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旋毛虫诱导的非特异性免疫对伯氏疟原虫感染小鼠小肠组织免疫反应的调节
编辑人员丨4天前
目的:探讨旋毛虫( Trichinella spiralis,Ts)诱导的非特异性免疫对伯氏疟原虫( Plasmodium berghei,Pb)ANKA感染小鼠小肠组织免疫反应的调节作用。 方法:36只SPF级雌性昆明小鼠(6~8周龄,体重为18~22 g),按体重采用随机数字表法分成4组,分别为对照组、Ts单感染组(Ts组)、PbANKA单感染组(Pb组)、Ts与PbANKA共感染组(Ts + Pb组),每组9只。小鼠正常进食、饮水,普通饲料喂养。对照组不做任何实验处理;Ts组在实验第1天经口感染20条Ts幼虫;Pb组在实验第9天经腹腔注射感染1 × 10 6个寄生PbANKA的红细胞;Ts + Pb组在实验第1天经口感染20条Ts幼虫,第9天经腹腔注射感染1 × 10 6个寄生PbANKA的红细胞。于感染Ts后第22天和/或感染PbANKA后第13天剖杀小鼠,采用透射电镜观察各组小鼠腹腔巨噬细胞的形态变化;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测各组小鼠小肠组织M1型巨噬细胞标记物[诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、白细胞介素-6(IL-6)]以及M2型巨噬细胞标记物[C型甘露糖受体2(Mrc-2)、类几丁质酶3(Ym1)]mRNA表达水平,并比较M2/M1型巨噬细胞标记物mRNA表达水平的比值。 结果:透射电镜观察发现,对照组小鼠腹腔巨噬细胞形态结构正常;Ts组小鼠腹腔巨噬细胞呈现较多伪足;Pb、Ts + Pb组小鼠腹腔巨噬细胞除呈现较多伪足外,并吞噬有疟原虫。4组小鼠小肠组织iNOS(1.000 ± 0.290、1.277 ± 0.251、3.088 ± 1.110、2.604 ± 0.773)、IL-6 mRNA表达水平(1.000 ± 0.393、2.180 ± 0.629、1.650 ± 0.612、3.242 ± 1.780)比较,差异有统计学意义( F=12.420、5.270, P均< 0.05)。与对照组比较,Pb、Ts + Pb组iNOS mRNA表达水平明显升高( P均< 0.05);与Ts组比较,Ts + Pb组iNOS mRNA表达水平明显升高( P < 0.05)。与对照组比较,Ts + Pb组IL-6 mRNA表达水平明显升高( P < 0.05)。4组小鼠小肠组织Mrc-2、Ym1 mRNA表达水平比较,差异有统计学意义( F=9.890、20.500, P均< 0.05)。Ts + Pb组Mrc-2 mRNA表达水平明显高于对照、Ts、Pb组( P均< 0.05)。Pb组Ym1 mRNA表达水平明显高于对照组( P < 0.05);Ts + Pb组Ym1 mRNA表达水平明显高于对照、Ts、Pb组( P均< 0.05)。4组小鼠小肠组织Mrc-2/iNOS、Ym1/iNOS比较,差异有统计学意义( F=3.642、22.360, P均< 0.05)。Ts + Pb组Mrc-2/iNOS明显高于对照、Pb组( P均< 0.05)。Ts + Pb组Ym1/iNOS高于对照、Ts、Pb组( P均< 0.05)。 结论:Ts诱导的宿主非特异性免疫参与PbANKA感染小鼠肠道免疫应答的调节,并促使其小肠组织巨噬细胞向M2型极化。
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编辑人员丨4天前
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右美托咪定对NR8383细胞缺氧/复氧损伤时表型转化的影响
编辑人员丨4天前
目的:评价右美托咪定对大鼠肺泡巨噬细胞缺氧/复氧损伤时表型转化的影响。方法:大鼠肺泡巨噬细胞株NR8383培养于含20%热灭活胎牛血清的F-12K培养基中,采用随机数字表法将细胞分为:对照组(C组),使用完全培养基,培养于常规培养箱中;缺氧/复氧组(H/R组),在三气培养箱中缺氧6 h后,置于常规培养箱中复氧6 h;右美托咪定组(D+H/R组,按右美托咪定终浓度不同分为D0.1+H/R组、D1+H/R组、D10+H/R组),在含0.1、1.0 μmol/L或10.0 μmol/L右美托咪定的培养液中孵育1 h后,更换完全培养基进行缺氧/复氧(每组设置6个复孔)。于复氧6 h后,采用细胞增殖-毒性检测试剂盒(cell counting kit-8, CCK-8)法检测细胞活力,比色法检测细胞超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)活性,分光光度计检测细胞培养上清液中乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, LDH)活性,实时荧光定量聚合酶链式反应(real time quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)法检测一氧化氮合酶(nitric oxide synthase, NOS) 2、干扰素(interferon, IFN)、单核细胞趋化蛋白1 (monocyte chemotactic protein 1, Mcp1 )、精氨酸酶1 (arginase-1, Arg1)、IL-10、几丁质酶3样蛋白3 (chitinase 3-like protein-3, Chi3l3)的mRNA表达,免疫荧光染色法标记诱导型一氧化氮合酶(inducible nitric oxide synthase, iNOS)与Arg1。结果:与C组比较,其余4组上清液LDH活性升高,H/R组、D0.1+H/R组和D1+H/R组细胞活力降低,H/R组、D0.1 +H/R组SOD活性降低( P<0.05);与H/R组比较,D1+H/R组和D10+H/R组细胞活力增高,D1+ H/R组SOD活性增高,D1+H/R组和D10+H/R组上清液LDH活性降低( P<0.05)。与C组比较,H/R组NOS2、IFN、Mcp1、Chi3l3和IL-10的基因表达上调,D+H/R组Mcp1、Arg1、IL-10和Chi3l3的基因表达上调( P<0.05);与H/R组比较,D+H/R组NOS2、Mcp1和IFN的mRNA表达下调,Arg1和IL-10的mRNA表达上调( P<0.05)。与C组比较,H/R组和D+H/R组细胞Arg1和iNOS荧光表达均明显增强,提示Arg1和iNOS表达均增加;与H/R组比较,D+H/R组的Arg1荧光表达较H/R组更强,而iNOS荧光表达减弱,提示D+H/R组的Arg1的表达增加。 结论:右美托咪定减轻大鼠肺泡巨噬细胞缺氧/复氧损伤的机制与促进细胞向M2型极化有关。
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编辑人员丨4天前
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血清几丁质酶3样蛋白1水平在寻常型天疱疮中的临床意义研究
编辑人员丨4天前
目的:检测寻常型天疱疮患者血清中几丁质酶3样蛋白1(YKL-40)水平,并分析其与病情严重程度的相关性。方法:2017年1月至2018年5月于西南医科大学附属医院皮肤科采集38例寻常型天疱疮患者血清,同时收集14例年龄、性别、体重指数匹配的健康对照者血清,采用多功能流式点阵仪测定血清中YKL-40以及Th1/Th2/Th17相关细胞因子浓度。采用Mann-Whitney U检验分析患者组与对照组细胞因子差异;利用二元Logistic回归法分析与病情严重程度独立相关的因素;绘制受试者操作特征曲线(ROC),采用曲线下面积(AUC)、敏感性及特异性评价YKL-40预测天疱疮严重程度的能力。 结果:与对照组相比,寻常型天疱疮患者血清中YKL-40水平[ M( Q1, Q3)][15.22(14.19,15.93)比13.64(13.21,14.63)μg/L, z = -3.88]以及细胞因子白细胞介素(IL)-6 [2.05(1.49,4.21)比1.57(1.38,1.75)ng/L, z = -2.44]、IL-7 [7.45(5.63,11.63)比3.77(2.21,5.97)ng/L, z = -3.26]、IL-8 [6.59(3.60,14.73)比4.36(2.96,6.53)ng/L, z = -1.96]、IL-2R-α[509.08(386.36,757.67)比336.44(309.86,458.71)ng/L, z = -2.35]和C5a水平[100.35(78.31,140.84)比72.08(37.23,82.08)ng/L, z = -3.04]均显著升高( P < 0.05)。天疱疮患者YKL-40血清浓度随着皮损面积的减少而逐渐降低( r = 0.63, P < 0.001),且YKL-40与病情严重程度独立相关[ P = 0.025,优势比:46.54(95% CI:1.61~1 347.19)]。YKL-40区分重度和极重度患者与轻中度患者的AUC为0.783(95% CI:0.613~0.953)]。 结论:血清YKL-40水平与寻常型天疱疮严重程度相关性强,具有预测寻常型天疱疮病情严重程度的潜在价值。
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编辑人员丨4天前
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吡非尼酮下调IRF4抑制M2型巨噬细胞活化减轻放射性肺纤维化机制
编辑人员丨4天前
目的:探究吡非尼酮(PFD)对放射性肺纤维化(RILF)的防治作用及其作用机制。方法:采用小动物放射研究平台对C57BL/6小鼠进行单次50 Gy X线的全胸照射,用药组小鼠于照射前2 h灌胃给予300 mg/kg PFD,此后每天灌胃一次直至150 d处死小鼠并提取肺组织,肺组织采用HE和Masson染色、实时荧光定量PCR (qPCR)和蛋白质印迹法(WB)检测。巨噬细胞经PFD处理后,用白介素-4和白介素-13刺激,使其向M2型极化,采用qPCR、WB以及免疫荧光染色进行相关检测。结果:PFD能显著抑制由X线诱导的肺内炎性细胞浸润以及肺组织纤维化形成,降低M2型巨噬细胞表型标记物的表达。细胞实验也证实,PFD能显著抑制巨噬细胞向M2型极化,表现为精氨酸酶-1和几丁质酶3样蛋白3表达的降低,这个过程主要与干扰素调节因子4(IRF4)的下调有关。结论:PFD通过下调IRF4抑制巨噬细胞向M2型极化,对RILF具有一定的防治作用。
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编辑人员丨4天前
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乳脂球-表皮生长因子8对脑缺血后小胶质细胞极化的调控作用机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探寻乳脂球-表皮生长因子8(MFG-E8)在脑缺血后小胶质细胞极化的调控作用和作用机制。方法:选取C57BL/6小鼠40只,采用随机数字表法将其为假手术组、缺血组、重组小鼠乳脂球-表皮生长因子8(rmMFG-E8)组和rmMFG-E8+科利维林(Colivelin TFA)组,每组10只小鼠。缺血组、重组小鼠乳脂球-表皮生长因子8(rmMFG-E8)组和rmMFG-E8+科利维林(Colivelin TFA)组制作大脑中动脉梗阻再灌注模型(tMCAO),其中rmMFG-E8组和rmMFG-E8+Colivelin TFA组小鼠在造模成功后立即进行脑梗侧侧脑室立体定位注射,分别给予总量2 μl,浓度0.4 μg/μl的rmMFG-E8和总量2 μl,浓度0.4 μg/μl的rmMFG-E8+总量2 μl,浓度5 pmol/μl的Colivelin TFA干预。造模成功1、3、5、7 d后采用行为学实验检测神经功能恢复情况,造模成功7 d后采用组织染色观察脑梗死灶体积比例,通过实时荧光定量聚合酶链式反应检测小胶质细胞M1极化标记物诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、M2极化标记物精氨酸酶1(Arg1)和小鼠类几丁质酶3样分子(Ym1)、MFG-E8的基因表达水平,通过免疫印迹实验检测MFG-E8、磷酸化信号转导与转录因子3(p-STAT3)和细胞因子信号传导抑制因子-3(SOCS3)蛋白表达水平。结果:行为学检测发现,缺血组、rmMFG-E8组和rmMFG-E8+Colivelin TFA组在造模成功1、3、5、7 d后的转棒时间和mNSS评分与假手术组同时间点比较,差异均有统计学意义( P<0.05)。造模成功7 d后,与假手术组比较,缺血组MFG-E8基因和蛋白表达均显著降低( P<0.05),M1极化标记物iNOS基因的表达显著增高( P<0.05),M2极化标记物Arg1和Ym1基因的表达显著下降( P<0.05),p-STAT3/STAT3蛋白的表达显著上调( P<0.05),SOCS3/GAPDH蛋白的表达显著下调( P<0.05)。造模成功7 d后,与缺血组比较,rmMFG-E8组的梗死灶体积显著缩小( P<0.05)。造模成功7 d后,rmMFG-E8+Colivelin TFA组iNOS基因的表达较rmMFG-E8组明显增加( P<0.05),Arg1和Ym1基因的表达明显降低( P<0.05),p-STAT3/STAT3的表达显著上调( P<0.05),SOCS3/GAPDH的表达显著下降( P<0.05)。 结论:MFG-E8可通过STAT3信号通路促进脑缺血后小胶质细胞向M2型极化,促进脑缺血小鼠神经功能的恢复。
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编辑人员丨4天前
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糖尿病视网膜病变患者血清hs-CRP、CHIT1、midkine与病变严重程度和视力残疾的关系
编辑人员丨1周前
目的:探讨糖尿病视网膜病变(DR)患者血清超敏C反应蛋白(hs-CRP)、几丁质酶1(CHIT1)、中期因子(midkine)与病变严重程度和视力残疾的关系.方法:选取2021年3月-2022年12月期间我院收治的198例2型糖尿病DR患者,根据病变严重程度,分为非增生型DR、增生型DR,例数分别为121例、77例,对比非增生型DR和增生型DR血清hs-CRP、CHIT1、midkine水平.以门诊复查的随访形式随访1年,根据DR患者视力残疾发生情况将患者分为视力残疾组和非视力残疾组,例数分别为31例和167例,对比视力残疾组和非视力残疾组的血清hs-CRP、CHIT1、midkine水平,采用Logistic回归分析视力残疾的危险因素.结果:增生型DR患者血清hs-CRP、CHIT1、midkine水平高于非增生型DR患者(P<0.05).视力残疾组的血清hs-CRP、CHIT1、midkine水平高于非视力残疾组(P<0.05).单因素分析结果显示:DR患者视力残疾与性别、年龄、眼压、空腹血糖(FPG)、甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)无关(P>0.05),与糖尿病病程、DR病程、糖化血红蛋白(HbAlc)有关(P<0.05).Logistic回归分析显示:糖尿病病程越长、DR病程越长、hs-CRP升高、CHIT1升高、midkine升高是DR患者视力残疾的主要危险因素(P<0.05).结论:DR患者血清hs-CRP、CHIT1、midkine升高,与病变严重程度有关,同时DR患者视力残疾受到hs-CRP、CHIT1、midkine的影响,值得引起临床重视.
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编辑人员丨1周前
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双特异性磷酸酶-1对小胶质细胞极化及颞叶癫痫发作的影响
编辑人员丨1个月前
目的 探讨双特异性磷酸酶-1(DUSP1)对小胶质细胞极化及颞叶癫痫(EP)发作的影响.方法 采用慢病毒转染技术构建DUSP1正常表达组(DUSP1normal组)、DUSP1高表达组(DUSP1over组)、DUSP1低表达组(DUSP1low组)小鼠,每组12只,将这些小鼠又分为DUSP1normal+对照(Con)组、DUSP1normal+EP 组、DUSP1over+Con 组、DUSP1over+EP 组、DUSP1low+Con 组和 DUSP1low+EP 组,每组 6 只.取DUSP1norma1+EP组、DUSP1over+EP组及DUSP1 low+EP组小鼠分别 腹腔注射氯化锂溶液(125 mg/kg)、硫酸阿托品溶液(1 mg/mL)及盐酸匹罗卡品溶液(50 mg/kg),构建颞叶EP模型.评估EP小鼠注射后2 h内EP发作等级,记录达到Ⅳ级的时间为潜伏期.将EP小鼠处死,取完整脑组织用于免疫荧光检测,取颞叶组织用于炎症细胞因子、DUSP1及小胶质细胞调控蛋白检测.结果 与DUSP1normal组比较,DUSP1over组DUSP1/β-ac-tin 及 DUSP1 mRNA表达水平均升高,DUSP1low组DUSP1/β-actin及DUSP1 mRNA表达水平均降低,差异均有统计学意义(P<0.05).与DUSP1normal+EP组比较,DUSP1over+EP组小鼠EP发作达Ⅳ级潜伏期明显延长,DUSP1low+EP组小鼠EP发作达Ⅳ级潜伏期明显缩短,差异均有统计学意义(P<0.05).与DUSP1normal+Con组比较,DUSP1normal+EP组小鼠颞叶组织中M1型小胶质细胞极化标志物CD16、肿瘤坏死因子-a(TNF-α)、白细胞介素(IL)-1β及诱导型一氧化氮合酶(iNOS)mRNA水平均升高,炎症细胞因子TNF-α、IL-6水平均升高,IL-10水平降低,DUSP1诱导小胶质细胞极化相关蛋白p-胞外调节蛋白激酶(ERK)1/2、p-c-Jun氨基末端激酶(JNK)和p-p38蛋白表达水平均升高,差异均有统计学意义(P<0.05).与DUSP1normal+EP组比较,DUSP1over+EP组小鼠颞叶组织中M1型小胶质细胞极化标志物CD16、TNF-α、IL-1β和iNOS mRNA水平均降低,M2型小胶质细胞极化标志物CD206、转化生长因子-β、精氨酸酶1与几丁质酶样蛋白mRNA水平均升高,炎症细胞因子TNF-α、IL-6水平均降低,IL-10水平升高,DUSP1诱导小胶质细胞极化相关蛋白p-ERK1/2、p-JNK和p-p38蛋白表达水平均降低,差异均有统计学意义(P<0.05);与DUSP1norrnal+EP组比较,DUSP1low+EP组小鼠颞叶组织中M1型小胶质细胞极化标志物TNF-α和iNOS mRNA水平均升高,炎症细胞因子TNF-α、IL-6水平均升高,IL-10水平降低,DUSP1诱导小胶质细胞极化相关蛋白p-ERK1/2、p-JNK和p-p38蛋白表达水平均升高,差异均有统计学意义(P<0.05).结论 氯化锂溶液-盐酸匹罗卡品溶液点燃EP小鼠颞叶组织中DUSP1蛋白表达水平降低,高表达DUSP1基因能够延长小鼠EP发作的潜伏期,其机制可能涉及抑制p-ERK1/2、p-JNK和p-p38蛋白表达来调节小胶质细胞向M2型极化.
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编辑人员丨1个月前
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基于单细胞转录组测序的细粒棘球蚴感染小鼠肝T细胞异质性分析
编辑人员丨2024/8/17
目的 从单细胞水平探究细粒棘球蚴感染小鼠不同时期肝组织微环境细胞中T细胞亚型组成及其转录谱特征.方法 从课题组前期细粒棘球蚴感染后1个月(1只)、3个月(1只)和6个月(2只)的BALB/c小鼠和健康小鼠(1只,对照组)肝组织的单细胞转录组测序数据集(中国国家生物信息中心组学原始数据归档库:CRA008416)(https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa)中提取测序数据进行质控.采用统一流形逼近与投影(UMAP)算法对单细胞群聚类进行可视化作图,采用共享最近邻相似度(SNN)聚类算法分析最优细胞分群.采用SingleR软件包基于immgen参考数据集对细胞亚群进行细胞类型注释.使用Seurat软件包的FindMarkers函数分析不同时期感染小鼠和对照组小鼠的调节性T细胞(Treg)和CD8+T细胞的差异表达基因(DEG).利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分别对DEG进行功能富集分析和通路富集分析.结果 质控后获得37 760个细胞,人工优化后分为8种类型细胞.对T细胞重聚类后获得12个细胞群.注释后鉴定获得7种T细胞,包括CD4+初始T细胞、CD4+效应T细胞、Treg、CD8+初始T细胞、CD8+T细胞、增殖性T细胞、γ8 T细胞.在细粒棘球蚴感染1个月后T细胞各亚群占比无明显变化,感染后3个月增殖性T细胞(11.91%,56/470)和Treg(13.40%,63/470)占比均高于对照组(3.51%,38/1 082;4.34%,47/1 082),感染后6个月CD8+T细胞占比(30.20%,1 145/3 791)高于对照组(15.43%,167/1 082).Treg在感染后3个月高表达肿瘤坏死因子-α诱导蛋白8(Tnfaip8)、Maf、伊卡洛斯家族锌指3(Ikzf3)等维持Treg的基因;CD8+T细胞在感染后6个月高表达白细胞表面分化抗原40配体(Cd40lg)、类几丁质酶3(Chil3)、分泌型磷蛋白1(Spp1)等耗竭性基因.GO分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要富集于转化生长因子β受体复合物组装、正调节T细胞活化、环磷酸腺苷介导的信号传导等通路;感染后6个月CD8+T细胞的DEG主要富集调节血管内皮生长因子受体、色氨酸分解代谢过程、细胞外基质细胞信号等通路.KEGG分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要参与原发性免疫缺陷和Ras信号传导途径等通路;感染后6个月CD8+T细胞DEG主要参与脂肪酸代谢、谷胱甘肽代谢、叶酸代谢等通路.结论 细粒棘球蚴感染后3个月、6个月小鼠的肝组织T细胞亚型存在差异,感染后3个月Treg占比增加,感染后6个月CD8+T细胞占比增加,Treg、CD8+T细胞的DEG及其主要富集的通路存在差异.
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编辑人员丨2024/8/17
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大豆球蛋白对克氏原螯虾肠道菌群和抗菌相关基因的影响
编辑人员丨2024/8/17
实验旨在探究不同水平的大豆球蛋白对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群和抗菌相关基因的影响.在饲料中添加0(G0组,作为对照组)、1.82%(GL组)、3.64%(GH1组)、5.46%(GH2组)和7.28%(GH3组)五种不同水平的大豆球蛋白饲喂克氏原螯虾(平均体重约为4.3 g)4周.养殖实验结束后测定肠道微生物的组成和抗菌相关基因的表达.结果显示:(1)饲料中的大豆球蛋白对克氏原螯虾肠道菌群的Alpha多样性没有显著性影响,但改变了其肠道菌群组成.GL组Cloacibacterium、沙曼气单胞菌(Aeromonas sharmana)等菌群的相对丰度显著高于其他4组.与G0组相比,红杆菌属(Rhodobacter)、副球菌属(Paracoccus)、丙酸杆菌属(Propionicimonas)和生丝微菌属(Hyphomicrobium)等益生菌及亨氏柄杆菌(Caulobacter henricii)的相对丰度在GH2或GH3组中显著下降;而GH3组壤霉菌属(Agromyces)、巴氏微杆菌(Microbacterium barkeri)、假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)和军团杆菌属(Legionella)等潜在病原菌的相对丰度显著高于G0组.(2)随着大豆球蛋白水平的升高,各组肠道抗菌相关基因的表达水平呈现一次线性和二次响应的变化趋势.与G0组相比,GL组抗脂多糖因子(alf)、甲壳素(cru)和血蓝蛋白(hem)基因的表达水平显著下降;除组织蛋白酶-B(cst-b)外,GH1、GH2和GH3组其他抗菌相关基因的表达水平随着饲料中大豆球蛋白水平的升高而显著上升;GH2组cst-b的表达水平显著高于其余4组.(3)斯皮尔曼相关分析结果表明肠道菌群和抗菌相关基因之间存在显著的相关关系.cru、alf、C型凝集素(lec-c)、溶菌酶(lys)、白细胞介素增强因子结合子-2(iebf-2)、hem、热休克蛋白-70(hsp-70)和cst-b的表达水平与亨氏柄杆菌、副球菌属、红杆菌属、丙酸杆菌属、Desulfovibrio putealis、Thermomonas dokdonensis、沙曼气单胞菌和气单胞菌属、Chitinilyticum aquatile、台湾几丁质杆菌、Cloaci-bacterium 和生丝微菌属等菌群的相对丰度具有显著的负相关关系;而与壤霉菌属、产气荚膜梭杆菌(Clostri-dium Perfringens)、巴氏微杆菌、乳球菌(Lactococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、类诺卡氏菌属(Nocar-dioides)和Peredibacter starrii等菌群的相对丰度具有显著的正相关关系.综上所述,饲料中低水平的大豆球蛋白(1.82%)在一定程度上能够促进肠道中益生菌的生长,改善肠道菌群健康,同时下调抗菌相关基因的表达;而高水平的大豆球蛋白(≥3.64%)可能抑制了益生菌的生长,导致病原菌的增殖,从而破坏了肠道菌群稳态,并且上调了抗菌相关基因的表达.相关分析结果表明抗菌相关基因与肠道菌群之间可能存在一定的互作关系.
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编辑人员丨2024/8/17
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基于细胞焦亡基因前列腺癌预后模型的构建及肿瘤微环境分析
编辑人员丨2024/7/20
目的 基于细胞焦亡基因构建前列腺癌(PCa)预后模型并分析其肿瘤微环境.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取502例PCa患者和51例健康者的基因转录组数据、基因突变数据,提取差异表达的细胞焦亡基因.从基因表达综合(GEO)数据库中获取96例PCa患者的临床特征及细胞焦亡基因表达数据,筛选出与预后相关的细胞焦亡基因.从ImmPort数据库中下载免疫细胞数据.采用聚类分析确定PCa患者的最佳亚型分组并采用主成分分析(PCA)进行验证.对不同亚型PCa患者的差异交集基因进行基因本位(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.将单因素Cox分析获得的显著差异表达基因纳入Lasso回归模型,获取与预后相关的基因.将PCa患者随机均等分为训练集和测试集,分别进行Lasso回归分析,根据训练集风险评分的中位值将训练集、测试集分为高风险组和低风险组.采用多因素Cox回归模型分析PCa患者预后的独立影响因素并构建预后模型.应用R语言包分析细胞焦亡基因与免疫细胞含量、干细胞含量与风险评分的相关性及高低风险组患者的肿瘤突变负荷差异.结果 差异分析获得37个显著差异表达的细胞焦亡基因.根据细胞焦亡基因的表达量及临床数据分析,获得10个与PCa预后相关的细胞焦亡基因.根据累积分布函数图的K值将PCa分为A、B、C三个亚型,且经PCA分析验证分型结果可靠.GO及KEGG富集分析结果显示,109个差异交集基因主要通过细胞外基质组织(EMO)、细胞外结构组织(ESO)、肽基酪氨酸磷酸化(PTP)、肽基酪氨酸修饰(PTM)等通路激活蛋白酪氨酸激酶(PTK)、跨膜受体蛋白激酶(TRPK)等分子功能.Lasso回归模型筛选出B细胞淋巴瘤/白血病3(BCL3)、骨形成蛋白2(BMP2)、C-C趋化因子受体5(CCR5)、几丁质酶3样蛋白2(CHI3L2)、肝癌缺失蛋白1(DLC1)、主要组织相容性复合体Ⅱ类DQ alpha2(HLA-DQA2)、分泌球蛋白家族3A成员1(SC-GB3Al)、serpin家族E成员1(SERPINE1)、溶质载体家族14成员1(SLC14A1)9个与预后相关的基因.差异分析显示,训练集与测试集预后情况大致相同,且随着风险评分的升高,患者死亡人数增加.多因素Cox分析结果显示,年龄、肿瘤分期(T分期、N分期)、风险程度均是PCa患者预后的独立影响因素.预后模型预测PCa患者第6、9、12年的生存情况与患者的实际生存情况比较相符.相关性分析显示,免疫细胞与细胞焦亡基因存在相关性(P<0.01).对高风险组(n=376)与低风险组(n=126)进行差异分析,结果显示,高风险组患者的基质细胞评分和肿瘤突变负荷均明显高于低风险组,差异均有统计学意义(P<0.01).干细胞含量与风险评分呈正相关(P<0.01).结论 本文成功构建了基于细胞焦亡基因的PCa预后模型,并进行了肿瘤微环境分析,发现了 BCL3、BMP2、CCR5、CHI3L2、DLC1、HLA-DQA2、SCGB3A1、SERPINE1、SLC14A 1 9 个细胞焦亡基因,可预测 PCa 患者的预后和免疫治疗反应,有利于进一步指导临床实践.
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编辑人员丨2024/7/20
