目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.

目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA（circRNA），分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期（ASA）患者，3例AS稳定期（ASS）患者和3名健康对照者（HC）PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化（FC）和 P值进行筛选，找到差异表达的circRNAs；从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs，采用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验证芯片结果；对差异表达的circRNAs进行基因本体论（GO）分析，京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，并通过微RNA（miRNA）靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示，ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs（FC>1.5， P<0.05），其中466种上调，334种下调；ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs（FC>1.5， P<0.05），其中589种上调，560种下调；ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs（FC>1.5， P<0.05），其中145种上调，88种下调。RT-qPCR验证结果提示，4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示，这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程；KEGG分析结果在辅助性T细胞（Th）17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集；miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs，推测这些circRNAs可能参与AS的发病。

目的:研究前列腺癌相关转录因子4(PCAT4)通过海绵化miR-508-5p上调细胞增殖上调节因子(URGCP)表达对乳腺癌进展的驱动作用。方法:通过癌症基因组图谱分析乳腺癌组织中具有差异表达的lncRNA和miRNA的微阵列数据。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)评估乳腺癌中PCAT4表达。MTT和集落形成实验测定细胞增殖能力，TUNEL法分析细胞凋亡情况，Transwell实验分析细胞迁移和侵袭变化。RNA下拉和双荧光素酶测定分析PCAT4与miR-508-5p，以及miR-508-5p与URGCP的相关性。肿瘤异种移植研究分析PCAT4/miR-508-5p/URGCP轴与体内乳腺癌细胞生长的相关性。计量资料以均数±标准差( ± s)表示，两组间比较采用 t检验，多组间比较采用单因素方差分析。Pearson相关性分析评价PCAT4和URGCP与miR-508-5p表达的相关性。 结果:乳腺癌组织和细胞中PCAT4的表达水平上调。敲除PCAT4能够抑制细胞增殖和转移，促进细胞凋亡。miR-508-5p是PCAT4的靶点，且与PCAT4呈负相关。乳腺癌中miR-508-5p过度表达可抑制细胞生长、迁移和侵袭，促进细胞凋亡。URGCP是miR-508-5p的靶点，可诱导乳腺癌的进展。肿瘤异种移植研究显示，PCAT4通过影响miR-508-5p/URGCP驱动乳腺癌进展。结论:乳腺癌组织和细胞中PCAT4表达升高，PCAT4可以作为miR-508-5p的分子海绵，并通过激活URGCP蛋白表达显著促进乳腺癌进展。

目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞)，明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据，采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛，在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明，BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中，BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示，BICD1基因高表达与细胞衰老( P＝0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P＝0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关，与肌动蛋白细胞骨架的调节( P＝0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关；BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示，与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P＝0.001)、染色体分离调控( P＝0.004)及染色体分离( P＝0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P＝0.046)、泛素－泛素连接酶活性( P＝0.033)、蛋白质解聚负调控( P＝0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P＝0.026)、肌动蛋白丝加帽( P＝0.007)、肌动蛋白丝解聚( P＝0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输，调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程，在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。

鳞状细胞癌起源于鳞状上皮或发生鳞状上皮化生的组织，是人类实体癌最常见的病理类型之一。尽管鳞状细胞癌可发生于不同解剖位置，其发病机制具有共性且各有特点。基因突变及鳞状分化标志物表达异常，表观遗传修饰调节靶基因表达，肿瘤微环境诱导癌细胞免疫逃逸等机制均参与鳞状细胞癌的发生。目前，关于鳞状细胞癌发病机制的研究取得较大进展，现结合近年来相关研究，就基因组改变、表观遗传学改变、非编码RNA调节、肿瘤微环境变化及危险因素诱导等方面对鳞状细胞癌发病机制进行综述，为鳞状细胞癌的预防与治疗提供参考。

目的:报道一个中国Smith-Lemli-Opitz综合征家系的临床表型和致病基因变异，并探讨儿童早期诊断的重要性。方法:收集该家系成员的临床资料，抽取外周血基因组DNA，应用高通量测序进行全外显子组检测，对候选基因变异位点进行Sanger测序验证，并提取先证者及其父母外周血RNA进行反转录测序验证。结果:先证者和家系中另一例患儿均表现有智力和运动障碍、小头畸形、小下颌、鼻孔前翻、双足2/3并趾。先证者还有尿道下裂、单一上切牙、血清胆固醇水平降低的表现，其中单一上切牙为该患儿特有的表型；2例患儿均为 DHCR7基因父源c.278C>T(p.T93M)变异和母源c.907G>A (p.G303R)变异，二个变异是已知的致病变异，表型正常的姐姐是p.T93M变异携带者。 结论:DHCR7基因的复合杂合变异c.278C>T(p.T93M)和c.907G>A (p.G303R)是引起该家系患儿发病的遗传学病因，提高对本病的认识有助于其早期诊断和治疗。

目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)特异性核基质结合区结合蛋白1(SATB1)-AS1在前列腺癌中的表达，并分析lncRNA SATB1-AS1与SATB1的相关性。方法:采用荧光原位杂交(FISH)方法检测前列腺癌及其癌旁组织中SATB1-AS1表达。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测4株前列腺癌细胞株(PC3、DU145、22RV1、LNCAP)和人正常前列腺上皮细胞株(RWPE1)中SATB1-AS1表达。应用TCGA数据库及整合基因组浏览器(IGV)软件比对SATB1与SATB1-AS1的相关性。结果:荧光杂交结果显示，SATB1-AS1在定位在细胞核、细胞质。RT-qPCR结果显示在前列腺癌细胞22RV1、LNCAP中SATB1-AS1表达水平明显高于DU145、PC3(4.20±1.25、42.58±8.30和0.50±0.02、1.58±0.33， F＝22.512， P<0.05)。TCGA数据库分析SATB1-AS1与SATB1呈正相关( r＝0.670， P<0.001)；IGV软件比对美国国立生物技术信息中心(NCBI)内发现SATB1启动子序列与SATB1-AS1部分序列完全重合。 结论:SATB1-AS1在前列腺中表达，且可能通过与SATB1基因启动子结合进而调控SATB1基因表达。

目的:探讨RNA结合蛋白Musashi-1（MSI1）在前列腺癌（PCa）中的表达及其调控功能。方法:基于肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库对目的基因MSI1进行差异分析、生存分析和临床相关性分析。通过在DU145细胞中敲低目的基因，探究MSI1其对前列腺癌细胞DU145增殖、迁移和侵袭能力的影响，组间比较采用独立样本 t检验。 结果:MSI1在前列腺癌中表达水平明显高于正常前列腺组织，差异有统计学意义（7.75±1.01比4.56±0.54， t＝ 4.82， P<0.01）。且生存分析结果显示，低表达MSI1组的无病生存期明显长于高表达组[风险比（ HR）：1.71（1.15～2.53）， P<0.01]。T1＋T2期MSI1表达水平和T3＋T4期表达水平无统计学意义（ t＝0.38， P>0.05）。MSI表达水平[ HR：1.47（1.02～2.10）， P<0.05]、T分期[ HR：1.93（1.02～3.60）， P<0.05]及Gleason评分[HR：3.17（1.59～6.30）， P<0.01]可作为前列腺癌的预后因素。细胞计数试剂盒（CCK-8）结果，第4天Ctrl DU145细胞在波长450 nm吸光度（ A）值为0.929±0.085，而shMSI1#1和shMSI1#2 DU145实验组第4天 A值分别为0.687±0.005和0.711±0.018，与对照组比较差异有统计学意义（ t＝42.21、44.19， P<0.01）。DU145中ctrl组伤口愈合面积显著高于si-MSI1#1和si-MSI1#2组，组间比较差异有统计学意义（ P<0.01）。同时前列腺癌细胞迁移侵袭实验发现，ctrl组及si-MSI1#1和si-MSI1#2组PC3迁移细胞分别为790.9±80.7、403.3±49.9和504.6±117.3，组间比较差异有统计学意义（ t＝21.80、13.55， P<0.01）。 结论:MSI1在前列腺癌组织中高表达且与前列腺癌患者的不良预后明显相关。抑制MSI1可有效抑制前列腺癌细胞的增殖、侵袭能力。

USH2A基因双等位基因致病变异可导致Usher综合征Ⅱ型和非综合征性视网膜色素变性，患者因光感受器细胞进行性丧失最终失明。USH2A基因很大，其cDNA有15，606 bp，无法使用腺相关病毒载体递送进行基因替代治疗。研究发现位于外显子13的致病变异在USH2A基因所有外显子的致病变异中占比最高，成为治疗的靶点。反义寡核苷酸、基因组编辑和RNA编辑方法对USH2A基因外显子13的干预研究，显示了潜在的治疗效果和应用前景。本文总结了USH2A基因外显子13相关的分子遗传机制、研究结果以及面临的挑战。

表观遗传学已成为生物医学领域的研究热点，疾病的发生不仅与遗传因素有关，而且还受到环境因素的影响。老年性黄斑变性、糖尿病视网膜病变等视网膜血管性疾病是一类以视网膜血管病变为核心病理改变的不可逆致盲性眼病，是多种环境因素和基因相互作用的结果。表观遗传学的调控方式主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控。表观遗传机制介导环境因素，参与视网膜血管病变相关基因的调控，影响疾病最终的发生发展。因此，眼科医生应重视表观遗传在视网膜血管性疾病中的作用，追踪表观遗传学方法在视网膜血管性疾病治疗中取得的进展，关注表观遗传学的应用前景。寻找这些疾病的表观调控因子，不仅可以加深对这些疾病发生机制的认识，同时还能为这些疾病的诊断和治疗提供新的思路。