目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus，HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus，CV)和新型肠道病毒(enterovirus，EV)，以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus，WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus，CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列，测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株，但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性，但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV，与分离培养结果一致，分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型，柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型，但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆，ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体，且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性，ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

艾滋病的流行仍然是重大的全球性问题。由于HIV的变异与进化，各种新型流行重组型毒株不断被发现。随着高效抗逆转录病毒疗法的推广使用，HIV耐药性的出现和流行传播增加了抗病毒治疗的难度，新型流行重组毒株的耐药情况研究也成为抗病毒治疗的一个不能回避的问题，本文从国内外HIV-1流行重组毒株的流行特点、全球HIV耐药总体水平及重组毒株耐药位点新发现以及表型耐药检测的研究进展几个方面进行综述。

目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本，提取病毒RNA并逆转录为cDNA，用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列，分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database （www.hiv.lanl.gov/content/index）中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点，分4个重组片段，分别是ICRF01_AE（790~6035，HXB2），IICRF07_BC（6036~8586，HXB2），IIICRF01_AE（8587~8828，HXB2）和IVCRF07_BC（8829~9411，HXB2）。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇；IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式，提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况，为保障安全用血提供科学数据。

目的:了解我国HIV-1 CRF55_01B感染者抗病毒治疗前对蛋白酶类抑制剂(PI)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、整合酶抑制剂(INSTIs)的耐药程度以及耐药株的传播关系。方法:对2018年全国抗病毒治疗前HIV耐药监测中CRF55_01B重组亚型感染者的血浆样本提取RNA，分别扩增蛋白酶/逆转录酶(PR/RT)区基因片段1 056 bp和整合酶(IN)区基因片段846 bp并测序，利用美国斯坦福大学HIV db Program数据库中全部收录药物进行耐药判定，运用HIV-TRACE软件进行HIV-1耐药传播网络分析，并重点分析了CRF55_01B整合酶基因区遗传多态性位点的突变情况。结果:共分析来自全国26个省的178份样本，获得CRF55_01B PR/RT区序列170条以及对应样本的IN区序列170条，总体耐药率为15.3%(26/170)。PIs、NRTIs、NNRTIs、INSTIs耐药率分别为1.2%(2/170)、1.2%(2/170)、15.3%(26/170)、0.6%(1/170)；耐药水平多为低度耐药，NNRTIs类耐药位点主要是V179D/E与其他位点协同出现，另有84.1%(143/170)单独携带V179D/E的感染者表现为潜在耐药；INSTIs类耐药位点为G163R，对EVG和RAL表现为低度耐药。在0.9% 最适基因距离阈值下构建分子网络，入网率为30.0%(51/170)，耐药株在男男同性传播人群和异性性传播人群之间传播，并且都携带耐药位点E138G和V179E。在整合酶区CRF55_01B与CRF01_AE和B亚型在5个位点突变频率差异较高(T215A、G134N、I135V)。结论:我国CRF55_01B感染者抗病毒治疗前即对NNRTIs类药物耐药率较高，携带E138G和V179E耐药位点的毒株存在成簇传播，CRF55_01B整合酶抑制剂耐药株处于低水平流行，但整合酶基因区存在的高突变率的遗传性多态性位点对药物敏感性有潜在的影响，所以新型重组毒株耐药对我国抗病毒治疗的影响还需要进一步监测和分析。

目的:评估宿迁市抗病毒治疗失败的HIV-1感染者中耐药毒株发生和流行的情况。方法:以宿迁市2019年接受抗病毒治疗6个月及以上的561例HIV感染者为研究对象，采集EDTA抗凝全血，分离血浆测定病毒载量，对病毒载量≥1 000 IU/ml的血浆样本进行HIV-1毒株亚型和基因型耐药检测，分析耐药毒株发生和流行的情况。结果:561例患者中，91.1%病毒得到有效抑制(病毒载量≤1 000 IU/ml)。治疗失败的50例患者中，获得HIV-1 pol基因序列46例(92.0%)，系统进化树分析显示，HIV-1毒株以CRF07_BC为主(32.6%)，新型流行重组毒株CRF67_01B、CRF79_0107、CRF87_cpx在该地区也有流行。在56.5%抗病毒治疗失败的HIV-1感染者中检出耐药毒株，主要耐药突变是K65R(30.8%)、M184V/I(30.8%)、K103N(19.2%)、Y181C(23.1%)和G190A/S(23.1%)，43.5%治疗失败的患者体内未检测到耐药毒株，可能是由于未服药致使野生毒株占优势。 结论:宿迁市流行的HIV-1毒株主要是CRF07_BC，多种新型重组毒株已传入并流行。耐药可能是抗病毒治疗失败的主要原因，后续治疗应进一步加强依从性教育，确保病毒抑制及预防耐药发生。

目的:研究新型冠状病毒重组蛋白疫苗作为加强针的效果。方法:选择新型冠状病毒受体结合域(receptor binding domain，RBD)进行3次重复拷贝串联作为免疫原(RBD-sc-trimer)，利用昆虫杆状病毒表达系统表达RBD-sc-trimer重组蛋白，并用His-标签亲和纯化。纯化产物进行Western blot鉴定并在体外验证其与人血管紧张素转化酶2(human angiotensin converting enzyme 2, hACE2)的结合能力。在BALB/c小鼠模型中进行免疫原性检测(结合抗体及中和抗体)，同时与RBD二聚体(RBD-Fc)、RBD单体(RBD)和刺突蛋白三聚体(S trimer)进行比较。结果:RBD-sc-trimer的免疫原性优于RBD-Fc和RBD，并能达到S trimer的水平。RBD-sc-trimer能诱导产生较强的Th1偏向型抗体应答，并能交叉中和新型冠状病毒Beta、Delta和Omicron变异株，其中相较于原始毒株，针对Omicron的中和抗体水平仅下降9.1倍，远低于RBD-Fc(68.4倍)和S trimer(70.8倍)组的下降水平。结论:本研究制备的新型冠状病毒重组蛋白疫苗作为加强针可以诱导较强以及更为广谱的体液应答，能更好地应对变异株，具有较好的研发与应用前景。

目的:2016年冬季出现了一种重组型GII.2[P16]诺如病毒（norovirus，NoV），并造成了我国急性胃肠炎大规模暴发，本研究旨在探究2016—2017年该病毒在我国的进化动力学和时空传播模式。方法:利用MEGA 7.0和BEAST等软件对先前获得的暴发标本中GII.2[P16] NoV全基因组、主要结构蛋白（viral protein 1，VP1）和RNA依赖RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）基因全编码区序列进行分析。结果:序列分析显示此次重组型病毒VP1相比于RdRp基因的进化速度更快，在暴发中期，VP1蛋白的第256位出现了特异性氨基酸突变，即Val256Ile突变，且该突变位点形成的新型变异株在暴发后期成为优势流行株。基于该毒株P二聚体晶体结构的分析，发现该病毒VP1蛋白中第256位残基位点可能参与了B细胞抗原表位的组成，提示Val256Ile突变可能导致了新型变异株的抗原性发生改变，这可能是该病毒在暴发后期优势流行的原因之一，但需要进一步血清学实验的验证。基于贝叶斯地理推演结果显示，广东省可能为我国此次病毒流行的起源地，对该病毒在我国的暴发流行起了重要的作用。结论:鉴于出现功能性改变的GII.2[P16]新型变异株和广东省为我国该型病毒的暴发中心，提示有必要在珠江三角洲地区对GII.2[P16] NoV开展持续的监测和研究。

目的:利用原核表达系统制备针对新型冠状病毒BA.2变异株亚单位疫苗并评价其免疫原性。方法:利用分子克隆技术同时构建BA.2变异株RBD以及RBD与TT-P2表位串联的重组质粒，通过蛋白纯化技术获得重组蛋白So和Sot。蛋白So/Sot作为免疫原与Al(OH) 3佐剂混匀后对小鼠进行肌肉注射免疫以评价细胞和体液免疫效果。 结果:原核系统成功表达目的蛋白且透析复性后获得高纯度可溶性蛋白。Sot组分泌IFN-γ和IL-4的抗原特异性T淋巴细胞数(213.7±0.6和311.7±1.5)均显著高于So组(94.3±16.8和185.7±4.2)( P<0.001)。Sot组诱导小鼠产生的血清抗体水平高于So组，针对BA.2毒株的中和抗体几何平均滴度(geometric mean titer, GMT)分别为588和337( P<0.05)。Sot蛋白能诱导产生Th1/Th2混合型免疫应答但以Th2型为主。 结论:原核系统表达的蛋白亚单位疫苗具有良好的细胞和体液免疫原性，为新冠病毒Omicron变异株蛋白亚单位疫苗的研发提供了有力的理论依据。

截至2022年3月，人腺病毒（human adenoviruse，HAdV）已明确了111种型别，分属7个亚属（A-G）。HAdV感染后可诱发多种疾病，目前在全球范围内流行，在人员密集或封闭区域易暴发，其暴发的季节性也随气候、时间及地区等而变化，缺乏明显的规律。近年来一些新的重组HAdV相继报道，组织嗜性改变，形成高致病力、高传染性的新型毒株，且易与其他呼吸道病毒共感染，这给疾病监测和防控带来极大的挑战。本文就HAdV的流行学特征研究进行综述，为疾病预防控制和疫苗研制提供参考。