVID-19境外输入病例103例,其中确诊病例92例,无症状感染者11例。境外输入病例确诊数占全国同期11.4 %(92/806)。男女性别比为1.58∶1(63∶40),年龄中位数31( P 25~ P 75:22~40)岁,年龄范围11~63岁;职业以商业服务(41/103,占39.8 %)及学生(36/103,占35.0 %)为主。入境后目的地为非广东省内占43.7 %(45/103),涉及19个广东以外省份及直辖市。病例感染来源国主要为英国(27/103,占26.2 %),菲律宾(13/103,占12.6 %),美国(13/103,占12.6 %)和尼日利亚(7/103,占6.8 %)。境外输入病例涉及入境航班34条,其中发现病例≥3例的航班10条(10/34,占29.4 %),累计航程时间(11.14±0.53)h。29例(29/103,占28.2 %)在入境前已出现症状,65例(65/103,占63.1 %)在发病前已被管控。发病后被管控病例的自由活动时间为(6.76±0.79)d。境外输入病例的密切接触者人数平均53人,导致境外输入聚集性疫情13起,涉及病例36例(包括境外关联病例1例)。 结论:截至2020年4月1日,广州市COVID-19境外输入病例来源分布广泛,尚未发现病例在飞机上传播。COVID-19境外输入疫情早期扩散风险较高,政府加强境外疫情输入防控措施有效降低了社区传播风险。
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编辑人员丨5天前
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2022年12月—2023年1月四川省境外输入病例新型冠状病毒全基因组特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析2022年12月—2023年1月四川省境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)变异株分布情况和全基因组特征。方法:选取2022年12月—2023年1月核酸检测荧光阈值(Ct)≤32的四川省境外输入SARS-CoV-2阳性病例鼻、咽拭子样本108份。采用全基因组靶向扩增结合Illumina NextSeq? 2000测序系统进行病毒全基因组测序;Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒基因组变异特征;应用最大似然法构建系统进化树。结果:本研究共获得55株覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列,均为Omicron变异株,与Wuhan-Hu-1参考株基因组序列相比较,21L、22B、22D、22E和22F基因型的核苷酸突变和氨基酸突变中位数分别为93、75、92、78、92个和68、53、68、69、65个。2022年12月—2023年1月,四川省境外输入SARS-CoV-2的主要流行株为BA.5.2(10.91%,6/55)、XBB.1.1(9.09%,5/55)、BF.7.14(7.27%,4/55)和BQ.1.1(7.27%,4/55)。结论:变异株分布情况在一定程度上能够反映全球流行趋势,但跟国内本土流行变异株分布存在较大差异,具有流行优势的XBB变异株在成为全国范围内(不包括中国港澳台地区)主要流行株之前,即在入境旅客中大量检出。
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编辑人员丨5天前
