质谱技术是一种基于质谱仪设备检测物质分子量的谱学技术方法。质谱类型众多、功能各异，在各个学科领域中广泛用于科学研究与应用技术开发。近年来，质谱技术在核酸检测分析中显现出巨大的潜力，尤其是基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱的核酸检测分析技术，因其快速、高通量、准确等特性而成为研究热点。采用质谱技术进行核酸研究，突出表现在对单核苷酸多态性、基因突变、DNA甲基化及DNA拷贝数变异的检测分析。本文对质谱技术在核酸检测中的研究与应用进行阐述，以期为基于质谱的新型核酸检测技术的开发与应用提供参考。

下呼吸道感染在我国所致的社会和经济负担巨大，针对下呼吸道感染的病原体进行早期快速检测，是提高患者救治成功率的重要途径。经典的微生物分离和培养等传统的病原学检测方法存在如操作复杂、耗时长、阳性率低等诸多局限，因此，临床实践中迫切需求呼吸道病原体的新型快速精准检测方法。近年来，纳米孔基因测序技术飞速发展，其具备长读长、设备便携、可进行实时测序和直接分析等技术优势，使其在呼吸系统感染中的病原学诊断方面展示出了巨大的潜力。本文将从纳米孔测序技术的进展及其在呼吸系统感染性疾病中的应用做一综述，以期为临床病原学快检提供新思路，更好的为临床服务。

病原体宏基因组高通量测序（mNGS）检测流程高度复杂，对环境、设备和人员技术能力要求高。如何在本地化有序发展、规范管理及合理使用mNGS技术，是从业者必须审慎对待的科学课题。本文对mNGS医院实验室本地化系统的建立模式，检测系统的分析性能确认，来自生物因子、检测流程、生物信息学分析及信息传输的风险管理，以及适用于临床的病原体数据库、生物信息学分析人才和诊断报告的需求等几个层面的问题进行了思考和讨论，以促进mNGS在医院内规范应用和健康发展。

目的:通过回溯性研究院内的一次高毒力鲍曼不动杆菌感染暴发事件，寻找并鉴定引起此次事件的传染源及传播媒介。方法:收集深圳市人民医院2018年7至8月呼吸科普通病房和呼吸重症监护病房分离的9株耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii，CRAB)，并采集病房环境物体表面和医务人员手部等环境标本。用Vitek 2对检出的CRAB进行菌种鉴定和药敏试验，用Illumina HiSeq 2500平台、Staramr、Ridom SeqSphere+进行全基因组测序、耐药基因检测及多位点序列分型，用IQ-Tree软件、BEAST2软件包和SCOTTI软件构建系统进化树和传播路径图。同时利用小鼠肺炎模型检测病原菌的毒力。 结果:9株CRAB菌株均为ST2型，均携带耐碳青霉烯基因 blaOXA-23，荚膜型分别为KL49、KL3、KL77和KL2。1株环境分离(可移动呼吸机屏幕)CRAB菌株为ST2型及KL49型荚膜。系统进化树分析显示环境分离株与其中5株CRAB位于同一分支，传播路径图显示这5株CRAB也位于同一条传播链。5株CRAB涉及4个致死病例，小鼠体内实验验证了引起致死感染的菌株具有高毒力表型。 结论:高毒力鲍曼不动杆菌可在移动医疗设备表面定植，共享这些设备可能导致医院内病原菌传播。利用新型传播路径分析工具对传播事件的调查有一定的参考意义。

感染性疾病是威胁全球人类健康的主要问题。目前临床病原体快速诊断的方法仍有局限性，纳米孔测序作为新一代测序的新方法因具有超长读长、实时测序、设备便携和成本低等独特优势，被医学领域广泛关注和应用。本文就纳米孔测序技术的原理、优势及其在临床感染性疾病快速诊断和指导抗生素治疗中的应用进行介绍，并探讨该技术未来的发展。

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T812-2022)建立高等级生物安全实验室终末消毒评价用枯草芽孢杆菌标准菌株.方法 选择4株国内分离的枯草芽孢杆菌,通过对标准菌株菌落形态、染色特性、生化特性以及全基因组测序,对标准菌株进行生物学特性和分子特征分析;再将4种标准菌株制成一定浓度的菌片,与市售的菌片一起对动物生物安全三级实验室及关键防护设备进行终末消毒效果的评价.结果 候选4株菌株均鉴定为枯草芽孢杆菌,全基因组均为环形,不含质粒;在相同消毒条件下,与ATCC9372 一样,置于房间、生物安全柜和小鼠通风笼架4种候选菌株的菌片均可完全被杀灭.结论 本研究建立了高等级生物安全实验室终末消毒评价用枯草芽孢杆菌标准菌株,这些标准菌株的建立为消毒评价用菌株的国产化奠定了物质基础.

目的:针对基因测序设备网络安全控制,构建体系化、不间断和全方位的持续网络安全协同防护对策.方法:将网络传输、电子接口和数据系统等各个部分纳入基因测序设备网络安全控制综合考量内容,基于"整体网络安全",围绕产品数据架构、安全能力体系构建、剩余风险维护计划、恶意攻击防御、漏洞评估、现成软件网络安全和远程运维保障7个方面提出现阶段基因测序设备制造商和检测使用机构需关注和控制的风险点,并进一步拓展到基因测序系统全生命周期网络安全控制.结果:通过对基因测序风险点的梳理,初步构建了体系化、不间断和全方位的持续网络安全协同防护对策.结论:基因测序设备网络安全监管是保障其产品质量的重要工具,在产品研发、生产和维护中需要关注全面的风险点,应将网络安全控制贯穿于基因测序设备的全生命周期.

目的 对PCR-金磁微粒层析法检测MTHFRC677T基因型进行方法学性能验证,并初步应用于临床样本检测.方法 对检测MTHFR C677T基因型的PCR-金磁微粒层析法进行最低检测限、准确性、抗干扰能力和特异性等性能指标验证,并对300例临床样本进行MTHFR C677T基因型检测.结果 该方法的最低检测限为5 ng/μl;与测序金标准方法相比,其准确性为100％;体系无交叉反应,特异性为100％;血红蛋白、胆红素、甘油三酯等对基因型检测无干扰.同时,本地区300例孕妇全血样本的CC、CT和TT基因型比例分别为42.6％、44.6％、12.8％,C和T等位基因频率分别为64.9％和35.1％,结果与本地区其他报道基本一致.结论 MTHFR C677T基因型检测的PCR-金磁微粒层析法具有性能可靠、操作简便、快速、无需特殊仪器和设备等优点,完全适用于各级临床实验室推广使用.

目的 应用转录组技术,对UVA照射后的白念珠菌菌丝及生物膜进行基因表达分析.方法 体外构建白念珠菌(ATCC90028)生物膜,采用UVA-LED抗菌设备(复旦大学光电所制,波长365 nm,强度13 mW/cm2,频率100 Hz),照射白念珠菌生物膜5 min、10 min、15 min,对照组不光照.用转录组技术分析UVA实验组和对照组之间差异表达的基因,进行GO、KEGG遗传差异富集分析.结果 UVA光照组相对于对照组有大量差异表达基因,核糖体合成RIO2基因、氨基糖和核苷糖代谢相关基因MCR1、CBR1、内质网蛋白加工途径相关基因SHP1显著上调;RNA降解途径相关基因MPP6和细胞内吞作用相关基因CHMP6显著下调.结论 UVA直接或间接调节白念珠菌菌丝及生物膜相关生理代谢途径,参与诱发细胞凋亡过程.

目的 应用 Illumina MiSeq 和Ion Torrent PGM 两种台式高通量测序平台,使用同样的序列捕获系统,结合两个平台各自配备的标准化试剂及软硬件设备,对癫痫患者进行突变检测,对比两个平台在使用成本、操作难易度、突变检测效果等方面的表现,从而针对癫痫多基因诊断 panel 优化检测流程、指导测序平台选择.方法 获取患者知情同意后采集30名癫痫患者外周血,提取基因组 DNA.其中8名患者 DNA 采用 Ion XpressTMPlus gDNA Fragment Library Preparation,另22名患者基因组 DNA 采用 Illumina TruSeq DNA LT sample prep kit 进行文库制备,之后使用 NimbleGen 定制序列捕获系统对428个目的基因的编码区进行富集.构建完成的文库分别采用 Ion Torrent PGM 和 Illumina MiSeq 测序平台测序.Ion Torrent PGM 平台产出数据用Ion Torrent Suite 3.2软件进行序列比对及SNPs 和Indels 提取,Illumina MiSeq 平台产出数据用 BWA-MEM 和 Samtools 软件进行序列比对和变异提取.结果 Illumina MiSeq 平台测序每次运行最多可完成12个样品的测序,总数据量超过5 Gb,平均测序深度达137 ×,靶区域覆盖度为96.4%,平均每个样本提取2056 ±9.042个变异,从样本制备到数据产出周期约6天.Ion Torrent PGM 平台一张318 v2芯片可得到1.4 Gb 数据量,8个样本平均测序深度达70 ×,靶区域覆盖度为96.1%,平均每个样本提取3028 ±678.9个变异,从样品制备到数据产出周期约6天.PGM 平台使用成本低于 MiSeq,而 MiSeq 平台操作易用性及测序质量优于PGM 平台.结论 靶序列捕获结合下一代测序技术可以实现对癫痫致病基因的批量快速检测,两种台式高通量测序仪均可满足检测需求,Ion Torrent PGM 平台应用灵活、成本经济.Illumina MiSeq 平台单次运行产出数据大,数据准确性高,适用于大批量样品检测.