当今，全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展，环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时，得益于机器学习方法的持续进步，多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此，本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征，发现潜在的新病原体，为传染病早期防控提供关键的技术支持。

宏基因组测序（mNGS）在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用。近期，国内相继发表了多个共识阐述了临床应用及实验室规范，但生物信息分析程序及方法也是mNGS重要环节，而目前学界尚未有一致的认识。为提高临床对mNGS结果的理解，本共识根据国内外的发展现状，结合国内测序实验室常规做法，阐述生物信息学分析的规范化管理内容。

宏基因组下一代基因测序（mNGS）能够无偏倚分析患者样本中全部微生物和宿主基因含量，被越来越多地用于诊断罕见、复杂和严重感染性疾病。此外，mNGS在病原体亚型分类、耐药性、毒力分析以及病原体与宿主发育相关性等方面也有广阔的应用前景。因感染人类免疫缺陷病毒（HIV）所致患者因免疫缺陷诱发的眼部机会性感染会严重破坏眼部组织结构和功能，是危及视力，导致患者失明的重要原因。HIV眼病的致病微生物包含细菌、病毒、真菌、螺旋体或寄生虫等。HIV患者机会性感染临床症状和体征多变，甚至存在混合感染，难以鉴别，而传统病原学检测由于眼球体积小、眼内液细胞含量少而取样困难，且特异性差，故应用受限。mNGS相比传统检测方法，可以小样本、快速、准确识别眼内感染的全部病原体并对病原体毒力、耐药性等做出分析。笔者将按病原体分类介绍mNGS在对并发眼内机会性感染的HIV患者进行无偏倚微生物检测分析中的应用。

本文报道1例44岁男性患者，主因不明原因高热、头痛就诊，影像学提示右肺上叶感染，支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序提示惠普尔养障体感染，既往有葡萄膜炎、慢性腹泻、体质量减轻、多关节痛病史，诊断惠普尔病。院内及出院后序贯抗感染治疗3月余，临床症状明显改善，继续治疗中。惠普尔养障体属于放线菌纲、放线菌目、纤维素单胞菌科，革兰阳性，可引起慢性多器官感染，肺部受累少见。该病发病率低，临床表现多样且缺乏特异性，不易早期诊断，误诊及漏诊后致死率高。支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序有助于提高肺部感染为主的惠普尔病的诊断率。

目的:了解山东省人星状病毒（HAstV）的全基因组特征。方法:收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本，采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸，针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析，进行型别鉴定，使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果:共检测了667份标本，14份为HAstV核酸阳性（2.1%），其中HAstV-1基因型6份，MLB1基因型6份，MLB2基因型1份，VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中，6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%~99.9%，与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%~98.6%；4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%~99.9%，与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%~99.4%；1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%~96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示，HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系，且与基于ORF1a、ORF1b序列的系统发生树拓扑结构不一致。结论:共获得11株HAstV的全基因组序列，并发现了 VA2型序列。

由于技术的快速发展和成本的大幅降低，宏基因组下一代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）的应用正在从研究转向临床实验室。尽管许多研究和病例报告已经证实mNGS在改进传染病的预防、诊断、治疗和追踪方面取得了成功，但仍有一些障碍必须克服。mNGS的结果会展示样本中的全部可能病原体，然而面对着数千种会感染人类的微生物，如何准确判读其中关键致病病原体是具有挑战性的。迄今为止，在临床实践中，mNGS的解读标准也尚未统一。本文就mNGS在不同系统中病原体感染的结果解读，mNGS结果的临床解读和应用规则，以及mNGS解读在病原体诊断中面临的挑战进行阐述。

宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。

近年来，随着高通量测序技术，也称新一代（或下一代）测序技术（NGS）的迅猛发展，在操作流程不断简化、检测通量不断增长的同时，检测成本也大大降低，使其在感染病原检测中呈现出一定的技术优势，并得到越来越广泛的引用。采用NGS技术对临床标本直接进行病原检测的策略包括目标扩增子测序和基于宏基因组测序（mNGS），尤以后者应用更广。mNGS通过直接检测临床标本中病原核酸，帮助明确标本中微生物的种类和相对数量，无需对病原菌进行培养即能够帮助确定引起感染的病原。目前的检测服务多由专业的测序公司提供。对检测结果及其应用价值的考察和评价应从以下几项技术指标进行：测序深度、序列数量、覆盖度、置信度、相对丰度。此外，使用NGS数据对病原生物学特性（如药物敏感性）也可进行准确分析，在结核杆菌等病原的检测中已得到良好的应用。未来，NGS在检测技术、检测流程、检测性能、检测结果应用等方面的快速发展必将对临床感染病原检测带来巨大的技术和应用革新，同时也必将给相关从业者带来巨大挑战和发展机遇。

目的:探讨播散型荚膜组织胞浆菌病（DH）合并继发性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症（HLH）的诊断与治疗策略。方法:分析重庆医科大学附属第一医院于2023年2月26日收治的1例播散型荚膜组织胞浆菌病合并继发性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症的67岁老年男性患者的诊疗过程，并结合相关文献进行复习。结果:患者1个月前于广西壮族自治区旅游返家（重庆市）3天后出现发热、厌食症状，伴随四肢乏力和体重减轻，在病程中反复高热，表现出全血细胞减少，铁蛋白升高，NK细胞活性下降，肝脾肿大等HLH的临床特征，通过骨髓穿刺涂片镜检、外周血宏基因组下一代测序（mNGS）、胸部增强CT确诊为DH。患者接受小剂量地塞米松诱导治疗（5 mg/d静脉推注，14天后续用2.5 mg、1次/d，静脉推注7 d）和两性霉素B脂质体（起始17 mg/d，3天内逐渐加量至100 mg、1次/d静脉滴注21 d）续用伊曲康唑（200 mg、次/12 h口服）抗真菌治疗。经确诊并治疗3个月后，患者复查胸部增强CT显示病灶基本吸收。结论:播散型荚膜组织胞浆菌病伴噬血细胞性淋巴组织细胞增多症患者治疗策略应以针对原发疾病为主，辅以激素诱导治疗，同时避免使用免疫抑制药物以减轻感染，从而改善患者预后。

目的 分析宏基因组学下一代测序(mNGS)在湖南省流行病原体筛查检测中的临床应用价值,并分析不同流行病原体的流行趋势和临床特征.方法 收集整理华中区进行mNGS病原体检测的患者数据,统计高频检出病原体,并分析和追踪其流行趋势及易感特征.结果 共统计2019-2023年常见的流行病原体检测人群共16 627例,其中男性10 811例(65.02％),女性5 816例(34.98％);高频检出的病原体有新冠病毒、疱疹病毒(1、4、5型)、鲍氏不动杆菌、白假丝酵母、耶氏肺孢子菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、烟曲霉菌、铜绿假单胞菌、结核分枝杆复符合群、纹带棒状杆菌、肺炎链球菌、肺炎支原体、鹦鹉热衣原体;从2021年第四季度开始,对于病原体的检测样本逐年上升,呼吸科、重症科、感染科和儿科对于mNGS的接受度较高.结论 mNGS能缩短病原体检测时间,提高病原体识别率和准确率,可作为指导预防流行病学的应用依据.