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脓毒症儿童的肠道菌群特征及益生菌的干预作用
编辑人员丨5天前
目的:分析脓毒症儿童肠道菌群特征及益生菌的干预作用。方法:采用前瞻性观察性研究方法,纳入收住我院儿童重症医学科(PICU)的脓毒症患儿34例随机分为两组,一组予以常规治疗(常规组,A组, n=17),另一组在常规治疗基础上添加益生菌辅助治疗(益生菌组,B组, n=17),同时选取健康儿童20例作为对照组(C组)。入组24 h内记录所有脓毒症患儿的一般情况及序贯器官衰竭评分(SOFA),并于入组后5~7 d,采集患儿的粪便样本,同期留取健康患儿粪便样本,运用高通量16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群检测,进行生物信息学分析并预测肠道菌群功能,比较组间差异。 结果:α多样性指数及β多样性指数分析显示,两组脓毒症患儿肠道菌群的丰度均较健康儿童明显下降,同时菌群的个体差异也呈加大趋势,但是服用益生菌后,上述指标得到了显著改善( P<0.05);在菌门水平上,常规治疗组的拟杆菌门和放线菌门比例最低,变形菌门的数量明显增加( P<0.05);在菌属水平上,肠球菌成为常规治疗组中的优势菌种,而在益生菌组中双歧杆菌、普氏粪杆菌及丹毒丝菌、扭链胃球菌的比例明显提高( P<0.05);益生菌组与常规组相比,两者在线粒体合成、外泌体、mRNA转录降解及半胱氨酸代谢等通路的丰度存在明显差异。 结论:脓毒症儿童肠道菌群的多样性下降,结构稳定性差,同时拟杆菌减少伴变形杆菌增多,而添加益生菌辅助治疗后可增加患儿双歧杆菌及普氏粪杆菌等有益菌的比例,减少肠球菌等机会致病菌的数量,其差异性代谢通路可能与益生菌的作用机制相关。
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编辑人员丨5天前
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中国CVA6 D3基因亚型B细胞抗原表位氨基酸差异分析及VLPs初步制备
编辑人员丨5天前
目的:分析中国流行的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)D3基因亚型中的D3a和D3b分支序列结构蛋白B细胞抗原表位氨基酸差异性来优化设计CVA6病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)疫苗。方法:对GenBank下载的含有P1区核苷酸CVA6序列,使用MEGA.11.0软件基于VP1序列采用最大似然法构建进化树划分基因型及亚型。采用在线工具WebLogo并结合CVA6 B细胞抗原表位研究的相关文献,对D3a和D3b分支序列VP1-VP3区B细胞抗原表位氨基酸差异性分析,为筛选疫苗候选株进行CVA6 VLP的制备。结果:D3a与D3b分支序列在VP1 N末端P27位点分别是天冬酰胺(96.2%)和丝氨酸(92.9%);在VP3 N末端P60位点为甘氨酸(98.8%)和丝氨酸(60.0%)。基于上述差异性选择具有D3a(VP3-N-P60)和D3b(VP1-N-P27)两分支序列共有的B细胞抗原表位D3a-JX2018(GenBank accession number:MN845862)作为疫苗候选株,并成功制备了CVA6 VLP。结论:本研究为疫苗候选株的选择提供了新的思路,为日后CVA6 VLPs疫苗和免疫诊断试剂的研发提供了基础。
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编辑人员丨5天前
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基于基因芯片公共数据库及生物信息学方法筛选类风湿关节炎滑膜组织关键基因及通路
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学的方法分析健康者和RA患者滑膜组织的差异基因,从转录组学水平上探讨RA可能的发病机制及潜在治疗作用靶点。方法:从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的子数据库基因芯片公共数据库(GEO)下载符合筛选标准的健康人群和RA患者的芯片信息,利用R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,分析关键基因与通路,寻找潜在作用靶点。结果:①与健康者滑膜相比,RA患者的滑膜有231个差异基因,其中表达上调的基因126个,表达下调的基因105个。② GO富集分析表明上调基因主要参与了免疫应答的正向调节、细胞因子的产生、细胞表面组成、信号受体活动等生物学过程,下调基因主要参与了细胞增殖的负调控、细胞外基质组成、转录调控区域DNA结合等生物学过程。③ KEGG上调基因信号通路富集分析主要是细胞因子受体相互作用通路,下调基因富集通路主要是癌症转录失调等。④通过STRING建立蛋白交互作用网络,使用Cytoscape的MCODE插件筛选出3个显著模块,选取各模块中的基因进行通路富集分析,3个模块基因主要富集在趋化因子受体通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激B(PI3K/Akt)通路等。结论:RA患者滑膜差异基因表达主要集中在细胞因子与受体间的相互作用信号通路、趋化因子信号通路、PI3K-Akt信号通路等方面,其中PI3K-Akt信号通路在RA的发生发展中发挥了重要作用,有望成为诊断和治疗的重要靶点。
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编辑人员丨5天前
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基于全长16S rRNA测序的高尿酸血症人群肠道菌群特征
编辑人员丨5天前
目的:对高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析,探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法:在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者,其中HUA患者25例,健康对照人群38例,采集他们的粪便样本,通过使用全长16S rRNA测序技术,对所有受试者粪便样本进行分析,研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果:HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异,α多样性指数在HUA组明显降低,β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上,HUA组表现为拟杆菌门增多,厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析,发现HUA组具有独特的菌群结构,以普拉梭菌( Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低;唾液链球菌( Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌( Bacteroides fragilis)、 Fusobacterium hwasookii、 Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌( Mycobacterium mucogenicum B)、 Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外,通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低,与特有的菌群结构一致。 结论:HUA人群与健康对照人群比较,存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。
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编辑人员丨5天前
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2015年福建省莆田市G基因型腮腺炎病毒全基因组序列测定及分析
编辑人员丨5天前
目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究,命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增,并对产物进行测序拼接,结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸,与其它基因型毒株相比,全基因组核苷酸差异在3.7%~6.0%之间,其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大,与N和B基因型的遗传差异最小;在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上,SH基因变异最大,M和L基因最为保守;在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异;相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异,提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测,为更好的腮腺炎防控提供科学依据。
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编辑人员丨5天前
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一个口-面-指综合征1型家系的 OFD1基因分析及产前诊断
编辑人员丨5天前
目的:对1个口-面-指综合征1型(oral-facial-digital syndrome type 1,OFD1)家系进行致病基因分析,明确其致病变异,为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:应用全外显子测序技术对先证者进行基因变异筛查,发现 OFD1基因可疑变异位点后,用Sanger测序技术对该家系成员和100名正常对照进行验证,确定该家系的致病位点。使用X染色体失活分析判断两条X染色体的活性比例,并对家系中孕20周胎儿抽取羊水标本进行产前诊断。 结果:先证者及家系中所有患者均携带 OFD1基因c.1189_1192delAATC(p.Q398Lfs*2)杂合变异,而家系中正常成员和100名正常对照均未检测到此变异。孕妇及其妹妹存在X染色体非随机失活,家系中其余女性患者均为X染色体随机失活。产前诊断结果为胎儿携带 OFD1基因c.1189_1192delAATC(p.Q398Lfs*2)杂合变异。 结论:OFD1基因c.1189_1192delAATC(p.Q398Lfs*2)杂合变异是该家系的致病原因,新变异的检出丰富了 OFD1基因变异谱,但家系内表型差异性的原因仍需要更深入的研究证实。
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编辑人员丨5天前
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肝细胞癌氧化应激相关长链非编码RNA预后风险模型的建立与验证
编辑人员丨5天前
目的:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库建立肝细胞癌(HCC)的氧化应激相关长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型。方法:通过TCGA数据库下载HCC基因表达谱数据和临床信息(374个HCC组织和50个癌旁组织),获取lncRNAs表达数据。从GeneCards网站获取了807个氧化应激相关的基因和lncRNAs进行共表达分析确定氧化应激相关lncRNAs。通过单因素、多因素Cox分析和LASSO回归建立氧化应激相关lncRNAs预后风险模型,并对模型的预测能力进行评估,计算风险评分,根据风险评分中位值将HCC患者分为高、低风险组,分析两组患者生存时间、免疫浸润的差异性;构建列线图以便个性化预测HCC患者预后。两组间比较通过Wilcoxon检验完成。结果:使用Pearson相关分析确定了712个氧化应激相关lncRNAs,进一步分析其差异性,筛选出291个差异表达lncRNAs;研究并确定7个氧化应激相关的lncRNAs用于构建HCC的预后风险模型;受试者工作特征(ROC)曲线对lncRNAs预测模型的1、3、5年的生存预测性能评价曲线下面积(AUC)分别为0.82、0.716和0.70;Kaplan-Meier生存分析显示低风险组患者生存率明显高于高风险组患者( P<0.01);列线图个性化预测HCC患者预后,证实构建的预后模型具有良好的预测能力;研究分析结果表明,免疫细胞和功能在高、低风险组中存在不同程度差异。 结论:成功构建7个氧化应激相关lncRNAs组成的风险预测模型,能有效预测HCC的生存预后。
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编辑人员丨5天前
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2015—2018年青海省手足口病病原谱变化和流行趋势
编辑人员丨5天前
目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本,进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR),对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份,其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例,占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例,占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例,占36.13%,4年间不同基因型别间存在差异,具有统计学意义(EV-A71, χ2=245.315, P<0.001; CV-A16, χ2=27.680, P<0.001; CV-A6, χ2=702.713, P<0.001),用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物,测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析,全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间,19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间,20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间,6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看,青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上;CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别,18株为B1b,2株为1D基因型;CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型,1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变,青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型,CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别,不同基因型间核酸序列差异性较大,同一基因间序列变异较小。
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编辑人员丨5天前
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RUNX1、IDH2、SRSF2、ASXL1 、SH2B3基因阳性的老年慢性粒单核细胞白血病一例报告
编辑人员丨5天前
慢性粒单核细胞白血病(chronic myelomonocytic leukemia,CMML)作为侵袭性极强的慢性白血病之一,在预后和临床表现中都显示出高度差异性,且该病3~5年内转化为急性白血病的概率为15%~20% [1]。对于CMML的治疗,部分低危患者主要采取积极支持治疗和密切临床观察,以改善症状和控制病情为主。对于高危因素较多、症状较明显的患者,推荐及时采取药物联合化疗以及异基因造血干细胞移植等手段 [2]。近期中国人民解放军联勤保障部队第九四○医院血液科(以下简称我院我科)收治1例 RUNX1、 IDH2、 SRSF2、 ASXL1、 SH2 B3基因阳性的慢性粒单核细胞白血病患者,经联合化疗治疗效果良好,现报道如下。
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编辑人员丨5天前
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糖尿病性心肌病小鼠心肌组织差异表达环状RNA的探讨
编辑人员丨5天前
目的:鉴定糖尿病性心肌病(DCM)小鼠心肌组织差异表达的环状RNA(circRNA),并分析其可能的生物学功能及调控网络。方法:C57BL/6小鼠,雄性,8周龄,体重21~27 g。选取8只小鼠作为正常组,15只进行建模。通过腹腔注射链脲佐菌素建立糖尿病小鼠模型。注射1周后,测定小鼠空腹血糖水平,经检测12只小鼠建模成功。在相同的实验室条件下饲养小鼠12周,通过超声心动图检测小鼠的心脏结构和功能,筛选出左心室射血分数≤60%,且二尖瓣舒张早期最大血流速度与心房收缩期最大血流速度比值(E/A)≤1.6的糖尿病小鼠作为DCM组( n=3)。于DCM组确立当天麻醉后处死正常组和DCM组小鼠,取出心脏,从心肌组织中提取RNA备用。采用高通量测序对DCM组和正常组小鼠心肌组织中的RNA进行测序和鉴定分析,并利用DeSeq2进行差异性分析,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)在组织水平上对分析结果进行验证,并对鉴定的差异circRNA进行GO分析和KEGG通路分析。通过微小RNA(miRNA)靶基因预测软件进行差异表达circRNA-miRNA相互作用预测。 结果:DCM小鼠心肌组织中共鉴定出63种差异表达circRNA。RT-qPCR验证结果示同源性分析筛选出的16种差异表达circRNA中8种组织水平的表达与测序结果一致,其中7种表达上调、1种表达下调。KEGG通路分析结果示,上调的circRNA主要与腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路以及细胞间的黏着连接通路有关,下调的circRNA主要与心肌病有关。GO功能分析显示,上调表达的circRNA在分子功能方面主要与离子、蛋白质、激酶等因子的结合过程有关,并且在细胞组分方面参与调节细胞内结构尤其是细胞器的构成。分子功能与细胞组分方面的功能分析显示,上调的circRNA与细胞组分起源、募集、组织的生物学过程相关,并由此参与细胞生物学过程的调控;下调的circRNA在分子功能方面与催化活性相关,也与蛋白激酶的结合过程、转移酶及钙调蛋白的活性有关,在细胞组分方面与收缩性纤维的组分、肌原纤维的构成密切相关,而在富集的生物学过程GO分析术语中,包括赖氨酸肽基修饰、肌节的构成、肌原纤维的装配、心肌组织的形态学发育、心肌肥厚等生物学过程。本研究鉴定的差异表达circRNA均存在miRNA的结合位点,且部分miRNA与保护心肌细胞正常生理功能、抗氧化应激损伤、抑制心肌细胞凋亡以及抗心肌肥厚有关。结论:DCM小鼠心肌组织中circRNA存在差异表达,且其与DCM的发生发展密切相关。
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编辑人员丨5天前
