目的:建立一种宏基因组二代测序（mNGS）DNA流程检测BALF标本的性能确认方法。方法:以Hela细胞代表宿主细胞，向无菌生理盐水中加入不同浓度Hela细胞、7种病原体（肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒）和干扰物质制备模拟BALF标本，同时收集临床BALF标本，以传统检测方法为参比方法，评价mNGS检测结果，确定mNGS的最低检出限、精密度、抗干扰能力、稳定性和准确度。结果:模拟标本中，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒7种病原体的最低检出限分别为150、262、102、67、96、83 CFU/ml和439 拷贝/ml。模拟阳性标本中所有病原体重复检测结果符合率均为100%。抗干扰试验结果显示，人源核酸浓度越高，mNGS检出病原体序列数越少。以大肠埃希菌和宋内志贺菌评价mNGS对近源物种分辨能力，结果显示，当宋内志贺菌浓度为4 000 CFU/ml时，该系统能稳定分辨大肠埃希菌和宋内志贺菌。稳定性试验结果显示，标本进行1、2、3次冻融或在4 ℃、-20 ℃、-80 ℃放置36 h后病原体序列数无明显变化。与传统检测方法相比，17份临床标本的初步准确度为82.4%（14/17）。2021年10月25日至2022年9月14日同济医院同时进行mNGS和传统方法检测的临床BALF标本的持续评估结果显示，mNGS相对细菌培养、真菌培养、分枝杆菌培养、结核分枝杆菌培养和常规PCR技术的准确度分别为67.5%（472/699）、81.5%（570/699）、92.3%（335/363）、96.4%（350/363）和86.8%（132/152）。与常规PCR技术比较，mNGS检测耶氏肺孢子菌、腺病毒、肺炎支原体的准确度分别为89.4%（84/94）、93.3%（56/60）和87.1%（61/70）。结论:通过制备模拟BALF标本以及以传统检测方法为参比方法，可以初步评价mNGS检测BALF标本的性能特征。

目的:提高对结核相关噬血细胞综合征的认识。方法:回顾性分析2019年11月南方医科大学深圳医院收治的1例结核相关噬血细胞综合征患者的诊治过程，并复习相关文献。结果:患者，男性，57岁，发病时有高热伴全血细胞减少及胸椎椎旁肿物，外周血二代测序检测出结核分枝杆菌，考虑结核相关噬血细胞综合征，给予抗结核、控制噬血活动治疗后，病情好转。胸椎椎旁肿物穿刺检测出高序列数结核分枝杆菌，结合抗酸染色诊断为结核相关噬血细胞综合征，继续给予抗结核等治疗，患者病情持续好转。结论:宏基因组二代测序技术是可疑感染结核相关噬血细胞综合征高效的检测手段，可提高临床救治率。

目的:提高对支气管扩张症（简称支扩）合并诺卡菌感染的认识。方法:收集2016年3月至2020年3月国内9家三级综合医院支扩合并肺诺卡菌病患者的临床、影像和病原学等资料，对其进行回顾性分析，并结合文献复习。结果:共收集支扩合并肺诺卡菌病患者资料17例，其中女性12例，男性5例，患者年龄45~79岁，平均（63±9）岁。不吸烟者15例，吸烟者2例。所有患者均为慢性病程，临床主要表现为咳嗽、咳痰、咯血、发热、呼吸困难等症状，影像表现为双肺支气管扩张，以左下肺、左舌叶和右中叶最常累及。痰培养阳性10例，BALF培养阳性6例，宏基因组二代基因测序（mNGS）阳性4例，其中盖尔森基兴诺卡菌2例、脓肿诺卡菌2例、星形诺卡菌2例、墨西哥诺卡菌1例、豚鼠耳炎诺卡菌1例、未确定类型诺卡菌属9例。合并肺炎克雷伯菌3例，铜绿假单胞菌2例，曲霉2例，非结核分枝杆菌1例，流感嗜血杆菌1例。所有患者经抗诺卡菌等治疗后症状好转，影像学改善。结论:支扩合并肺诺卡菌病多见于不吸烟的中老年女性，临床常表现为慢性病程，支扩常累及左肺下叶、右肺中叶及左肺舌叶等肺叶。诺卡菌感染可能是支扩发生和发展的病因之一。

目的:初步建立纳米孔16S测序技术检测下呼吸道感染细菌性病原的流程和方法，并评估其可行性。方法:收集北京医院呼吸与危重症医学科2019年7月至2020年9月就诊的33例下呼吸道感染患者的支气管肺泡灌洗液标本，进行纳米孔16S测序。采用χ2检验对16S测序结果和细菌培养结果进行统计分析，比较病原检出率以及病原种类，对纳米孔测序在病原体检测的应用进行评估。结果:33例患者的16S测序病原检出率高于传统的细菌培养［75.8%（25/33），45.5%（15/33），χ2=5.140， P<0.05］。25份纳米孔16S测序阳性样本中，共检测出16种病原体，主要包括副流感嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、鲍曼不动杆菌、琼氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、粪肠球菌、鹑鸡肠球菌、纹带棒状杆菌、副胞内分枝杆菌、黏质沙雷菌、 Insuavis无色杆菌、默氏枸橼酸杆菌以及肺炎支原体，多于临床培养检测的6种病原体，包括副流感嗜血杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌和嗜麦芽窄食单胞菌（χ2=7.949， P<0.05）。纳米孔16S测序比对至种水平的序列占属水平的80.0%（60.0%，86.0%），与细菌培养结果的一致率为33.3%（11/33）。 结论:本研究建立的纳米孔16S扩增子测序流程能够从下呼吸道感染患者的支气管肺泡灌洗液中快速鉴定细菌性病原。纳米孔16S扩增子测序病原检出率高，检出病原种类多于细菌培养，且可以将多数细菌鉴定至种水平。该技术是一种非常有潜力的平台，具有广阔的应用前景。

目的:探究肺结核患者下呼吸道微生物群与抗结核分枝杆菌免疫反应类型及临床特征的关系。方法:回顾性分析浙江大学医学院附属第二医院长兴院区2018年1月至2020年3月80例肺结核患者和80例非肺结核患者的临床资料。患者均行支气管肺泡灌洗，采用细菌培养法检测支气管肺泡灌洗液中嗜血杆菌、奈瑟菌、链球菌和韦荣球菌的数量，采用实时聚合酶链反应检测支气管肺泡灌洗液T-bet mRNA（Th1反应）和GATA-3 mRNA（Th2反应）相对表达水平。记录肺结核患者的临床症状。相关性采用Pearson相关分析。结果:肺结核患者和非肺结核患者支气管肺泡灌洗液奈瑟菌、韦荣球菌和嗜血杆菌比较差异无统计学意义（ P>0.05）；肺结核患者支气管肺泡灌洗液链球菌明显少于非结核患者（630 ± 120比1 000 ± 330），差异有统计学意义（ P<0.05）。肺结核患者和非肺结核患者T-bet mRNA比较差异无统计学意义（ P>0.05）；肺结核患者GATA-3 mRNA表达水平明显低于非肺结核患者[（5.883 ± 1.864） × 10 4比（3.997 ± 1.186） × 10 6]，差异有统计学意义（ P<0.05）。Pearson相关分析结果显示，肺结核症状和体征中的发热与支气管肺泡灌洗液奈瑟菌和韦荣球菌呈正相关（ r = 0.402和0.566， P<0.01或<0.05）；肺结核症状和体征中结核病灶占肺部面积比与T-bet和GATA-3 mRNA表达水平呈正相关（ r = 0.024和0.442， P<0.05），体质量减轻与T-bet mRNA表达水平呈正相关（ r = 0.112， P<0.05）；GATA-3 mRNA表达水平与支气管肺泡灌洗液奈瑟菌呈正相关（ r = 0.332， P<0.05），T-bet mRNA表达水平与支气管肺泡灌洗液嗜血杆菌呈正相关（ r = 0.162， P<0.05）。 结论:肺结核患者的Th1/Th2免疫应答类型与支气管肺泡灌洗液中的嗜血杆菌、奈瑟菌存在相关性，并且患者的发热症状与奈瑟菌和韦荣球菌亦相关，体质量减轻和结核病灶占肺部面积比与免疫应答类型有一定的相关性。

目的:运用克隆文库法分析原发性尿道炎和非特发性尿道炎男性患者第一尿中的细菌菌群分布情况。方法:收集2019年1月至2020年6月于本院就诊的64份尿道炎男性患者(原发性尿道炎和非特发性尿道炎)第一尿的尿液标本，根据基于16S核糖体RNA基因的克隆文库方法分析细菌菌群分布情况。此外，通过常规PCR方法检测淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、生殖支原体、人支原体、解脲支原体或细小脲原体的菌群情况。结果:64份尿液标本中，42份通过克隆文库方法成功分析出结果；评估了2 781个克隆，并检测到95种细菌系统发育型。微生物系统发育型的克隆文库法检测结果：从6个标本中检测到淋病奈瑟菌，并且是5个标本中的主要细菌种类；从5个标本中检测到生殖器分枝杆菌，并且是3个标本中的优势菌种；从2个标本中检测到解脲支原体；分别在8个和1个标本中分别检测到流感嗜血杆菌和脑膜炎奈瑟菌；在10个样本中检测到阴道加德纳菌。常规PCR中TMA方法从15个标本中检测到沙眼衣原体；在8个样本中检测到淋病奈瑟菌，且是5个标本中的优势菌种，在2个样本中占据100%的菌群。常规PCR中TaqMan法在12个样本中检测到生殖器分枝杆菌，且在2个样本中占据50%以上菌群；在1个样本中检测到淋病奈瑟菌，占比100%。结论:克隆文库法可检测菌群中各菌种的占有率，可成为男性尿道炎细菌分析的新方法。

本研究使用环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification，LAMP）和干式试剂技术，研发一种可以常温存储的结核分枝杆菌快速检测试剂。LAMP核酸扩增技术基于4或6条特异性引物，依靠链置换DNA聚合酶，使DNA在恒定温度下不断合成。所研LAMP技术反应体系使用实时荧光检测方法在20 min内检出结核分枝杆菌IS6110靶基因，且灵敏度接近PCR法，但精密度不及PCR法（LAMP法变异系数18.9%，PCR法变异系数3.4%），故LAMP法更适合定性检测。LAMP体系对脑膜炎双球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、风疹病毒、腮腺炎病毒、呼吸道腺病毒（3 型）、呼吸道腺病毒（7 型）、呼吸道合胞病毒B和副流感病毒2型等10种病原体均无扩增，表现出较好的特异度。在此基础上，使用烘干和冻干技术，研发干式LAMP技术反应试剂。干式试剂在50 ℃环境下存储10 d性能无衰减，等效常温（25 ℃）可保存6个月以上。在临床样本测试中，干式试剂可20 min内有效检出结核分枝杆菌的核酸。综上，本文研发的常温存储快速检测试剂搭配等温扩增仪可对结核分枝杆菌进行快速鉴定。

目的:分析疑似下呼吸道感染患者下呼吸道常见病原体的阳性率、感染类型以及与性别、年龄、季节的关系。方法:本研究为横断面研究，采用非随机抽样的方法，应用恒温扩增和微流控芯片相结合的技术检测2019年1月至2021年8月武汉大学人民医院就诊的12 828例疑似下呼吸道感染患者病原体，包括鲍曼不动杆菌、肺炎衣原体、大肠埃希菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、嗜肺军团菌、耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎支原体、结核分枝杆菌复合群、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎链球菌，并对结果进行统计分析。结果:所有患者下呼吸道病原体感染的阳性率为46.51%(5 966/12 828)，检出的主要病原体为流感嗜血杆菌21.71%(2 785/12 828)、肺炎链球菌19.07%(2 446/12 828)和金黄色葡萄球菌7.92%(1 016/12 828)。男性患者鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、耐甲氧西林葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎链球菌的感染阳性率均高于女性患者，肺炎支原体感染阳性率低于女性，差异有统计学意义( χ2值分别为25.42、33.24、11.78、17.40、7.53、6.58、4.85； P值均<0.05)。<18岁组的呼吸道病原体感染阳性率79.42%(6 894/8 680)高于18~59岁组42.16%(783/1 857)和>59岁组45.83%(1 050/2 291)，差异有统计学意义( χ2值＝1 608.43， P<0.001)。将12 828例疑似下呼吸道感染的患者按发病季节分组，分为春季(3月~5月)、夏季(6月~8月)、秋季(9月~11月)、冬季(12月~2月)，检出病原菌阳性率分别为45.96%(1 554/3 381)、41.85%(1 316/3 144)、51.08%(1 401/2 743)、47.61%(1 695/3 560)，差异有统计学意义( χ2＝52.48， P<0.001)，并且不同季节的流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎支原体、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌及肺炎链球菌感染阳性率差异均有统计学意义( χ2值分别为29.09、28.46、12.11、220.69、35.69、27.90、47.19； P值均<0.05)；检出率较高的3种病原体，流感嗜血杆菌感染以冬春季多见，肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌感染以秋冬多见。 结论:疑似下呼吸道感染患者中流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌是其下呼吸道感染的主要病原体，男性感染阳性率高，18岁以下年龄段感染率最高，冬春季为高发季节。

报告1例由金黄色葡萄球菌引起的化脓性肩锁关节炎。患者无明显诱因出现右肩部肿痛、活动受限，通过病史、体格检查、影像学检查和局部组织细菌培养确诊为金黄色葡萄球菌感染，经手术及抗感染后治愈。通过文献复习，检索并分析了57篇文献的95例化脓性肩锁关节炎，金黄色葡萄球菌感染26例（27%），其中明确耐甲氧西林金黄色葡萄球菌3例、甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌2例、耐甲氧西林表皮葡萄菌1例）；链球菌13例（14%）；特殊病原体6例（6%），包括副流感嗜血杆菌2例、念珠菌1例、人苍白杆菌1例、鸟分枝杆菌1例、多杀性巴氏杆菌1例；未明确报告具体感染病原体50例（53%）。化脓性肩锁关节炎具有早期诊断困难、病情进展迅速、破坏性强的特点，MRI和超声对诊断有较高的特异性和敏感性，且超声可辅助获取关节液送检。尽早明确病原菌是该病的治疗关键，在未明确病原菌前需谨慎使用抗生素，确诊后应及时抗感染治疗，必要时手术清创，大多数患者在积极、规范治疗后可获得满意而确切的治疗效果。

目的:分析河北省儿童医院呼吸道感染的病原体流行病学特点。方法:选取河北省儿童医院2019年呼吸道感染患儿848例，采集标本为鼻拭子、痰液、支气管肺泡灌洗液。检测11种病原体，包括鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、结核分枝杆菌复合群、铜绿假单胞菌、肺炎支原体、嗜麦芽窄食单胞菌。对所得结果进行统计学分析。结果:病原学检测阳性率为49.8%。支原体感染检出率为15.0%，其次为多重感染(10.3%)。肺炎支原体在支气管肺泡灌洗液中检出率最高，革兰阳性菌、革兰阴性菌均在鼻拭子中检出率最高。年龄因素与支原体感染相关，学龄期组支原体感染的阳性率明显高于婴幼儿组(37.1%比10.8%， χ2＝65.759， P<0.05)。不同季节病原菌的检出率差异有统计学意义( χ2＝19.049， P＝0.004)。 结论:河北省儿童医院2019年呼吸道病原的检出率为49.8%，支原体是最主要的病原体。肺炎支原体在支气管肺泡灌洗液中检出率最高。年龄因素与肺炎支原体感染相关。秋季病原菌检出率最高。