目的:探讨NanoString荧光条形码技术在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）分子分型中的临床应用，分析细胞起源亚型与患者预后的相关性。方法:收集2014年1月至2019年12月山西省大同市第三人民医院12例及北京大学医学部8例DLBCL患者的肿瘤组织样本，采用Hans模型分为生发中心B细胞（GCB）型1例和非GCB型19例。在mRNA水平利用NanoString技术平台分析样本中15个Lymph2Cx分子分型相关基因的表达水平差异。通过聚类分析对20例DLBCL患者分型，并分析按此分型组间预后的差别。结果:通过NanoString荧光条形码技术对20例DLBCL患者样本进行检测并进行聚类分析后分型显示，11例为类GCB样型，9例为类活化B细胞（ABC）样型；10例类GCB样型按Hans模型为非GCB型。生存分析显示，类GCB样组总生存优于类ABC样型组（ P=0.019）。 结论:NanoString荧光条形码技术可用于DLBCL的细胞起源分型，该分子分型策略可有效预测患者预后。

目的:利用ITS2和 matK分子标记对覆盆子及其相似品种进行鉴别，规范覆盆子的基源。 方法:收集覆盆子及其相似品山莓、蓬蘽、茅莓、寒莓、高粱泡的ITS和 matK序列，经隐马尔可夫模型去除两端的5.8S和28S序列，共得到ITS2序列25条，经Clustal校对共获得 matK序列22条。运用MEGA软件分析各分类群的ITS2和 matK序列，计算种内和种间遗传距离，构建邻接系统进化树（NJ）；通过ITS2 database预测各分类群的ITS2二级结构，采用4Sale软件比对二级结构，通过ProfDistS软件构建基于联合ITS2一级序列及其二级结构的剖面邻接（PNJ）系统发育树。 结果:分别基于ITS2和 matK标记的不同物种种间具有显著的遗传间隔。NJ树和PNJ树拓扑关系一致，各分类群表现出单系性。覆盆子ITS2二级结构与其相似品种均具有显著差异。 结论:建议ITS2和 matK序列均可作为鉴别覆盆子与其相似品种的DNA条形码，ITS2二级结构信息可丰富鉴定结果，可为覆盆子及悬钩子属植物的资源研究及品种选育提供依据。

目的 为了探讨不同省份基地栽培的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是否存在分子水平的遗传差异,为种质筛选和栽培选育提供参考.方法 通过采集 5 个省份的 30 份人工栽培铁皮石斛样品,并利用ITS及叶绿体条形码标记对其进行种水平遗传分析.结果 在种水平上,部分叶绿体条形码在不同产地的铁皮石斛上可以检测到变异,而ITS片段的种内变异少.其中trnH-psbA长度为790 bp(1 indel,2 SNP),pbsI-pbsK为473 bp(3 indel,1 SNP),trnF-ndhJ为682 bp(1 SNP);而ITS为551 bp(2 SNP).在叶绿体的NETWORK图和NJ树上可以看出,贵州的铁皮石斛样品具有特有的单倍型,而部分贵州安龙铁皮石斛样品的遗传距离与金钗石斛最接近;ITS分析的结果显示浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛遗传距离更近.结论 贵州的铁皮石斛样品具有更高的遗传多样性,提示其可能具有多个种质来源;而贵州和浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛的遗传距离更近,说明其在种源上可能属于进化过程中较早的一支,其他样本更有可能是由其发展而来.研究结果表明,虽然目前不能依靠种内的遗传变异对各地区的铁皮石斛进行产地区分,但可用于揭示不同地区铁皮石斛在种质来源上的遗传差异性,为铁皮石斛的栽培选育提供一定的科学依据.

目的 提高黄檀属的物种鉴别成功率,并将机器学习方法与传统的基于距离/系统发育树的方法进行比较,筛选最优的ITS条形码分析方法.方法 所使用的黄檀属物种ITS序列来自实验获得的3条以及从NCBI下载的399条共96个物种.以条形码ITS作为分子标记,对比距离法、系统发育树法及机器学习方法在黄檀属物种的鉴别成功率.结果 在基于机器学习方法的分析中,黄檀属物种的平均鉴别成功率为39.59％,其中BLOG能识别出42个黄檀属物种,其正确序列分类占比为 95.75％.另外,SMO、Na?ve Bayes、JRip、J48 能够识别出 34 个物种,分别获得了 79.10％、58.71％、72.64％、76.37％的正确序列分类占比.基于系统发育树法与距离法的分析分别获得28.13％和36.46％的鉴别成功率.结论 基于机器学习的黄檀属ITS条形码基原识别比距离法/系统发育树法拥有更高的鉴别成功率和社会经济效率.建议优先利用基于ITS条形码的机器学习方法对黄檀属物种进行基原识别.

福寿螺为我国外来入侵生物之一,是传播广州管圆线虫病的主要中间宿主,目前已在我国广泛扩散,并对入侵地的农林牧渔业生产、生态环境及人体健康造成严重威胁.准确、快速地鉴别福寿螺的种类是开展其入侵机制、扩散规律及种群遗传学等各项研究的基础,并对制定与实施防治策略有重大意义.目前福寿螺的鉴定方式主要基于传统形态学及分子生物学,其中福寿螺的分子鉴定主要基于特异性引物PCR快速鉴别技术和DNA条形码技术,本文对福寿螺的物种鉴定方式进行综述.

水生态系统是保障国家生态安全的重要基础.水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键.传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷.环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案.文章介绍了 eDNA技术的基本原理,总结回顾了 eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战.同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议.

目的:建立能够准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品的分子鉴定方法.方法:对诃子、绒毛诃子及其混伪品的新鲜果实进行烘干,观察其干燥前后的形态;提取样品DNA,采用DNA条形码内转录间隔区 2(ITS2)序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增并测序,采用DANMAN 7、MAGE 6 软件对测序结果进行序列比对,计算Kimura 2-paramete遗传距离,并构建邻接法系统发育树.结果:形态观察发现,诃子、绒毛诃子果实干燥前后与混伪品有较大的差异,可以通过形态差异进行鉴别;DNA条形码序列表明,诃子和绒毛诃子ITS2 序列基本一致,仅发现 4 个单核苷酸多态性位点,但不能由此对两者进行区分;诃子和绒毛诃子的psbA-trnH序列存在 2 处明显差异,可对两者进行准确区分;绒毛诃子中存在 2 种类型的单倍型,其明显差异在于是否在psbA-trnH序列上存在 1 段 16 bp的串联重复序列;混伪品与诃子、绒毛诃子之间具有较大的psbA-trnH序列差异,可直接在美国国家生物技术信息中心比对进行区分;对市场上流通的诃子炮制品进行鉴定发现,其多为 2 种单倍型绒毛诃子,且存在毛诃子混伪的情况.结论:利用psbA-trnH序列可准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品,发现绒毛诃子中存在 2种类型的单倍型.

目的 对药用植物DNA条形码技术和分子标记技术的研究进展进行综述,为药用植物鉴定、遗传育种及种质资源保护的进一步研究奠定基础.方法 查阅总结近年来国内外文献,对DNA条形码技术和分子标记技术的特征、种类及在药用植物中的应用情况进行总结.结果 DNA条形码和分子标记技术已经被广泛应用于药用植物中.DNA条形码技术能够迅速且精确地对药用植物进行鉴定,克服了传统鉴别方式的缺陷;分子标记技术则以其操作简便、敏感度高、结果精确等优势,在促进药用植物的科学研究中获得了广泛的应用.结论 DNA条形码和分子标记技术的出现对药用植物的鉴定产生了积极的影响,为种质资源的保护、鉴定、亲缘关系分析和遗传进化提供了依据,随着科技的不断进步,DNA条形码和分子标记技术也将不断精确,并对中医药现代化产生更加深远的影响.

目的 以蒙古黄芪Astragalus membranaceus var.mongholicus为材料,解析其叶绿体基因组的序列特征,并进行系统发育分析.方法 利用Illumina NovaSeq测序平台对蒙古黄芪叶绿体全基因组进行测序,完成其组装、注释、特征分析,构建系统发育树.结果 蒙古黄芪叶绿体基因组全长为123 349bp,GC含量为34.09％,由于缺失反向重复IR区,Circos图呈现出非典型四分体结构,属于IRLC群体.获得注释基因109个,其中蛋白编码基因76个,rRNA基因4个,tRNA基因29个.蒙古黄芪叶绿体基因组的密码子偏好性较弱,密码子偏向使用A碱基和U碱基.MISA检测出263个SSR位点,以A/T重复为主;叶绿体全基因组比较分析可知17种豆科植物叶绿体基因组的基因区间组成差异较小;但trnF-GAA～trnT-UGU、trnfM-CUA～psbC、trnE～trnD、psbM～rpoB、ycf1和ycf2等编码区存在差异性;系统发育树显示,蒙古黄芪与胶黄芪A.gummifer聚为一类,与阿纳卡黄芪A.nakaianus、膜荚黄芪A.membranaceus具有一定亲缘性.结论 可为开展黄芪属遗传多样性研究、DNA条形码构建和分子鉴定标记开发提供参考.

海三棱藨草[× Bolboschoenoplectus mariqueter(Tang & F.T.Wang)Tatanov]的分类学地位至今尚无定论.为明确海三棱藨草的分类学地位并探讨其与近缘种的关系,该研究分别利用1个核基因(ITS)和5个叶绿体基因(matK、ndhF、rbcL、trnL和trnL-trnF)的DNA条形码序列对海三棱藨草及其近缘种的4种21批样品进行扩增和测序,通过采用相似性搜索算法对单一序列和序列组合的物种鉴定效率进行评价,并基于贝叶斯推断方法构建系统发育树进行鉴定分析.结果表明:(1)ITS+matK序列组合的物种鉴定效率最高,为71.4％,可实现海三棱藨草及其近缘种的种间区分、鉴定.(2)基于ITS+matK序列组合构建海三棱藨草及其近缘种的系统发育树,发现同一物种的样品聚集度较好,海三棱藨草与三棱草属[Bolboschoenus(Asch.)Palla]的物种聚为一支,明显与水葱属[Schoenoplectus(Rchb.)Palla]物种分开,并且海三棱藨草与海滨三棱草[Bolboschoenus maritimus(Linnaeus)Palla]形成单系.综上所述,ITS+matK序列组合可作为海三棱藨草及其近缘种物种鉴定的最佳条形码序列,研究结果不支持海三棱藨草为天然杂交种的观点,而应将其归入三棱草属中,海三棱藨草应为海滨三棱草的异名.该研究结果为海三棱藨草及其近缘种的分类学研究提供了分子依据.