当今，全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展，环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时，得益于机器学习方法的持续进步，多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此，本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征，发现潜在的新病原体，为传染病早期防控提供关键的技术支持。

目的:探讨基于下一代测序技术的基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）联合染色体核型分析技术在产前诊断中的应用价值。方法:将2019年1月至2020年6月在大连市妇女儿童医疗中心进行产前诊断的329例孕妇的羊水标本送检进行染色体核型分析，同时行CNV-seq检测，比较两种方法的检测结果。结果:CNV-seq联合染色体核型分析技术共检出异常染色体53例，异常检出率为16.11%（53/329），其中26例检测结果一致，分别为22例非整倍体、2例结构异常以及2例嵌合体；CNV-seq检出23例核型分析漏检的染色体拷贝数变异（CNVs），包括17例微缺失、6例微重复；染色体核型分析检测出4例CNV-seq漏检的染色体结构异常，包括3例平衡易位、1例倒位。结论:CNV-seq在检测微小CNVs片段方面具有明显优势，可弥补核型分析在分辨率方面的不足；CNV-seq联合染色体核型分析可以提高异常染色体检出率，对产前诊断具有重要的　意义。

宏基因组下一代基因测序（mNGS）能够无偏倚分析患者样本中全部微生物和宿主基因含量，被越来越多地用于诊断罕见、复杂和严重感染性疾病。此外，mNGS在病原体亚型分类、耐药性、毒力分析以及病原体与宿主发育相关性等方面也有广阔的应用前景。因感染人类免疫缺陷病毒（HIV）所致患者因免疫缺陷诱发的眼部机会性感染会严重破坏眼部组织结构和功能，是危及视力，导致患者失明的重要原因。HIV眼病的致病微生物包含细菌、病毒、真菌、螺旋体或寄生虫等。HIV患者机会性感染临床症状和体征多变，甚至存在混合感染，难以鉴别，而传统病原学检测由于眼球体积小、眼内液细胞含量少而取样困难，且特异性差，故应用受限。mNGS相比传统检测方法，可以小样本、快速、准确识别眼内感染的全部病原体并对病原体毒力、耐药性等做出分析。笔者将按病原体分类介绍mNGS在对并发眼内机会性感染的HIV患者进行无偏倚微生物检测分析中的应用。

遗传因素是出生缺陷发生的主要原因。通过对基因组学领域的深入研究以及应用分子生物学技术，在健全的出生缺陷三级预防体系下，从孕前、孕期及出生后筛查分别检测携带状态、胎儿的基因变异情况以及在产后（发病前）进行前瞻性的检测，做到及早诊断和干预，在多个层面进行遗传性出生缺陷的防控。本文阐述和分析目前分子生物学技术在预防出生缺陷相关遗传病中的临床应用，并思考所面临的挑战。

近年来，随着DNA测序技术的突破性发展，胚胎植入前遗传学检测（PGT）作为辅助生殖技术（ART）的一部分已经被广泛应用。下一代测序（NGS）技术的进步和分辨率的提高，分子诊断技术的综合应用，能够同时进行染色体筛查及小的基因片段缺失和重复检测，对于提高妊娠率、降低流产率、降低多胎率和畸形率等方面具有重要意义。常用PGT分子诊断技术包括荧光原位杂交（FISH）、单核苷酸多态性微阵列（SNP-array）、比较基因组杂交阵列（aCGH）、定量聚合酶链反应（qPCR）和下一代测序技术（NGS），在临床应用中各有侧重，存在诸多难以控制的不确定因素，还要关注技术进步带来的伦理问题。

目的:了解山东省人星状病毒（HAstV）的全基因组特征。方法:收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本，采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸，针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析，进行型别鉴定，使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果:共检测了667份标本，14份为HAstV核酸阳性（2.1%），其中HAstV-1基因型6份，MLB1基因型6份，MLB2基因型1份，VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中，6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%~99.9%，与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%~98.6%；4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%~99.9%，与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%~99.4%；1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%~96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示，HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系，且与基于ORF1a、ORF1b序列的系统发生树拓扑结构不一致。结论:共获得11株HAstV的全基因组序列，并发现了 VA2型序列。

基因融合是促肿瘤发展的基因组机制之一，也是影响患者预后不良的重要原因。基因融合的检测对于肿瘤生物标志物的识别、癌症亚型分类以及最终的临床用药指导至关重要，适宜的方法有助于肿瘤早期诊断及避免无效用药。传统的检测方法包括荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization，FISH）、免疫组化（immunohistochemical，IHC）、逆转录PCR（reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR）以及下一代测序技术（next generation sequencing，NGS）。下一代测序主要有全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）、转录组测序（whole transcriptome sequencing，WTS）和目标区域测序（杂交捕获法/扩增子法）等技术。在临床伴随诊断的应用中，检测方法的选择需要综合考虑可操作性、时间和费用以及数据分析所需的专业知识水平等因素。本文综合阐述针对基因融合的不同检测方法、技术原理以及各自优点和局限性，为基因融合检测方法的选择提供参考依据。

由于技术的快速发展和成本的大幅降低，宏基因组下一代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）的应用正在从研究转向临床实验室。尽管许多研究和病例报告已经证实mNGS在改进传染病的预防、诊断、治疗和追踪方面取得了成功，但仍有一些障碍必须克服。mNGS的结果会展示样本中的全部可能病原体，然而面对着数千种会感染人类的微生物，如何准确判读其中关键致病病原体是具有挑战性的。迄今为止，在临床实践中，mNGS的解读标准也尚未统一。本文就mNGS在不同系统中病原体感染的结果解读，mNGS结果的临床解读和应用规则，以及mNGS解读在病原体诊断中面临的挑战进行阐述。

目的:基于下一代测序技术（NGS）检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者血浆循环游离DNA（cfDNA）突变的性能验证，评估NGS、微滴式数字PCR（ddPCR）和超级扩增阻滞突变系统（super-ARMS）在NSCLC患者中的应用。方法:入组75例于复旦大学附属中山医院呼吸科就诊的NSCLC患者。采用NGS检测标准品、25例初诊未治疗患者的血浆cfDNA、以及血浆中掺入血红蛋白（0.5 mg）、胆红素（0.5 mg）、脂肪乳（0.5 mg）、肠球菌基因组DNA（gDNA）和大肠埃希菌gDNA的自制混合标本，以验证NGS平台的空白限、分析灵敏度、精密度、准确性及分析特异性。采用ddPCR和NGS检测75例NSCLC患者的cfDNA突变，比较两平台的突变阳性率，采用Pearson相关性检验比较两平台对于cfDNA突变丰度之间的线性关系。在75例患者中采用简单随机抽样法抽取12例进行血浆super-ARMS平台的检测，比较NGS、ddPCR与super-ARMS的检测一致性。结果:NGS平台对血浆cfDNA突变检测的空白限为0.00%；敏感度为0.2%；批内精密度、批间精密度均为100%；准确性为100%；检测结果不受血浆内源性血红蛋白、胆红素、甘油三酯或外源性DNA干扰影响，分析特异性好。75例NSCLC患者血浆cfDNA 的ddPCR平台和NGS平台的突变阳性率分别为61.33%、60.00%，完全一致率为89.33%。NGS与ddPCR均检测出突变的51个位点的突变丰度呈正相关（ r=0.984， P=0.001）。在简单随机抽样法抽取的12例NSCLC患者血浆中，NGS、ddPCR与super-ARMS三平台检测结果完全一致的共7例，包括2例野生型，5例突变型。 结论:NGS平台经验证可用于NSCLC患者cfDNA突变检测，ddPCR、NGS、super-ARMS对血浆cfDNA的突变检测各有优势。

宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。